BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178M09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 127,156,388 - 127,308,499
singlet/doubletdoublet
Overlap geneActr3
Upstream geneLOC666998
Downstream geneSlc35f5, Lypd1, E030049G20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178M09.bB6Ng01-178M09.g
ACCGA005666GA005667
length1,1621,075
definitionB6Ng01-178M09.b B6Ng01-178M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,307,331 - 127,308,499)(127,156,388 - 127,157,461)
sequence
gaattccttgattcaacacaaacctatttagctttctaaagtaaatccta
aatccttaattattattctagtattaaatattatatatttaacaatgttt
ttatttactgatttgcactattattattttgaggtgacatttcactgttg
cccagagtactctcaaagttgtgagcagtcctcgtgtttcaacctcctta
gtagccaacacagtaagtgtgtgttaccatatcagataccaagtgtgtac
tatgttagatatacaacagataccagttaacaagctaataattaaagatt
aagaaaattaggataaagtttaacatttttgacaacattcatcttacgtt
tcaaccacctggatatatattgtaaaaataatttcatttctctaagtatg
tacatttctacttaagcatgtatagcctcaggatgaccttgtgttataaa
gaaatacatctttttctagtatctactaatgagctaatagtctctgcttc
aaatttttaacattaataagacttaatttctgaattttattttaatagtg
gccaattcgccatggtatagttgaagactgggacttaatggaaaggttta
tggagcaagtgatttttaaatatttaagggcagaacctgaagatcattac
tttcttttggtaagtacacattctgatttattggagactccccctttttc
tacatgggatatataagctcaggatggctttaaactcagtatcattctct
cttaccttcccaaatgctgggttatcaggcctgtgccttgatgcctagcc
tactaggaaaatttttaaggaacattttaatgtttctggtgtaattagca
agcatacttaatcatttaagttgtcttgtctgaaagactttgttacataa
aactaggtcattcttaaaaccgactggctgcaggtagagtaacaatgtgg
ccaagcactaaagtgtaatcttgtaaatgcttttggtggttaatatgtaa
tcattacgctttcacccgaaaatacttgtttatttccgtcacctgacaaa
tcatgggagggaagaaagttgctttcagctcagtttctgaagctaacctc
cacagtgttcgctctattgcttcggacctgtgctagtgaatagacatctc
tggaagcagctt

gaattcctacttccttctctgttccttgttcctcatgagttctgtgggca
ggaaagttaaataccatctccagctccaagatgactttccccaggtgggc
cagggtggcaccagctggtctgtctcctctctgtgttgagtggggagaac
agcagagttttcctcctttcaaaaagtcttcagcggggtctttatttcca
aactgccagagagaatttcatgaaaagacagatgctcaaatcaatagcag
catcaaagcaactatttccacactggggagaaccaccagggctgccagac
tgggaggaggaaagagttgctttgcaaagaatgagccctttccacagaca
cctgtttaagttctgagtccctcctctgttggtggttgccttcagtctcc
ctgtgctgcttatcctggaggataaaaagccttctctcatggcttccaca
gcaggttgctgctatccccagcatacaagtgtccccagcatccccttctc
tcccatcagactgagtcagggacatgctcaaacaaacctcaggtctacta
ttgtgcccaagtcgcaggaacctcaaagaccactgaggagccaatttcaa
tgcaaacccataagggtctttattaagagctctcaagcaagccaggcagt
ggtggtgcatgcctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggcggat
ttctgagttcaaggccagcctggtctacagagtgagttccaggacagcca
gggctatacagaaaaaaacttgtctcaaagcaaggactttcaccatcgct
gtcacacctggttagagtgagagccctggatctaggggtatggggtactg
acaaataggatggttagattatctattttctgcaggatatcttaggttat
ctatatgtaccttgaccctgttgttgtaacttgactggctgttgctaagg
gtgggtgaaggaagggttgccataggatgttgctcaagtggactttgtgc
acccttcaaaaatggaattggtctgggcttatactaccacattcatctct
ccgtccacatcaccagcttgctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_127307331_127308499
seq2: B6Ng01-178M09.b_43_1204 (reverse)

seq1  AAGCTGCTTCCCAGAGATGCTCTATCTCACTAGGCACAGGCTCAGAAGCA  50
      ||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||||
seq2  AAGCTGCTT-CCAGAGATG-TCTAT-TCACTA-GCACAGG-TCCGAAGCA  45

seq1  ATAGAGCCAAACAACTGTGGAGGTTAGCCTCAGAAACTGAGCTGAAAGCA  100
      ||||||| ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  ATAGAGCGAA--CACTGTGGAGGTTAGCTTCAGAAACTGAGCTGAAAGC-  92

seq1  AACTTTCTTCCCTCCCATGATTTTGTCA-GTGACGG-AATAAACAAGTAT  148
      |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  AACTTTCTTCCCTCCCATGA-TTTGTCAGGTGACGGAAATAAACAAGTAT  141

seq1  TTTCGGGTGATAGCGTAATGATTACATATTAACCACCAAAAGCATTTACA  198
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGGTGAAAGCGTAATGATTACATATTAACCACCAAAAGCATTTACA  191

seq1  AGATTACACTTTAGTGCTTGGCCACATTGTTACTCTACCTGCAGCCAGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTACACTTTAGTGCTTGGCCACATTGTTACTCTACCTGCAGCCAGTC  241

seq1  GGTTTTAAGAATGACCTAGTTTTATGTAACAAAGTCTTTCAGACAAGACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTAAGAATGACCTAGTTTTATGTAACAAAGTCTTTCAGACAAGACA  291

seq1  ACTTAAATGATTAAGTATGCTTGCTAATTACACCAGAAACATTAAAATGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAATGATTAAGTATGCTTGCTAATTACACCAGAAACATTAAAATGT  341

seq1  TCCTTAAAAATTTTCCTAGTAGGCTAGGCATCAAGGCACAGGCCTGATAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAAAATTTTCCTAGTAGGCTAGGCATCAAGGCACAGGCCTGATAA  391

seq1  CCCAGCATTTGGGAAGGTAAGAGAGAATGATACTGAGTTTAAAGCCATCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCATTTGGGAAGGTAAGAGAGAATGATACTGAGTTTAAAGCCATCC  441

seq1  TGAGCTTATATATCCCATGTAGAAAAAGGGGGAGTCTCCAATAAATCAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTATATATCCCATGTAGAAAAAGGGGGAGTCTCCAATAAATCAGA  491

seq1  ATGTGTACTTACCAAAAGAAAGTAATGATCTTCAGGTTCTGCCCTTAAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTACTTACCAAAAGAAAGTAATGATCTTCAGGTTCTGCCCTTAAAT  541

seq1  ATTTAAAAATCACTTGCTCCATAAACCTTTCCATTAAGTCCCAGTCTTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAATCACTTGCTCCATAAACCTTTCCATTAAGTCCCAGTCTTCA  591

seq1  ACTATACCATGGCGAATTGGCCACTATTAAAATAAAATTCAGAAATTAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACCATGGCGAATTGGCCACTATTAAAATAAAATTCAGAAATTAAG  641

seq1  TCTTATTAATGTTAAAAATTTGAAGCAGAGACTATTAGCTCATTAGTAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTAATGTTAAAAATTTGAAGCAGAGACTATTAGCTCATTAGTAGA  691

seq1  TACTAGAAAAAGATGTATTTCTTTATAACACAAGGTCATCCTGAGGCTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGAAAAAGATGTATTTCTTTATAACACAAGGTCATCCTGAGGCTAT  741

seq1  ACATGCTTAAGTAGAAATGTACATACTTAGAGAAATGAAATTATTTTTAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTAAGTAGAAATGTACATACTTAGAGAAATGAAATTATTTTTAC  791

seq1  AATATATATCCAGGTGGTTGAAACGTAAGATGAATGTTGTCAAAAATGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATCCAGGTGGTTGAAACGTAAGATGAATGTTGTCAAAAATGTT  841

seq1  AAACTTTATCCTAATTTTCTTAATCTTTAATTATTAGCTTGTTAACTGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTATCCTAATTTTCTTAATCTTTAATTATTAGCTTGTTAACTGGT  891

seq1  ATCTGTTGTATATCTAACATAGTACACACTTGGTATCTGATATGGTAACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTGTATATCTAACATAGTACACACTTGGTATCTGATATGGTAACA  941

seq1  CACACTTACTGTGTTGGCTACTAAGGAGGTTGAAACACGAGGACTGCTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTACTGTGTTGGCTACTAAGGAGGTTGAAACACGAGGACTGCTCA  991

seq1  CAACTTTGAGAGTACTCTGGGCAACAGTGAAATGTCACCTCAAAATAATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTGAGAGTACTCTGGGCAACAGTGAAATGTCACCTCAAAATAATA  1041

seq1  ATAGTGCAAATCAGTAAATAAAAACATTGTTAAATATATAATATTTAATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCAAATCAGTAAATAAAAACATTGTTAAATATATAATATTTAATA  1091

seq1  CTAGAATAATAATTAAGGATTTAGGATTTACTTTAGAAAGCTAAATAGGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATAATAATTAAGGATTTAGGATTTACTTTAGAAAGCTAAATAGGT  1141

seq1  TTGTGTTGAATCAAGGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTGAATCAAGGAATTC  1162


seq1: chr1_127156388_127157461
seq2: B6Ng01-178M09.g_63_1137

seq1  GAATTCCTACTTCCTTCTCTGTTCCTTGTTCCTCATGAGTTCTGTGGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACTTCCTTCTCTGTTCCTTGTTCCTCATGAGTTCTGTGGGCA  50

seq1  GGAAAGTTAAATACCATCTCCAGCTCCAAGATGACTTTCCCCAGGTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTTAAATACCATCTCCAGCTCCAAGATGACTTTCCCCAGGTGGGC  100

seq1  CAGGGTGGCACCAGCTGGTCTGTCTCCTCTCTGTGTTGAGTGGGGAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGGCACCAGCTGGTCTGTCTCCTCTCTGTGTTGAGTGGGGAGAAC  150

seq1  AGCAGAGTTTTCCTCCTTTCAAAAAGTCTTCAGCGGGGTCTTTATTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGTTTTCCTCCTTTCAAAAAGTCTTCAGCGGGGTCTTTATTTCCA  200

seq1  AACTGCCAGAGAGAATTTCATGAAAAGACAGATGCTCAAATCAATAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCAGAGAGAATTTCATGAAAAGACAGATGCTCAAATCAATAGCAG  250

seq1  CATCAAAGCAACTATTTCCACACTGGGGAGAACCACCAGGGCTGCCAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGCAACTATTTCCACACTGGGGAGAACCACCAGGGCTGCCAGAC  300

seq1  TGGGAGGAGGAAAGAGTTGCTTTGCAAAGAATGAGCCCTTTCCACAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGAGGAAAGAGTTGCTTTGCAAAGAATGAGCCCTTTCCACAGACA  350

seq1  CCTGTTTAAGTTCTGAGTCCCTCCTCTGTTGGTGGTTGCCTTCAGTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTAAGTTCTGAGTCCCTCCTCTGTTGGTGGTTGCCTTCAGTCTCC  400

seq1  CTGTGCTGCTTATCCTGGAGGATAAAAAGCCTTCTCTCATGGCTTCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTGCTTATCCTGGAGGATAAAAAGCCTTCTCTCATGGCTTCCACA  450

seq1  GCAGGTTGCTGCTATCCCCAGCATACAAGTGTCCCCAGCATCCCCTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTGCTGCTATCCCCAGCATACAAGTGTCCCCAGCATCCCCTTCTC  500

seq1  TCCCATCAGACTGAGTCAGGGACATGCTCAAACAAACCTCAGGTCTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCAGACTGAGTCAGGGACATGCTCAAACAAACCTCAGGTCTACTA  550

seq1  TTGTGCCCAAGTCGCAGGAACCTCAAAGACCACTGAGGAGCCAATTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCCAAGTCGCAGGAACCTCAAAGACCACTGAGGAGCCAATTTCAA  600

seq1  TGCAAACCCATAAGGGTCTTTATTAAGAGCTCTCAAGCAAGCCAGGCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACCCATAAGGGTCTTTATTAAGAGCTCTCAAGCAAGCCAGGCAGT  650

seq1  GGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGAT  700

seq1  TTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCA  750

seq1  GGGCTATACAGAAAAAAACTTGTCTCAAAGCAAGGACTTTCACCATCGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTATACAGAAAAAAACTTGTCTCAAAGCAAGGACTTTCACCATCGCT  800

seq1  GTCACACCTGGTTAGAGTGAGAGCCCTGGATCTAGGGGTATGGGGTACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACCTGGTTAGAGTGAGAGCCCTGGATCTAGGGGTATGGGGTACTG  850

seq1  ACAAATAGGATGGTTAGATTATCTATTTTCTGCAGGATATCTTAGGTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAGGATGGTTAGATTATCTATTTTCTGCAGGATATCTTAGGTTAT  900

seq1  CTATATGTACCTTGACCCTGTTGTTGTAACTTGACTGGCTGTTGCTAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATGTACCTTGACCCTGTTGTTGTAACTTGACTGGCTGTTGCTAAGG  950

seq1  GTGGGTGA--GGAGGGTTGCCATAGGATGTTTGCTCAAGTGGACTTTGTG  998
      ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGAAGGAAGGGTTGCCATAGGATG-TTGCTCAAGTGGACTTTGTG  999

seq1  CACCC-TCAAAAATGGAATTGGT-TGGGCTTTATACTACCACATCCCATC  1046
      ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||
seq2  CACCCTTCAAAAATGGAATTGGTCTGGGC-TTATACTACCACAT-TCATC  1047

seq1  CCTCCCCTCCACATCACCAGC-TGCTGAA  1074
       || || |||||||||||||| |||||||
seq2  TCT-CCGTCCACATCACCAGCTTGCTGAA  1075


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |