BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183L20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 159,787,428 - 159,971,055
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRalgps2, Angptl1, 4930439D14Rik, 1700057K13Rik, Rasal2, Gabarapl2-ps1_1522.1, 2810025M15Rik, BC026585, Lztr2, LOC664935, LOC100039217
Downstream gene6430517E21Rik, Astn1, Pappa2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183L20.bB6Ng01-183L20.g
ACCGA009289GA009290
length1,0911,100
definitionB6Ng01-183L20.b B6Ng01-183L20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(159,969,976 - 159,971,055)(159,787,428 - 159,788,525)
sequence
gaattcctttacaccattgtctcttgagatttatttagaatatgtggaat
ctacttccctgcagtgattctttctctccaccttaaagaaggagtcaatc
tcttgttcagtcattttctcttgttcaattctcacataaatcacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacatgcacccatacatctatac
atacactggtcctcgtggaatgaaaattaacatgaaactgttctattcaa
ggaaccaagactctgttatcacaccccacaaagtgttaagttgcaatttc
caccatgtggtgctactcaaagcagcaaaagaaggggagaactctgaaaa
ggcacaatgcaagtgagcctggaaatgttgagggtctgttctcacgctgc
ctctctccaccagcaccctcacccatgccgtatggcatgctacaactgtt
cagagaaatgagctcacacagtgagcacacacccctttggctctcctcta
gacctagaaacattcacaaaacacagagagaggggatacctcgtcatgca
tctcatgatcaagaggaggtcttgaggaaacaacagcctaagagtgaagg
tccagaccccttgtctgaatacatctgccatcacaaccagcctcaaggaa
gcaccatgacctaaggttttttagggacagagaggccttactgaagatcc
ctgctgaggaaccctgagatagcaggcaggtagtctgtagactcttgctc
tgatgaactgatgaccacagctggtttattaggttgccaagttgatcatg
agactttacaactgctcccatacagacattacctcatgaacctggatagc
cttatgacttgtgggaagccaaaagtgaagcagtatgagctctgatctca
gactcgagagtcttgtcagcttctgggctgctctttagctaaactgaaac
cacatgaaagacatcagtagcctgatagatgactgggagacaaatggctt
ccccgcccctttccaacaggcagctgactggcaagacaatgtgaggtggg
agcttgaagctggactgcccagctgaatctaggatgtgaga

gaattccttgattctacaattaatgctaagaggctataattgtccagaag
aactcaggtactttctatagtgcttttgtcaaatgtgaaaatatagagtc
aaaagcttgcctatttttgatggacatgagagaagcccctaggaagcaca
aaaccaagaaaccaagatgagctcagttgcactgaaaatattcacagcaa
gtgacagctaccttggaatcgaaatgattttcatggtcaggaagaactag
aaatgcctgaggcctgggatccctggctcatactgtgaaaatgagatggc
tgagttagtgagggtagcaggtgagaagtgtggatcacatgtgacaggct
gcacttgctcagagcaagcagctgagacagtgacaacccctgaaaccctt
cactccatatggcccatcacctctaattcttcatgtcggtaggtcacaag
gtcctgagaatctggctttgccttttggttcttcccagcctattttctgt
tccccccaccgtgtgtgtttatgtatgtgcagatatgcatgcatgtgtct
gtatatgtagatgtctgtacattgaggataaccttaggtatcatcctcag
atataccttccatctcttttgagacaaagtctctcattggtctggaggtc
tgccaattaggctgtgttttttggccatggggccattgggatggtcctgg
tcatgccttttccctctgaaccccctagctttcagcacttggattataag
tgtatgtcaccatgcctatcattttttacactggttctgggcacttggga
attaagtacttgtgctaataaggcatgtacatttctgactgactgaccat
ccctgtagcctggtttctgcatttttcctaaagacagctgagaaggagtg
ggtgcggcttcagctagtagatttaatgaccaagaaccagttttgtctat
gactcatgctaatcatcacagagtttcctcttttattttatgtctaaccc
aggatactttttataccctggtattaataaggatgtcactcaaggtattg
tgtgctacactgttctgttattgtagtctttgcatctttgtaccattgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_159969976_159971055
seq2: B6Ng01-183L20.b_48_1138 (reverse)

seq1  TCTCACAT-CTAGATTCAGCT-GGCAGTCCAGGCTTC-AGCTCC--ACTC  45
      |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||   |||
seq2  TCTCACATCCTAGATTCAGCTGGGCAGTCCA-GCTTCAAGCTCCCACCTC  49

seq1  ACATTGTC-TGCCAGTCAGCTGCCTGTTGG-AAGGGGC-GGGAAGCCATT  92
      |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  ACATTGTCTTGCCAGTCAGCTGCCTGTTGGAAAGGGGCGGGGAAGCCATT  99

