BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188L15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 41,618,719 - 41,821,569
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlc9a4, Slc9a2, Mfsd9, Tmem182, Ppia-ps1_352.1, LOC100041441
Downstream geneLOC383634, LOC666582, 2610017I09Rik, Pou3f3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188L15.bB6Ng01-188L15.g
ACCGA012949GA012950
length1,1051,142
definitionB6Ng01-188L15.b B6Ng01-188L15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,618,719 - 41,619,802)(41,820,438 - 41,821,569)
sequence
gaattcatttatcttttattggatcaatgctattgactaattgctgtaat
tcctgtttcacaaaaacaggcaaaatgaataaataaaacccacaactaga
gatgaaaatgttggggagaatatttagcaggccattgatactggaagaag
ataaagattactgctaagccgatgttcaggcttcagatttcaccctgaag
tttcttctctgtagttttgtgtacatcatatgacttacttgaaattcttt
tattcctctcagagatgaacataacaatgggcatcttcatgtggtagtgg
agggagactgtgctcttgaagaggtacattaagcaaagctaagggaaaat
gcatacccatgctaggaggacttcagagatattaaaacagctaaggcaaa
gagcttgaaagcttcatgagagggagcagaaattgcacactaagttgcta
atggcagaggcacggggctattcagcagtaacaatgacagcagatgccat
gtagcatgctagcaagttctgaagggaacaaactatcgcttagcatctca
gctccaataaaccatcaacaatatataaagtcagtataaaagtgttctga
acacacagaagagcagagctgatatgtgtctacacttaggaagatgctaa
gtgattcagctgaatgaaggaaatgagttaacaggaaaggggagagaaag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaaga
gcctcctgtagctggcagttcctccaaaagatgcagatgacttgccagga
agcagggctaagtgaggatgattgctctgaaagttccaggttggtgcagc
attatatgaagagcttctttgttaacaggaacaaaactcgggagctaagg
caaggaaaagttaaagaagaccatttgcaagaaatcaacagaaggttgac
aattgataataataggtctggtttaaataattctttggtgaaacagggaa
tttacagcaaattagctaatcaccatgcgatcctactaagaaaaatggaa
tttccatttttctttcaattcaacaaatagttttggttgctcgtggtcat
cagtt

gaattccaaaataaagtttggttggctgtgcattaaatccaattagaaaa
caaactgtcacatttcagattacatagaaatgtttttttaatttaattta
attgaatagccgtaattaaagatataaaatactcttcttgtcactattga
tcatggcagacaaattagtattccaagcatcatagcagttaccattctgt
gttctccccttcccctgagcagcttgaattcaaagcatcacaccacactt
tctctgccatgtttcacagaaagcaagctgcattcttgctatatctggat
gatgctggtgtaggatattcagcattattaaatctgtggagtcattggcg
aaattagttgctatcttgtttaaagtggggtgtccagagatggctgtagg
agagggcatgtgctatttgcttatggatttaagtgcctggaagggaaagt
gtgggagaaaacaaaggtcatttgcttttcaggaagctaaagaacgttga
cgttgagacttgtgagggctgatcttaacggtcatcaacagtggtgtggt
tataatattgccaatggtttaccaagctctttgagagggttgatcttcca
tcataaacattagctcaaaactagctccatcacctgttagatattatata
aaatcaaaattttctaactaaacatttataaatgcatatgcatagcagac
tatcatcctttttcccatgaagctttcacacactagtttttcttgtcact
gacagactgaccataccatctggtgaaggcatgccctatgagcatgcact
atgctaagtcccaacagtccatagattgtgccattatcattaagtaactg
gtaactgtatttgtttacattactttgctttgaccctaaaagacttgata
ttgaatatctttcttcagcatcatgttgtcttctgtttgttcaacataac
atagtatatagatagcatacagccagtattattatttcccttccaatgga
aaatctggttcattttttccttgttttcatcctttattaaaatcatttat
gtacagtactataaaggcctgatataaccctcccgtatctttatttatgg
tgacacagtggaatgatattttgcacaccgaaatatccattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_41618719_41619802
seq2: B6Ng01-188L15.b_49_1153

seq1  GAATTCATTTATCTTTTATTGGATCAATGCTATTGACTAATTGCTGTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTATCTTTTATTGGATCAATGCTATTGACTAATTGCTGTAAT  50

seq1  TCCTGTTTCACAAAAACAGGCAAAATGAATAAATAAAACCCACAACTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTCACAAAAACAGGCAAAATGAATAAATAAAACCCACAACTAGA  100

seq1  GATGAAAATGTTGGGGAGAATATTTAGCAGGCCATTGATACTGGAAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAATGTTGGGGAGAATATTTAGCAGGCCATTGATACTGGAAGAAG  150

seq1  ATAAAGATTACTGCTAAGCCGATGTTCAGGCTTCAGATTTCACCCTGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGATTACTGCTAAGCCGATGTTCAGGCTTCAGATTTCACCCTGAAG  200

seq1  TTTCTTCTCTGTAGTTTTGTGTACATCATATGACTTACTTGAAATTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTCTGTAGTTTTGTGTACATCATATGACTTACTTGAAATTCTTT  250

seq1  TATTCCTCTCAGAGATGAACATAACAATGGGCATCTTCATGTGGTAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTCTCAGAGATGAACATAACAATGGGCATCTTCATGTGGTAGTGG  300

seq1  AGGGAGACTGTGCTCTTGAAGAGGTACATTAAGCAAAGCTAAGGGAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGACTGTGCTCTTGAAGAGGTACATTAAGCAAAGCTAAGGGAAAAT  350

seq1  GCATACCCATGCTAGGAGGACTTCAGAGATATTAAAACAGCTAAGGCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACCCATGCTAGGAGGACTTCAGAGATATTAAAACAGCTAAGGCAAA  400

seq1  GAGCTTGAAAGCTTCATGAGAGGGAGCAGAAATTGCACACTAAGTTGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGAAAGCTTCATGAGAGGGAGCAGAAATTGCACACTAAGTTGCTA  450

seq1  ATGGCAGAGGCACGGGGCTATTCAGCAGTAACAATGACAGCAGATGCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGAGGCACGGGGCTATTCAGCAGTAACAATGACAGCAGATGCCAT  500

seq1  GTAGCATGCTAGCAAGTTCTGAAGGGAACAAACTATCGCTTAGCATCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCATGCTAGCAAGTTCTGAAGGGAACAAACTATCGCTTAGCATCTCA  550

seq1  GCTCCAATAAACCATCAACAATATATAAAGTCAGTATAAAAGTGTTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAATAAACCATCAACAATATATAAAGTCAGTATAAAAGTGTTCTGA  600

seq1  ACACACAGAAGAGCAGAGCTGATATGTGTCTACACTTAGGAAGATGCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGAAGAGCAGAGCTGATATGTGTCTACACTTAGGAAGATGCTAA  650

seq1  GTGATTCAGCTGAATGAAGGAAATGAGTTAACAGGAAAGGGGAGAGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTCAGCTGAATGAAGGAAATGAGTTAACAGGAAAGGGGAGAGAAAG  700

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGA  750

seq1  GCCTCCTGTAGCTGGCAGTTCCTCCAAAAGATGCAGATGACTTG-CAGGA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCCTCCTGTAGCTGGCAGTTCCTCCAAAAGATGCAGATGACTTGCCAGGA  800

seq1  AGCAGGGCTAAGTGAGGATGATTGCTCTG-AAGTTCCAGGTTGGTGCAGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGCTAAGTGAGGATGATTGCTCTGAAAGTTCCAGGTTGGTGCAGC  850

seq1  ATTATATGAAGAGCTTCTTGGTTACCAGGAAC-AAACTCGGGAGCT-AGG  896
      ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||
seq2  ATTATATGAAGAGCTTCTTTGTTAACAGGAACAAAACTCGGGAGCTAAGG  900

seq1  CAAGGAAAAGTTAAAGAAGACCATTTGC-AGAAATCAACAGGAGGTTGAC  945
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  CAAGGAAAAGTTAAAGAAGACCATTTGCAAGAAATCAACAGAAGGTTGAC  950

seq1  AA-TGATTATTATAGGTCTTGTTT-AATAAT--TTTTGTGAAACAGG--A  989
      || |||| || |||||||| |||| ||||||  ||| ||||||||||  |
seq2  AATTGATAATAATAGGTCTGGTTTAAATAATTCTTTGGTGAAACAGGGAA  1000

seq1  ATTACAGC-AATTAGTTAAT-AACAT-CGAT-CTAATAA-AAAAAT-GAA  1033
       ||||||| |||||| |||| | ||| |||| ||| ||| |||||| |||
seq2  TTTACAGCAAATTAGCTAATCACCATGCGATCCTACTAAGAAAAATGGAA  1050

seq1  TTCCCA--TTTCTTCAAATTCAGCAAATAGTTTTGGTTGCT-GT-GTTAT  1079
      || |||  ||||||  |||||| |||||||||||||||||| || || ||
seq2  TTTCCATTTTTCTTTCAATTCAACAAATAGTTTTGGTTGCTCGTGGTCAT  1100

seq1  CAGTT  1084
      |||||
seq2  CAGTT  1105


seq1: chr1_41820438_41821569
seq2: B6Ng01-188L15.g_65_1206 (reverse)

seq1  GAATGGATATT---CTGTGC-AAATATCATCCCACTGTGTCA-CATTAAT  45
      |||||||||||    ||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||
seq2  GAATGGATATTTCGGTGTGCAAAATATCATTCCACTGTGTCACCATAAAT  50

seq1  AAAGATTACGGAGG--TATATCAGG-CTTTATAGTACTGTACATAAATGA  92
      ||||||   |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATACGGGAGGGTTATATCAGGCCTTTATAGTACTGTACATAAATGA  100

seq1  TTTAATTAAAAGATGAAAACAAGAAAAAAATGACCCAGA-TTTCCATTGG  141
      ||| | |||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  TTTTAATAAAGGATGAAAACAAGGAAAAAATGAACCAGATTTTCCATTGG  150

seq1  AA-GGAAATAATAATACTGGCTGTATGCTATCTATATACTATGTTATGTT  190
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAATAATAATACTGGCTGTATGCTATCTATATACTATGTTATGTT  200

seq1  GAACAAACAGAAGACAACATGATGCTGAAGAAAGATATTCAATATCAAGT  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACAGAAGACAACATGATGCTGAAGAAAGATATTCAATATCAAGT  250

seq1  CTTTTAGGGTCAAAGCAAAGTAATGTAAACAAATACAGTTACCAGTTACT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGGTCAAAGCAAAGTAATGTAAACAAATACAGTTACCAGTTACT  300

seq1  TAATGATAATGGCACAATCTATGGACTGTTGGGACTTAGCATAGTGCATG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATAATGGCACAATCTATGGACTGTTGGGACTTAGCATAGTGCATG  350

seq1  CTCATAGGGCATGCCTTCACCAGATGGTATGGTCAGTCTGTCAGTGACAA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGGGCATGCCTTCACCAGATGGTATGGTCAGTCTGTCAGTGACAA  400

seq1  GAAAAACTAGTGTGTGAAAGCTTCATGGGAAAAAGGATGATAGTCTGCTA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACTAGTGTGTGAAAGCTTCATGGGAAAAAGGATGATAGTCTGCTA  450

seq1  TGCATATGCATTTATAAATGTTTAGTTAGAAAATTTTGATTTTATATAAT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGCATTTATAAATGTTTAGTTAGAAAATTTTGATTTTATATAAT  500

seq1  ATCTAACAGGTGATGGAGCTAGTTTTGAGCTAATGTTTATGATGGAAGAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACAGGTGATGGAGCTAGTTTTGAGCTAATGTTTATGATGGAAGAT  550

seq1  CAACCCTCTCAAAGAGCTTGGTAAACCATTGGCAATATTATAACCACACC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTCTCAAAGAGCTTGGTAAACCATTGGCAATATTATAACCACACC  600

seq1  ACTGTTGATGACCGTTAAGATCAGCCCTCACAAGTCTCAACGTCAACGTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGATGACCGTTAAGATCAGCCCTCACAAGTCTCAACGTCAACGTT  650

seq1  CTTTAGCTTCCTGAAAAGCAAATGACCTTTGTTTTCTCCCACACTTTCCC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCTTCCTGAAAAGCAAATGACCTTTGTTTTCTCCCACACTTTCCC  700

seq1  TTCCAGGCACTTAAATCCATAAGCAAATAGCACATGCCCTCTCCTACAGC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGCACTTAAATCCATAAGCAAATAGCACATGCCCTCTCCTACAGC  750

seq1  CATCTCTGGACACCCCACTTTAAACAAGATAGCAACTAATTTCGCCAATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGGACACCCCACTTTAAACAAGATAGCAACTAATTTCGCCAATG  800

seq1  ACTCCACAGATTTAATAATGCTGAATATCCTACACCAGCATCATCCAGAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACAGATTTAATAATGCTGAATATCCTACACCAGCATCATCCAGAT  850

seq1  ATAGCAAGAATGCAGCTTGCTTTCTGTGAAACATGGCAGAGAAAGTGTGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAAGAATGCAGCTTGCTTTCTGTGAAACATGGCAGAGAAAGTGTGG  900

seq1  TGTGATGCTTTGAATTCAAGCTGCTCAGGGGAAGGGGAGAACACAGAATG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGCTTTGAATTCAAGCTGCTCAGGGGAAGGGGAGAACACAGAATG  950

seq1  GTAACTGCTATGATGCTTGGAATACTAATTTGTCTGCCATGATCAATAGT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTGCTATGATGCTTGGAATACTAATTTGTCTGCCATGATCAATAGT  1000

seq1  GACAAGAAGAGTATTTTATATCTTTAATTACGGCTATTCAATTAAATTAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAAGAGTATTTTATATCTTTAATTACGGCTATTCAATTAAATTAA  1050

seq1  ATTAAAAAAACATTTCTATGTAATCTGAAATGTGACAGTTTGTTTTCTAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAAACATTTCTATGTAATCTGAAATGTGACAGTTTGTTTTCTAA  1100

seq1  TTGGATTTAATGCACAGCCAACCAAACTTTATTTTGGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTTAATGCACAGCCAACCAAACTTTATTTTGGAATTC  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |