BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186N13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 150,084,303 - 150,194,704
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100042792, LOC435647
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186N13.bB6Ng01-186N13.g
ACCGA011584GA011585
length6461,053
definitionB6Ng01-186N13.b B6Ng01-186N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,084,303 - 150,084,949)(150,193,657 - 150,194,704)
sequence
gaattcttattcaaacaaatacctcaagttgaattcatttctcaaggact
tttaagcattattaaatagtaaatgttatacagtaactgaaagtgtagtg
cagtgtgtaacaagtgtgagaaaaacatcctgcaactgtttaggaaatag
taggaataaaggatggcatttgaattaaaaaataaacaccagcaaacatt
tgatacaaagaatccatagaaaagctaaactcttacagaaaaattagtga
gcattataaaccataaatcagtatatacttactttgtacataacgaaata
gatacacatttgattctgttcagtcagctagtttagagtttacagcaaac
aaacacaaatgtgatcaaagtgactttggtctacaaaacacttgcctggc
aagatggaatacctgacttcattagcagaatacctataggaaagactgga
tatgtggccgtagtcccaaagttggttaaagaaatagacaggcccttaga
gttcattgactggttaattttgtctaagggacatgcatcaatcaggtgag
aaatcctggttgtatggggaggtttagttggggaagtagaaagaatagta
gagaaagagagggagggaagaggtccaataaaattaaggaagaagg

gaattcagtagtgtcattgtttgtgagttgtttgatctctgtgatttttt
gagctccttctgcactccagcccatttgactccctagaatagcaatgcaa
ttgcagtgtttgttgtcattccctttacctgtcatcaattcaaggagaga
acagaagaacaggtgtgatcaatttaagctctgatgtctgagctgacttc
tgtattgaaacaacaatgttgatggaagagcatgcaaagtaaatgcattt
aagaaacgtattggcagcataataatgatagttactgtcaataaatgtgt
tcttggacattactaactaattgggtattatgtgtttgcactacaggaga
actaagcatggtaatgtatttatgaattagctatgttttaccattccaca
ttatatatgtaattcacagtttcgtgatatacagcatcaatttatgttat
ttattttgccatcataaaataaaaattctatttaaaattaaaatgaatat
tattcaaccttacatcctactgaactatacatttgttcatatgttagctg
aactatattttataacaactattcattaaacataatcagaatctttggta
attcattgaatttccacatagagctcataacaacttaagaatatggtaat
aagtatctttaaagtgatgaataaaatttgtaaaaatacaatagagaatc
atgacatgcttaaacatatttgttgtgaagctttattcaaactctaacta
cttaaaggtgtcaactactgtatttaatcaatgatgagcaaattctttaa
cactctgatcttagttgaaagcccttggtaacctttatgacctaagagtt
ctattaggctcatcatagtcagaatatttagcattgtaacagtggagctt
tagttgggatttagtcacagttaaattaattttggaagtaatattttcca
tagcgttaattgattttgcattcattttggggggactgcattctaccctg
ctgataggtgctggacatgggcagcttggccagcaaaatttggggagtgc
ttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_150084303_150084949
seq2: B6Ng01-186N13.b_44_689

seq1  GAATTCTTATTCAAACAAATACCTCAAGTTGAATTCATTTCTCAAGGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATTCAAACAAATACCTCAAGTTGAATTCATTTCTCAAGGACT  50

seq1  TTTAAGCATTATTAAATAGTAAATGTTATACAGTAACTGAAAGTGTAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCATTATTAAATAGTAAATGTTATACAGTAACTGAAAGTGTAGTG  100

seq1  CAGTGTGTAACAAGTGTGAGAAAAACATCCTGCAACTGTTTAGGAAATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTAACAAGTGTGAGAAAAACATCCTGCAACTGTTTAGGAAATAG  150

seq1  TAGGAATAAAGGATGGCATTTGAATTAAAAAATAAACACCAGCAAACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATAAAGGATGGCATTTGAATTAAAAAATAAACACCAGCAAACATT  200

seq1  TGATACAAAGAATCCATAGAAAAGCTAAACTCTTACAGAAAAATTAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACAAAGAATCCATAGAAAAGCTAAACTCTTACAGAAAAATTAGTGA  250

seq1  GCATTATAAACCATAAATCAGTATATACTTACTTTGTACATAACGAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATAAACCATAAATCAGTATATACTTACTTTGTACATAACGAAATA  300

seq1  GATACACATTTGATTCTGTTCAGTCAGCTAGTTTAGAGTTTACAGCAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACATTTGATTCTGTTCAGTCAGCTAGTTTAGAGTTTACAGCAAAC  350

seq1  AAACACAAATGTGATCAAAGTGACTTTGGTCTACAAAACACTTGCCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAATGTGATCAAAGTGACTTTGGTCTACAAAACACTTGCCTGGC  400

seq1  AAGATGGAATACCTGACTTCATTAGCAGAATACCTATAGGAAAGACTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGAATACCTGACTTCATTAGCAGAATACCTATAGGAAAGACTGGA  450

seq1  TATGTGGCCGTAGTCCCAAAGTTGGTTAAAGAAATAGACAGGCCCTTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGCCGTAGTCCCAAAGTTGGTTAAAGAAATAGACAGGCCCTTAGA  500

seq1  GTTCATTGACTGGTTAATTTTGTCTAAGGGACATGCATCAATCAGGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTGACTGGTTAATTTTGTCTAAGGGACATGCATCAATCAGGTGAG  550

seq1  AAATCCTGGTTGTATGGGGAGGTTTAGTTGGGGAAGTAGAAAGAATAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTGGTTGTATGGGGAGGTTTAGTTGGGGAAGTAGAAAGAATAGTA  600

seq1  GAGAAAGAGAGGGAGGGAAGAGGTATAAATAACACTAAGGAAGAAGG  647
      ||||||||||||||||||||||||   ||||| | ||||||||||||
seq2  GAGAAAGAGAGGGAGGGAAGAGGT-CCAATAAAATTAAGGAAGAAGG  646


seq1: chr1_150193657_150194704
seq2: B6Ng01-186N13.g_69_1121 (reverse)

seq1  CAAGCACTCCCCAATTTTTGCCTGCCCAGCTG-CCATGTCCAGCACCTTA  49
      |||||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||
seq2  CAAGCACTCCCCAAATTTTGCTGGCCAAGCTGCCCATGTCCAGCACC-TA  49

seq1  TCAGCAGGGTAGAATGCAGTCCCCCCAAAATGAATGC-AAATCAATTAAC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCAGCAGGGTAGAATGCAGTCCCCCCAAAATGAATGCAAAATCAATTAAC  99

seq1  GCTATGGAAAATATTACTTC--AAATTAATTT-ACTGTGACTAAATCCCA  145
      ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTATGGAAAATATTACTTCCAAAATTAATTTAACTGTGACTAAATCCCA  149

seq1  ACT-AAGCTCCACTGTTACAATGCTAAATATTCTGACTATGATGAGCCTA  194
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGCTCCACTGTTACAATGCTAAATATTCTGACTATGATGAGCCTA  199

seq1  ATAGAACTCTTAGGTCATAAAGGTTACCAAGGGCTTTCAACTAAGATCAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACTCTTAGGTCATAAAGGTTACCAAGGGCTTTCAACTAAGATCAG  249

seq1  AGTGTTAAAGAATTTGCTCATCATTGATTAAATACAGTAGTTGACACCTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAAAGAATTTGCTCATCATTGATTAAATACAGTAGTTGACACCTT  299

seq1  TAAGTAGTTAGAGTTTGAATAAAGCTTCACAACAAATATGTTTAAGCATG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGTTAGAGTTTGAATAAAGCTTCACAACAAATATGTTTAAGCATG  349

seq1  TCATGATTCTCTATTGTATTTTTACAAATTTTATTCATCACTTTAAAGAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATTCTCTATTGTATTTTTACAAATTTTATTCATCACTTTAAAGAT  399

seq1  ACTTATTACCATATTCTTAAGTTGTTATGAGCTCTATGTGGAAATTCAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTACCATATTCTTAAGTTGTTATGAGCTCTATGTGGAAATTCAAT  449

seq1  GAATTACCAAAGATTCTGATTATGTTTAATGAATAGTTGTTATAAAATAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACCAAAGATTCTGATTATGTTTAATGAATAGTTGTTATAAAATAT  499

seq1  AGTTCAGCTAACATATGAACAAATGTATAGTTCAGTAGGATGTAAGGTTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGCTAACATATGAACAAATGTATAGTTCAGTAGGATGTAAGGTTG  549

seq1  AATAATATTCATTTTAATTTTAAATAGAATTTTTATTTTATGATGGCAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATATTCATTTTAATTTTAAATAGAATTTTTATTTTATGATGGCAAA  599

seq1  ATAAATAACATAAATTGATGCTGTATATCACGAAACTGTGAATTACATAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAACATAAATTGATGCTGTATATCACGAAACTGTGAATTACATAT  649

seq1  ATAATGTGGAATGGTAAAACATAGCTAATTCATAAATACATTACCATGCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTGGAATGGTAAAACATAGCTAATTCATAAATACATTACCATGCT  699

seq1  TAGTTCTCCTGTAGTGCAAACACATAATACCCAATTAGTTAGTAATGTCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTCCTGTAGTGCAAACACATAATACCCAATTAGTTAGTAATGTCC  749

seq1  AAGAACACATTTATTGACAGTAACTATCATTATTATGCTGCCAATACGTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACACATTTATTGACAGTAACTATCATTATTATGCTGCCAATACGTT  799

seq1  TCTTAAATGCATTTACTTTGCATGCTCTTCCATCAACATTGTTGTTTCAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAATGCATTTACTTTGCATGCTCTTCCATCAACATTGTTGTTTCAA  849

seq1  TACAGAAGTCAGCTCAGACATCAGAGCTTAAATTGATCACACCTGTTCTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGTCAGCTCAGACATCAGAGCTTAAATTGATCACACCTGTTCTT  899

seq1  CTGTTCTCTCCTTGAATTGATGACAGGTAAAGGGAATGACAACAAACACT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTCTCCTTGAATTGATGACAGGTAAAGGGAATGACAACAAACACT  949

seq1  GCAATTGCATTGCTATTCTAGGGAGTCAAATGGGCTGGAGTGCAGAAGGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTGCATTGCTATTCTAGGGAGTCAAATGGGCTGGAGTGCAGAAGGA  999

seq1  GCTCAAAAAATCACAGAGATCAAACAACTCACAAACAATGACACTACTGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAAAATCACAGAGATCAAACAACTCACAAACAATGACACTACTGA  1049

seq1  ATTC  1048
      ||||
seq2  ATTC  1053


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |