BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186I12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 148,156,949 - 148,338,613
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383571
Upstream genenone
Downstream geneB830045N13Rik, LOC100043240
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186I12.bB6Ng01-186I12.g
ACCGA011348GA011349
length1,1191,093
definitionB6Ng01-186I12.b B6Ng01-186I12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,337,487 - 148,338,613)(148,156,949 - 148,158,048)
sequence
gaattctatagcaactgaatccttcagtagttcttacaggagttatcatt
tgagattatgatagagaatcagtggaaggaaagaaaaacactacaaagac
caataatgtgcagctagcgatgtcagaacatgtaggaagttactgtctat
atttctgttccaactgacgctatagatactcctctgccctcccccaaatg
aggagtaaatatttgacatcataattctggtttctcatggagttccttca
acattctgtgtgttctatgttctttaggcaatcacactctcacagtataa
actgtggaaagtcatgctgcgtgcaatataatactccactaagttacatt
caatttacctcttaaatttctaatctacatggaaaatgggactcttgcaa
agagaaaaacaacctaataatccacatatagaacacatgtgacctagaaa
ttttctcataatcaaaacatgcagaacattactatattttattacattaa
taaaaaactttccaatttataacaatataacaaaagcttagtcattcaaa
ttggaattttataaaaagcagaaatccataaaagtttacttcaatctttt
atgtatgacaacatttgaatatttcatgcaattatttatatatttattca
ttcagcaaacctaaagtgaatatgagtatcaatatccatttgccaaatgt
tccttatgaaatatataggaaaaaaataataacaacaaaaataacaaaaa
tgaaatctaaacatttttaaatgcccatgctattcccttaccaacttaaa
atgttcaagctgaaataatcattatgacatatggaaccattgttagcaac
aattgttgaataaagtttgccctgctatacatgtttgtgtgctcatacca
agtttttacactagtatagttggtatagagctgactacatttccaataac
atttccgtcaactattgtttccacacttggaaaaaataaatcccaactgg
ggtttccctcatgttggttctattgtcttactcatattctatatctatca
cagtacctcatgtagagtaaaactcataaacttaaaagttgcactagtag
tacattaactctaccattt

gaattcattcactctatgagtcacctatatttgctattcttcagtatcag
gttcatgtgtcattacttctggcaaagcaagctgaacttaagctgtacaa
ataatatattttacttgagactctgaaaggtctcagtatatttctaagaa
ctagtaggttttaatgtatcttgtgttcaactaaaggggatattagtttc
atctacatattccatgtgcaaacatgtcctgaaagtttccatcttttaaa
tattggcacagagaaaacctacacaacaaataaatccttattagcatgta
aatcattctagtttttccatttatagtatttctgatacatgaatactgtt
ttgaagaattgttttgcttcttaatttttccaaaagtttgaaggcataag
tagagtgtgagggattttaatgaaaagcattacccaatgcttagtatatt
aaaaaagcatatttacttcggctggatttattgttcattagaggctcagt
gaatgtaggttagattattcaggaactgaataagactatacaggttggtt
ggctctaatgagtgctctatgtccatgggatggacaggatacatttcact
taattgtcttattttctcattgagtcagattcatatacagttcatattca
ttttttttctgaggaaatctgaaacatggtagatttcaccaatggttact
ttatttacaaattatctccaaataagacataaaattaaaccttatttaat
atactagtggagacattgtgaaactatagtaaagatatggatgcagaaat
gtataatattgaagcaaatcatttattctcaattcaaatatttgattacg
tttatatgtgctgcgactaaactttatcctgaatcatactatctaacaga
tagaactaaagtttgcatgcaataatacaagatatatgttgcacaatatt
tgtgaaataaataaattatttcctgcagtgttttatcacttcacaagcca
atataatataagaaagtatagctataccagttgctgtttattactgtaca
ttcctttaaaattgtgttaaatacaatagctttgccactttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_148337487_148338613
seq2: B6Ng01-186I12.b_47_1165 (reverse)

seq1  AAATGGTAGAGTTTAATGTACTACTTAGTTGCAACTTTTAAGTTTATTGA  50
      ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||
seq2  AAATGGTAGAG-TTAATGTACTAC-TAG-TGCAACTTTTAAGTTTA-TGA  46

seq1  GTTTTTACTCTACATTGAGTACTGTGATAGATATTAAGAATATGGAGTAA  100
      | |||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||| ||||||
seq2  G-TTTTACTCTACATGAGGTACTGTGATAGATAT--AGAATAT-GAGTAA  92

seq1  GAACAATAGAAACAACATGAGGGAAA-CCCAGTTGGGATTTATTTTTTCC  149
      | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  G-ACAATAGAACCAACATGAGGGAAACCCCAGTTGGGATTTATTTTTTCC  141

seq1  AAGTGTGGAAACAATAGTTGACGGAAATGTTATTGGAAATGTAGTCAGCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGGAAACAATAGTTGACGGAAATGTTATTGGAAATGTAGTCAGCT  191

seq1  CTATACCAACTATACTAGTGTAAAAACTTGGTATGAGCACACAAACATGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCAACTATACTAGTGTAAAAACTTGGTATGAGCACACAAACATGT  241

seq1  ATAGCAGGGCAAACTTTATTCAACAATTGTTGCTAACAATGGTTCCATAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGGGCAAACTTTATTCAACAATTGTTGCTAACAATGGTTCCATAT  291

seq1  GTCATAATGATTATTTCAGCTTGAACATTTTAAGTTGGTAAGGGAATAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAATGATTATTTCAGCTTGAACATTTTAAGTTGGTAAGGGAATAGC  341

seq1  ATGGGCATTTAAAAATGTTTAGATTTCATTTTTGTTATTTTTGTTGTTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCATTTAAAAATGTTTAGATTTCATTTTTGTTATTTTTGTTGTTAT  391

seq1  TATTTTTTTCCTATATATTTCATAAGGAACATTTGGCAAATGGATATTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTTCCTATATATTTCATAAGGAACATTTGGCAAATGGATATTGA  441

seq1  TACTCATATTCACTTTAGGTTTGCTGAATGAATAAATATATAAATAATTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATATTCACTTTAGGTTTGCTGAATGAATAAATATATAAATAATTG  491

seq1  CATGAAATATTCAAATGTTGTCATACATAAAAGATTGAAGTAAACTTTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATATTCAAATGTTGTCATACATAAAAGATTGAAGTAAACTTTTA  541

seq1  TGGATTTCTGCTTTTTATAAAATTCCAATTTGAATGACTAAGCTTTTGTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTCTGCTTTTTATAAAATTCCAATTTGAATGACTAAGCTTTTGTT  591

seq1  ATATTGTTATAAATTGGAAAGTTTTTTATTAATGTAATAAAATATAGTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTTATAAATTGGAAAGTTTTTTATTAATGTAATAAAATATAGTAA  641

seq1  TGTTCTGCATGTTTTGATTATGAGAAAATTTCTAGGTCACATGTGTTCTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGCATGTTTTGATTATGAGAAAATTTCTAGGTCACATGTGTTCTA  691

seq1  TATGTGGATTATTAGGTTGTTTTTCTCTTTGCAAGAGTCCCATTTTCCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGATTATTAGGTTGTTTTTCTCTTTGCAAGAGTCCCATTTTCCAT  741

seq1  GTAGATTAGAAATTTAAGAGGTAAATTGAATGTAACTTAGTGGAGTATTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTAGAAATTTAAGAGGTAAATTGAATGTAACTTAGTGGAGTATTA  791

seq1  TATTGCACGCAGCATGACTTTCCACAGTTTATACTGTGAGAGTGTGATTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCACGCAGCATGACTTTCCACAGTTTATACTGTGAGAGTGTGATTG  841

seq1  CCTAAAGAACATAGAACACACAGAATGTTGAAGGAACTCCATGAGAAACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGAACATAGAACACACAGAATGTTGAAGGAACTCCATGAGAAACC  891

seq1  AGAATTATGATGTCAAATATTTACTCCTCATTTGGGGGAGGGCAGAGGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTATGATGTCAAATATTTACTCCTCATTTGGGGGAGGGCAGAGGAG  941

seq1  TATCTATAGCGTCAGTTGGAACAGAAATATAGACAGTAACTTCCTACATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATAGCGTCAGTTGGAACAGAAATATAGACAGTAACTTCCTACATG  991

seq1  TTCTGACATCGCTAGCTGCACATTATTGGTCTTTGTAGTGTTTTTCTTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACATCGCTAGCTGCACATTATTGGTCTTTGTAGTGTTTTTCTTTC  1041

seq1  CTTCCACTGATTCTCTATCATAATCTCAAATGATAACTCCTGTAAGAACT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACTGATTCTCTATCATAATCTCAAATGATAACTCCTGTAAGAACT  1091

seq1  ACTGAAGGATTCAGTTGCTATAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGGATTCAGTTGCTATAGAATTC  1119


seq1: chr1_148156949_148158048
seq2: B6Ng01-186I12.g_66_1158

seq1  GAATTCATTCACTCTATGAGTCACCTATATTTGCTATTCTTCAGTATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCACTCTATGAGTCACCTATATTTGCTATTCTTCAGTATCAG  50

seq1  GTTCATGTGTCATTACTTCTGGCAAAGCAAGCTGAACTTAAGCTGTACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTGTCATTACTTCTGGCAAAGCAAGCTGAACTTAAGCTGTACAA  100

seq1  ATAATATATTTTACTTGAGACTCTGAAAGGTCTCAGTATATTTCTAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATATTTTACTTGAGACTCTGAAAGGTCTCAGTATATTTCTAAGAA  150

seq1  CTAGTAGGTTTTAATGTATCTTGTGTTCAACTAAAGGGGATATTAGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAGGTTTTAATGTATCTTGTGTTCAACTAAAGGGGATATTAGTTTC  200

seq1  ATCTACATATTCCATGTGCAAACATGTCCTGAAAGTTTCCATCTTTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACATATTCCATGTGCAAACATGTCCTGAAAGTTTCCATCTTTTAAA  250

seq1  TATTGGCACAGAGAAAACCTACACAACAAATAAATCCTTATTAGCATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGCACAGAGAAAACCTACACAACAAATAAATCCTTATTAGCATGTA  300

seq1  AATCATTCTAGTTTTTCCATTTATAGTATTTCTGATACATGAATACTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTCTAGTTTTTCCATTTATAGTATTTCTGATACATGAATACTGTT  350

seq1  TTGAAGAATTGTTTTGCTTCTTAATTTTTCCAAAAGTTTGAAGGCATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAATTGTTTTGCTTCTTAATTTTTCCAAAAGTTTGAAGGCATAAG  400

seq1  TAGAGTGTGAGGGATTTTAATGAAAAGCATTACCCAATGCTTAGTATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGTGAGGGATTTTAATGAAAAGCATTACCCAATGCTTAGTATATT  450

seq1  AAAAAAGCATATTTACTTCGGCTGGATTTATTGTTCATTAGAGGCTCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGCATATTTACTTCGGCTGGATTTATTGTTCATTAGAGGCTCAGT  500

seq1  GAATGTAGGTTAGATTATTCAGGAACTGAATAAGACTATACAGGTTGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAGGTTAGATTATTCAGGAACTGAATAAGACTATACAGGTTGGTT  550

seq1  GGCTCTAATGAGTGCTCTATGTCCATGGGATGGACAGGATACATTTCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTAATGAGTGCTCTATGTCCATGGGATGGACAGGATACATTTCACT  600

seq1  TAATTGTCTTATTTTCTCATTGAGTCAGATTCATATACAGTTCATATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTCTTATTTTCTCATTGAGTCAGATTCATATACAGTTCATATTCA  650

seq1  TTTTTTTTCTGAGGAAATCTGAAACATGGTAGATTTCACCAATGGTTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCTGAGGAAATCTGAAACATGGTAGATTTCACCAATGGTTACT  700

seq1  TTATTTACAAATTATCTCCAAATAAGACATAAAATTAAACCTTATTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTACAAATTATCTCCAAATAAGACATAAAATTAAACCTTATTTAAT  750

seq1  ATACTAGTGGAGACATTGTGAAACTATAGTAAAGATATGGATGCAGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGTGGAGACATTGTGAAACTATAGTAAAGATATGGATGCAGAAAT  800

seq1  GTATAATATTGAAGCAAATCATTTATTCTCAATTCAAATATTTGATTACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATATTGAAGCAAATCATTTATTCTCAATTCAAATATTTGATTACG  850

seq1  TTTATATGTGCTGCGACTAAACTTTATCCTGAATCATACTATCTAACAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGTGCTGCGACTAAACTTTATCCTGAATCATACTATCTAACAGA  900

seq1  TAGAACTAAAGTTTGCATGCAATAATACAAGATATATGTTGCACAATATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTAAAGTTTGCATGCAATAATACAAGATATATGTTGCACAATATT  950

seq1  TGTGAAATAAATAAAATATTTCCTGCAGTGTTTTATCACTTCAACAAGCA  1000
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TGTGAAATAAATAAATTATTTCCTGCAGTGTTTTATCACTTC-ACAAGCC  999

seq1  ATTATAATATAAGAAAGTATAAGCTATAACAGTTTGCTGGTTTTAATTAC  1050
      | |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||   || |||||
seq2  AATATAATATAAGAAAGTAT-AGCTATACCAG-TTGCTG---TTTATTAC  1044

seq1  TGTAACATTCCTTTAAAA-TGTGTTATATACAATTAGCTTTGCCACTTTC  1099
      ||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TGT-ACATTCCTTTAAAATTGTGTTAAATACAA-TAGCTTTGCCACTTTC  1092

seq1  T  1100
      |
seq2  T  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |