BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186J06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 151,515,861 - 151,607,151
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042813
Upstream geneLOC100042792, LOC435647
Downstream genePla2g4a, Ptgs2, LOC676712, LOC100043257, LOC100043261, Pdc, BC003331, Tpr, EG625534
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186J06.bB6Ng01-186J06.g
ACCGA011381GA011382
length1,1791,122
definitionB6Ng01-186J06.b B6Ng01-186J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,515,861 - 151,517,065)(151,606,022 - 151,607,151)
sequence
gaattccagatagagaaatggttaaagcttacttcagaaaactctgtatg
tcacagtacagttaataaagaacactctgtatgtcaaagaatactttata
aagaatagaaatgtgtcacctcacacctctagaggacaggaagactaaga
gtcagaatctggaaaacactgtcacacaaaattaagtgtaaacacatttt
tgaaggaagcaagtattcaaattatatgattctatgacagtaagtattta
atttctggccttaatgaccagggccaaaaatgcatgttgattgcaattac
tccaagtaaattctaaacaacagaaagaaagaacagtcctagatcctgct
actcttctgcaaaccctttgacttattttgaaactatgtgtgattcatct
atattaaaagtaattctttaagtattaatgacatgaaattctgatttgat
ggtatacgaggaaatatattttatagtttaaaaaataatattaaatacca
ctttttaataagaagacctttctgataatttaacagagtcctggctctac
atcacagtaattttataataatataatgtaaaaacatatttctcattttc
aggagaaatgacaataaataaataaaccaaaattgtggtgaataacaata
atatacaagaaatacaagcagctttatcatttaatacagtgaggtacaga
aaactgtagccttgctgaattaaaaaagaaacacatgagaaaaattaaaa
ttataaaatggaaaccagatggaaatactaaacctgaaaactgaaaaggt
gagtccctaaattcaaaacagatcaatagtacaatctaatattcagaata
tgtcttagacttttcaagtcagtatttgatacataacaaatttattaggc
ttcaattctttttgagaaagaattgaaatgaggttcagttgttctttctc
tccttgcaatgtgacccttaattcattgttggaataaagatataaaagtg
tgtcaacacagcaaactactttcttatactcatgtatgcaatctcaacca
catttacactattatctactcactagatgctcagacacaagtgtacactg
atgatgagtgatgtttctcgcaatgtctgtttggttgttgcatggtcagc
atattaggttgactggcagttatatttgg

gaattccatacacacacacacacacacacacacacacacacacacatata
tacactcctattttattcaagtatcaccaaaaatatataatttataataa
atatataattttaatacataatatatatatacaaaatatataattttcag
aaacattgagagtaatatgtgagaaaatatttgttaatgtgacccagccc
agttagtgcattaaattaactgttgttatagcttgtgtcatattttggta
ggtggttgggaacaggactcatcttattcgtacaacattagtccttgggg
ataaccactgagcaatcctcattcaccctctgagtgatccacactcacca
actgagtgatccaccatcaccctctgagctacccacactcaccctctgag
tgatccaccatctctctctctccttggttgtccttccctagctgatgcag
tgagtgggttcatgccccacccccaccagctgtaaacatcagtctaatca
gctgctgcatctgcctagtgtgtagtagaatcccagaagacctctctgac
ttcatctactcacacatgtagcataaagcagtgtcacttcctgatgcccg
atggaccaccaaccttgcctttctggctttgaaactctttcttgtctact
aaactcccccccccttccaatatctggataacttgttcacagttttgtct
acatttcttgctgtcacaagtgttcacaccttttgtgtttcaaagttata
gatataaacagggttattgttctttggtgtccttaaaaaaatcttgcccc
ttctcttgtagaactagtacaactaaaaagaaagaacacataggttttgc
ttttacttcctacattaactatattgttttaacagatgatgaactgccaa
gaatattctctgagaactgcttgcttttgtagctccttaccccctgaaag
attctgtctcagacccggagagatggctgagcacttagagcaccactgct
ctacagaggacatgggtctagttttcagcatccacatagtgggcagcttc
acactgttgaaactacacttccaagtctctgacatgacatttggacccct
ggaggtcactgcagttcatacg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_151515861_151517065
seq2: B6Ng01-186J06.b_42_1220

seq1  GAATTCCAGATAGAGAAATGGTTAAAGCTTACTTCAGAAAACTCTGTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATAGAGAAATGGTTAAAGCTTACTTCAGAAAACTCTGTATG  50

seq1  TCACAGTACAGTTAATAAAGAACACTCTGTATGTCAAAGAATACTTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTACAGTTAATAAAGAACACTCTGTATGTCAAAGAATACTTTATA  100

seq1  AAGAATAGAAATGTGTCACCTCACACCTCTAGAGGACAGGAAGACTAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAGAAATGTGTCACCTCACACCTCTAGAGGACAGGAAGACTAAGA  150

seq1  GTCAGAATCTGGAAAACACTGTCACACAAAATTAAGTGTAAACACATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAATCTGGAAAACACTGTCACACAAAATTAAGTGTAAACACATTTT  200

seq1  TGAAGGAAGCAAGTATTCAAATTATATGATTCTATGACAGTAAGTATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAAGCAAGTATTCAAATTATATGATTCTATGACAGTAAGTATTTA  250

seq1  ATTTCTGGCCTTAATGACCAGGGCCAAAAATGCATGTTGATTGCAATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGCCTTAATGACCAGGGCCAAAAATGCATGTTGATTGCAATTAC  300

seq1  TCCAAGTAAATTCTAAACAACAGAAAGAAAGAACAGTCCTAGATCCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTAAATTCTAAACAACAGAAAGAAAGAACAGTCCTAGATCCTGCT  350

seq1  ACTCTTCTGCAAACCCTTTGACTTATTTTGAAACTATGTGTGATTCATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCTGCAAACCCTTTGACTTATTTTGAAACTATGTGTGATTCATCT  400

seq1  ATATTAAAAGTAATTCTTTAAGTATTAATGACATGAAATTCTGATTTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAAGTAATTCTTTAAGTATTAATGACATGAAATTCTGATTTGAT  450

seq1  GGTATACGAGGAAATATATTTTATAGTTTAAAAAATAATATTAAATACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATACGAGGAAATATATTTTATAGTTTAAAAAATAATATTAAATACCA  500

seq1  CTTTTTAATAAGAAGACCTTTCTGATAATTTAACAGAGTCCTGGCTCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAATAAGAAGACCTTTCTGATAATTTAACAGAGTCCTGGCTCTAC  550

seq1  ATCACAGTAATTTTATAATAATATAATGTAAAAACATATTTCTCATTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGTAATTTTATAATAATATAATGTAAAAACATATTTCTCATTTTC  600

seq1  AGGAGAAATGACAATAAATAAATAAACCAAAATTGTGGTGAATAACAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAATGACAATAAATAAATAAACCAAAATTGTGGTGAATAACAATA  650

seq1  ATATACAAGAAATACAAGCAGCTTTATCATTTAATACAGTGAGGTACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAAGAAATACAAGCAGCTTTATCATTTAATACAGTGAGGTACAGA  700

seq1  AAACTGTAGCCTTGCTGAATTAAAAAAGAAACACATGAGAAAAATTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTAGCCTTGCTGAATTAAAAAAGAAACACATGAGAAAAATTAAAA  750

seq1  TTATAAAATGGAAACCAGATGGAAATACTAAACCTGAAAACTGAAAAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAATGGAAACCAGATGGAAATACTAAACCTGAAAACTGAAAAGGT  800

seq1  GAGTCCCTAAATTCAAAACAGATCAATAGTACAATCTAATATTCAGAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCTAAATTCAAAACAGATCAATAGTACAATCTAATATTCAGAATA  850

seq1  TGTCTTAGACTTTTCAAGTCAGTATTTGATACATAACAAATTTATTAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGACTTTTCAAGTCAGTATTTGATACATAACAAATTTATTAGGC  900

seq1  TTCAATTCTTTTTGAGAAAGAATTGAAATGAGGTTCAGTTGTTCTTTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTCTTTTTGAGAAAGAATTGAAATGAGGTTCAGTTGTTCTTTCTC  950

seq1  TCCTTGCAATGTGACCCTTAATTCATTGTTGGAATAAAGATATAAAAGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCAATGTGACCCTTAATTCATTGTTGGAATAAAGATATAAAAGTG  1000

seq1  TGTCAAACAACAGCAAAACTACCTTTCTTATACTCAATGGTATGCAATCT  1050
      ||||||   ||||| |||||| ||||||||||||||   |||||||||||
seq2  TGTCAA--CACAGC-AAACTA-CTTTCTTATACTCA--TGTATGCAATCT  1044

seq1  TCCAAACCCACATTTTAACAACCTATTATCTACTCACTAGATGCCTCAGA  1100
        |||  ||||||||  |||  ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  --CAA--CCACATTT--ACA--CTATTATCTACTCACTAGATG-CTCAGA  1085

seq1  CACAAGTTGTACACTGATGATGGAGGTGAATGTTTCTCGC-ATGTCCTGT  1149
      |||||| |||||||||||||||   ||| ||||||||||| |||| ||| 
seq2  CACAAG-TGTACACTGATGATG--AGTG-ATGTTTCTCGCAATGT-CTG-  1129

seq1  TTTGGTGGTGGTATGTTCAGCATTAATCTAGGTTTGACATTGCCAGTTAT  1199
      |||||| || | ||| |||||||  || |||| |||||  || |||||||
seq2  TTTGGTTGTTGCATGGTCAGCAT--AT-TAGG-TTGAC--TGGCAGTTAT  1173

seq1  ATTTGG  1205
      ||||||
seq2  ATTTGG  1179


seq1: chr1_151606022_151607151
seq2: B6Ng01-186J06.g_64_1185 (reverse)

seq1  CGTATG-ACTGCAGGTGCCCT-CAGGGGTCAAAATGTCATGTCAGAGACC  48
      |||||| |||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  CGTATGAACTGCA-GTGACCTCCAGGGGTCCAAATGTCATGTCAGAGACT  49

seq1  TGGAAAGTGTAGTTTC-ACAGTGTTGAAAGCTGCCCACTATGGTGGATGC  97
      ||| |||||||||||| |||||||   |||||||||||||| ||||||||
seq2  TGG-AAGTGTAGTTTCAACAGTGT--GAAGCTGCCCACTAT-GTGGATGC  95

seq1  TGAAAACTAGACCCATGTCCTCTGTAAGAGCAGTGGGTGCTCTTAAGTGC  147
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||
seq2  TGAAAACTAGACCCATGTCCTCTGT-AGAGCAGT-GGTGCTC-TAAGTGC  142

seq1  TCAGCCATCTCTCCGGTTCTGAGACAGAATCTTTTCAGGGGGTAAGGAGC  197
      |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCATCTCTCCGGGTCTGAGACAGAATC-TTTCAGGGGGTAAGGAGC  191

seq1  TACAAAAGCAAGCAGTTCTTCAGAGAATATTTCTTGGCAGTTCATCATCT  247
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAGCAAGCAGTTC-TCAGAGAATA-TTCTTGGCAGTTCATCATCT  239

seq1  GTTAAAACAATATAGTTAATGTAGGAAGTAAAAGCAAAACCTATGTGTTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAACAATATAGTTAATGTAGGAAGTAAAAGCAAAACCTATGTGTTC  289

seq1  TTTCTTTTTAGTTGTACTAGTTCTACAAGAGAAGGGGCAAGATTTTTTTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTAGTTGTACTAGTTCTACAAGAGAAGGGGCAAGATTTTTTTA  339

seq1  AGGACACCAAAGAACAATAACCCTGTTTATATCTATAACTTTGAAACACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACCAAAGAACAATAACCCTGTTTATATCTATAACTTTGAAACACA  389

seq1  AAAGGTGTGAACACTTGTGACAGCAAGAAATGTAGACAAAACTGTGAACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGTGAACACTTGTGACAGCAAGAAATGTAGACAAAACTGTGAACA  439

seq1  AGTTATCCAGATATTGGAAGGGGGGGGGAGTTTAGTAGACAAGAAAGAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCCAGATATTGGAAGGGGGGGGGAGTTTAGTAGACAAGAAAGAGT  489

seq1  TTCAAAGCCAGAAAGGCAAGGTTGGTGGTCCATCGGGCATCAGGAAGTGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGCCAGAAAGGCAAGGTTGGTGGTCCATCGGGCATCAGGAAGTGA  539

seq1  CACTGCTTTATGCTACATGTGTGAGTAGATGAAGTCAGAGAGGTCTTCTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTTTATGCTACATGTGTGAGTAGATGAAGTCAGAGAGGTCTTCTG  589

seq1  GGATTCTACTACACACTAGGCAGATGCAGCAGCTGATTAGACTGATGTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCTACTACACACTAGGCAGATGCAGCAGCTGATTAGACTGATGTTT  639

seq1  ACAGCTGGTGGGGGTGGGGCATGAACCCACTCACTGCATCAGCTAGGGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGGTGGGGGTGGGGCATGAACCCACTCACTGCATCAGCTAGGGAA  689

seq1  GGACAACCAAGGAGAGAGAGAGATGGTGGATCACTCAGAGGGTGAGTGTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACCAAGGAGAGAGAGAGATGGTGGATCACTCAGAGGGTGAGTGTG  739

seq1  GGTAGCTCAGAGGGTGATGGTGGATCACTCAGTTGGTGAGTGTGGATCAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCTCAGAGGGTGATGGTGGATCACTCAGTTGGTGAGTGTGGATCAC  789

seq1  TCAGAGGGTGAATGAGGATTGCTCAGTGGTTATCCCCAAGGACTAATGTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGGTGAATGAGGATTGCTCAGTGGTTATCCCCAAGGACTAATGTT  839

seq1  GTACGAATAAGATGAGTCCTGTTCCCAACCACCTACCAAAATATGACACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGAATAAGATGAGTCCTGTTCCCAACCACCTACCAAAATATGACACA  889

seq1  AGCTATAACAACAGTTAATTTAATGCACTAACTGGGCTGGGTCACATTAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAACAACAGTTAATTTAATGCACTAACTGGGCTGGGTCACATTAA  939

seq1  CAAATATTTTCTCACATATTACTCTCAATGTTTCTGAAAATTATATATTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTTTCTCACATATTACTCTCAATGTTTCTGAAAATTATATATTT  989

seq1  TGTATATATATATTATGTATTAAAATTATATATTTATTATAAATTATATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATATATTATGTATTAAAATTATATATTTATTATAAATTATATA  1039

seq1  TTTTTGGTGATACTTGAATAAAATAGGAGTGTATATATGTGTGTGTGTGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGTGATACTTGAATAAAATAGGAGTGTATATATGTGTGTGTGTGT  1089

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGGAATTC  1122


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |