BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181J12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 114,085,879 - 114,228,869
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666578, Dsel, LOC547247, EG626897
Downstream geneLOC666615, LOC666635
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181J12.bB6Ng01-181J12.g
ACCGA007713GA007714
length1,061774
definitionB6Ng01-181J12.b B6Ng01-181J12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,227,814 - 114,228,869)(114,085,879 - 114,086,536)
sequence
gaattcacgcctagtcactgcccatcttggggcgtagtaatggggtgatg
ggcgagcaacgaataaggagctgtcacgccacatcaggtgctgaaacgtc
acgctgcaggctatataagcagcgccaatttctgggttcggggtcttccc
cctgagaagtaagcaataaagctttttgccgcagaagattcctgagtgtg
ttcttgccggcggggacaaaagcttgggatacacattgaccacacttctt
acaataccaaaattttctaagaaaaacttttcaattccaccaaatgaaaa
tcactatgttaaaatgctacaatacttatggtttatgaggtcattaggtc
caggtttaacaaaattctacccaataacgtacattatttattattttcag
agaagtaatctttgatgtgagagcattaacattgaaatggctgtatgaac
tgaacctagatggagcactatggttatattacaacaaccaaaaaattcac
tgcaacgatttaccagaaaataaacattatgtcttatatattattttatt
tatgattatctctgagcctttgggagcagagagccagtctcctgctctca
tgtccaggttagcagggtcatctcgattgtgttgcccaggtgaagggctg
ggtctgccctcccatgtgatgcaggtgaataactggaccagctatttttc
tctcatgcttccatggatgacttacctgtaatgctaccaatcagggccaa
ttctactatatttttgctttatgttttctatttataaattaatttaagat
tatttgagaatattattgtagaaaagcctacagtagcttgtttattagac
tttattattacctttcaaaactttttggcttgaaagaagtttgacatgtg
ttgatacatttttgtttgttttatttaacaatatttaacttactcccaat
tcagcaattaacaaatacctaacacagttaatggaaatcatgttatagag
gtgaccatagactaagggaatacgttttagcttttttcttagttatgtta
ccatgacatac
gaattcatttgggagttgaagtaggttgaaaatagtgaaccaaacaaatg
aaatgagtctgaagacaaaccaaagaaggaaggagatggttcaaagggag
atgattaaatgatagcatctttagctaaaatgttcttcagctgataatac
tataaaaaaatgagcagtccattgccttaatcactcagtcaccttggaca
cataccatccctgacctcgagttatattatagagcaatggtgataaaaac
ttcacgggattgatacagaaacaagaaagtagatcaatgaattgaattga
agacccagaaatgaactcacacatctacggtcacttgacctttgacaaag
aaactaaaatcattcaatggaaaaaagacagcatcttcaacaaatggtaa
tggttcaactggaggtctgcatgtagaagaatgcaaacctatccatacct
agctccttgaacaaagctcaagtataagtggatgaaggacctccacataa
accagatacactgaatctaaaagaagagaaagtgcggaaaattcttgaac
acttttagcacagaacagaacaacaatggattatgctttaagaacaacaa
tcaacaaatgggacctcataaaagtgaaaagcttctgtaaagcagggaca
tggtcaataggacaaaaatggcaactcacagattgggagaagatatttac
caaccctatatctaatagagaactaatatccaaaatataccaaaaaaaaa
gaaaacacaaacaaacaaacaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_114227814_114228869
seq2: B6Ng01-181J12.b_42_1102 (reverse)

seq1  GTATGTCATGGTAACATAACTAAG-AAAAAGCTAAAACGTATTCCTTTAG  49
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTATGTCATGGTAACATAACTAAGAAAAAAGCTAAAACGTATTCCCTTAG  50

seq1  TCTATGGTCACCTCTATAACATGATTTCCATT-ACTGTGTTAGGTATTTG  98
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTATGGTCACCTCTATAACATGATTTCCATTAACTGTGTTAGGTATTTG  100

seq1  TT-ATTGCTGAATT-GGAGTAAGTTAAATATTTGTTAAATAAAACAAACA  146
      || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGCTGAATTGGGAGTAAGTTAAATA-TTGTTAAATAAAACAAACA  149

seq1  AAAATGTATCAACACATGTCAAACTTCTTTCAAGCC-AAAAGTTTTG-AA  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  AAAATGTATCAACACATGTCAAACTTCTTTCAAGCCAAAAAGTTTTGAAA  199

seq1  GGTAATAATAAAGTCTAATAAACAAGCTACTGTAGGCTTTTCTACAATAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATAATAAAGTCTAATAAACAAGCTACTGTAGGCTTTTCTACAATAA  249

seq1  TATTCTCAAATAATCTTAAATTAATTTATAAATAGAAAACATAAAGCAAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCAAATAATCTTAAATTAATTTATAAATAGAAAACATAAAGCAAA  299

seq1  AATATAGTAGAATTGGCCCTGATTGGTAGCATTACAGGTAAGTCATCCAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGTAGAATTGGCCCTGATTGGTAGCATTACAGGTAAGTCATCCAT  349

seq1  GGAAGCATGAGAGAAAAATAGCTGGTCCAGTTATTCACCTGCATCACATG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCATGAGAGAAAAATAGCTGGTCCAGTTATTCACCTGCATCACATG  399

seq1  GGAGGGCAGACCCAGCCCTTCACCTGGGCAACACAATCGAGATGACCCTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCAGACCCAGCCCTTCACCTGGGCAACACAATCGAGATGACCCTG  449

seq1  CTAACCTGGACATGAGAGCAGGAGACTGGCTCTCTGCTCCCAAAGGCTCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTGGACATGAGAGCAGGAGACTGGCTCTCTGCTCCCAAAGGCTCA  499

seq1  GAGATAATCATAAATAAAATAATATATAAGACATAATGTTTATTTTCTGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAATCATAAATAAAATAATATATAAGACATAATGTTTATTTTCTGG  549

seq1  TAAATCGTTGCAGTGAATTTTTTGGTTGTTGTAATATAACCATAGTGCTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCGTTGCAGTGAATTTTTTGGTTGTTGTAATATAACCATAGTGCTC  599

seq1  CATCTAGGTTCAGTTCATACAGCCATTTCAATGTTAATGCTCTCACATCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGGTTCAGTTCATACAGCCATTTCAATGTTAATGCTCTCACATCA  649

seq1  AAGATTACTTCTCTGAAAATAATAAATAATGTACGTTATTGGGTAGAATT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTACTTCTCTGAAAATAATAAATAATGTACGTTATTGGGTAGAATT  699

seq1  TTGTTAAACCTGGACCTAATGACCTCATAAACCATAAGTATTGTAGCATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAACCTGGACCTAATGACCTCATAAACCATAAGTATTGTAGCATT  749

seq1  TTAACATAGTGATTTTCATTTGGTGGAATTGAAAAGTTTTTCTTAGAAAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATAGTGATTTTCATTTGGTGGAATTGAAAAGTTTTTCTTAGAAAA  799

seq1  TTTTGGTATTGTAAGAAGTGTGGTCAATGTGTATCCCAAGCTTTTGTCCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTATTGTAAGAAGTGTGGTCAATGTGTATCCCAAGCTTTTGTCCC  849

seq1  CGCCGGCAAGAACACACTCAGGAATCTTCTGCGGCAAAAAGCTTTATTGC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCGGCAAGAACACACTCAGGAATCTTCTGCGGCAAAAAGCTTTATTGC  899

seq1  TTACTTCTCAGGGGGAAGACCCCGAACCCAGAAATTGGCGCTGCTTATAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTCAGGGGGAAGACCCCGAACCCAGAAATTGGCGCTGCTTATAT  949

seq1  AGCCTGCAGCGTGACGTTTCAGCACCTGATGTGGCGTGACAGCTCCTTAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCAGCGTGACGTTTCAGCACCTGATGTGGCGTGACAGCTCCTTAT  999

seq1  TCGTTGCTCGCCCATCACCCCATTACTACGCCCCAAGATGGGCAGTGACT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTGCTCGCCCATCACCCCATTACTACGCCCCAAGATGGGCAGTGACT  1049

seq1  AGGCGTGAATTC  1056
      ||||||||||||
seq2  AGGCGTGAATTC  1061

seq1: chr1_114085879_114086536
seq2: B6Ng01-181J12.g_65_722

seq1  GAATTCATTTGGGAGTTGAAGTAGGTTGAAAATAGTGAACCAAACAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGGGAGTTGAAGTAGGTTGAAAATAGTGAACCAAACAAATG  50

seq1  AAATGAGTCTGAAGACAAACCAAAGAAGGAAGGAGATGGTTCAAAGGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTCTGAAGACAAACCAAAGAAGGAAGGAGATGGTTCAAAGGGAG  100

seq1  ATGATTAAATGATAGCATCTTTAGCTAAAATGTTCTTCAGCTGATAATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTAAATGATAGCATCTTTAGCTAAAATGTTCTTCAGCTGATAATAC  150

seq1  TATAAAAAAATGAGCAGTCCATTGCCTTAATCACTCAGTCACCTTGGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAAAATGAGCAGTCCATTGCCTTAATCACTCAGTCACCTTGGACA  200

seq1  CATACCATCCCTGACCTCAAGTTATATTATAGAGCAATGGTGATAAAAAC  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCATCCCTGACCTCGAGTTATATTATAGAGCAATGGTGATAAAAAC  250

seq1  TTCACGGGATTGATACAGAAACAAGAAAGTAGATCAATGAATTGAATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACGGGATTGATACAGAAACAAGAAAGTAGATCAATGAATTGAATTGA  300

seq1  AGACCCAGAAATGAACTCACACATCTACGGTCACTTGACCTTTGACAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAGAAATGAACTCACACATCTACGGTCACTTGACCTTTGACAAAG  350

seq1  AAACTAAAATCATTCAATGGAAAAAAGACAGCATCTTCAACAAATGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAAATCATTCAATGGAAAAAAGACAGCATCTTCAACAAATGGTAA  400

seq1  TGGTTCAACTGGAGGTCTGCATGTAGAAGAATGCAAACCTATCCATACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCAACTGGAGGTCTGCATGTAGAAGAATGCAAACCTATCCATACCT  450

seq1  AGCTCCTTGAACAAAGCTCAAGTATAAGTGGATGAAGGACCTCCACATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTGAACAAAGCTCAAGTATAAGTGGATGAAGGACCTCCACATAA  500

seq1  ACCAGATACACTGAATCTAAAAGAAGAGAAAGTGCGGAAAATTCTTGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATACACTGAATCTAAAAGAAGAGAAAGTGCGGAAAATTCTTGAAC  550

seq1  ACTTTTAGCACAGAACAGAACAACAATGGATTATGCTTTAAGAACAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAGCACAGAACAGAACAACAATGGATTATGCTTTAAGAACAACAA  600

seq1  TCAACAAATGGGACCTCATAAAAGTGAAAAGCTTCTGTAAAGCAGGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAATGGGACCTCATAAAAGTGAAAAGCTTCTGTAAAGCAGGGACA  650

seq1  TGGTCAAT  658
      ||||||||
seq2  TGGTCAAT  658