seq1  TGTCT-CCAGTCATCTATCAGGCTACTGATGTCTTTCATGTGGTTTCAGT  141
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCCAGTCATCTATCAGGCTACTGATGTCTTTCATGTGGTTTCAGT  149

seq1  TTAGCT-AAGAGCAG-CCAGAAGCTGACAAGACTCTCGAGTCTGAGATCA  189
      |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAAAGAGCAGCCCAGAAGCTGACAAGACTCTCGAGTCTGAGATCA  199

seq1  GAGCTCATACTGCTTCACTTTTGGCTT-CCACAAGTCATAAGGCTATCCA  238
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCATACTGCTTCACTTTTGGCTTCCCACAAGTCATAAGGCTATCCA  249

seq1  GGTTCATGAGGTAATGTCTGTATGGGAGCAGTTGTAAAGTCTCATGATCA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATGAGGTAATGTCTGTATGGGAGCAGTTGTAAAGTCTCATGATCA  299

seq1  ACTTGGCAACCTAATAAACCAGCTGTGGTCATCAGTTCATCAGAGCAAGA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCAACCTAATAAACCAGCTGTGGTCATCAGTTCATCAGAGCAAGA  349

seq1  GTCTACAGACTACCTGCCTGCTATCTCAGGGTTCCTCAGCAGGGATCTTC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAGACTACCTGCCTGCTATCTCAGGGTTCCTCAGCAGGGATCTTC  399

seq1  AGTAAGGCCTCTCTGTCCCTAAAAAACCTTAGGTCATGGTGCTTCCTTGA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGGCCTCTCTGTCCCTAAAAAACCTTAGGTCATGGTGCTTCCTTGA  449

seq1  GGCTGGTTGTGATGGCAGATGTATTCAGACAAGGGGTCTGGACCTTCACT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGTTGTGATGGCAGATGTATTCAGACAAGGGGTCTGGACCTTCACT  499

seq1  CTTAGGCTGTTGTTTCCTCAAGACCTCCTCTTGATCATGAGATGCATGAC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGCTGTTGTTTCCTCAAGACCTCCTCTTGATCATGAGATGCATGAC  549

seq1  GAGGTATCCCCTCTCTCTGTGTTTTGTGAATGTTTCTAGGTCTAGAGGAG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATCCCCTCTCTCTGTGTTTTGTGAATGTTTCTAGGTCTAGAGGAG  599

seq1  AGCCAAAGGGGTGTGTGCTCACTGTGTGAGCTCATTTCTCTGAACAGTTG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAGGGGTGTGTGCTCACTGTGTGAGCTCATTTCTCTGAACAGTTG  649

seq1  TAGCATGCCATACGGCATGGGTGAGGGTGCTGGTGGAGAGAGGCAGCGTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGCCATACGGCATGGGTGAGGGTGCTGGTGGAGAGAGGCAGCGTG  699

seq1  AGAACAGACCCTCAACATTTCCAGGCTCACTTGCATTGTGCCTTTTCAGA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGACCCTCAACATTTCCAGGCTCACTTGCATTGTGCCTTTTCAGA  749

seq1  GTTCTCCCCTTCTTTTGCTGCTTTGAGTAGCACCACATGGTGGAAATTGC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCCCTTCTTTTGCTGCTTTGAGTAGCACCACATGGTGGAAATTGC  799

seq1  AACTTAACACTTTGTGGGGTGTGATAACAGAGTCTTGGTTCCTTGAATAG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAACACTTTGTGGGGTGTGATAACAGAGTCTTGGTTCCTTGAATAG  849

seq1  AACAGTTTCATGTTAATTTTCATTCCACGAGGACCAGTGTATGTATAGAT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTTCATGTTAATTTTCATTCCACGAGGACCAGTGTATGTATAGAT  899

seq1  GTATGGGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  949

seq1  GATTTATGTGAGAATTGAACAAGAGAAAATGACTGAACAAGAGATTGACT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATGTGAGAATTGAACAAGAGAAAATGACTGAACAAGAGATTGACT  999

seq1  CCTTCTTTAAGGTGGAGAGAAAGAATCACTGCAGGGAAGTAGATTCCACA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTAAGGTGGAGAGAAAGAATCACTGCAGGGAAGTAGATTCCACA  1049

seq1  TATTCTAAATAAATCTCAAGAGACAATGGTGTAAAGGAATTC  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTAAATAAATCTCAAGAGACAATGGTGTAAAGGAATTC  1091


seq1: chr1_159787428_159788525
seq2: B6Ng01-183L20.g_68_1167

seq1  GAATTCCTTGATTCTACAATTAATGCTAAGAGGCTATAATTGTCCAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGATTCTACAATTAATGCTAAGAGGCTATAATTGTCCAGAAG  50

seq1  AACTCAGGTACTTTCTATAGTGCTTTTGTCAAATGTGAAAATATAGAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGTACTTTCTATAGTGCTTTTGTCAAATGTGAAAATATAGAGTC  100

seq1  AAAAGCTTGCCTATTTTTGATGGACATGAGAGAAGCCCCTAGGAAGCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTTGCCTATTTTTGATGGACATGAGAGAAGCCCCTAGGAAGCACA  150

seq1  AAACCAAGAAACCAAGATGAGCTCAGTTGCACTGAAAATATTCACAGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGAAACCAAGATGAGCTCAGTTGCACTGAAAATATTCACAGCAA  200

seq1  GTGACAGCTACCTTGGAATCGAAATGATTTTCATGGTCAGGAAGAACTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGCTACCTTGGAATCGAAATGATTTTCATGGTCAGGAAGAACTAG  250

seq1  AAATGCCTGAGGCCTGGGATCCCTGGCTCATACTGTGAAAATGAGATGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCTGAGGCCTGGGATCCCTGGCTCATACTGTGAAAATGAGATGGC  300

seq1  TGAGTTAGTGAGGGTAGCAGGTGAGAAGTGTGGATCACATGTGACAGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAGTGAGGGTAGCAGGTGAGAAGTGTGGATCACATGTGACAGGCT  350

seq1  GCACTTGCTCAGAGCAAGCAGCTGAGACAGTGACAACCCCTGAAACCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGCTCAGAGCAAGCAGCTGAGACAGTGACAACCCCTGAAACCCTT  400

seq1  CACTCCATATGGCCCATCACCTCTAATTCTTCATGTCGGTAGGTCACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCATATGGCCCATCACCTCTAATTCTTCATGTCGGTAGGTCACAAG  450

seq1  GTCCTGAGAATCTGGCTTTGCCTTTTGGTTCTTCCCAGCCTATTTTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGAATCTGGCTTTGCCTTTTGGTTCTTCCCAGCCTATTTTCTGT  500

seq1  TCCCCCCACCGTGTGTGTTTATGTATGTGCAGATATGCATGCATGTGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCACCGTGTGTGTTTATGTATGTGCAGATATGCATGCATGTGTCT  550

seq1  GTATATGTAGATGTCTGTACATTGAGGATAACCTTAGGTATCATCCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTAGATGTCTGTACATTGAGGATAACCTTAGGTATCATCCTCAG  600

seq1  ATATACCTTCCATCTCTTTTGAGACAAAGTCTCTCATTGGTCTGGAGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCTTCCATCTCTTTTGAGACAAAGTCTCTCATTGGTCTGGAGGTC  650

seq1  TGCCAATTAGGCTGTGTTTTTTGGCCATGGGGCCATTGGGATGGTCCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATTAGGCTGTGTTTTTTGGCCATGGGGCCATTGGGATGGTCCTGG  700

seq1  TCATGCCTTTTCCCTCTGAACCCCCTAGCTTTCAGCACTTGGATTATAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTTTTCCCTCTGAACCCCCTAGCTTTCAGCACTTGGATTATAAG  750

seq1  TGTATGTCACCATGCCTATCATTTTTTACACTGGTTCTGGGCACTT-GGA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTATGTCACCATGCCTATCATTTTTTACACTGGTTCTGGGCACTTGGGA  800

seq1  ATTAAGTACTTGTGCTAATAAGGCATGTACATTTCTGACTGACTGACCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTACTTGTGCTAATAAGGCATGTACATTTCTGACTGACTGACCAT  850

seq1  CCCTGTAGCCTGGTTTCTGCATTTTTCCTAAAGACAGCTGAGAAGGAGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTAGCCTGGTTTCTGCATTTTTCCTAAAGACAGCTGAGAAGGAGTG  900

seq1  GGTGCGGCTTCAGCTAGTAGATTTAATGACCAAGAA-CAG-TTTGTCTAT  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  GGTGCGGCTTCAGCTAGTAGATTTAATGACCAAGAACCAGTTTTGTCTAT  950

seq1  GACTCATGCT-ATCATCACAGAG-TTCCTC-TTTATTTTATGTCTTACCC  994
      |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GACTCATGCTAATCATCACAGAGTTTCCTCTTTTATTTTATGTCTAACCC  1000

seq1  AGGATACTTTTTATACCCTGTAATTAATAAGGGATGTCACTCAGGGTA-T  1043
      ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |
seq2  AGGATACTTTTTATACCCTGGTATTAATAA-GGATGTCACTCAAGGTATT  1049

seq1  GTGTGCTTACACTTGTTCTGTTATTGTAGTCTTTGCAATCTTTTGTACCA  1093
      |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  GTGTGC-TACAC-TGTTCTGTTATTGTAGTCTTTGC-ATC-TTTGTACCA  1095

seq1  TTGCT  1098
      |||||
seq2  TTGCT  1100


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |