BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185E14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,778,082 - 169,913,992
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmx1a, LOC100039879
Upstream geneLOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg
Downstream genePbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185E14.bB6Ng01-185E14.g
ACCGA010441GA010442
length978834
definitionB6Ng01-185E14.b B6Ng01-185E14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,913,053 - 169,913,992)(169,778,082 - 169,778,909)
sequence
gaattcagtggttttatgacatgccaccactttcaaagacagctggcttg
ataattaaatggctaatgtgtgtagccttctgaaggctcagctataccca
aactgggacccagtagcccgcattgtactttagaatgcaaaatgtgcctc
aaacaaatacctttccccttatgaccaggaagcatgggttcagggctcaa
gaacaagaagtgggaaatactgttcttactctgacaactaataatctact
gggagtattcctcttcctcttcctgtgaacttcagtcacatgtgttcagg
agctctaggcccagtaaaggaaggtggcacctatagacatatagtataag
atcatcttccacatgagttgtaagctaggccaatccctgctcatgcttga
tcactcagacttctaagccaaccagtaaagagagaatcactttaccaaat
ggattaggactcccaagtgtcagagggatttggttactgccataaaagta
agcagtattaaagacaatatttagaacacagaaagcccactagactgctt
ctcagcatctctgtatggcccaaatgaatatctgtggcaatgacttagcc
acagaacttggattctgccacattcaggtctaactatccttgcaaagtaa
agaattccactaagtggagatgttggtgaaaggtaagtggagctgaaatg
tatggtgatgaagcaggctgctatgaacagtcaagccttgtggtgctcaa
aagcagagaccataacagttgttgttattctgttctgttttgttttttgt
tgtgtgtatgtgcatgcacccaggtgtgtaagtgagcatgcacttgtgat
taaatgggtatgaaggaccagagactgtgtctagtgtcttttctcagtta
actcttctattcttgttttatgaagccagagttcctctcactgaccattg
ataggttgccaggctagcctaatgaatt
gaattctagaacaagtgttgacttgcacatctgttgtttttttttttttt
gttttgttttgttttgttcttactttttaaaaagtcacttcaacgtgact
gtatgcacccccaaaagccggaattacttgtgatctctgtttgtctcttt
cttgagggcccataatctgggggcctgctcataaacagcctcatggagtt
catagaagcagaggggaccaggcaggtacccagggctcttccctccaact
catgttgcagtccctgagcacaggaagacccagtagccattgtacacagg
gacaatcccgtgccctgaactccattgtatacagggacagttccatgccc
tgatctccaattacggtgctagagtgggatcttctgtgttaggatccttc
tggggaagcagaatgagtgtagggggaagaaagaagggctccagtgagag
gggctgtgacaggcatgacgtcatgcccgggaccatcatcagagccatga
ctatgcccacatatccacttcattctctttaaggccagaggaagcatgtc
ccttagtggtagagtgtgtgttgtgtgatttttgtgctcttctttataat
ttatacaaaccgtcaggaaacctgaaccagtctgtgggctgagaatgagg
cgggtgtagggggcacagacagtgtctgtgtggctgattggttgaggaat
gtagcagatatgtgaatgaaagcaaacagagattccttaattctactctc
taatgacataccgagatgaaattaaaagccctctttacaaatgagccttt
gtttaattggggggaaatatggtggggcgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169913053_169913992
seq2: B6Ng01-185E14.b_42_989 (reverse)

seq1  ATGGTCAGTGAGAG--ACTCTGGC-TCATAAAACAAG-ATAG-AGAGTT-  44
      ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||| 
seq2  ATGGTCAGTGAGAGGAACTCTGGCTTCATAAAACAAGAATAGAAGAGTTA  50

seq1  ACTGAG-AAAGACACTAGACACAGTCTCTGGT-CTTCATACCCATTTAAT  92
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAAAAGACACTAGACACAGTCTCTGGTCCTTCATACCCATTTAAT  100

seq1  CACAAGTGCATGCTCACTTACACACCTGGGTGCATGCACATACACACAAC  142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTGCATGCTCACTTACACACCTGGGTGCATGCACATACACACAAC  150

seq1  AAAAAACAAAACAGAACAGAATAACAACAACTGTTATGGTCTCTGCTTTT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAAAACAGAACAGAATAACAACAACTGTTATGGTCTCTGCTTTT  200

seq1  GAGCACCACAAGGCTTGACTGTTCATAGCAGCCTGCTTCATCACCATACA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACCACAAGGCTTGACTGTTCATAGCAGCCTGCTTCATCACCATACA  250

seq1  TTTCAGCTCCACTTACCTTTCACCAACATCTCCACTTAGTGGAATTCTTT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTCCACTTACCTTTCACCAACATCTCCACTTAGTGGAATTCTTT  300

seq1  ACTTTGCAAGGATAGTTAGACCTGAATGTGGCAGAATCCAAGTTCTGTGG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCAAGGATAGTTAGACCTGAATGTGGCAGAATCCAAGTTCTGTGG  350

seq1  CTAAGTCATTGCCACAGATATTCATTTGGGCCATACAGAGATGCTGAGAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCATTGCCACAGATATTCATTTGGGCCATACAGAGATGCTGAGAA  400

seq1  GCAGTCTAGTGGGCTTTCTGTGTTCTAAATATTGTCTTTAATACTGCTTA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTAGTGGGCTTTCTGTGTTCTAAATATTGTCTTTAATACTGCTTA  450

seq1  CTTTTATGGCAGTAACCAAATCCCTCTGACACTTGGGAGTCCTAATCCAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGGCAGTAACCAAATCCCTCTGACACTTGGGAGTCCTAATCCAT  500

seq1  TTGGTAAAGTGATTCTCTCTTTACTGGTTGGCTTAGAAGTCTGAGTGATC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAAGTGATTCTCTCTTTACTGGTTGGCTTAGAAGTCTGAGTGATC  550

seq1  AAGCATGAGCAGGGATTGGCCTAGCTTACAACTCATGTGGAAGATGATCT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGAGCAGGGATTGGCCTAGCTTACAACTCATGTGGAAGATGATCT  600

seq1  TATACTATATGTCTATAGGTGCCACCTTCCTTTACTGGGCCTAGAGCTCC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTATATGTCTATAGGTGCCACCTTCCTTTACTGGGCCTAGAGCTCC  650

seq1  TGAACACATGTGACTGAAGTTCACAGGAAGAGGAAGAGGAATACTCCCAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACATGTGACTGAAGTTCACAGGAAGAGGAAGAGGAATACTCCCAG  700

seq1  TAGATTATTAGTTGTCAGAGTAAGAACAGTATTTCCCACTTCTTGTTCTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTATTAGTTGTCAGAGTAAGAACAGTATTTCCCACTTCTTGTTCTT  750

seq1  GAGCCCTGAACCCATGCTTCCTGGTCATAAGGGGAAAGGTATTTGTTTGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTGAACCCATGCTTCCTGGTCATAAGGGGAAAGGTATTTGTTTGA  800

seq1  GGCACATTTTGCATTCTAAAGTACAATGCGGGCTACTGGGTCCCAGTTTG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACATTTTGCATTCTAAAGTACAATGCGGGCTACTGGGTCCCAGTTTG  850

seq1  GGTATAGCTGAGCCTTCAGAAGGCTACACACATTAGCCATTTAATTATCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAGCTGAGCCTTCAGAAGGCTACACACATTAGCCATTTAATTATCA  900

seq1  AGCCAGCTGTCTTTGAAAGTGGTGGCATGTCATAAAACCACTGAATTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCTGTCTTTGAAAGTGGTGGCATGTCATAAAACCACTGAATTC  948

seq1: chr1_169778082_169778909
seq2: B6Ng01-185E14.g_68_901

seq1  GAATTCTAGAACAAGTGTTGACTTGCACATCTGTTGTTTTTTTTTTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAACAAGTGTTGACTTGCACATCTGTTGTTTTTTTTTTTTTT  50

seq1  GTTTTGTTTTGTTTTGTTCTTACTTTTTAAAAAGTCACTTCAACGTGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTTGTTTTGTTCTTACTTTTTAAAAAGTCACTTCAACGTGACT  100

seq1  GTATGCACCCCCAAAAGCCGGAATTACTTGTGATCTCTGTTTGTCTCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCACCCCCAAAAGCCGGAATTACTTGTGATCTCTGTTTGTCTCTTT  150

seq1  CTTGAGGGCCCATAATCTGGGGGCCTGCTCATAAACAGCCTCATGGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGGCCCATAATCTGGGGGCCTGCTCATAAACAGCCTCATGGAGTT  200

seq1  CATAGAAGCAGAGGGGACCAGGCAGGTACCCAGGGCTCTTCCCTCCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAGCAGAGGGGACCAGGCAGGTACCCAGGGCTCTTCCCTCCAACT  250

seq1  CATGTTGCAGTCCCTGAGCACAGGAAGACCCAGTAGCCATTGTACACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGCAGTCCCTGAGCACAGGAAGACCCAGTAGCCATTGTACACAGG  300

seq1  GACAATCCCGTGCCCTGAACTCCATTGTATACAGGGACAGTTCCATGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATCCCGTGCCCTGAACTCCATTGTATACAGGGACAGTTCCATGCCC  350

seq1  TGATCTCCAATTACGGTGCTAGAGTGGGATCTTCTGTGTTAGGATCCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCCAATTACGGTGCTAGAGTGGGATCTTCTGTGTTAGGATCCTTC  400

seq1  TGGGGAAGCAGAATGAGTGTAGGGGGAAGAAAGAAGGGCTCCAGTGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAGCAGAATGAGTGTAGGGGGAAGAAAGAAGGGCTCCAGTGAGAG  450

seq1  GGGCTGTGACAGGCATGACGTCATGCCCGGGACCATCATCAGAGCCATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTGACAGGCATGACGTCATGCCCGGGACCATCATCAGAGCCATGA  500

seq1  CTATGCCCACATATCCACTTCATTCTCTTTAAGGCCAGAGGAAGCATGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCCACATATCCACTTCATTCTCTTTAAGGCCAGAGGAAGCATGTC  550

seq1  CCTTAGTGGTAGAGTGTGTGTTGTGTGATTTTTGTGCTCTTCTTTATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGTGGTAGAGTGTGTGTTGTGTGATTTTTGTGCTCTTCTTTATAAT  600

seq1  TTATACAAACCGTCAGGAAACCTGAACCAGTCTGTGGGCTGAGAATGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAAACCGTCAGGAAACCTGAACCAGTCTGTGGGCTGAGAATGAGG  650

seq1  CGGGTGTAGGGGGCACAGACAGTGTCTGTGTGGCTGATTGGTTGAGGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTGTAGGGGGCACAGACAGTGTCTGTGTGGCTGATTGGTTGAGGAAT  700

seq1  GTAGCAGATATGTGAATGAAAGCAAACAGAGA-TCCTTAATTCTACTCTC  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGATATGTGAATGAAAGCAAACAGAGATTCCTTAATTCTACTCTC  750

seq1  TAATGACATACCGAGATGAAATTAAAAG-CCTC-TTACAAATGAGCCTTT  797
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  TAATGACATACCGAGATGAAATTAAAAGCCCTCTTTACAAATGAGCCTTT  800

seq1  GTTTATTTGGGGG--AATATGGT-GGGCGGGGGG  828
      ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||
seq2  GTTTAATTGGGGGGAAATATGGTGGGGCGGGGGG  834