BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180O01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 123,114,095 - 123,205,461
singlet/doubletdoublet
Overlap geneInsig2
Upstream geneSteap3, C1ql2, Marco, En1, AI848258
Downstream geneCcdc93, LOC100041926, Htr5b, LOC666656, Ddx18, LOC666971
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180O01.bB6Ng01-180O01.g
ACCGA007195GA007196
length1,015529
definitionB6Ng01-180O01.b B6Ng01-180O01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,114,095 - 123,115,109)(123,204,928 - 123,205,461)
sequence
gaattccacccctcaatatcttaccatgctagactggcctcagtgtgtga
gaggtatttaatacatgataaggtgaagtacataagtagacataggctgg
ttttgatcatctcacacacctcaaacatacctggaaatctccacacacta
tttttgtatccagtgaataaacgtcaggggggcagggaaaacataaatga
gaactcctatatgctctgtccctccgtgtatgcagtatgtctttcctgct
ctgcagaactgcttgtgtgcttcgtgctgtggttccacatagctctccct
cacctcccttcgcttccttggctgtttctagggctggagtaatgtacgcc
ctgtcctctgtggcatcctctcagcactgttatcttacctcaggtgtgcc
accaggctggtctcagtaccataggtttccttgagatcagagactcactg
tgtctttgtatcatatgtagctctgccaacgtacatgggacaagcagaat
aaactccgtggaagtattctttcacagaggggagggagatggaatatcta
aaagaacagcagagactgttttcttaagggttcaaatcattgctacgtgc
ataatctcactttttaaggctaatgagatttctgccaatattaacatatt
tgactatgccatttgctttacaaagtgtggataaaaatgccaaatgttaa
ctggcattaaacaacttcttttgggagtgaagtgagcaggttaaatgttt
ttattccacagctgccctgaaaataatgctccttgaagacactacagcac
aatttctcctcagtgttatacctgttggtctatgtttgggagactgtagt
gggaacttacctgaggtagagaggtaggtagatagacagatagacagaca
gacagagagatgatgggtgactagatggataggtagatgacaggtggatg
ggtggatatggtagataaatagactatatttaacctctcatgagaataaa
taatacagctgagaa

actatgcaggccaggctggccacaaatgccaaaagatccacttgcctttg
cctcagagtgctaagatcaaaggtatgcacaactatgcccagcttttaaa
actgatcttaagagagtagcacacggtggggctagggagatggctcaggg
gttaagagcactgactgttcttctggaggtcctgagttcaaatcccagca
accacatggtggctcacaaccatctgtaatgagattggatgccctcttct
ggtgtgtctgaagacagctacagtgtattcatatacataaaatacataaa
taaaacctttaaaaaaattaaaaggagagaaacatacaacagtccccgat
gccaaggattcactagcagggggttgtatgctttagtgagaatgtggtaa
tggtggggaaagtgtggtatcactggaatcaggaaatggcttcatgagca
gagaaaggagagattgccgaggcactggcaaggtcagtgagtctgctcat
gtcatccaaggtggagtctctggggtatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_123114095_123115109
seq2: B6Ng01-180O01.b_46_1060

seq1  GAATTCCACCCCTCAATATCTTACCATGCTAGACTGGCCTCAGTGTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCCTCAATATCTTACCATGCTAGACTGGCCTCAGTGTGTGA  50

seq1  GAGGTATTTAATACATGATAAGGTGAAGTACATAAGTAGACATAGGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATTTAATACATGATAAGGTGAAGTACATAAGTAGACATAGGCTGG  100

seq1  TTTTGATCATCTCACACACCTCAAACATACCTGGAAATCTCCACACACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATCATCTCACACACCTCAAACATACCTGGAAATCTCCACACACTA  150

seq1  TTTTTGTATCCAGTGAATAAACGTCAGGGGGGCAGGGAAAACATAAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTATCCAGTGAATAAACGTCAGGGGGGCAGGGAAAACATAAATGA  200

seq1  GAACTCCTATATGCTCTGTCCCTCCGTGTATGCAGTATGTCTTTCCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCTATATGCTCTGTCCCTCCGTGTATGCAGTATGTCTTTCCTGCT  250

seq1  CTGCAGAACTGCTTGTGTGCTTCGTGCTGTGGTTCCACATAGCTCTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAACTGCTTGTGTGCTTCGTGCTGTGGTTCCACATAGCTCTCCCT  300

seq1  CACCTCCCTTCGCTTCCTTGGCTGTTTCTAGGGCTGGAGTAATGTACGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCCTTCGCTTCCTTGGCTGTTTCTAGGGCTGGAGTAATGTACGCC  350

seq1  CTGTCCTCTGTGGCATCCTCTCAGCACTGTTATCTTACCTCAGGTGTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCTGTGGCATCCTCTCAGCACTGTTATCTTACCTCAGGTGTGCC  400

seq1  ACCAGGCTGGTCTCAGTACCATAGGTTTCCTTGAGATCAGAGACTCACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTGGTCTCAGTACCATAGGTTTCCTTGAGATCAGAGACTCACTG  450

seq1  TGTCTTTGTATCATATGTAGCTCTGCCAACGTACATGGGACAAGCAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTGTATCATATGTAGCTCTGCCAACGTACATGGGACAAGCAGAAT  500

seq1  AAACTCCGTGGAAGTATTCTTTCACAGAGGGGAGGGAGATGGAATATCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCGTGGAAGTATTCTTTCACAGAGGGGAGGGAGATGGAATATCTA  550

seq1  AAAGAACAGCAGAGACTGTTTTCTTAAGGGTTCAAATCATTGCTACGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACAGCAGAGACTGTTTTCTTAAGGGTTCAAATCATTGCTACGTGC  600

seq1  ATAATCTCACTTTTTAAGGCTAATGAGATTTCTGCCAATATTAACATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTCACTTTTTAAGGCTAATGAGATTTCTGCCAATATTAACATATT  650

seq1  TGACTATGCCATTTGCTTTACAAAGTGTGGATAAAAATGCCAAATGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGCCATTTGCTTTACAAAGTGTGGATAAAAATGCCAAATGTTAA  700

seq1  CTGGCATTAAACAACTTCTTTTGGGAGTGAAGTGAGCAGGTTAAATGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATTAAACAACTTCTTTTGGGAGTGAAGTGAGCAGGTTAAATGTTT  750

seq1  TTATTCCACAGCTGCCCTGAAAATAATGCTCCTTGAAGACACTACAGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCACAGCTGCCCTGAAAATAATGCTCCTTGAAGACACTACAGCAC  800

seq1  AATTTCTCCTCAGTGTTATACCTGTTGGTCTATGTTTGGGAGACTGTAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTCCTCAGTGTTATACCTGTTGGTCTATGTTTGGGAGACTGTAGT  850

seq1  GGGAACTTACCTGAGGTAGAGAGGTAGGTAGATAGACAGATAGACAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTTACCTGAGGTAGAGAGGTAGGTAGATAGACAGATAGACAGACA  900

seq1  GACAGAGAGATGATGGGTGACTAGATGGATAGGTAGATGACAGGTGGATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGAGATGATGGGTGACTAGATGGATAGGTAGATGACAGGTGGATG  950

seq1  GGTGGATAT-GTAGATAAATAGACTAATATTTAACATCTCACTGAGAATA  999
      ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||
seq2  GGTGGATATGGTAGATAAATAGACT-ATATTTAACCTCTCA-TGAGAATA  998

seq1  AATATTACAGCT-AGAA  1015
      |||| ||||||| ||||
seq2  AATAATACAGCTGAGAA  1015


seq1: chr1_123204928_123205461
seq2: B6Ng01-180O01.g_62_595 (reverse)

seq1  ATACCCCAGAGGCTCCACCTTGGCTGACCTGAGCAGACTCACTGGCCTTG  50
      ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||
seq2  ATACCCCAGAGACTCCACCTTGGATGACATGAGCAGACTCACTGACCTTG  50

seq1  CCAGTACCTCAGCAATCTCTCCTTTCTCTGCTCATGAAGCCATTTCCTGA  100
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCCTCGGCAATCTCTCCTTTCTCTGCTCATGAAGCCATTTCCTGA  100

seq1  TTCCAGTGATACCACACTTTCCCCACCATTACCACATTCTCACTAAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTGATACCACACTTTCCCCACCATTACCACATTCTCACTAAAGCA  150

seq1  TACAACCCCCTGCTAGTGAATCCTTGGCATCGGGGACTGTTGTATGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCCCCTGCTAGTGAATCCTTGGCATCGGGGACTGTTGTATGTTTC  200

seq1  TCTCCTTTTAATTTTTTTAAAGGTTTTATTTATGTATTTTATGTATATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTTAATTTTTTTAAAGGTTTTATTTATGTATTTTATGTATATGA  250

seq1  ATACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCCAATCTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCCAATCTCAT  300

seq1  TACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGAC  350

seq1  CTCCAGAAGAACAGTCAGTGCTCTTAACCCCTGAGCCATCTCCCTAGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAAGAACAGTCAGTGCTCTTAACCCCTGAGCCATCTCCCTAGCCC  400

seq1  CACCGTGTGCTACTCTCTTAAGATCAGTTTTAAAAGCTGGGCATAGTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTGTGCTACTCTCTTAAGATCAGTTTTAAAAGCTGGGCATAGTTGT  450

seq1  GCATACCTTTGATCTTAGCACTCTGAGGCAAAGGCAAGTGGATCTTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACCTTTGATCTTAGCACTCTGAGGCAAAGGCAAGTGGATCTTTTGG  500

seq1  CATTTGTGGCCAGCCTGGCCTGCATAGTGAATTC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTGGCCAGCCTGGCCTGCATAGTGAATTC  534


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |