BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184I24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 157,715,923 - 157,858,413
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCep350, LOC676894, Tor1aip1
Upstream geneLOC671336, Ier5, Mr1, Stx6, EG667867, BC034090, Xpr1, EG433367, Acbd6, Lhx4, Qscn6
Downstream geneIfrg15, Tor1aip2, A230106N23Rik, Tdrd5, Nphs2, 9430070O13Rik, LOC100038991, Soat1, LOC100039026, Abl2, Tor3a, C530043G21Rik, LOC433368, Ralgps2, Angptl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184I24.bB6Ng01-184I24.g
ACCGA009907GA009908
length8471,097
definitionB6Ng01-184I24.b B6Ng01-184I24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(157,857,571 - 157,858,413)(157,715,923 - 157,717,001)
sequence
gaattcactacatagctgaagctggccttaaactcttgatgctattggct
ttaccttccaagtgctgaggttacaggcatgctggtaaaggcatcttgct
taaattcttagaatttgaataaagtgtcatgcattagtcattagaaaata
ctgattcactaaggtatcagattttcactgggcatggtgggaatctgaag
taggggagtcatacctgactacagagtgagacttcatctttgaagcagta
tatgcagccaggggtctcccaggggtaatcccagcactcaggaggaaaag
acatgaggatcacccaggagtttgaatcagcctggtctacatagtgaatt
tcagactagtcaaggttacatagtgagacctcctctcatgaaaacaaagc
aaatggtatgtgcattttctgaatgttgacacactatgtacagttataaa
gattgcatttgttaatgtcactatcaaactcaagatctttcaagagctaa
atattgctaggagtggtgatgcatgcctgtaatcccagtcctagggatga
tagttgtgtagtgaggagcagtgggaggcctggcatgagttcagtgccct
gactcacaaaatattattaactgagttaaaaaataagggtctggtgagat
ggctcagctggtaaaggctcttgtacacaggtctgaatctgagttcagtc
attgtcttagtcagggtttctattcctgcacaaacatcatgaccaagaag
caagttggggaggaaaggggtttattcagcttacacttccacattgctgt
tcatcacccaaggaagtcaggactggtacttcaagcatgtccaggaa
gaattcatcataagtctacgtttggaagagtgagagaagttattatgcac
actgttctaaagggtattttattattttaccctttccagagctgaggacc
gaacccagggccttgcgcttgctaaagggtattttaaatcataagaatat
ttaaaatttttaaatagcgtaatttaaatattcaactagtaaaaagacag
actataaagattccctccctgctccccgccacatcttcaccactatagga
aatgaagcaagaaattatagtttcaatccaaaaatattatgagtgataac
cacccaggcacgctgaaatcgttaacttgttatatgctattttctacagt
agacactattactttgtggctttggggtgtgtgcattggtgattgaggtt
ggtagctttagctgaccttgaattcactatgtagagcaggacttgaattc
acagagacccatctgcctctgcctcctcctagtactgggactaaagactt
gagttacaacactgccttgtatgttgttttgtttctgaggttcactggct
gtaaatttcttaagaaatagaagttaggggaaattgagtacaactagtca
gaaggtcagaatcactaccactgctgcctgcttattaaaatgcccactct
ttactaaccaccagaactttaatacatcgtaactatcactagtatggcat
tcaagatggaccgtctctctagtacatgtctctttccacttggagggcta
acctcacttgtgtaactattatgtgtagtagctcaaaaaaagctcagcac
tttttattcaggcttgtatttatgtctggcctaaactagactaaaaagat
ttctagttcatacatctttagagaatgaaagaatgattggatggatccct
gcctaattattacaaattcttaatgtctggactaaaaatcccttactaat
aggtagaatactcttatcttccatattaacccttcatcggaaattaccaa
tgattgacaaattttaggtattaatcattaactaaaccatataatgcatg
gcctgggccatctagcttaggtcctttataggaaggctataggctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_157857571_157858413
seq2: B6Ng01-184I24.b_45_891 (reverse)

seq1  TTCCT-GACCTGCTTG-AGTTCCAGTCCTGACTTCCTT-GGTGATGAACA  47
      ||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTCCTGGACATGCTTGAAGTACCAGTCCTGACTTCCTTGGGTGATGAACA  50

seq1  GCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAA-CCCTTTCCTCCCCAACTTGCTT  96
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCCTTTCCTCCCCAACTTGCTT  100

seq1  CTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAATGAC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAATGAC  150

seq1  TGAACTCAGATTCAGACCTGTGTACAAGAGCCTTTACCAGCTGAGCCATC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCAGATTCAGACCTGTGTACAAGAGCCTTTACCAGCTGAGCCATC  200

seq1  TCACCAGACCCTTATTTTTTAACTCAGTTAATAATATTTTGTGAGTCAGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGACCCTTATTTTTTAACTCAGTTAATAATATTTTGTGAGTCAGG  250

seq1  GCACTGAACTCATGCCAGGCCTCCCACTGCTCCTCACTACACAACTATCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAACTCATGCCAGGCCTCCCACTGCTCCTCACTACACAACTATCA  300

seq1  TCCCTAGGACTGGGATTACAGGCATGCATCACCACTCCTAGCAATATTTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGGACTGGGATTACAGGCATGCATCACCACTCCTAGCAATATTTA  350

seq1  GCTCTTGAAAGATCTTGAGTTTGATAGTGACATTAACAAATGCAATCTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGAAAGATCTTGAGTTTGATAGTGACATTAACAAATGCAATCTTT  400

seq1  ATAACTGTACATAGTGTGTCAACATTCAGAAAATGCACATACCATTTGCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGTACATAGTGTGTCAACATTCAGAAAATGCACATACCATTTGCT  450

seq1  TTGTTTTCATGAGAGGAGGTCTCACTATGTAACCTTGACTAGTCTGAAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCATGAGAGGAGGTCTCACTATGTAACCTTGACTAGTCTGAAAT  500

seq1  TCACTATGTAGACCAGGCTGATTCAAACTCCTGGGTGATCCTCATGTCTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATGTAGACCAGGCTGATTCAAACTCCTGGGTGATCCTCATGTCTT  550

seq1  TTCCTCCTGAGTGCTGGGATTACCCCTGGGAGACCCCTGGCTGCATATAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTGAGTGCTGGGATTACCCCTGGGAGACCCCTGGCTGCATATAC  600

seq1  TGCTTCAAAGATGAAGTCTCACTCTGTAGTCAGGTATGACTCCCCTACTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAAAGATGAAGTCTCACTCTGTAGTCAGGTATGACTCCCCTACTT  650

seq1  CAGATTCCCACCATGCCCAGTGAAAATCTGATACCTTAGTGAATCAGTAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCCCACCATGCCCAGTGAAAATCTGATACCTTAGTGAATCAGTAT  700

seq1  TTTCTAATGACTAATGCATGACACTTTATTCAAATTCTAAGAATTTAAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAATGACTAATGCATGACACTTTATTCAAATTCTAAGAATTTAAGC  750

seq1  AAGATGCCTTTACCAGCATGCCTGTAACCTCAGCACTTGGAAGGTAAAGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCCTTTACCAGCATGCCTGTAACCTCAGCACTTGGAAGGTAAAGC  800

seq1  CAATAGCATCAAGAGTTTAAGGCCAGCTTCAGCTATGTAGTGAATTC  843
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGCATCAAGAGTTTAAGGCCAGCTTCAGCTATGTAGTGAATTC  847

seq1: chr1_157715923_157717001
seq2: B6Ng01-184I24.g_68_1164

seq1  GAATTCATCATAAGTCTACGTTTGGAAGAGTGAGAGAAGTTATTATGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATAAGTCTACGTTTGGAAGAGTGAGAGAAGTTATTATGCAC  50

seq1  ACTGTTCTAAAGGGTATTTTATTATTTTACCCTTTCCAGAGCTGAGGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCTAAAGGGTATTTTATTATTTTACCCTTTCCAGAGCTGAGGACC  100

seq1  GAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAAAGGGTATTTTAAATCATAAGAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAAAGGGTATTTTAAATCATAAGAATAT  150

seq1  TTAAAATTTTTAAATAGCGTAATTTAAATATTCAACTAGTAAAAAGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTTTTAAATAGCGTAATTTAAATATTCAACTAGTAAAAAGACAG  200

seq1  ACTATAAAGATTCCCTCCCTGCTCCCCGCCACATCTTCACCACTATAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAAAGATTCCCTCCCTGCTCCCCGCCACATCTTCACCACTATAGGA  250

seq1  AATGAAGCAAGAAATTATAGTTTCAATCCAAAAATATTATGAGTGATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCAAGAAATTATAGTTTCAATCCAAAAATATTATGAGTGATAAC  300

seq1  CACCCAGGCACGCTGAAATCGTTAACTTGTTATATGCTATTTTCTACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGGCACGCTGAAATCGTTAACTTGTTATATGCTATTTTCTACAGT  350

seq1  AGACACTATTACTTTGTGGCTTTGGGGTGTGTGCATTGGTGATTGAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTATTACTTTGTGGCTTTGGGGTGTGTGCATTGGTGATTGAGGTT  400

seq1  GGTAGCTTTAGCTGACCTTGAATTCACTATGTAGAGCAGGACTTGAATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCTTTAGCTGACCTTGAATTCACTATGTAGAGCAGGACTTGAATTC  450

seq1  ACAGAGACCCATCTGCCTCTGCCTCCTCCTAGTACTGGGACTAAAGACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACCCATCTGCCTCTGCCTCCTCCTAGTACTGGGACTAAAGACTT  500

seq1  GAGTTACAACACTGCCTTGTATGTTGTTTTGTTTCTGAGGTTCACTGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACAACACTGCCTTGTATGTTGTTTTGTTTCTGAGGTTCACTGGCT  550

seq1  GTAAATTTCTTAAGAAATAGAAGTTAGGGGAAATTGAGTACAACTAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTTCTTAAGAAATAGAAGTTAGGGGAAATTGAGTACAACTAGTCA  600

seq1  GAAGGTCAGAATCACTACCACTGCTGCCTGCTTATTAAAATGCCCACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCAGAATCACTACCACTGCTGCCTGCTTATTAAAATGCCCACTCT  650

seq1  TTACTAACCACCAGAACTTTAATACATCGTAACTATCACTAGTATGGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAACCACCAGAACTTTAATACATCGTAACTATCACTAGTATGGCAT  700

seq1  TCAAGATGGACCGTCTCTCTAGTACATGTCTC-TTCCACTTGGAGGGCTA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGGACCGTCTCTCTAGTACATGTCTCTTTCCACTTGGAGGGCTA  750

seq1  ACCTCACTTGTGTAACTATTATGTGTAGTAGCTC-AAAAAAGCTCAGCAC  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACCTCACTTGTGTAACTATTATGTGTAGTAGCTCAAAAAAAGCTCAGCAC  800

seq1  TTTTTATTCAGGC-TGTATTTATGTCTGGCCTAAACTAGACTAAAAAGAT  847
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTCAGGCTTGTATTTATGTCTGGCCTAAACTAGACTAAAAAGAT  850

seq1  TTCTAGTCAATACATCTTTAGAGAATGAAAGAATGA-TGGATGGATCCTT  896
      |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  TTCTAGTTCATACATCTTTAGAGAATGAAAGAATGATTGGATGGATCCCT  900

seq1  G-CTAATTATTACAAATTCTTAATGTCTGGACT-AAAATCCC-TACTAAA  943
      | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||
seq2  GCCTAATTATTACAAATTCTTAATGTCTGGACTAAAAATCCCTTACT-AA  949

seq1  TAGGTAGATAACTCTTATCTTCCATATTA--CCTTCATCGG-AATTACCA  990
      ||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||
seq2  TAGGTAGAATACTCTTATCTTCCATATTAACCCTTCATCGGAAATTACCA  999

seq1  ATGATTTGACAAATTTTA-GTATTAATCATTAACTAAA-CATAT-ATGCA  1037
      |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  ATGA-TTGACAAATTTTAGGTATTAATCATTAACTAAACCATATAATGCA  1048

seq1  TG--CTGGGCCATCTAGC-TAGGT-CTTTATA-GAAGG-TATA-GCTAC  1079
      ||  |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||| |||||
seq2  TGGCCTGGGCCATCTAGCTTAGGTCCTTTATAGGAAGGCTATAGGCTAC  1097