BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178K03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 66,984,777 - 67,110,549
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyl1, LOC100043192, Lancl1
Upstream geneLOC667781, EG667786, Mtap2, C030018G13Rik, Rpe, 1110028C15Rik, Acadl
Downstream geneCps1, Kif22-ps, Erbb4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178K03.bB6Ng01-178K03.g
ACCGA005567GA005568
length1,1551,117
definitionB6Ng01-178K03.b B6Ng01-178K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,984,777 - 66,985,919)(67,109,430 - 67,110,549)
sequence
gaattctaatttgtcaatcttcagtttctttctaaagacatctttattat
cttagcctatgtctttgtcttccctggttggtaaaaggccacatttcaca
tttgttatagctcatccattcacatttggagctgagtttaggtacgtagc
agtctcaaagacccctgttactaagtagaattcttactgcagggatagac
ttctctgctttgagaattgtctttctcctagtgactgtgaagtttggttc
actgactgaagataaattttctggctcctagattgaattactttatagga
caaagtattacaatgcacttaaagaaaatagagaactaatttatgttaaa
ttttagtatcttagaagaagcggtgtcattaaagagcatgtgggaagtgg
atggtgttgaatactaaggggaatgtcctagggaggagcctgcaccacaa
tgatcaaagctctcttcatttcagggggatgcacatatgccagtgactga
agctaagaaaagaagctgctgtcaccagagccagtttccagccaagagaa
cactgttgggtattctctgccttcttgcctggcagagagatcagagctaa
acacatatcaacctttatggaaataattaaactaatttatcttatagggt
ttttagcatctaccataaaaggccattagaaataatatttgaaaccacta
gaatggtgtgcttcataatacgtctcttaaggtcgatggaaagaaccttt
gagctcatcaaagaagtatttaggatgcttattaaaatattatagattat
tataaaatattataaaaatgagggaaactagagcaatgaggacatgttat
aagagctattagatggttggatacattggtctgaaatgagactggcttga
tacagctatgttcagcaggcatggactggtcatctgaattctgtcaccta
agcacaaaactgtgcaattaaaaatagctcagttcagatctgtaggaagt
actagagacctaaagtgaattttgataacgagtttcaaatgtgattcaag
ttctgcctcctttccagtttttctctctcccaatgtcttccctaagtaat
aattgagagaaaaaaatttaccattctcttaagcctggcacattttcctt
tgtac

gaattccacttttatgatattagaattgaagagtctgtagatgatctgct
taggcagaaaactgagtgaagcatcggaagatttttcattggtgaggcgg
tgcctcacacagattgaactctctaactggagtattacactgatatgaat
atatctgatgaaaatagttgaaaccagaggccttcagcaagtgcatacca
ctcaaggtttagtgttgtctctggtccttctcattagggaactgccaatg
gcccacggcattgtgaatccaggaggagcttctctgacagcccttctaag
ttgctccactgttctctttacccattaggtttagactacagtgagaggtg
agctttgttctaacttttcagttttgctctcttttttttctgactgtaga
actctcagagcctgggtaagtgaacaagtgtctttattgtcggagcccca
ttggcaaaactgaatttccctagtcatcattcagtgaaagaaatactgtt
gcccattttcctcatgccaatatcgcataaataatattaagaccctcctc
tcctaggcagagtaaagggcggactcttctggtctcttgttggctaaagg
gcctagggcatagctagtgggaaacgttcctacataccatatctcaggtt
tgcctatgtgctgaccccttccatggcgccgtttagatataagaaaatca
taaaatgtagacattggccatcctcctgaattgctagctccctaagcaca
tttatgattgaacagacattggacaatgtcagtcacagtaaggaaggctg
ttctcctctcttgattgtgtcaccagtaagatgcatgtgtgtagcagtac
acttagctcctgcagaatggtgaagaacagggtttgggagcattgctcag
tcttacaccagaagaaatacaactgcatgaaaaatagccacacccattcc
aatgagttattcaagaagggactcttaatatttagttctgtatgacttca
atgcataactctggaatcaggatgacttcattaaattactggactgagac
ttatgagctgtagaccttgagcaatttagttaaccctgttgtcgacagtt
tctctatctgtagattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_66984777_66985919
seq2: B6Ng01-178K03.b_42_1196

seq1  GAATTCTAATTTGTCAATCTTCAGTTTCTTTCTAAAGACATCTTTATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATTTGTCAATCTTCAGTTTCTTTCTAAAGACATCTTTATTAT  50

seq1  CTTAGCCTATGTCTTTGTCTTCCCTGGTTGGTAAAAGGCCACATTTCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCTATGTCTTTGTCTTCCCTGGTTGGTAAAAGGCCACATTTCACA  100

seq1  TTTGTTATAGCTCATCCATTCACATTTGGAGCTGAGTTTAGGTACGTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTATAGCTCATCCATTCACATTTGGAGCTGAGTTTAGGTACGTAGC  150

seq1  AGTCTCAAAGACCCCTGTTACTAAGTAGAATTCTTACTGCAGGGATAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAAAGACCCCTGTTACTAAGTAGAATTCTTACTGCAGGGATAGAC  200

seq1  TTCTCTGCTTTGAGAATTGTCTTTCTCCTAGTGACTGTGAAGTTTGGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGCTTTGAGAATTGTCTTTCTCCTAGTGACTGTGAAGTTTGGTTC  250

seq1  ACTGACTGAAGATAAATTTTCTGGCTCCTAGATTGAATTACTTTATAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTGAAGATAAATTTTCTGGCTCCTAGATTGAATTACTTTATAGGA  300

seq1  CAAAGTATTACAATGCACTTAAAGAAAATAGAGAACTAATTTATGTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATTACAATGCACTTAAAGAAAATAGAGAACTAATTTATGTTAAA  350

seq1  TTTTAGTATCTTAGAAGAAGCGGTGTCATTAAAGAGCATGTGGGAAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTATCTTAGAAGAAGCGGTGTCATTAAAGAGCATGTGGGAAGTGG  400

seq1  ATGGTGTTGAATACTAAGGGGAATGTCCTAGGGAGGAGCCTGCACCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTGAATACTAAGGGGAATGTCCTAGGGAGGAGCCTGCACCACAA  450

seq1  TGATCAAAGCTCTCTTCATTTCAGGGGGATGCACATATGCCAGTGACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAAAGCTCTCTTCATTTCAGGGGGATGCACATATGCCAGTGACTGA  500

seq1  AGCTAAGAAAAGAAGCTGCTGTCACCAGAGCCAGTTTCCAGCCAAGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGAAAAGAAGCTGCTGTCACCAGAGCCAGTTTCCAGCCAAGAGAA  550

seq1  CACTGTTGGGTATTCTCTGCCTTCTTGCCTGGCAGAGAGATCAGAGCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTGGGTATTCTCTGCCTTCTTGCCTGGCAGAGAGATCAGAGCTAA  600

seq1  ACACATATCAACCTTTATGGAAATAATTAAACTAATTTATCTTATAGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATCAACCTTTATGGAAATAATTAAACTAATTTATCTTATAGGGT  650

seq1  TTTTAGCATCTACCATAAAAGGCCATTAGAAATAATATTTGAAACCACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCATCTACCATAAAAGGCCATTAGAAATAATATTTGAAACCACTA  700

seq1  GAATGGTGTGCTTCATAATACGTCTCTTAAGGTCGATGGAAAGAACCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTGTGCTTCATAATACGTCTCTTAAGGTCGATGGAAAGAACCTTT  750

seq1  GAGCTCATCAAAGAAGTATTTAGGATGCTTATTAAAATATTATAGATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCATCAAAGAAGTATTTAGGATGCTTATTAAAATATTATAGATTAT  800

seq1  TATAAAATATTATAAAAATGAGGGAAACTAGAGCAATGAGGACATGTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATATTATAAAAATGAGGGAAACTAGAGCAATGAGGACATGTTAT  850

seq1  AAGAGCTATTAGATGGTTGGATACATTGGTCTGAAATGAGACTGGCTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTATTAGATGGTTGGATACATTGGTCTGAAATGAGACTGGCTTGA  900

seq1  TACAGCTATGTTCAGCAGGCATGGACTGGTCATCTGAATTCTGTCACCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTATGTTCAGCAGGCATGGACTGGTCATCTGAATTCTGTCACCTA  950

seq1  AGCACAAAACTGTGCAATTAAAAATAGCTCAGTTCAGATCTGTAGGAAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAAACTGTGCAATTAAAAATAGCTCAGTTCAGATCTGTAGGAAGT  1000

seq1  ACTAGAGACCT-AAGTGAATTTTGAT-ACGAGTTTCAAAATGTGATCCAA  1048
      ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||
seq2  ACTAGAGACCTAAAGTGAATTTTGATAACGAGTTTC-AAATGTGATTCAA  1049

seq1  G-TCTG-CTCCTTTCCAG-TTTTCTCTCTCCC-ATGTCTT-CCTAGTTAA  1093
      | |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||  |||
seq2  GTTCTGCCTCCTTTCCAGTTTTTCTCTCTCCCAATGTCTTCCCTAAGTAA  1099

seq1  TAATT--GAGAAAAAATTTTACAATT-TCTTAAG-CTGG-ACATTTT-CT  1137
      |||||  ||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||| ||
seq2  TAATTGAGAGAAAAAAATTTACCATTCTCTTAAGCCTGGCACATTTTCCT  1149

seq1  TTGTAC  1143
      ||||||
seq2  TTGTAC  1155


seq1: chr1_67109430_67110549
seq2: B6Ng01-178K03.g_66_1182 (reverse)

seq1  CAATCTACAGATGAGA-AAACTGTCGACAAACAGGGTTAACTAAATTGCT  49
      |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTACAGAT-AGAGAAACTGTCGAC-AACAGGGTTAACTAAATTGCT  48

seq1  CAAGGTCTAACAGCTCATAAGGTCTCAGTCCAGGTAATTTAATGAAGTCA  99
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCT-ACAGCTCATAA-GTCTCAGTCCA-GTAATTTAATGAAGTCA  95

seq1  TCCTGATTCCAAGAGTTATGCATTGAAGTCATACAGAACTAAATA-TAAG  148
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCTGATTCC-AGAGTTATGCATTGAAGTCATACAGAACTAAATATTAAG  144

seq1  AGTCCCTTCTTGAAT-ACTCATTGGGAATGGGTGTGGCTATTTTTCATGC  197
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTTCTTGAATAACTCATT-GGAATGGGTGTGGCTATTTTTCATGC  193

seq1  AGTTGTATTTCTTCTGGTGTAAGACTGAGCAATGCT-CCAAACCCTGTTC  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGTTGTATTTCTTCTGGTGTAAGACTGAGCAATGCTCCCAAACCCTGTTC  243

seq1  TTCACCATTCTGCAGGAGCTAAGTGTACTGCTACACACATGCATCTTACT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCATTCTGCAGGAGCTAAGTGTACTGCTACACACATGCATCTTACT  293

seq1  GGTGACACAATCAAGAGAGGAGAACAGCCTTCCTTACTGTGACTGACATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACACAATCAAGAGAGGAGAACAGCCTTCCTTACTGTGACTGACATT  343

seq1  GTCCAATGTCTGTTCAATCATAAATGTGCTTAGGGAGCTAGCAATTCAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAATGTCTGTTCAATCATAAATGTGCTTAGGGAGCTAGCAATTCAGG  393

seq1  AGGATGGCCAATGTCTACATTTTATGATTTTCTTATATCTAAACGGCGCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGCCAATGTCTACATTTTATGATTTTCTTATATCTAAACGGCGCC  443

seq1  ATGGAAGGGGTCAGCACATAGGCAAACCTGAGATATGGTATGTAGGAACG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGGGTCAGCACATAGGCAAACCTGAGATATGGTATGTAGGAACG  493

seq1  TTTCCCACTAGCTATGCCCTAGGCCCTTTAGCCAACAAGAGACCAGAAGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCACTAGCTATGCCCTAGGCCCTTTAGCCAACAAGAGACCAGAAGA  543

seq1  GTCCGCCCTTTACTCTGCCTAGGAGAGGAGGGTCTTAATATTATTTATGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGCCCTTTACTCTGCCTAGGAGAGGAGGGTCTTAATATTATTTATGC  593

seq1  GATATTGGCATGAGGAAAATGGGCAACAGTATTTCTTTCACTGAATGATG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTGGCATGAGGAAAATGGGCAACAGTATTTCTTTCACTGAATGATG  643

seq1  ACTAGGGAAATTCAGTTTTGCCAATGGGGCTCCGACAATAAAGACACTTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGGAAATTCAGTTTTGCCAATGGGGCTCCGACAATAAAGACACTTG  693

seq1  TTCACTTACCCAGGCTCTGAGAGTTCTACAGTCAGAAAAAAAAGAGAGCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTACCCAGGCTCTGAGAGTTCTACAGTCAGAAAAAAAAGAGAGCA  743

seq1  AAACTGAAAAGTTAGAACAAAGCTCACCTCTCACTGTAGTCTAAACCTAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAAAAGTTAGAACAAAGCTCACCTCTCACTGTAGTCTAAACCTAA  793

seq1  TGGGTAAAGAGAACAGTGGAGCAACTTAGAAGGGCTGTCAGAGAAGCTCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAAGAGAACAGTGGAGCAACTTAGAAGGGCTGTCAGAGAAGCTCC  843

seq1  TCCTGGATTCACAATGCCGTGGGCCATTGGCAGTTCCCTAATGAGAAGGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGATTCACAATGCCGTGGGCCATTGGCAGTTCCCTAATGAGAAGGA  893

seq1  CCAGAGACAACACTAAACCTTGAGTGGTATGCACTTGCTGAAGGCCTCTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGACAACACTAAACCTTGAGTGGTATGCACTTGCTGAAGGCCTCTG  943

seq1  GTTTCAACTATTTTCATCAGATATATTCATATCAGTGTAATACTCCAGTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAACTATTTTCATCAGATATATTCATATCAGTGTAATACTCCAGTT  993

seq1  AGAGAGTTCAATCTGTGTGAGGCACCGCCTCACCAATGAAAAATCTTCCG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTTCAATCTGTGTGAGGCACCGCCTCACCAATGAAAAATCTTCCG  1043

seq1  ATGCTTCACTCAGTTTTCTGCCTAAGCAGATCATCTACAGACTCTTCAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCACTCAGTTTTCTGCCTAAGCAGATCATCTACAGACTCTTCAAT  1093

seq1  TCTAATATCATAAAAGTGGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATATCATAAAAGTGGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |