BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177B08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 101,892,329 - 101,999,956
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230078M14Rik
Upstream geneLOC633295
Downstream geneEG666200
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177B08.bB6Ng01-177B08.g
ACCGA004451GA004452
length1,0421,125
definitionB6Ng01-177B08.b B6Ng01-177B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,998,996 - 101,999,956)(101,892,329 - 101,893,454)
sequence
gaattcaatgtcatcctggaacagagcaaaattttctcctggaatggtta
gaaaagtaattgcaggacaggattcctccagcaaaatttaaggtttgtgc
ttataaaggcaggcagatctctgaattcatttgcaatattatagcacaca
taccacatacacacacacacacacacacacacacactgttatttcttaag
tgtcaagaggctagggcatgaatttctgatttatgggacagccctaaagg
aacttggggtaaatgactaaattgatatgtaaatgaaagactgagctttt
tgtctacaggagatgagttgacaaactagcagaaaatgatagcaattgtt
tgttttattttgtttttttttttttttttttgctttgctttgttttgttt
ttaaagatttacttgttttatgtatgtgagtactcagtctttctcttgag
acacaccagaagagggcatttaatcccattacaagtggctttgatctgtc
atgtggttgctgggaattgaactcaagacctctggaagagtagacagtgc
tcttaaacaccaatcacactctccagccccagtagttattttaaatattt
gtttctagcaagagaagagttcttgctagagtatttatctggatcagctg
tgtggagatctctggagagtgaaaacacttcttttagaatttttcatagc
tcttttagagtttttatctaaaggaattcctaactttggttggaaactat
agatagcgaacacagctctttactttttcataactctttaagaatttttt
tttctagttctatccatctgcctgcacaactcagatgtcctcattcttaa
tagctgaggagaattcaatttgtgtaaatgaaccatatttttttaaatgc
attcttctgtgtgggacatctgagtagtttccaatttctggctattcaca
aaaaagttgctatgatcatactggaacatgtgcccctgtgacatggtgaa
gacatctcttgggtatattcccatgagtggttttctgggtgt
gaattcacttgtcctctccccttatctttgttcccagatgaatcaaccgt
tcttaagtttgattaaattaggttcaaaataatataggtgccaggtgtac
ttcagagctttcttaatgcttccaaagttccaaagaccatatgtagaaaa
ttcaaataggacttgactcacaataaaggcaaaccgcattactggtgaca
aaagaaaggatttgaaatacaatgatcttgtactagaatttcagcatttg
gtatggtagatatatgctttgtacttaatgtgtagacataataagctttc
acatgcttaatgaaagtatcgatttataaaagagttcagtaaacaatttc
catgtggatgaagtaaaatgttattagtacctgctgttacctcttacccc
catttgtctttggagtcagcaatcatggataataatctaaatgaaaagac
agttcacacaggattggatggggttcagcgagtaattaagatgctattgc
aaacattaagaccaagttagatgcccagattccatttgcaaagtcaggca
catttaacacacttaaatgtcaggactgaggaggcagagacaggctgatc
cctgcgactcactagtttacttagtgagctaaaggctaataggaactggc
ttaataagtgaagtgagtagttgttgaggaaggacacttttgattaccct
ctggcctctctacctctccatgcatttctatacacatgcataaacaccta
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaat
gcacacacacactcatgctcacacatacactgtaagtgctcaatactcaa
gtgcaagattgttcatagttagcctcctctgcctgacaaaaatagctgca
gcttgcttaagcatagagccaccctcttacagaactgtcaacagttgaag
tttacttacctcgtgcatccaggccaaaatatattttctaaagctgaaaa
ccttcatcattgcaacaacttccttgacacagcatggcccatgcttgttc
cacattaccacacaacaatatacttgaacaattgagttcaaagaaaagat
gcctaaatgtttcccattgcagcga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_101998996_101999956
seq2: B6Ng01-177B08.b_125_1085 (reverse)

seq1  ACACCCAGAAATACCACTCATGGGAATATACCCAAGAGATGTC-TCACCA  49
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACCCAGAAA-ACCACTCATGGGAATATACCCAAGAGATGTCTTCACCA  49

seq1  TGTCACAGGGGCACATGTTCCAGTATGATCATAGCAACCTTTTTTGTG-A  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  TGTCACAGGGGCACATGTTCCAGTATGATCATAGCAA-CTTTTTTGTGAA  98

seq1  TAGCCAGAAATTGGAAACTACTCAGATGTCCCACAACAGAAGAATGCATT  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAGCCAGAAATTGGAAACTACTCAGATGTCCCAC-ACAGAAGAATGCATT  147

seq1  TAAAAAAATATGGTTCATTTACAC-AATTGAATTCTCCTCAGCTATTAAG  197
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAATATGGTTCATTTACACAAATTGAATTCTCCTCAGCTATTAAG  197

seq1  AATGAGGACATCCTGAGTTGTGCAGGCAGATGGATAGAACTAG-AAAAAA  246
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATGAGGACAT-CTGAGTTGTGCAGGCAGATGGATAGAACTAGAAAAAAA  246

seq1  AATTCTTAAAGAGTTATGAAAAAGTAAAGAGCTGTGTTCGCTATCTATAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTAAAGAGTTATGAAAAAGTAAAGAGCTGTGTTCGCTATCTATAG  296

seq1  TTTCCAACCAAAGTTAGGAATTCCTTTAGATAAAAACTCTAAAAGAGCTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAACCAAAGTTAGGAATTCCTTTAGATAAAAACTCTAAAAGAGCTA  346

seq1  TGAAAAATTCTAAAAGAAGTGTTTTCACTCTCCAGAGATCTCCACACAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATTCTAAAAGAAGTGTTTTCACTCTCCAGAGATCTCCACACAGC  396

seq1  TGATCCAGATAAATACTCTAGCAAGAACTCTTCTCTTGCTAGAAACAAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCAGATAAATACTCTAGCAAGAACTCTTCTCTTGCTAGAAACAAAT  446

seq1  ATTTAAAATAACTACTGGGGCTGGAGAGTGTGATTGGTGTTTAAGAGCAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAATAACTACTGGGGCTGGAGAGTGTGATTGGTGTTTAAGAGCAC  496

seq1  TGTCTACTCTTCCAGAGGTCTTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACTCTTCCAGAGGTCTTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGACA  546

seq1  GATCAAAGCCACTTGTAATGGGATTAAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAGCCACTTGTAATGGGATTAAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTCA  596

seq1  AGAGAAAGACTGAGTACTCACATACATAAAACAAGTAAATCTTTAAAAAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGACTGAGTACTCACATACATAAAACAAGTAAATCTTTAAAAAC  646

seq1  AAAACAAAGCAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAATAAAACAAACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAGCAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAATAAAACAAACA  696

seq1  ATTGCTATCATTTTCTGCTAGTTTGTCAACTCATCTCCTGTAGACAAAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTATCATTTTCTGCTAGTTTGTCAACTCATCTCCTGTAGACAAAAA  746

seq1  GCTCAGTCTTTCATTTACATATCAATTTAGTCATTTACCCCAAGTTCCTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTCTTTCATTTACATATCAATTTAGTCATTTACCCCAAGTTCCTT  796

seq1  TAGGGCTGTCCCATAAATCAGAAATTCATGCCCTAGCCTCTTGACACTTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTGTCCCATAAATCAGAAATTCATGCCCTAGCCTCTTGACACTTA  846

seq1  AGAAATAACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGGTATGTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGGTATGTG  896

seq1  TGCTATAATATTGCAAATGAATTCAGAGATCTGCCTGCCTTTATAAGCAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAATATTGCAAATGAATTCAGAGATCTGCCTGCCTTTATAAGCAC  946

seq1  AAACCTTAAATTTTG  961
      |||||||||||||||
seq2  AAACCTTAAATTTTG  961

seq1: chr1_101892329_101893454
seq2: B6Ng01-177B08.g_69_1193

seq1  GAATTCACTTGTCCTCTCCCCTTATCTTTGTTCCCAGATGAATCAACCGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGTCCTCTCCCCTTATCTTTGTTCCCAGATGAATCAACCGT  50

seq1  TCTTAAGTTTGATTAAATTAGGTTCAAAATAATATAGGTGCCAGGTGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGTTTGATTAAATTAGGTTCAAAATAATATAGGTGCCAGGTGTAC  100

seq1  TTCAGAGCTTTCTTAATGCTTCCAAAGTTCCAAAGACCATATGTAGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGCTTTCTTAATGCTTCCAAAGTTCCAAAGACCATATGTAGAAAA  150

seq1  TTCAAATAGGACTTGACTCACAATAAAGGCAAACCGCATTACTGGTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAGGACTTGACTCACAATAAAGGCAAACCGCATTACTGGTGACA  200

seq1  AAAGAAAGGATTTGAAATACAATGATCTTGTACTAGAATTTCAGCATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGGATTTGAAATACAATGATCTTGTACTAGAATTTCAGCATTTG  250

seq1  GTATGGTAGATATATGCTTTGTACTTAATGTGTAGACATAATAAGCTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGTAGATATATGCTTTGTACTTAATGTGTAGACATAATAAGCTTTC  300

seq1  ACATGCTTAATGAAAGTATCGATTTATAAAAGAGTTCAGTAAACAATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTAATGAAAGTATCGATTTATAAAAGAGTTCAGTAAACAATTTC  350

seq1  CATGTGGATGAAGTAAAATGTTATTAGTACCTGCTGTTACCTCTTACCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGATGAAGTAAAATGTTATTAGTACCTGCTGTTACCTCTTACCCC  400

seq1  CATTTGTCTTTGGAGTCAGCAATCATGGATAATAATCTAAATGAAAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTCTTTGGAGTCAGCAATCATGGATAATAATCTAAATGAAAAGAC  450

seq1  AGTTCACACAGGATTGGATGGGGTTCAGCGAGTAATTAAGATGCTATTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCACACAGGATTGGATGGGGTTCAGCGAGTAATTAAGATGCTATTGC  500

seq1  AAACATTAAGACCAAGTTAGATGCCCAGATTCCATTTGCAAAGTCAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTAAGACCAAGTTAGATGCCCAGATTCCATTTGCAAAGTCAGGCA  550

seq1  CATTTAACACACTTAAATGTCAGGACTGAGGAGGCAGAGACAGGCTGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAACACACTTAAATGTCAGGACTGAGGAGGCAGAGACAGGCTGATC  600

seq1  CCTGCGACTCACTAGTTTACTTAGTGAGCTAAAGGCTAATAGGAACTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCGACTCACTAGTTTACTTAGTGAGCTAAAGGCTAATAGGAACTGGC  650

seq1  TTAATAAGTGAAGTGAGTAGTTGTTGAGGAAGGACACTTTTGATTACCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGTGAAGTGAGTAGTTGTTGAGGAAGGACACTTTTGATTACCCT  700

seq1  CTGGCCTCTCTACCTCTCCATGCATTTCTATACACATGCATAAACACCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCTCTACCTCTCCATGCATTTCTATACACATGCATAAACACCTA  750

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAT  800

seq1  GCACACACACACTCATGCTCACACATACACTGTAAGTGCTCAATACTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACACACTCATGCTCACACATACACTGTAAGTGCTCAATACTCAA  850

seq1  GTGCAAGATTGTTCATAGTTAGCCTCCTCTGCCTGACAAAAATAGCTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGATTGTTCATAGTTAGCCTCCTCTGCCTGACAAAAATAGCTGCA  900

seq1  GCTTGCTTAAGCATAGAGC--ACCTC-TACAGAACTGGTCACAGTTGAAG  947
      |||||||||||||||||||   |||| ||||||||||   ||||||||||
seq2  GCTTGCTTAAGCATAGAGCCACCCTCTTACAGAACTGTCAACAGTTGAAG  950

seq1  TTTACTTA-CTCGTGCATCCAGG-CAAAATATATTTTCTAAAAGGCTGAA  995
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TTTACTTACCTCGTGCATCCAGGCCAAAATATATTTTCTAAA--GCTGAA  998

seq1  AACTTTCATTCATTGC-ACCACT--CCTGACACAGCATGGGCCAATGCCT  1042
      ||| |||| ||||||| || |||  | ||||||||||| |||| |||| |
seq2  AACCTTCA-TCATTGCAACAACTTCCTTGACACAGCAT-GGCCCATGCTT  1046

seq1  GGTCCACATTTACCACACAAC-ATATAC-TGAACAATTTGAAGTCCAAGA  1090
      | |||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||  || ||||
seq2  GTTCCACA-TTACCACACAACAATATACTTGAACAA-TTGAGTTCAAAGA  1094

seq1  GAAGAATTTGCTAAAATGTTTCCCATTTTGCAGCGA  1126
       ||||   |||  ||||||||||||  |||||||||
seq2  AAAGA---TGCCTAAATGTTTCCCA--TTGCAGCGA  1125