BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183J09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,931,761 - 170,082,617
singlet/doubletdoublet
Overlap genePbx1
Upstream geneC030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg, Lmx1a, LOC100039879
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183J09.bB6Ng01-183J09.g
ACCGA009172GA009173
length1,1691,092
definitionB6Ng01-183J09.b B6Ng01-183J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,081,447 - 170,082,617)(169,931,761 - 169,932,844)
sequence
gaattcactgaagccatacagaactacaggaaggaataagtcaaaaatgt
gtgatgccaaaaatactaatcaaatatatttcccgctatgcaataattta
agacatgttccagtcatggtacctctcccagtattgtgacctagggatcc
agatctttgttgcttatcacccacacatgtcatctaccatacttagccag
caggaagaaggggtgtgaaggaggtttactcacttcttgaaaatcttgat
caagacttgcatttagatttctaagtctaaggactagggataatagtgga
agcctagaaaactattccctagctaggcaaccacttcctcatagtaacac
cacatgatacctttttaaatgactggccaagtgaccaagagtaaaaacaa
aagacgaatctatatgcctgtgtcattgagtagacacatgtcaagtgaat
atatggctagccaccattctagacaaggttacattatgcctcagttgtaa
aggttgagaaatgggcatggtagcatgtaggatatgtaccccaatattgc
cctttcaagggagaggaaacagaagtacttttgctatgaaagtgtgagaa
tgcaaaagagaaaacaaaacaagcaaacaggctctccaacatcttccaat
gaatcagatgtgaatattttattaaaaagtacccagagagaaattaaaac
tttaaaataaagtcttccttctcttataaattaaaattgtctctaacctt
gaacctcggcaccaaacctggggtttctgggaggagggagctactgagag
tggcaaaagccttgcccgcatcttcaggatggcacaccttttgttcatat
agctgcctcaaagagtcaggctggcaaccaggagtcatctaagagactgt
atgtaggctagttcattcatgctgggactgaacatcttacactatatcat
ttataaataacaatatcatactgttcatggttctgaatgggcaggagctg
gcagatcttataggagctgcttatggacagcacttcgtcatggatttccc
caggctcttctagaaaagcaacagtatcattttagatgcttttcactctt
tgaccacacctcaatgccttggcctcacataaaagcagaactttccagca
tagaatacagagttcacag
gaattctccatgtaattgtgctgtgtggaccagaccccttggatgtaaga
tgaagttccacataaaaatgttgtatctagagcaccatgcaacgccaaca
tagtctaatggagctgcagtatacggtgtggtccacattgctagagaacc
gtacaaagcatccttatgcaatcttggcattttctctcttcaccaataaa
caaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaatataaaataaaagagaga
gggatggtgaaaagtgaacaagtttgaaaatggtgtaaagtttctttaag
aaatgtctacagattaaataaatgtaattatgtatggctatttatcttta
atggatgtctcagaaacagaatcctaagagacgctgcttcgctattgtgg
ttgcctgtttgggtattatgagcaagaaaacaattgctttattcaaacca
ttaatgaaatgtcattgccaatctccctccgactgcatcatgtgcttttt
attctttgtgttaaaaataaagaaatatagaacggactgtttccagatat
catcttgttcctataaaaacaagctgtgttctaatggcaagctttatcct
gatttcttatgtataaatttcactataaaaacaatcagacatctaaatct
gttcacaataaatctgaatgataatttttttccttgaaaaaaaaaaccac
tatgtccaataatacctgctaattttcatgatgagtaagtgatttttttt
taccccttcttttcccctttctttgttttacatttgtttctgtacatgga
gatagtctttgtaattaacatttttctccctgtggccttatgctttcttc
gctggatcctgatacatgtgtggtgatcccaggctttgaaagcaaatact
cttaagaaatggtaggttgatattggctaacatttcctggaatgatcttg
aaaatacagtatctggcatattttgtagtatgctttaataaacattggcc
tcatgttatcaacacatgcttggccagctgagatgtggcagaagctatat
taaacctcttaaacttaattgaatgtggctatttaccccctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_170081447_170082617
seq2: B6Ng01-183J09.b_45_1213 (reverse)

seq1  CTGTGGACTCTGTATTCTATGCTGGAA--GTCTGCCTTTTATGTGAGG-C  47
      ||||| |||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| |
seq2  CTGTGAACTCTGTATTCTATGCTGGAAAGTTCTG-CTTTTATGTGAGGCC  49

seq1  AAGGCATTTGAGGTGTGGTTCAAAGAGTGAAAAGCATCTAAAATGATACT  97
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCA-TTGAGGTGTGG-TCAAAGAGTGAAAAGCATCTAAAATGATACT  97

seq1  GTTGCTTTTCTAGAAGAGGCCTGGGGAAATCCATGACGAAGGTGCTGTCC  147
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTGCTTTTCTAGAAGA-GCCTGGGGAAATCCATGACGAA-GTGCTGTCC  145

seq1  ATAAGCAGCTCCTATAAGATCTGCCAGCTCCTGGCCATTCAGAACCATGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAGCTCCTATAAGATCTGCCAGCTCCTGCCCATTCAGAACCATGA  195

seq1  ACAGTATGATATTGTTATTTATAAATGATATAGTGTAAGATGTTCAGTCC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATGATATTGTTATTTATAAATGATATAGTGTAAGATGTTCAGTCC  245

seq1  CAGCATGAATGAACTAGCCTACATACAGTCTCTTAGATGACTCCTGGTTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGAATGAACTAGCCTACATACAGTCTCTTAGATGACTCCTGGTTG  295

seq1  CCAGCCTGACTCTTTGAGGCAGCTATATGAACAAAAGGTGTGCCATCCTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGACTCTTTGAGGCAGCTATATGAACAAAAGGTGTGCCATCCTG  345

seq1  AAGATGCGGGCAAGGCTTTTGCCACTCTCAGTAGCTCCCTCCTCCCAGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCGGGCAAGGCTTTTGCCACTCTCAGTAGCTCCCTCCTCCCAGAA  395

seq1  ACCCCAGGTTTGGTGCCGAGGTTCAAGGTTAGAGACAATTTTAATTTATA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGGTTTGGTGCCGAGGTTCAAGGTTAGAGACAATTTTAATTTATA  445

seq1  AGAGAAGGAAGACTTTATTTTAAAGTTTTAATTTCTCTCTGGGTACTTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGGAAGACTTTATTTTAAAGTTTTAATTTCTCTCTGGGTACTTTT  495

seq1  TAATAAAATATTCACATCTGATTCATTGGAAGATGTTGGAGAGCCTGTTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAATATTCACATCTGATTCATTGGAAGATGTTGGAGAGCCTGTTT  545

seq1  GCTTGTTTTGTTTTCTCTTTTGCATTCTCACACTTTCATAGCAAAAGTAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTTTGTTTTCTCTTTTGCATTCTCACACTTTCATAGCAAAAGTAC  595

seq1  TTCTGTTTCCTCTCCCTTGAAAGGGCAATATTGGGGTACATATCCTACAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTCCTCTCCCTTGAAAGGGCAATATTGGGGTACATATCCTACAT  645

seq1  GCTACCATGCCCATTTCTCAACCTTTACAACTGAGGCATAATGTAACCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCATGCCCATTTCTCAACCTTTACAACTGAGGCATAATGTAACCTT  695

seq1  GTCTAGAATGGTGGCTAGCCATATATTCACTTGACATGTGTCTACTCAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGAATGGTGGCTAGCCATATATTCACTTGACATGTGTCTACTCAAT  745

seq1  GACACAGGCATATAGATTCGTCTTTTGTTTTTACTCTTGGTCACTTGGCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGGCATATAGATTCGTCTTTTGTTTTTACTCTTGGTCACTTGGCC  795

seq1  AGTCATTTAAAAAGGTATCATGTGGTGTTACTATGAGGAAGTGGTTGCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTAAAAAGGTATCATGTGGTGTTACTATGAGGAAGTGGTTGCCT  845

seq1  AGCTAGGGAATAGTTTTCTAGGCTTCCACTATTATCCCTAGTCCTTAGAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGGAATAGTTTTCTAGGCTTCCACTATTATCCCTAGTCCTTAGAC  895

seq1  TTAGAAATCTAAATGCAAGTCTTGATCAAGATTTTCAAGAAGTGAGTAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATCTAAATGCAAGTCTTGATCAAGATTTTCAAGAAGTGAGTAAA  945

seq1  CCTCCTTCACACCCCTTCTTCCTGCTGGCTAAGTATGGTAGATGACATGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCACACCCCTTCTTCCTGCTGGCTAAGTATGGTAGATGACATGT  995

seq1  GTGGGTGATAAGCAACAAAGATCTGGATCCCTAGGTCACAATACTGGGAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGATAAGCAACAAAGATCTGGATCCCTAGGTCACAATACTGGGAG  1045

seq1  AGGTACCATGACTGGAACATGTCTTAAATTATTGCATAGCGGGAAATATA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCATGACTGGAACATGTCTTAAATTATTGCATAGCGGGAAATATA  1095

seq1  TTTGATTAGTATTTTTGGCATCACACATTTTTGACTTATTCCTTCCTGTA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTAGTATTTTTGGCATCACACATTTTTGACTTATTCCTTCCTGTA  1145

seq1  GTTCTGTATGGCTTCAGTGAATTC  1171
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTATGGCTTCAGTGAATTC  1169

seq1: chr1_169931761_169932844
seq2: B6Ng01-183J09.g_67_1158

seq1  GAATTCTCCATGTAATTGTGCTGTGTGGACCAGACCCCTTGGATGTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATGTAATTGTGCTGTGTGGACCAGACCCCTTGGATGTAAGA  50

seq1  TGAAGTTCCACATAAAAATGTTGTATCTAGAGCACCATGCAACGCCAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTCCACATAAAAATGTTGTATCTAGAGCACCATGCAACGCCAACA  100

seq1  TAGTCTAATGGAGCTGCAGTATACGGTGTGGTCCACATTGCTAGAGAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTAATGGAGCTGCAGTATACGGTGTGGTCCACATTGCTAGAGAACC  150

seq1  GTACAAAGCATCCTTATGCAATCTTGGCATTTTCTCTCTTCACCAATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAAGCATCCTTATGCAATCTTGGCATTTTCTCTCTTCACCAATAAA  200

seq1  CAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAATATAAAATAAAAGAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAATATAAAATAAAAGAGAGA  250

seq1  GGGATGGTGAAAAGTGAACAAGTTTGAAAATGGTGTAAAGTTTCTTTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGTGAAAAGTGAACAAGTTTGAAAATGGTGTAAAGTTTCTTTAAG  300

seq1  AAATGTCTACAGATTAAATAAATGTAATTATGTATGGCTATTTATCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTACAGATTAAATAAATGTAATTATGTATGGCTATTTATCTTTA  350

seq1  ATGGATGTCTCAGAAACAGAATCCTAAGAGACGCTGCTTCGCTATTGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTCTCAGAAACAGAATCCTAAGAGACGCTGCTTCGCTATTGTGG  400

seq1  TTGCCTGTTTGGGTATTATGAGCAAGAAAACAATTGCTTTATTCAAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGTTTGGGTATTATGAGCAAGAAAACAATTGCTTTATTCAAACCA  450

seq1  TTAATGAAATGTCATTGCCAATCTCCCTCCGACTGCATCATGTGCTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAAATGTCATTGCCAATCTCCCTCCGACTGCATCATGTGCTTTTT  500

seq1  ATTCTTTGTGTTAAAAATAAAGAAATATAGAACGGACTGTTTCCAGATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTGTGTTAAAAATAAAGAAATATAGAACGGACTGTTTCCAGATAT  550

seq1  CATCTTGTTCCTATAAAAACAAGCTGTGTTCTAATGGCAAGCTTTATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGTTCCTATAAAAACAAGCTGTGTTCTAATGGCAAGCTTTATCCT  600

seq1  GATTTCTTATGTATAAATTTCACTATAAAAACAATCAGACATCTAAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTTATGTATAAATTTCACTATAAAAACAATCAGACATCTAAATCT  650

seq1  GTTCACAATAAATCTGAATGATAATTTTTTTCCTTGAAAAAAAAAACCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACAATAAATCTGAATGATAATTTTTTTCCTTGAAAAAAAAAACCAC  700

seq1  TATGTCCAATAATACCTGCTAATTTTCATGATGAGTAAGTGATTTTTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCCAATAATACCTGCTAATTTTCATGATGAGTAAGTGATTTTTTTT  750

seq1  TACCCCTTCTTTTCCCCTTTCTTTGTTTTACATTTGTTTCTGTACATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTTCTTTTCCCCTTTCTTTGTTTTACATTTGTTTCTGTACATGGA  800

seq1  GATAGTCTTTGTAATTAACA-TTTTCTCCCTGTGGCCTTATGCTTTCTTC  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCTTTGTAATTAACATTTTTCTCCCTGTGGCCTTATGCTTTCTTC  850

seq1  GCTGGATCCTGATACATGTGTGGTGATCCCAGGCTTTGAAAGCAAATACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATCCTGATACATGTGTGGTGATCCCAGGCTTTGAAAGCAAATACT  900

seq1  CTTAAGAAATGGTAGGTTGATATTGGCTAACATTTCCTGGAATGATC-TG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTAAGAAATGGTAGGTTGATATTGGCTAACATTTCCTGGAATGATCTTG  950

seq1  AAAATACAGTATCTGGCATAATTTGTAGTATGCTTT-ATAAACATT-GCC  996
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  AAAATACAGTATCTGGCATATTTTGTAGTATGCTTTAATAAACATTGGCC  1000

seq1  TCATG-TATCAACACATGCCTGGCCAAGCTGAGATGTGGCAG-AGCTATA  1044
      ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TCATGTTATCAACACATGCTTGGCC-AGCTGAGATGTGGCAGAAGCTATA  1049

seq1  TT-AACCTCTTTAAAACTAAT--GATGTGG-TATTTACCCCCTG  1084
      || |||||| |||||  ||||   |||||| |||||||||||||
seq2  TTAAACCTC-TTAAACTTAATTGAATGTGGCTATTTACCCCCTG  1092