BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-179J10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 92,616,626 - 92,753,870
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol6a3
Upstream geneCentg2, Gbx2, Asb18, Iqca, Cxcr7, Cops8
Downstream geneMlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179J10.bB6Ng01-179J10.g
ACCGA006269GA006270
length714571
definitionB6Ng01-179J10.b B6Ng01-179J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,616,626 - 92,617,339)(92,753,295 - 92,753,870)
sequence
gaattcaggtgttgctacatatcacaaaaggagtttggagctatccacag
ctcctcaggtgctgtctcctttaatgttaaagacagtataaaagtgagtc
ttccatctccttcacaaaccacaaagctgatatttgagggactaagcaac
cgccctggagggtacagccaggagctccaggctttgacatggagccagca
gccaaaagagaagatttctggaaatggaccaagccatcctcaatggatta
ggcagactcctctagaggaacagaaccaatatgtacatgtgtatatatgt
gtgtatgtgtgtgcatacacacaaaggaactcattagagtgattatttat
acaaccatctgcactctggagaagctgtgaacacccacgcgaacactcat
gcacacgcacactcagacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacaacttcaagcactactggctttgtctatgtctttgtaatgttga
ctaaataaatattatctggattgcctttttgtttaagggacctctttttc
ttggggaaacagatcttcaggttgttgtttgtttgtttgttgttttgttt
tctgggactgaactggccttacattcttcaacacttatacaaggaagagc
tctcaaggataagaggccaaaaagaccctcccacaaatcaaagtcaggcc
tctgtgcctggcta
aatagcctttttgttcgcaggaatggaagatatgacaagtaagttctcag
cctaattgtgtgtgtgtgtgtgtgccttcctattgaaaatcttgtttatt
tttattttgtgtgtatgtgtgagctcctgcatgtatgtatgtatgtatga
gttcttgcatctgtgtgtgtgtaagttctgtatataagtatgtgcagcac
tttgcatgcctggtgcctatggaggccaggaggggggttggagcctgtag
aacagcagttacagtggttgtaagtggccatgtgtgtgctgggaaccgaa
ccctggacccccttcaagagcagcaggagcacttgtccaccgagccattt
ctccagcccttttggtttgtgtttgttggcttgcttgcgttgtgtttgtc
tttgcagtgttgggttccatgtgctctagcactgagctacctcctcggtc
tctgtattctttcttatatttcattgtttgtttgtttgtttttgtgagac
aggggctggcctggaacttgctatacaaccgttggtgatttttgaccccc
ctacccccaactggattcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_92616626_92617339
seq2: B6Ng01-179J10.b_44_756

seq1  GAATTCAGGTGTTGCTACATATCACAAAAGGAGTTTGGAGCTATCCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTGTTGCTACATATCACAAAAGGAGTTTGGAGCTATCCACAG  50

seq1  CTCCTCAGGTGCTGTCTCCTTTAATGTTAAAGACAGTATAAAAGTGAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGGTGCTGTCTCCTTTAATGTTAAAGACAGTATAAAAGTGAGTC  100

seq1  TTCCATCTCCTTCACAAACCACAAAGCTGATATTTGAGGGACTAAGCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCTCCTTCACAAACCACAAAGCTGATATTTGAGGGACTAAGCAAC  150

seq1  CGCCCTGGAGGGTACAGCCAGGAGCTCCAGGCTTTGACATGGAGCCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCTGGAGGGTACAGCCAGGAGCTCCAGGCTTTGACATGGAGCCAGCA  200

seq1  GCCAAAAGAGAAGATTTCTGGAAATGGACCAAGCCATCCTCAATGGATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAGAGAAGATTTCTGGAAATGGACCAAGCCATCCTCAATGGATTA  250

seq1  GGCAGACTCCTCTAGAGGAACAGAACCAATATGTACATGTGTATATATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACTCCTCTAGAGGAACAGAACCAATATGTACATGTGTATATATGT  300

seq1  GTGTATGTGTGTGCATACACACAAAGGAACTCATTAGAGTGATTATTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTGTGTGCATACACACAAAGGAACTCATTAGAGTGATTATTTAT  350

seq1  ACAACCATCTGCACTCTGGAGAAGCTGTGAACACCCACGCGAACACTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCATCTGCACTCTGGAGAAGCTGTGAACACCCACGCGAACACTCAT  400

seq1  GCACACGCACACGCAGACACACACACACACACACACACACACACACACAC  450
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACGCACACTCAGACACACACACACACACACACACACACACACACAC  450

seq1  ACACACAACTTCAAGCACTACTGGCTTTGTCTATGTCTTTGTAATGTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAACTTCAAGCACTACTGGCTTTGTCTATGTCTTTGTAATGTTGA  500

seq1  CTAAATAAATATTATCTGGATTGCCTTTTTGTTTAAGGGACCTCTTTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAAATATTATCTGGATTGCCTTTTTGTTTAAGGGACCTCTTTTTC  550

seq1  TTGGGGAAACAGATCTTCAGGTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTTTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  TTGGGGAAACAGATCTTCAGGTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTTT--GT  598

seq1  TTTCTGGGACTGAACTGGCCTTACATCCTTCAACACTTAGACAAGGAAGA  650
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCTGGGACTGAACTGGCCTTACATTCTTCAACACTTATACAAGGAAGA  648

seq1  GCTCTCAAGGATAAGAGGCC-AAAAGACCCTCCCACAAATCAAAGTCAGG  699
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCAAGGATAAGAGGCCAAAAAGACCCTCCCACAAATCAAAGTCAGG  698

seq1  CCTCTGTGCCTGGCT  714
      |||||||||||||||
seq2  CCTCTGTGCCTGGCT  713

seq1: chr1_92753295_92753870
seq2: B6Ng01-179J10.g_68_644 (reverse)

seq1  CAGGAATCCAGTTGGGGGTAGGGGGGTC-AAAATCACCAACGGTTGTATA  49
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATCCAGTTGGGGGTAGGGGGGTCAAAAATCACCAACGGTTGTATA  50

seq1  GCAAGTTCCAGGCCAGCCCCTGTCTCACAAAAACAAACAAACAAACAATG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCCAGGCCAGCCCCTGTCTCACAAAAACAAACAAACAAACAATG  100

seq1  AAATATAAGAAAGAATACAGAGACCGAGGAGGTAGCTCAGTGCTAGAGCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAGAAAGAATACAGAGACCGAGGAGGTAGCTCAGTGCTAGAGCA  150

seq1  CATGGAACCCAACACTGCAAAGACAAACACAACGCAAGCAAGCCAACAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAACCCAACACTGCAAAGACAAACACAACGCAAGCAAGCCAACAAA  200

seq1  CACAAACCAAAAGGGCTGGAGAAATGGCTCGGTGGACAAGTGCTCCTGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACCAAAAGGGCTGGAGAAATGGCTCGGTGGACAAGTGCTCCTGCT  250

seq1  GCTCTTGAAGGGGGTCCAGGGTTCGGTTCCCAGCACACACATGGCCACTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGAAGGGGGTCCAGGGTTCGGTTCCCAGCACACACATGGCCACTT  300

seq1  ACAACCACTGTAACTGCTGTTCTACAGGCTCCAACCCCCCTCCTGGCCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCACTGTAACTGCTGTTCTACAGGCTCCAACCCCCCTCCTGGCCTC  350

seq1  CATAGGCACCAGGCATGCAAAGTGCTGCACATACTTATATACAGAACTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGCACCAGGCATGCAAAGTGCTGCACATACTTATATACAGAACTTA  400

seq1  CACACACACAGATGCAAGAACTCATACATACATACATACATGCAGGAGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACAGATGCAAGAACTCATACATACATACATACATGCAGGAGCT  450

seq1  CACACATACACACAAAATAAAAATAAACAAGATTTTCAATAGGAAGGCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATACACACAAAATAAAAATAAACAAGATTTTCAATAGGAAGGCAC  500

seq1  ACACACACACACACAATTAGGCTGAGAACTTACTTGTCATATCTTCCATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACAATTAGGCTGAGAACTTACTTGTCATATCTTCCATT  550

seq1  CCTGTGACCAAAAAGGCTATTGAATTC  576
      |||| || |||||||||||||||||||
seq2  CCTGCGAACAAAAAGGCTATTGAATTC  577