BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183K22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 195,413,697 - 195,538,283
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHhat, A730013G03Rik, Sertad4, LOC100039677, Syt14, AA408296, Irf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g
Downstream geneLOC667208, EG623172, Plxna2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183K22.bB6Ng01-183K22.g
ACCGA009246GA009247
length1,1461,172
definitionB6Ng01-183K22.b B6Ng01-183K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(195,413,697 - 195,414,839)(195,537,118 - 195,538,283)
sequence
gaattctgtggtagatttggcaggcagagaataaatcagaggtctatacc
ctgactgttaaggagaataggaggctaattaccaagattgcaagctcatt
aacaaagccacaagccacagaatcagaggtagagggcacacactcactgt
tagtgggaccttattggtgagaattgcactttgtttcgaggacttggtag
catgttttaaggctgggtcagggtctgcacaaacacacacacacataagc
cccagtgtctaccaggactttcagaacagcctcatagcaggctccctggc
attttggcattgctgtggtgatatttggtactggcttgtgaaatacaaac
ctgccctacaaaggccatgctcctgtcagaccatgtgagaacccaacatg
tccctattggggatgggtaattatggaggccagactcacaggacccaagg
cgagctttctgttatcctgtgctttcatgtgcatttgaaggagacactga
agttgcatagcaaccaacacatttctagatcatgaggagctctccaaggc
accgatgacacagactgcccgatggcaactaggttgagacaggaggatgc
cactctcctgaatgcttaaggcaggtgttggacatctgtgtctctgctgg
attccatgtctcccagaaggctcaatcagaagctagactttaaacctcac
cccgagacacagagtaattacagggtgggtgtgcttttaagctggagaca
ggggaatgagttttaaagagggaacgtgagatttctcgatttagtttact
tgaaatacctggtaaagagtttcagattctaaaatagatggtagctgaca
tttgcttaagtttagaggatgatgtagctttcttggtctctgaaaaagag
taaaatctactttagactcccaccagccaacttcatagcaacattttggg
gctgtgaggatgaatctgaggcagggactggacattgtggaatgccgggg
agcctggaaatcaagctggtggccatgcctcctcagctgagacattagat
attgttagggccctccccaccccaacccctgtgcagctcggtctctgtaa
cagcttctgctgcctggctcagaaacaacacactctggagcctgca
gaattctggcctctttgttgggtcacactggtattttctgcctgttactc
acagtcatcctatttatttacacaatacctgacatcttctctagctccat
gagaatcagctccatgagaattgaggttttgtttttctttttcctttttc
tttatttttaaagatttatttatttaatgtatgtgagtacactgtcactc
ttcaggcacaccagaagagggcatcagactctactacaaatggctgtaag
ccaccatgtggtttctgggaattaaactcaggacctctagaagagcagtc
agtgctcttaaccactgagccatctctcccgcctggggttttgtttttct
attgttggaattcagacagtgagaacctcaagtacagcactcataggact
aaggtagactacaaaaaaagcattaataccaaatatgcctcttgtctcca
tgggaataagagagtttattctaatacaaatataagtgaccctgatgtga
gaactggatttgggttgtcctaccaaaatgacatgttctattgtataaga
ggttacatgaacttttcataggcacagaacaaaagaaaaccataaatcaa
ggcatttacaaatgaaatggtgggaacatcaggtaggtaggttacaacac
agtgggatcctatctaatgacatccttagcatctttgatagcagaagaaa
gtattctgctgagttaataggatttaaatgctttacctgataacctcaag
gatattaggtcagacacagaggtgggaatgaatggctaatgagagaagta
aagatagctcaccatcttcagcctcccagcttttcacactcatgaaattc
tacctggctaatcagccttggagaatccttaaccataaatatgggattcc
cctgatcccctggggaacttcagttctcaaagatagggaataagtaggca
aacttcacagtgggctagagtgaactatagagcccatatttatttgcagg
acatcaagtacccactcatacagaaaagaaaactcataccaacctagcta
ggacagcatgtctggccagcaatgaaccactaactgtcttttgcctctct
tgtgaatagatatctgtcttaccacgttgtcagttgctacatcatacatc
agagccaggaacatttctaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_195413697_195414839
seq2: B6Ng01-183K22.b_45_1190

seq1  GAATTCTGTGGTAGATTTGGCAGGCAGAGAATAAATCAGAGGTCTATACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGTAGATTTGGCAGGCAGAGAATAAATCAGAGGTCTATACC  50

seq1  CTGACTGTTAAGGAGAATAGGAGGCTAATTACCAAGATTGCAAGCTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGTTAAGGAGAATAGGAGGCTAATTACCAAGATTGCAAGCTCATT  100

seq1  AACAAAGCCACAAGCCACAGAATCAGAGGTAGAGGGCACACACTCACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGCCACAAGCCACAGAATCAGAGGTAGAGGGCACACACTCACTGT  150

seq1  TAGTGGGACCTTATTGGTGAGAATTGCACTTTGTTTCGAGGACTTGGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGACCTTATTGGTGAGAATTGCACTTTGTTTCGAGGACTTGGTAG  200

seq1  CATGTTTTAAGGCTGGGTCAGGGTCTGCACAAACACACACACACATAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTAAGGCTGGGTCAGGGTCTGCACAAACACACACACACATAAGC  250

seq1  CCCAGTGTCTACCAGGACTTTCAGAACAGCCTCATAGCAGGCTCCCTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGTCTACCAGGACTTTCAGAACAGCCTCATAGCAGGCTCCCTGGC  300

seq1  ATTTTGGCATTGCTGTGGTGATATTTGGTACTGGCTTGTGAAATACAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGCATTGCTGTGGTGATATTTGGTACTGGCTTGTGAAATACAAAC  350

seq1  CTGCCCTACAAAGGCCATGCTCCTGTCAGACCATGTGAGAACCCAACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTACAAAGGCCATGCTCCTGTCAGACCATGTGAGAACCCAACATG  400

seq1  TCCCTATTGGGGATGGGTAATTATGGAGGCCAGACTCACAGGACCCAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTATTGGGGATGGGTAATTATGGAGGCCAGACTCACAGGACCCAAGG  450

seq1  CGAGCTTTCTGTTATCCTGTGCTTTCATGTGCATTTGAAGGAGACACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTTTCTGTTATCCTGTGCTTTCATGTGCATTTGAAGGAGACACTGA  500

seq1  AGTTGCATAGCAACCAACACATTTCTAGATCATGAGGAGCTCTCCAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCATAGCAACCAACACATTTCTAGATCATGAGGAGCTCTCCAAGGC  550

seq1  ACCGATGACACAGACTGCCCGATGGCAACTAGGTTGAGACAGGAGGATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGATGACACAGACTGCCCGATGGCAACTAGGTTGAGACAGGAGGATGC  600

seq1  CACTCTCCTGAATGCTTAAGGCAGGTGTTGGACATCTGTGTCTCTGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCCTGAATGCTTAAGGCAGGTGTTGGACATCTGTGTCTCTGCTGG  650

seq1  ATTCCATGTCTCCCAGAAGGCTCAATCAGAAGCTAGACTTTAAACCTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATGTCTCCCAGAAGGCTCAATCAGAAGCTAGACTTTAAACCTCAC  700

seq1  CCCGAGACACAGAGTAATTACAGGGTGGGTGTGCTTTTAAGCTGGAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGACACAGAGTAATTACAGGGTGGGTGTGCTTTTAAGCTGGAGACA  750

seq1  GGGGAATGAGTTTTAAAGAGGGAACGTGAGATTTCTCGATTTAGTTTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATGAGTTTTAAAGAGGGAACGTGAGATTTCTCGATTTAGTTTACT  800

seq1  TGAAATACCTGGTAAAGAGTTTCAGATTCTAAAATAGATGGTAGCTGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATACCTGGTAAAGAGTTTCAGATTCTAAAATAGATGGTAGCTGACA  850

seq1  TTTGCTTAAGTTTAGAGGATGATGTAGCTTTCTTGGTCTCTGAAAAAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTAAGTTTAGAGGATGATGTAGCTTTCTTGGTCTCTGAAAAAGAG  900

seq1  TAAAATCTACTTTAGACTCCCACCAGCCAACTTCATAGCAACA-TTTGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAAAATCTACTTTAGACTCCCACCAGCCAACTTCATAGCAACATTTTGGG  950

seq1  GCTGTGAGGATGAATCTGAGGCAGGGACTGGACATTTGTGGAATGCC-GG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  GCTGTGAGGATGAATCTGAGGCAGGGACTGGACA-TTGTGGAATGCCGGG  999

seq1  GAGCCTGGAAATCAAGCT-GTGG-CATG-CTCCTCAGCTGAGACATTAGA  1045
      |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GAGCCTGGAAATCAAGCTGGTGGCCATGCCTCCTCAGCTGAGACATTAG-  1048

seq1  ATATTGTTAGGGCCCT-CCCACCCCAACCCCTGTGGCAGCTCCGGTCTCT  1094
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  ATATTGTTAGGGCCCTCCCCACCCCAACCCCTGT-GCAGCT-CGGTCTCT  1096

seq1  GT-ACAGCTCCTGCTTGCTTGCCTCAGAAACAACACACTCT-GAGCCTGC  1142
      || |||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTAACAGCTTCTGC-TGCCTGGCTCAGAAACAACACACTCTGGAGCCTGC  1145

seq1  A  1143
      |
seq2  A  1146

seq1: chr1_195537118_195538283
seq2: B6Ng01-183K22.g_64_1235 (reverse)

seq1  TTTTAGATATG-TCTTGGCTTCTGATGTATGATGGGTAGCCAACTGACAA  49
      ||||||| ||| || |||| |||||||||||||  |||| ||||||||||
seq2  TTTTAGAAATGTTCCTGGC-TCTGATGTATGAT--GTAG-CAACTGACAA  46

seq1  AGTGGT-AGACAGATA-CTA-TCAC-AGAGAGGC-AAAGACAGTTAGT-G  93
       ||||| ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||| |
seq2  CGTGGTAAGACAGATATCTATTCACAAGAGAGGCAAAAGACAGTTAGTGG  96

seq1  TTCATTGCT-GCCAGACATGCTGGTCCTAGCTAGGTTTGGTTATGAGGTT  142
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  | |||||| ||
seq2  TTCATTGCTGGCCAGACATGCT-GTCCTAGCTAGGTT--GGTATGAGTTT  143

seq1  TCTTTCCTGTATGAGTGGGTACTTGATGTCCTGCAA--TAATAT-GGCTC  189
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||
seq2  TCTTTTCTGTATGAGTGGGTACTTGATGTCCTGCAAATAAATATGGGCTC  193

seq1  TATAGTTCACTCTAG-CCACTGTGAAGTTTGCCTACTTATTCCCTATCTT  238
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTCACTCTAGCCCACTGTGAAGTTTGCCTACTTATTCCCTATCTT  243

seq1  TGAGAACTGAAGTT-CCCAGGGGATCAGGGGAATCCCATATTTATGGTTA  287
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACTGAAGTTCCCCAGGGGATCAGGGGAATCCCATATTTATGGTTA  293

seq1  AGGATTCTCCAAGGCTGATTAGCCAGGTAGAATTTCATGAGTGTGAAAAG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCTCCAAGGCTGATTAGCCAGGTAGAATTTCATGAGTGTGAAAAG  343

seq1  CTGGGAGGCTGAAGATGGTGAGCTATCTTTACTTCTCTCATTAGCCATTC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGGCTGAAGATGGTGAGCTATCTTTACTTCTCTCATTAGCCATTC  393

seq1  ATTCCCACCTCTGTGTCTGACCTAATATCCTTGAGGTTATCAGGTAAAGC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCACCTCTGTGTCTGACCTAATATCCTTGAGGTTATCAGGTAAAGC  443

seq1  ATTTAAATCCTATTAACTCAGCAGAATACTTTCTTCTGCTATCAAAGATG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATCCTATTAACTCAGCAGAATACTTTCTTCTGCTATCAAAGATG  493

seq1  CTAAGGATGTCATTAGATAGGATCCCACTGTGTTGTAACCTACCTACCTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGATGTCATTAGATAGGATCCCACTGTGTTGTAACCTACCTACCTG  543

seq1  ATGTTCCCACCATTTCATTTGTAAATGCCTTGATTTATGGTTTTCTTTTG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCCACCATTTCATTTGTAAATGCCTTGATTTATGGTTTTCTTTTG  593

seq1  TTCTGTGCCTATGAAAAGTTCATGTAACCTCTTATACAATAGAACATGTC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGCCTATGAAAAGTTCATGTAACCTCTTATACAATAGAACATGTC  643

seq1  ATTTTGGTAGGACAACCCAAATCCAGTTCTCACATCAGGGTCACTTATAT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTAGGACAACCCAAATCCAGTTCTCACATCAGGGTCACTTATAT  693

seq1  TTGTATTAGAATAAACTCTCTTATTCCCATGGAGACAAGAGGCATATTTG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTAGAATAAACTCTCTTATTCCCATGGAGACAAGAGGCATATTTG  743

seq1  GTATTAATGCTTTTTTTGTAGTCTACCTTAGTCCTATGAGTGCTGTACTT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAATGCTTTTTTTGTAGTCTACCTTAGTCCTATGAGTGCTGTACTT  793

seq1  GAGGTTCTCACTGTCTGAATTCCAACAATAGAAAAACAAAACCCCAGGCG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCTCACTGTCTGAATTCCAACAATAGAAAAACAAAACCCCAGGCG  843

seq1  GGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCTAGAGGTCCT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCTAGAGGTCCT  893

seq1  GAGTTTAATTCCCAGAAACCACATGGTGGCTTACAGCCATTTGTAGTAGA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTAATTCCCAGAAACCACATGGTGGCTTACAGCCATTTGTAGTAGA  943

seq1  GTCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGCCTGAAGAGTGACAGTGTACTCACATA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGCCTGAAGAGTGACAGTGTACTCACATA  993

seq1  CATTAAATAAATAAATCTTTAAAAATAAAGAAAAAGGAAAAAGAAAAACA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATAAATAAATCTTTAAAAATAAAGAAAAAGGAAAAAGAAAAACA  1043

seq1  AAACCTCAATTCTCATGGAGCTGATTCTCATGGAGCTAGAGAAGATGTCA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCAATTCTCATGGAGCTGATTCTCATGGAGCTAGAGAAGATGTCA  1093

seq1  GGTATTGTGTAAATAAATAGGATGACTGTGAGTAACAGGCAGAAAATACC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTGTGTAAATAAATAGGATGACTGTGAGTAACAGGCAGAAAATACC  1143

seq1  AGTGTGACCCAACAAAGAGGCCAGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGACCCAACAAAGAGGCCAGAATTC  1172