BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173N17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 36,839,167 - 37,002,051
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZap70, Tmem131
Upstream geneLOC100041544, LOC666283, LOC100041091, EG666290, Hs6st1, Ugcgl1, LOC100041123, Lincr, Arid5a, 4632411B12Rik, 4930533C12Rik, Lman2l, Cnnm4, Cnnm3, Ankrd23, Ankrd39, Sema4c, 1700024G10Rik, BC050210, EG623414, Cox5b, Actr1b, 4933424G06Rik
Downstream geneEG241053, A230074B11Rik, 4921511C04Rik, Cnga3, Inpp4a, 6330578E17Rik, Unc50, Mgat4a, 2010300C02Rik, Tsga10, EG623661, Mitd1, Mrpl30, Gm776
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173N17.bB6Ng01-173N17.g
ACCGA002093GA002094
length9541,038
definitionB6Ng01-173N17.b B6Ng01-173N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,839,167 - 36,840,112)(37,001,013 - 37,002,051)
sequence
gaattccatccatctcataccaaggagacctcatccaacagccctccctc
ctctgagccccaaaagtctgccccaactccctatcccttggtacctttct
gccctctggctgaggctgggttctgggtcttcccaacaggtgggaggatc
gccccgacttcctgactgtggaacaacgtatgcggaactattactacagc
ctggccagccgggccgagggacccccacagtgtgaacaggtggccgaggc
tgcatgtggctgagccccaagcctccctacaccctctgtccaggatgacc
tgtgttcaggagccctatcgactgtcccatgtgattcgccccgccccatg
ggctggggctgatgggatattggtaaacatcaccagtgggctgagaggat
gtgtgctcccaaagtctacttccgctgtttctgagtgggagcccagagtc
ctccaggggtcactgtcagcatcagaataaactccacttctcttggctga
gtattctcatcttccctcgaccagggccaggagcctgggaagggctgggc
aattgagtggaaccagtaagaaaaaaacgtagcaatcttgtcagtaggtc
cagccccatggggccccatggaagataaggctgtggaagggttatcatca
ggggaacgaggtgtcagggcaaactgggaaatggaggccagggtgggttt
gagtgctaagggctgtgtatgtcaggggcctcagcatcccagattggaca
ccatgggctcttttgtaacagctacacaccaggatcaatcacctggagag
gcttttacagactaccttgctcccctccccagccaagctgaaacaggttt
ttctgggcctctttagggggtcctcacaccccagttcttatacttgtccc
tgactggggtggttgccagtgtctgccccacacctggccccggcccgccc
ccac
gaattccagcatttgggaagctgacacaggattgtcatgagtttgaggct
agcctgggcttctaagcaagactctgtctcaaataagaacaacaaaaaca
ataagtaccattgttcagataggaggaatcactgttaatgtggactgcag
cgtgcggtcctctgcagaggatcccacctatttgccctatcaagggcatc
cgtagggtaatttacataattgaacaggctcaaagcttaagctttatgaa
ttcggcttttctcttgtttaaaagagtaacagtcatggcaacccaccaag
tgggggaacctgtttctccaattttgccttatcctttggaaggtgtcctg
tatgctgttgttactccaagaaaccaatcagatcacaaagtctagggctt
agtctgagcagatggcactgtagactgaagattagagacaataggctgtg
tggctgctcactcagtctctccattgctgtgggctttgttcatacaacag
aacacatggacagagacaactgaagacaaggggagcagtctgtggtgtgc
tggtgaggaggcagaggtgattcgggtagagggattacctagaaagtagg
ccctggggtgaccagcatggcagtggccagagacacgattcacaaagcca
ggaggtgagaagaagggacagctgtcaaagaccatggtgagacagattgt
gtagcttttggagccatcagaagctctttggctttgaccctgagatggga
tctctgcaggagtgtcaagtataaaacacaggccacccaaactacacaga
tgcatacaaatcaaaggcacttgtgggagaagcagtttgtaagttgggaa
aagtcaaggaaaagatggaagacagagggagggaaggtgggtccttggtg
gtaatgctaattgaggataataaattctgggtaggacaaataacaatgac
agattctttgcctccaggactgggacaggtcggcatttggatcaaataag
gaccgatatggggtccactcaaattctcggtacgtttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_36839167_36840112
seq2: B6Ng01-173N17.b_42_995

seq1  GAATTCCATCCATCTCATACCAAGGAGACCTCATCCAACAGCCCTCCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCATCTCATACCAAGGAGACCTCATCCAACAGCCCTCCCTC  50

seq1  CTCTGAGCCCCAAAAGTCTGCCCCAACTCCCTATCCCTTGGTACCTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCCCCAAAAGTCTGCCCCAACTCCCTATCCCTTGGTACCTTTCT  100

seq1  GCCCTCTGGCTGAGGCTGGGTTCTGGGTCTTCCCAACAGGTGGGAGGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTGGCTGAGGCTGGGTTCTGGGTCTTCCCAACAGGTGGGAGGATC  150

seq1  GCCCCGACTTCCTGACTGTGGAACAACGTATGCGGAACTATTACTACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCGACTTCCTGACTGTGGAACAACGTATGCGGAACTATTACTACAGC  200

seq1  CTGGCCAGCCGGGCCGAGGGACCCCCACAGTGTGAACAGGTGGCCGAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAGCCGGGCCGAGGGACCCCCACAGTGTGAACAGGTGGCCGAGGC  250

seq1  TGCATGTGGCTGAGCCCCAAGCCTCCCTACACCCTCTGTCCAGGATGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGGCTGAGCCCCAAGCCTCCCTACACCCTCTGTCCAGGATGACC  300

seq1  TGTGTTCAGGAGCCCTATCGACTGTCCCATGTGATTCGCCCCGCCCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCAGGAGCCCTATCGACTGTCCCATGTGATTCGCCCCGCCCCATG  350

seq1  GGCTGGGGCTGATGGGATATTGGTAAACATCACCAGTGGGCTGAGAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGGCTGATGGGATATTGGTAAACATCACCAGTGGGCTGAGAGGAT  400

seq1  GTGTGCTCCCAAAGTCTACTTCCGCTGTTTCTGAGTGGGAGCCCAGAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTCCCAAAGTCTACTTCCGCTGTTTCTGAGTGGGAGCCCAGAGTC  450

seq1  CTCCAGGGGTCACTGTCAGCATCAGAATAAACTCCACTTCTCTTGGCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGGGTCACTGTCAGCATCAGAATAAACTCCACTTCTCTTGGCTGA  500

seq1  GTATTCTCATCTTCCCTCGACCAGGGCCAGGAGCCTGGGAAGGGCTGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTCATCTTCCCTCGACCAGGGCCAGGAGCCTGGGAAGGGCTGGGC  550

seq1  AATTGAGTGGAACCAGTAAGAAAAAAACGTAGCAATCTTGTCAGTAGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGTGGAACCAGTAAGAAAAAAACGTAGCAATCTTGTCAGTAGGTC  600

seq1  CAGCCCCATGGGGCCCCATGGAAGATAAGGCTGTGGAAGGGTTATCATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCATGGGGCCCCATGGAAGATAAGGCTGTGGAAGGGTTATCATCA  650

seq1  GGGGAACGAGGTGTCAGGGCAAACTGGGAAATGGAGGCCAGGGTGGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACGAGGTGTCAGGGCAAACTGGGAAATGGAGGCCAGGGTGGGTTT  700

seq1  GAGTGCTAAGGGCTGTGTATGTCAGGGGCCTCAGCATCCCAGATTGGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTAAGGGCTGTGTATGTCAGGGGCCTCAGCATCCCAGATTGGACA  750

seq1  CCATGGGCTCTTTTGTAACAGCTACACACCAGGATCAATCACCTGGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGCTCTTTTGTAACAGCTACACACCAGGATCAATCACCTGGAGAG  800

seq1  GCTTTTACAGACTACC-TGCTCCCCTCCCCAGCC-AGCTGAAACAGG-TT  847
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  GCTTTTACAGACTACCTTGCTCCCCTCCCCAGCCAAGCTGAAACAGGTTT  850

seq1  TTCT-GGCCTCTTTAGGGGGTCCTCACA-CCCAGTTCTTATACTTGT-CC  894
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  TTCTGGGCCTCTTTAGGGGGTCCTCACACCCCAGTTCTTATACTTGTCCC  900

seq1  TGACT-GGGTTGTTGCCAGTGTCTGCCCCACACCT-GCCCCGGCCCGCCC  942
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGACTGGGGTGGTTGCCAGTGTCTGCCCCACACCTGGCCCCGGCCCGCCC  950

seq1  CCAC  946
      ||||
seq2  CCAC  954

seq1: chr1_37001013_37002051
seq2: B6Ng01-173N17.g_71_1108 (reverse)

seq1  GGAACGTACCAGAAATCTGAGT-GACCCCACTATGGGTCCTTATTTGATC  49
      | ||||||||   ||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  GAAACGTACCGAGAATTTGAGTGGACCCCA-TATCGGTCCTTATTTGATC  49

seq1  CAATGGCAGACTTGTTCCAGTCCTGCGAGCAAAAGGATCTGTCATTGTTA  99
      |||  || ||| ||| ||||||||| |||  |||| ||||||||||||||
seq2  CAAATGCCGACCTGTCCCAGTCCTG-GAGGCAAAGAATCTGTCATTGTTA  98

seq1  TTTTGTCCTACCCGGAATTTTTTATCCTCAATTAGCATAACCACCAGGGA  149
       |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  -TTTGTCCTACCCAGAATTTATTATCCTCAATTAGCATTACCACCAAGGA  147

seq1  -CCACCCTCCCTCCCTCTGTCTTCCATCTTTTCCTTGACTTTTCCCAACT  198
       ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTTCCCTCCCTCTGTCTTCCATCTTTTCCTTGACTTTTCCCAACT  197

seq1  TACAAACTGCTTCTCCAACAAGTGCCTTTGATTTGTATGCATCTGTGTAG  248
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACTGCTTCTCCCACAAGTGCCTTTGATTTGTATGCATCTGTGTAG  247

seq1  TTTGGGTGGCCTGTGTTTTATACTTGACACTCCTGCAGAGATCCCATCTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTGGCCTGTGTTTTATACTTGACACTCCTGCAGAGATCCCATCTC  297

seq1  AGGGTCAAAGCCAAAGAGCTTCTGATGGCTCCAAAAGCTACACAATCTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAAAGCCAAAGAGCTTCTGATGGCTCCAAAAGCTACACAATCTGT  347

seq1  CTCACCATGGTCTTTGACAGCTGTCCCTTCTTCTCACCTCCTGGCTTTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCATGGTCTTTGACAGCTGTCCCTTCTTCTCACCTCCTGGCTTTGT  397

seq1  GAATCGTGTCTCTGGCCACTGCCATGCTGGTCACCCCAGGGCCTACTTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGTGTCTCTGGCCACTGCCATGCTGGTCACCCCAGGGCCTACTTTC  447

seq1  TAGGTAATCCCTCTACCCGAATCACCTCTGCCTCCTCACCAGCACACCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAATCCCTCTACCCGAATCACCTCTGCCTCCTCACCAGCACACCAC  497

seq1  AGACTGCTCCCCTTGTCTTCAGTTGTCTCTGTCCATGTGTTCTGTTGTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCTCCCCTTGTCTTCAGTTGTCTCTGTCCATGTGTTCTGTTGTAT  547

seq1  GAACAAAGCCCACAGCAATGGAGAGACTGAGTGAGCAGCCACACAGCCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAGCCCACAGCAATGGAGAGACTGAGTGAGCAGCCACACAGCCTA  597

seq1  TTGTCTCTAATCTTCAGTCTACAGTGCCATCTGCTCAGACTAAGCCCTAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTAATCTTCAGTCTACAGTGCCATCTGCTCAGACTAAGCCCTAG  647

seq1  ACTTTGTGATCTGATTGGTTTCTTGGAGTAACAACAGCATACAGGACACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTGATCTGATTGGTTTCTTGGAGTAACAACAGCATACAGGACACC  697

seq1  TTCCAAAGGATAAGGCAAAATTGGAGAAACAGGTTCCCCCACTTGGTGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGGATAAGGCAAAATTGGAGAAACAGGTTCCCCCACTTGGTGGG  747

seq1  TTGCCATGACTGTTACTCTTTTAAACAAGAGAAAAGCCGAATTCATAAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATGACTGTTACTCTTTTAAACAAGAGAAAAGCCGAATTCATAAAG  797

seq1  CTTAAGCTTTGAGCCTGTTCAATTATGTAAATTACCCTACGGATGCCCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCTTTGAGCCTGTTCAATTATGTAAATTACCCTACGGATGCCCTT  847

seq1  GATAGGGCAAATAGGTGGGATCCTCTGCAGAGGACCGCACGCTGCAGTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGCAAATAGGTGGGATCCTCTGCAGAGGACCGCACGCTGCAGTCC  897

seq1  ACATTAACAGTGATTCCTCCTATCTGAACAATGGTACTTATTGTTTTTGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAACAGTGATTCCTCCTATCTGAACAATGGTACTTATTGTTTTTGT  947

seq1  TGTTCTTATTTGAGACAGAGTCTTGCTTAGAAGCCCAGGCTAGCCTCAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTATTTGAGACAGAGTCTTGCTTAGAAGCCCAGGCTAGCCTCAAA  997

seq1  CTCATGACAATCCTGTGTCAGCTTCCCAAATGCTGGAATTC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGACAATCCTGTGTCAGCTTCCCAAATGCTGGAATTC  1038