BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187J11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 127,632,234 - 127,758,595
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneActr3, Slc35f5
Downstream geneLypd1, E030049G20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187J11.bB6Ng01-187J11.g
ACCGA012129GA012130
length988251
definitionB6Ng01-187J11.b B6Ng01-187J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,757,616 - 127,758,595)(127,632,234 - 127,632,484)
sequence
gaattcttgtcctgactttactcagtgaagtatctggcctctgcatgtat
gcatggttgtacatgcatggatgaacacatggacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacactgaaaggagtaagagtta
gcctgcaagagagcaactgagaccaagcaagactcagtattgctcagact
tggggaatgaagtggcagcttcctcctgagcctgacagggctcagcaggg
ctacacaaaggggtgggtaagccagtggaaacccagcatggttaaagtac
actccaccaggttttgtggactataaattaacttgtagatagtagggcga
gggaacatctgctatcaactgacatttaaatagcaattgccaatggaaag
taagcatatggttagttgaatgaagagccagagagagacaaataaacccc
ataaaaggttttagcgcttttccaatttatacattagtgcttgccaatct
gcttccacacagtatcagaaggcattgatctcactccctgaccttgcctg
accccggaagcccaccttggtttagccatcaacttctgagacaacggttc
tcacacaagggcaagagcaatagcatcagcagtactatggagatggctca
gttggtaaagtattgctttgaaagcaagaaaattcgggtataatacccag
cacccatgttaaaatctcagggtggttgtcttagtttgggtttttttttt
aattgggtatttatttcatttacatttccagtgctatcccaaaagtcccc
ccacatgctctcccacccactcccccacccacccactcccacttcttggc
cctgtcgttcccctgatctgaggcatataaagtttgcacgacaaatgggc
ctctctttcccactggatggccgactaggccattttctgaattaatatgc
agctagagacacaaggccccagggggggtactggttag

taatttcaagtaagtctaattgaacttgggcgaggagctaccattgagcg
agtacaatgaaaatgaagtaattgaatatgtttccagaatgtatttgaaa
tgtggtccatcaaaagttgtttcagaacccaagtgactgtcagcacatgc
ttaatatttggaaagagaagaggagaatttaaatgccaagagtgccatag
ctgactgtttagattcttaaggcagactctgctccgtgtgtgtgtgtgtg
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_127757616_127758595
seq2: B6Ng01-187J11.b_51_1038 (reverse)

seq1  CTAACCAGTA-CCCCCCTGGAG-CTTGTGTCTCTAGCTGCATATGAA-TC  47
      |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||
seq2  CTAACCAGTACCCCCCCTGGGGCCTTGTGTCTCTAGCTGCATATTAATTC  50

seq1  AGAAAATGGCCTAGTCGGCCAT-CAGT-GGAAAGAGAGGCCCATTAGTCG  95
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAAAATGGCCTAGTCGGCCATCCAGTGGGAAAGAGAGGCCCATTTGTCG  100

seq1  TGCAAACTTTATATGCCTCAGTACAGGGGAACGACAGGGCCAAGAAGTGG  145
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACTTTATATGCCTCAGATCAGGGGAACGACAGGGCCAAGAAGTGG  150

seq1  GAGTGGGTGGGTGGGGGAGTGGGTGGGAGAGCATGTGGGGGGACTTTTGG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGTGGGTGGGGGAGTGGGTGGGAGAGCATGTGGGGGGACTTTTGG  200

seq1  GATAGCACTGGAAATGTAAATGAAATAAATACCCAATT-AAAAAAAAACC  244
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATAGCACTGGAAATGTAAATGAAATAAATACCCAATTAAAAAAAAAACC  250

seq1  CAAACTAAGACAACCACCCTGAGATTTTAACATGGGTGCTGGGTATTATA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTAAGACAACCACCCTGAGATTTTAACATGGGTGCTGGGTATTATA  300

seq1  CCCGAATTTTCTTGCTTTCAAAGCAATACTTTACCAACTGAGCCATCTCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAATTTTCTTGCTTTCAAAGCAATACTTTACCAACTGAGCCATCTCC  350

seq1  ATAGTACTGCTGATGCTATTGCTCTTGCCCTTGTGTGAGAACCGTTGTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACTGCTGATGCTATTGCTCTTGCCCTTGTGTGAGAACCGTTGTCT  400

seq1  CAGAAGTTGATGGCTAAACCAAGGTGGGCTTCCGGGGTCAGGCAAGGTCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTTGATGGCTAAACCAAGGTGGGCTTCCGGGGTCAGGCAAGGTCA  450

seq1  GGGAGTGAGATCAATGCCTTCTGATACTGTGTGGAAGCAGATTGGCAAGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGAGATCAATGCCTTCTGATACTGTGTGGAAGCAGATTGGCAAGC  500

seq1  ACTAATGTATAAATTGGAAAAGCGCTAAAACCTTTTATGGGGTTTATTTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGTATAAATTGGAAAAGCGCTAAAACCTTTTATGGGGTTTATTTG  550

seq1  TCTCTCTCTGGCTCTTCATTCAACTAACCATATGCTTACTTTCCATTGGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTGGCTCTTCATTCAACTAACCATATGCTTACTTTCCATTGGC  600

seq1  AATTGCTATTTAAATGTCAGTTGATAGCAGATGTTCCCTCGCCCTACTAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTATTTAAATGTCAGTTGATAGCAGATGTTCCCTCGCCCTACTAT  650

seq1  CTACAAGTTAATTTATAGTCCACAAAACCTGGTGGAGTGTACTTTAACCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGTTAATTTATAGTCCACAAAACCTGGTGGAGTGTACTTTAACCA  700

seq1  TGCTGGGTTTCCACTGGCTTACCCACCCCTTTGTGTAGCCCTGCTGAGCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGTTTCCACTGGCTTACCCACCCCTTTGTGTAGCCCTGCTGAGCC  750

seq1  CTGTCAGGCTCAGGAGGAAGCTGCCACTTCATTCCCCAAGTCTGAGCAAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGGCTCAGGAGGAAGCTGCCACTTCATTCCCCAAGTCTGAGCAAT  800

seq1  ACTGAGTCTTGCTTGGTCTCAGTTGCTCTCTTGCAGGCTAACTCTTACTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCTTGCTTGGTCTCAGTTGCTCTCTTGCAGGCTAACTCTTACTC  850

seq1  CTTTCA--GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  892
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  900

seq1  GTGTGTCCATGTGTTCATCCATGCATGTACAACCATGCATACATGCAGAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCCATGTGTTCATCCATGCATGTACAACCATGCATACATGCAGAG  950

seq1  GCCAGATACTTCACTGAGTAAAGTCAGGACAAGAATTC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATACTTCACTGAGTAAAGTCAGGACAAGAATTC  988


seq1: chr1_127632234_127632484
seq2: B6Ng01-187J11.g_70_320

seq1  TAATTTCAAGTAAGTCTAATTGAACTTGGGCGAGGAGCTACCATTGAGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCAAGTAAGTCTAATTGAACTTGGGCGAGGAGCTACCATTGAGCG  50

seq1  AGTACAATGAAAATGAAGTAATTGAATATGTTTCCAGAATGTATTTGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAATGAAAATGAAGTAATTGAATATGTTTCCAGAATGTATTTGAAA  100

seq1  TGTGGTCCATCAAAAGTTGTTTCAGAACCCAAGTGACTGTCAGCACATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCCATCAAAAGTTGTTTCAGAACCCAAGTGACTGTCAGCACATGC  150

seq1  TTAATATTTGGAAAGAGAAGAGGAGAATTTAAATGCCAAGAGTGCCATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATTTGGAAAGAGAAGAGGAGAATTTAAATGCCAAGAGTGCCATAG  200

seq1  CTGACTGTTTAGATTCTTAAGGCAGACTCTGCTCCGTGTGTGTGTGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGTTTAGATTCTTAAGGCAGACTCTGCTCCGTGTGTGTGTGTGTG  250

seq1  T  251
      |
seq2  T  251


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |