BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173H14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,309,374 - 169,464,989
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMgst3, Lrrc52
Upstream geneTada1l, Pogk, LOC100040287, EG226601, EG226604, 4831428F09Rik, LOC240895, LOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1
Downstream geneRxrg, Lmx1a, LOC100039879, Pbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173H14.bB6Ng01-173H14.g
ACCGA001810GA001811
length1,1461,171
definitionB6Ng01-173H14.b B6Ng01-173H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,309,374 - 169,310,515)(169,463,804 - 169,464,989)
sequence
gaattccaatcatcagccttggcagctggcacctttacccactgagccat
ctcccaggctacttaatcacagtttttgagacagagtttcgctgtgtggc
ctaagctggcccggtactcaatatataatatataatccagaggggcctta
agatcacagcaaccatcctgcctcggcctctcaagtactgagatcacgtg
tatgtgctactataactagctgtgtattctctttggcccaacatccattt
acagatttcaccagtatatactggtgtctctgatgggtgtctagctttca
tctccccaacagccagctcagggtgttgccctgctgcagaacgtttctag
tgatccttaaaaaacaaaagggcaggattccagcacccctaccagcagag
gaacacccagagctcatgggctgcacccagagtcgaaagcaagaagtatc
atgggtaggattcaactccgatttgtctgcttcccatggtctcttggcat
tttgccgtggtcactgcagtatgttatggccactgagatttacattggga
agtatttaacatgacactctttaacaaagtagcatctacaacacaacagt
ggcttctggagaggctgactgggaggtcaggaccttgggaccgcccttcc
accctgatcctggccacatgctggcacagttttagaaaccagagtggaga
agtcccactagagtgcgctgacatcaaagtctggcccttgagccaatggc
gtggacaagacacacagtctggcaggctcctgagaacccaggctgcccat
ctgatcatcacaagagttctgatgtctgcaacttattttggaatgcacaa
aaagttggggaatgcaagctgaacaaacgttaactgtagattgggggtgg
tagctgtgcgggtttcatgatacaattccttttcactttttctgaccaca
caggagaaaactgctttgaggaaaagctaattccttggctcattctttgc
ggtgtttcagcattcaagcacccgtcctcaagggaaagacttaaggctgg
gcaccagaagaagaataaaattaagcagtgaagagctttaagcatcttag
agcccactggctgtcatacctctggtgagtagggttcgagccacag
gaattccactaagatgaggtacatttcacacaaggagcatatatgttgat
agacacagccagaaaacccaagaaactgatgtttgatgactgatagccag
aagtctcaatatagtgatgaaggccacaagtgcatataattatccagaga
agagaaaatgacagacagagcctaccaatgagacatttcagaggtgtctt
agttaaggtttcattgttgtgaagagacaccatgaccaaggcaactctta
taaaggacatttaattgggtctggcttacaggttcataggttcagtccat
tatcatcatgtgggaagcatggcaatatgcaggtagacatggcactagaa
gagctgagagctctacatcttgaccggaaggcaaccagaaggagactgtc
tttcacgagcagaagggggtctcttccaccctgggtagagcttgagcatt
aggagccctcaaagcatgcctacacagtgacacacttcctccaacaaggc
cacacctcctcctccaaggccacacctactccaacaaggccacaccacct
aatagcaccacttcccgtgggccaagcatattcaaaccaccacaaggggt
aagcagaaaggagagcccatgaagggacagtgcagagcagggagtgggta
atgatgccaggaaacaagtgtctacctggaaatcactagatgagcagcta
tcaatagaccctgtgtatgctacagaagacaaataggacacagtgctgga
gacttgcaaacatattatcaggacaaggtccaactggtgcctggccacac
cagatcacagcatcccagacagcagtaagtagctctgttcgccctgggtc
aggaataaaggcaaccccaaactgggaggtcaggctaggtctgcccctta
gggagctatggaccccagctctcaggcggcaggcaaaagaagtatggtgt
ctacatgttttgtctcaagtactcatccactcctctacagagcagctctt
acaaaggctacagaaattaaattgccagaagaagctaaggtttcaagagc
taacaaactgaagacaaaaagaaaaaaaattccattgttagcagagagag
agcaaaaccttctgcctgtcatgaacttccacgcagtgatagctggtgaa
tgtcaggctgactctgaccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169309374_169310515
seq2: B6Ng01-173H14.b_30_1175

seq1  GAATTCCAATCATCAGCCTTGGCAGCTGGCACCTTTACCCACTGAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCATCAGCCTTGGCAGCTGGCACCTTTACCCACTGAGCCAT  50

seq1  CTCCCAGGCTACTTAATCACAGTTTTTGAGACAGAGTTTCGCTGTGTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGCTACTTAATCACAGTTTTTGAGACAGAGTTTCGCTGTGTGGC  100

seq1  CTAAGCTGGCCCGGTACTCAATATATAATATATAATCCAGAGGGGCCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTGGCCCGGTACTCAATATATAATATATAATCCAGAGGGGCCTTA  150

seq1  AGATCACAGCAACCATCCTGCCTCGGCCTCTCAAGTACTGAGATCACGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACAGCAACCATCCTGCCTCGGCCTCTCAAGTACTGAGATCACGTG  200

seq1  TATGTGCTACTATAACTAGCTGTGTATTCTCTTTGGCCCAACATCCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCTACTATAACTAGCTGTGTATTCTCTTTGGCCCAACATCCATTT  250

seq1  ACAGATTTCACCAGTATATACTGGTGTCTCTGATGGGTGTCTAGCTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTTCACCAGTATATACTGGTGTCTCTGATGGGTGTCTAGCTTTCA  300

seq1  TCTCCCCAACAGCCAGCTCAGGGTGTTGCCCTGCTGCAGAACGTTTCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCAACAGCCAGCTCAGGGTGTTGCCCTGCTGCAGAACGTTTCTAG  350

seq1  TGATCCTTAAAAAACAAAAGGGCAGGATTCCAGCACCCCTACCAGCAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTTAAAAAACAAAAGGGCAGGATTCCAGCACCCCTACCAGCAGAG  400

seq1  GAACACCCAGAGCTCATGGGCTGCACCCAGAGTCGAAAGCAAGAAGTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCCAGAGCTCATGGGCTGCACCCAGAGTCGAAAGCAAGAAGTATC  450

seq1  ATGGGTAGGATTCAACTCCGATTTGTCTGCTTCCCATGGTCTCTTGGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTAGGATTCAACTCCGATTTGTCTGCTTCCCATGGTCTCTTGGCAT  500

seq1  TTTGCCGTGGTCACTGCAGTATGTTATGGCCACTGAGATTTACATTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCGTGGTCACTGCAGTATGTTATGGCCACTGAGATTTACATTGGGA  550

seq1  AGTATTTAACATGACACTCTTTAACAAAGTAGCATCTACAACACAACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTAACATGACACTCTTTAACAAAGTAGCATCTACAACACAACAGT  600

seq1  GGCTTCTGGAGAGGCTGACTGGGAGGTCAGGACCTTGGGACCGCCCTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTGGAGAGGCTGACTGGGAGGTCAGGACCTTGGGACCGCCCTTCC  650

seq1  ACCCTGATCCTGGCCACATGCTGGCACAGTTTTAGAAACCAGAGTGGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGATCCTGGCCACATGCTGGCACAGTTTTAGAAACCAGAGTGGAGA  700

seq1  AGTCCCACTAGAGTGCGCTGACATCAAAGTCTGGCCCTTGAGCCAATGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCACTAGAGTGCGCTGACATCAAAGTCTGGCCCTTGAGCCAATGGC  750

seq1  GTGGACAAGACACACAGTCTGGCAGGCTCCTGAGAACCCAGGCTGCCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAAGACACACAGTCTGGCAGGCTCCTGAGAACCCAGGCTGCCCAT  800

seq1  CTGATCATCACAAGAGTTCTGATGTCTGCAACTTATTTTGGAATGCACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCATCACAAGAGTTCTGATGTCTGCAACTTATTTTGGAATGCACAA  850

seq1  AAAGTT-GGGAATGCAAGCTGAACAAACGTTAACTGTAGATT-GGGGTGG  898
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAGTTGGGGAATGCAAGCTGAACAAACGTTAACTGTAGATTGGGGGTGG  900

seq1  TAGCTGTGC-GGTTTCATGATACAATT-CTTTTCAC-TTTTCTGACCACA  945
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  TAGCTGTGCGGGTTTCATGATACAATTCCTTTTCACTTTTTCTGACCACA  950

seq1  CAGGAG-AAACTGCTTTGAGGAAAAGCTAA-TCCTTGGCTCAT--CTTGC  991
      |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||
seq2  CAGGAGAAAACTGCTTTGAGGAAAAGCTAATTCCTTGGCTCATTCTTTGC  1000

seq1  GGTG-TTCAGCATTCAAGCACCCGT-CTCAAGGGAAAGACTT-AGGCTGG  1038
      |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GGTGTTTCAGCATTCAAGCACCCGTCCTCAAGGGAAAGACTTAAGGCTGG  1050

seq1  GCACCAGA--GAGAATAAAATTTAGCAGGTGGAAGAGGCTTTAAGCATCT  1086
      ||||||||   ||||||||||| |||||   ||||| |||||||||||||
seq2  GCACCAGAAGAAGAATAAAATTAAGCAG--TGAAGA-GCTTTAAGCATCT  1097

seq1  TAGAGCCCACTGGGCTGTCCATTAACCTCT-GTGAGGTAAGGGTTCAGAG  1135
      ||||||||||| |||||| |||  |||||| |||||   ||||||| |||
seq2  TAGAGCCCACT-GGCTGT-CAT--ACCTCTGGTGAG--TAGGGTTC-GAG  1140

seq1  CACACAG  1142
      | |||||
seq2  C-CACAG  1146

seq1: chr1_169463804_169464989
seq2: B6Ng01-173H14.g_66_1236 (reverse)

seq1  TGGGTCAGAGGCCAGCCTGCCATCAACCAGCTATCAACCTGCGTGGAAAT  50
      ||||||||| | ||||||| |||  |||||||||||  |||||||| || 
seq2  TGGGTCAGA-GTCAGCCTGACATTCACCAGCTATCA--CTGCGTGG-AAG  46

seq1  TTCATTGGGACAGCAAGAAGTTTTTTGCTTTCTCTCTCTTGCTACAGATG  100
      |||||   |||||  |||||  ||||||| ||||||   ||||| | |  
seq2  TTCAT---GACAGGCAGAAG-GTTTTGCTCTCTCTC---TGCTA-ACAAT  88

seq1  GGAATTTTTTTTTTCTTTTTTGTCCTTTCAGTTTTGTTTGCTCTTG-AAC  149
      ||||||||||||    ||||||||  ||||| |||||| ||||||| |||
seq2  GGAATTTTTTTT---CTTTTTGTC--TTCAG-TTTGTTAGCTCTTGAAAC  132

seq1  TTTAGCTTCTTCCTTGC-ATTTTATTTCTGTAG-CTTTGT-AGAGCTGCT  196
       |||||||||| || || |||| |||||||||| |||||| |||||||||
seq2  CTTAGCTTCTT-CTGGCAATTTAATTTCTGTAGCCTTTGTAAGAGCTGCT  181

seq1  CTGTAGAGGAGTGGATGAGTACTTGGAGAC-AAACATGTAGACACCATAC  245
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAGGAGTGGATGAGTACTT-GAGACAAAACATGTAGACACCATAC  230

seq1  CTCTTTTGCCTGCCGCCTGAGAGCTGGGGTCCATAGCTCCCTAAGGGGCA  295
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGCCTGCCGCCTGAGAGCTGGGGTCCATAGCTCCCTAAGGGGCA  280

seq1  GACCTAGCCTGACCT-CCAGTTTGGGGTTGCCTTTATTCCTGACCCAGGG  344
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAGCCTGACCTCCCAGTTTGGGGTTGCCTTTATTCCTGACCCAGGG  330

seq1  CGAACAGAGCTACTTACTGCTGTCTGGGATGCTGTGATCTGGTGTGGCCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACAGAGCTACTTACTGCTGTCTGGGATGCTGTGATCTGGTGTGGCCA  380

seq1  GGCACCAGTTGGACCTTGTCCTGATAATATGTTTGCAAGTCTCCAGCACT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCAGTTGGACCTTGTCCTGATAATATGTTTGCAAGTCTCCAGCACT  430

seq1  GTGTCCTATTTGTCTTCTGTAGCATACACAGGGTCTATTTGATAGCTGCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGTCCTATTTGTCTTCTGTAGCATACACAGGGTCTA-TTGATAGCTGCT  479

seq1  CATCTAGTGATTTCCAGGTAGACACTTGTTTCCTGGCATCATTACCCACT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGTGATTTCCAGGTAGACACTTGTTTCCTGGCATCATTACCCACT  529

seq1  CCCTGCTCTGCACTGTCCCTTCATGGGCTCTCCTTTCTGCTTACCCCTTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTCTGCACTGTCCCTTCATGGGCTCTCCTTTCTGCTTACCCCTTG  579

seq1  TGGTGGTTTGAATATGCTTGGCCCACGGGAAGTGGTGCTATTAGGTGGTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTTTGAATATGCTTGGCCCACGGGAAGTGGTGCTATTAGGTGGTG  629

seq1  TGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGGCCTTGGAGGAGGAGGTGTGGCCTTGTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGGCCTTGGAGGAGGAGGTGTGGCCTTGTT  679

seq1  GGAGGAAGTGTGTCACTGTGTAGGCATGCTTTGAGGGCTCCTAATGCTCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGTGTGTCACTGTGTAGGCATGCTTTGAGGGCTCCTAATGCTCA  729

seq1  AGCTCTACCCAGGGTGGAAGAGACCCCCTTCTGCTCGTGAAAGACAGTCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTACCCAGGGTGGAAGAGACCCCCTTCTGCTCGTGAAAGACAGTCT  779

seq1  CCTTCTGGTTGCCTTCCGGTCAAGATGTAGAGCTCTCAGCTCTTCTAGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGGTTGCCTTCCGGTCAAGATGTAGAGCTCTCAGCTCTTCTAGTG  829

seq1  CCATGTCTACCTGCATATTGCCATGCTTCCCACATGATGATAATGGACTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCTACCTGCATATTGCCATGCTTCCCACATGATGATAATGGACTG  879

seq1  AACCTATGAACCTGTAAGCCAGACCCAATTAAATGTCCTTTATAAGAGTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATGAACCTGTAAGCCAGACCCAATTAAATGTCCTTTATAAGAGTT  929

seq1  GCCTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAACAATGAAACCTTAACTAAGACACC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAACAATGAAACCTTAACTAAGACACC  979

seq1  TCTGAAATGTCTCATTGGTAGGCTCTGTCTGTCATTTTCTCTTCTCTGGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATGTCTCATTGGTAGGCTCTGTCTGTCATTTTCTCTTCTCTGGA  1029

seq1  TAATTATATGCACTTGTGGCCTTCATCACTATATTGAGACTTCTGGCTAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATATGCACTTGTGGCCTTCATCACTATATTGAGACTTCTGGCTAT  1079

seq1  CAGTCATCAAACATCAGTTTCTTGGGTTTTCTGGCTGTGTCTATCAACAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATCAAACATCAGTTTCTTGGGTTTTCTGGCTGTGTCTATCAACAT  1129

seq1  ATATGCTCCTTGTGTGAAATGTACCTCATCTTAGTGGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTCCTTGTGTGAAATGTACCTCATCTTAGTGGAATTC  1171