BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185A04
Chromosome1 (Build37)4 (Build37)
Map Location 105,136,846 - 105,137,89680,998,030 - 80,999,024
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041056, LOC100041067
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185A04.bB6Ng01-185A04.g
ACCGA010237GA010238
length1,102995
definitionB6Ng01-185A04.b B6Ng01-185A04.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,136,846 - 105,137,896)(80,998,030 - 80,999,024)
sequence
gaattctggaatgcttgggtctaccatctacaaagatgaagagacctgga
ggtgagctagaaggtctgatttatagtacattagtggaattacaggaaga
tataggtgatctctgttttatttttggctctatctgtagggtcattccag
agccattgttgcagccttgtaggtgagaaactattgctggggaagtctgc
aaactgttgctgatctattgtgcttgcagaaggccaggtggtagggcatc
ttctgaggcctggacttgcatggacttgtctggacttgtttgaacttgca
cagttcttggaaacagaaatttaggcctagtttcctgaattgtcagtttt
aaatctgtcatggagtctgcctaaccttctcaaagaatagtatgttgtta
tacaactaccacaataaaatcttcatgaaaccattatcaggatagaatat
gcaattggtaacctaatctatgttttcaggccacagtcacactctataac
caactatgttgtagcacttttgaggtgaaagctgagggttttttaatatt
ctcactagctgatccaacattcatcattatctgtgatcctcacaactgtc
atcatctcattctgatttcactgatgaaccactgaagctcaagatagcaa
gaccacccagatatgtactctatagaaccatgacattcccttttgtgaat
cagaactttctactaacattcatgccttggtttttttttttttttttttt
tttttgtttttatttgttttattttttacacattctttctgtcgttgagt
tttaatagagaagttgccctttgaataagtgttagagggaacattggtaa
ttcattcctatttcaaggaataagtgctatgaccactgagatcccttctt
ttttgtcttgaaattaattaagcctagttcctattattttttcaagaata
acaatggtctctcattatgttagtcctgtaaacttttttgtaatatccag
ttgtgcctttcaaaaccctctgttatcctatttcacgagtcactgagtca
gcatgcttcagtcatgctcttaccagtaacattgctgtataccttggagt
gg

gaattcaataatacttgttttccaaaactgaatgtcagttgatgtctgtt
taaatactcagcacagtttctatggaaagttttgctttaaaaatgaccta
ataaaacaattggtcaagatttaataactatgttaagtcccttgcaggct
agcatcctgttatagtgcattctcagcctgctacccggatgaaatggtca
ggactgactgattctccaggaaacagtgtgtgtcctggtacaggggaagt
tgtgtttgttataaacctttgtttactttatatacaaaacacacctactg
gatttcatggcagtagaaagtggccccacaccctacaggtctctgctttg
tagcactgccataagttatttgcccacatggccacgtctgttttgtgatg
gtttggagaagagcttatgattgaaagctaaccgaggcagtaggatgaga
acaactgcagagcatcagtgaaggaatctctggctcttaggaatgaaaga
tatgcctttaccatattagggaccatatgaaagtagaaggaaaatggcag
taaggtagaggacttggggctgtgaagtacaacaggagttctctgttaaa
ctgcatttgctattacagctgtcagaaacatcagcattggcttctctgta
tacatcattatccattaaagtagtgtggtaatgagcaaccttaaattttg
tattaaatttaagaaatatagcgttcagccaggcgtggtggtgcacacct
ttaatcccagcactcaggaggcagaggcaggcagatttctgagttaaagg
ccagcctggtctacaaagtgagttctaggacagccagagctatacagaga
aaccctgtctcaaaaaaaacaaatatacacacacacacacacacacacac
acacacatatatatgtgtatatatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatacatacatatatgtgtgtgtatgtatatatacata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_105136846_105137896
seq2: B6Ng01-185A04.b_89_1144 (reverse)

seq1  CCACTCC-AGGTATACAGCAATGTTACTGGTAAGAGCCATGACTTTGAAG  49
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||
seq2  CCACTCCAAGGTATACAGCAATGTTACTGGTAAGAG-CATGAC--TGAAG  47

seq1  CATGCTGAACCTCAGTGACTCGTGAAATAAGATAACAGAGGGTTTTGAAA  99
      ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGA--CTCAGTGACTCGTGAAATAGGATAACAGAGGGTTTTGAAA  95

seq1  GGCACACCTGAATA-TACAAAAA--GTTACAGGACTAACATAATGAGAGA  146
      |||||| ||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAACTGGATATTACAAAAAAGTTTACAGGACTAACATAATGAGAGA  145

seq1  ACAATGGTA-TCTTG-AAAAATAATAGGAACTA-GCTTAATTAATTTCAA  193
       || || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCATTGTTATTCTTGAAAAAATAATAGGAACTAGGCTTAATTAATTTCAA  195

seq1  GAC-AAAAAGAAGGGATCTCAGTGGTCATAGCAC-TATTCCCTGAAATAG  241
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GACAAAAAAGAAGGGATCTCAGTGGTCATAGCACTTATTCCTTGAAATAG  245

seq1  GAATGAATTACCAAATGTTCCCTCTAACACTTAT--CAAGGGCAACTTCT  289
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  GAATGAATTACC-AATGTTCCCTCTAACACTTATTCAAAGGGCAACTTCT  294

seq1  CTATTAAAACTCAACGACAGAAAGAATGTGTAAAAAATAAAACAAATAAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAAACTCAACGACAGAAAGAATGTGTAAAAAATAAAACAAATAAA  344

seq1  AACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAGGCATGAATGTTAGTAGA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAGGCATGAATGTTAGTAGA  394

seq1  AAGTTCTGATTCACAAAAGGGAATGTCATGGTTCTATAGAGTACATATCT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTGATTCACAAAAGGGAATGTCATGGTTCTATAGAGTACATATCT  444

seq1  GGGTGGTCTTGCTATCTTGAGCTTCAGTGGTTCATCAGTGAAATCAGAAT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTCTTGCTATCTTGAGCTTCAGTGGTTCATCAGTGAAATCAGAAT  494

seq1  GAGATGATGACAGTTGTGAGGATCACAGATAATGATGAATGTTGGATCAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGATGACAGTTGTGAGGATCACAGATAATGATGAATGTTGGATCAG  544

seq1  CTAGTGAGAATATTAAAAAACCCTCAGCTTTCACCTCAAAAGTGCTACAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGAGAATATTAAAAAACCCTCAGCTTTCACCTCAAAAGTGCTACAA  594

seq1  CATAGTTGGTTATAGAGTGTGACTGTGGCCTGAAAACATAGATTAGGTTA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTGGTTATAGAGTGTGACTGTGGCCTGAAAACATAGATTAGGTTA  644

seq1  CCAATTGCATATTCTATCCTGATAATGGTTTCATGAAGATTTTATTGTGG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTGCATATTCTATCCTGATAATGGTTTCATGAAGATTTTATTGTGG  694

seq1  TAGTTGTATAACAACATACTATTCTTTGAGAAGGTTAGGCAGACTCCATG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTATAACAACATACTATTCTTTGAGAAGGTTAGGCAGACTCCATG  744

seq1  ACAGATTTAAAACTGACAATTCAGGAAACTAGGCCTAAATTTCTGTTTCC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTTAAAACTGACAATTCAGGAAACTAGGCCTAAATTTCTGTTTCC  794

seq1  AAGAACTGTGCAAGTTCAAACAAGTCCAGACAAGTCCATGCAAGTCCAGG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTGTGCAAGTTCAAACAAGTCCAGACAAGTCCATGCAAGTCCAGG  844

seq1  CCTCAGAAGATGCCCTACCACCTGGCCTTCTGCAAGCACAATAGATCAGC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAAGATGCCCTACCACCTGGCCTTCTGCAAGCACAATAGATCAGC  894

seq1  AACAGTTTGCAGACTTCCCCAGCAATAGTTTCTCACCTACAAGGCTGCAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTTGCAGACTTCCCCAGCAATAGTTTCTCACCTACAAGGCTGCAA  944

seq1  CAATGGCTCTGGAATGACCCTACAGATAGAGCCAAAAATAAAACAGAGAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGCTCTGGAATGACCCTACAGATAGAGCCAAAAATAAAACAGAGAT  994

seq1  CACCTATATCTTCCTGTAATTCCACTAATGTACTATAAATCAGACCTTCT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATATCTTCCTGTAATTCCACTAATGTACTATAAATCAGACCTTCT  1044

seq1  AGCTCACCTCCA  1051
      ||||||||||||
seq2  AGCTCACCTCCA  1056


seq1: chr4_80998030_80999024
seq2: B6Ng01-185A04.g_65_1059 (reverse)

seq1  TATGTATATATACATACATACATATATATGTATGTATATATATATATATA  50
      |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATATATACATACACACACATATATGTATGTATATATATATATATA  50

seq1  TATATATATATATATATATATATATATACACATATATATGTGTGTGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATACACATATATATGTGTGTGTGTG  100

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATTTGTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATTTGTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCT  150

seq1  GTATAGCTCTGGCTGTCCTAGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGCTCTGGCTGTCCTAGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTT  200

seq1  AACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTG  250

seq1  TGCACCACCACGCCTGGCTGAACGCTATATTTCTTAAATTTAATACAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCACCACGCCTGGCTGAACGCTATATTTCTTAAATTTAATACAAAA  300

seq1  TTTAAGGTTGCTCATTACCACACTACTTTAATGGATAATGATGTATACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGTTGCTCATTACCACACTACTTTAATGGATAATGATGTATACAG  350

seq1  AGAAGCCAATGCTGATGTTTCTGACAGCTGTAATAGCAAATGCAGTTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCAATGCTGATGTTTCTGACAGCTGTAATAGCAAATGCAGTTTAA  400

seq1  CAGAGAACTCCTGTTGTACTTCACAGCCCCAAGTCCTCTACCTTACTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAACTCCTGTTGTACTTCACAGCCCCAAGTCCTCTACCTTACTGCC  450

seq1  ATTTTCCTTCTACTTTCATATGGTCCCTAATATGGTAAAGGCATATCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTTCTACTTTCATATGGTCCCTAATATGGTAAAGGCATATCTTT  500

seq1  CATTCCTAAGAGCCAGAGATTCCTTCACTGATGCTCTGCAGTTGTTCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTAAGAGCCAGAGATTCCTTCACTGATGCTCTGCAGTTGTTCTCA  550

seq1  TCCTACTGCCTCGGTTAGCTTTCAATCATAAGCTCTTCTCCAAACCATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTGCCTCGGTTAGCTTTCAATCATAAGCTCTTCTCCAAACCATCA  600

seq1  CAAAACAGACGTGGCCATGTGGGCAAATAACTTATGGCAGTGCTACAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGACGTGGCCATGTGGGCAAATAACTTATGGCAGTGCTACAAAG  650

seq1  CAGAGACCTGTAGGGTGTGGGGCCACTTTCTACTGCCATGAAATCCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACCTGTAGGGTGTGGGGCCACTTTCTACTGCCATGAAATCCAGTA  700

seq1  GGTGTGTTTTGTATATAAAGTAAACAAAGGTTTATAACAAACACAACTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTTTTGTATATAAAGTAAACAAAGGTTTATAACAAACACAACTTC  750

seq1  CCCTGTACCAGGACACACACTGTTTCCTGGAGAATCAGTCAGTCCTGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTACCAGGACACACACTGTTTCCTGGAGAATCAGTCAGTCCTGACC  800

seq1  ATTTCATCCGGGTAGCAGGCTGAGAATGCACTATAACAGGATGCTAGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATCCGGGTAGCAGGCTGAGAATGCACTATAACAGGATGCTAGCCT  850

seq1  GCAAGGGACTTAACATAGTTATTAAATCTTGACCAATTGTTTTATTAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGACTTAACATAGTTATTAAATCTTGACCAATTGTTTTATTAGGT  900

seq1  CATTTTTAAAGCAAAACTTTCCATAGAAACTGTGCTGAGTATTTAAACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTAAAGCAAAACTTTCCATAGAAACTGTGCTGAGTATTTAAACAG  950

seq1  ACATCAACTGACATTCAGTTTTGGAAAACAAGTATTATTGAATTC  995
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAACTGACATTCAGTTTTGGAAAACAAGTATTATTGAATTC  995


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |