BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188P03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 67,121,655 - 67,273,679
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCps1
Upstream geneMtap2, C030018G13Rik, Rpe, 1110028C15Rik, Acadl, Myl1, LOC100043192, Lancl1
Downstream geneKif22-ps, Erbb4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188P03.bB6Ng01-188P03.g
ACCGA013101GA013102
length1,0501,064
definitionB6Ng01-188P03.b B6Ng01-188P03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,121,655 - 67,122,690)(67,272,610 - 67,273,679)
sequence
gaattcctgtcccttgccccggagtcggaattacagtgtctgtgagcttc
ataatgtaggagcagggaactgacactgggtactttgggagagcagtagt
aaacactcttttttcattaattaattaattaatcaatcaatcaatcaatc
gcagtaccccttttgtcttctactcacaaatccctttccagatacccctt
ccattcccctttgagaaaggggagaaccccttgggtattaccccaacctg
ggacatcaagtcacctcaggacttggaacatcctctctgctgaggccaga
caaggcggccaagtaagggaacaggcaggcaacagattcaggaacagcgc
tggctccagttgttgaaggacccacatgaagaccgagctgcacacttgct
acatacacgccggggtggtggtggtgctaggtgctctttggttggtggtt
cactctctgggagcccccaagagtccaagttagttgactgttggtcttgt
ggagtcccaatttgctttgggtccctcaggtctcccaactcttttgcaag
actccctgagctccatctaatgcttggctgtgggtctcctcatctgttcc
attggctgctggttggagcctctcaggggacagttatgctaggctcctgt
ctacaagcataaccaggtatcattaagagtgtcagggatttgttcttgcc
tgtgggatggctaacacttaacatatggagccctctctccctagcctcat
tattacaactcttataatgggcattagaaggcttcctgttacagcttaat
gtgcaattctgtagtgctttctggtgtcagacattcttttctttttgtga
cttttagcctccagtatattttcttttgtgataaagctattacaaacata
ttgtataatttaggagactttaagtatttgattcctatttatttgtttgt
ataatgtaacctggtggcatcttttgtacctgtgtgtgtgtagacaaact
ggccgaatgtttgcctttgaattaaccaggaaagcttcttcagttgaact


gaattcactttctagataaacatggtctttgttagtcatatccaacatgg
tttcctcccgccgttatgaatgtaagccttaaatgttgctttttccttgg
tatgagttatttgttcttcaatgtaggtgaaattccatttgtgttctctt
gttgtctgcctcctacctatgtttaagccccttcatgcacaatgagtcct
caacatctttgtctagaaccacgcagactctttgtgcatgttctgttgtt
attgttgctgtttgtttggttgttctgttctgttttgttttgcctggtta
tggagatactgtgctgagatctgaacattgagttagccctcctggcacct
ggctgttttgatcttccaaacagcctgctctcattgctgagttcttcttt
tccagtgcttttaataactcattaatcatcctggaagttcatgtgctagg
agccccttaaatattaagttcctttcaaaccctgtttgccactcactaga
agtctatgctcagaaaagttaatagctttggccctcacttcttctaaaag
aatgatgagaaagttcctatctcttgaggctctacagctcacaaatttgt
gttttctgatttagcatttttttagggagtctcctaatccctttggtaca
gtggtaacaatacttgtggtattatgtcattgtcattgaccagtaggaaa
atttattagcaatcgttatagagtgttaagactcacaatcagccctttct
gggcaaatagcagttctcatgaaatattgattaacattaacattaagata
gttgcctttttccagcttttcggctttttaatcctgggttctccttccat
ttattatagcccaaaccaactttcccaccatatgcatcatttccacatgt
gtttttcctatggtccagctcatttttcagagtttctatcagtatgtagt
tttatccttcctaggaccccactttaccccattcccctgattcctgccca
ttgccatcagtgttgcccacttctaagatttccagtgtttagattttgtg
ttttgagcaacgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_67121655_67122690
seq2: B6Ng01-188P03.b_50_1099

seq1  GAATTCCTGTCCCTTGCCCCGGAGTCGGAATTACAGTGTCTGTGAGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCCCTTGCCCCGGAGTCGGAATTACAGTGTCTGTGAGCTTC  50

seq1  ATAATGTAGGAGCAGGGAACTGACACTGGGTACTTTGGGAGAGCAGTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTAGGAGCAGGGAACTGACACTGGGTACTTTGGGAGAGCAGTAGT  100

seq1  AAACACTCTTTTTTCATTAATTAATTAATTAATCAATCAATCAATCAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTCTTTTTTCATTAATTAATTAATTAATCAATCAATCAATCAATC  150

seq1  GCAGTACCCCTTTTGTCTTCTACTCACAAATCCCTTTCCAGATACCCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTACCCCTTTTGTCTTCTACTCACAAATCCCTTTCCAGATACCCCTT  200

seq1  CCATTCCCCTTTGAGAAAGGGGAGAACCCCTTGGGTATTACCCCAACCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCCCTTTGAGAAAGGGGAGAACCCCTTGGGTATTACCCCAACCTG  250

seq1  GGACATCAAGTCACCTCAGGACTTGGAACATCCTCTCTGCTGAGGCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCAAGTCACCTCAGGACTTGGAACATCCTCTCTGCTGAGGCCAGA  300

seq1  CAAGGCGGCCAAGTAAGGGAACAGGCAGGCAACAGATTCAGGAACAGCGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCGGCCAAGTAAGGGAACAGGCAGGCAACAGATTCAGGAACAGCGC  350

seq1  TGGCTCCAGTTGTTGAAGGACCCACATGAAGACCGAGCTGCACACTTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCAGTTGTTGAAGGACCCACATGAAGACCGAGCTGCACACTTGCT  400

seq1  ACATACACGCCGGGGTGGTGGTGGTGCTAGGTGCTCTTTGGTTGGTGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACGCCGGGGTGGTGGTGGTGCTAGGTGCTCTTTGGTTGGTGGTT  450

seq1  CACTCTCTGGGAGCCCCCAAGAGTCCAAGTTAGTTGACTGTTGGTCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTGGGAGCCCCCAAGAGTCCAAGTTAGTTGACTGTTGGTCTTGT  500

seq1  GGAGTCCCAATTTGCTTTGGGTCCCTCAGGTCTCCCAACTCTTTTGCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCCCAATTTGCTTTGGGTCCCTCAGGTCTCCCAACTCTTTTGCAAG  550

seq1  ACTCCCTGAGCTCCATCTAATGCTTGGCTGTGGGTCTCCTCATCTGTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTGAGCTCCATCTAATGCTTGGCTGTGGGTCTCCTCATCTGTTCC  600

seq1  ATTGGCTGCTGGTTGGAGCCTCTCAGGGGACAGTTATGCTAGGCTCCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTGCTGGTTGGAGCCTCTCAGGGGACAGTTATGCTAGGCTCCTGT  650

seq1  CTACAAGCATAACCAGGTATCATTAAGAGTGTCAGGGATTTGTTCTTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGCATAACCAGGTATCATTAAGAGTGTCAGGGATTTGTTCTTGCC  700

seq1  TGTGGGATGGCTAACACTTAACATATGGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGATGGCTAACACTTAACATATGGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCAT  750

seq1  TATTACAACTCTTATAATGGGCATTAGAAGGCTTCCTGTTACAGCTTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAACTCTTATAATGGGCATTAGAAGGCTTCCTGTTACAGCTTAAT  800

seq1  GTGCAATTCTGTAGTGCTTTCTGGTGTCAGACATTCTTTTCTTTTTGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAATTCTGTAGTGCTTTCTGGTGTCAGACATTCTTTTCTTTTTGTGA  850

seq1  CTTTTAGCCTCCAGTATATTTTCTTTTGTGATAAAGCTA-TACAAACATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTTAGCCTCCAGTATATTTTCTTTTGTGATAAAGCTATTACAAACATA  900

seq1  TTGTATAATTTAGGAGACTTTAAGTATTTGATT-CTATTTATTTGTTTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TTGTATAATTTAGGAGACTTTAAGTATTTGATTCCTATTTATTTG-TTTG  949

seq1  TAT-ATGT-ACCT-GTGGCATC-TTTGTACCTGTGTGTGTGTAGACCAAC  994
      ||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATAATGTAACCTGGTGGCATCTTTTGTACCTGTGTGTGTGTAGACAAAC  999

seq1  T-GCCG-ATGTTTGCCTT--GATTAA-CAG--AAGCT--CTCAGTTGAAC  1035
      | |||| |||||||||||   ||||| |||  |||||   ||||||||||
seq2  TGGCCGAATGTTTGCCTTTGAATTAACCAGGAAAGCTTCTTCAGTTGAAC  1049

seq1  T  1036
      |
seq2  T  1050


seq1: chr1_67272610_67273679
seq2: B6Ng01-188P03.g_66_1129 (reverse)

seq1  AACGTTGCCTCAAAACACAAAATCTTAAACACTGGAAATCTTTAGAAGTG  50
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACGTTG-CTCAAAACACAAAATC-TAAACACTGGAAATC-TTAGAAGTG  47

seq1  GGCAACACCTGATGGCAATGGGCAGGAATCCAGGGGAATGGGGTAAAGTT  100
      ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  GGCAACA-CTGATGGCAATGGGCAGGAAT-CAGGGGAATGGGGTAAAG-T  94

seq1  GGGGTCCTAGGAAGGATAAAACTACATACTGATAGAAACTCTGAAAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCCTAGGAAGGATAAAACTACATACTGATAGAAACTCTGAAAAATG  144

seq1  AGCTGGACCATTAGGAAAACACATGTGGAAATGATGCATATGGTGGGAAA  200
      |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGACCATAGGAAAAACACATGTGGAAATGATGCATATGGTGGGAAA  194

seq1  GTTGGTTTGGGCTATAATAAATGGAAGGAGAACCCAGGATTAAAAAGCCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTTGGGCTATAATAAATGGAAGGAGAACCCAGGATTAAAAAGCCG  244

seq1  AAAAGCTGGAAAAAGGCAACTATCTTAATGTTAATGTTAATCAATATTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTGGAAAAAGGCAACTATCTTAATGTTAATGTTAATCAATATTTC  294

seq1  ATGAGAACTGCTATTTGCCCAGAAAGGGCTGATTGTGAGTCTTAACACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAACTGCTATTTGCCCAGAAAGGGCTGATTGTGAGTCTTAACACTC  344

seq1  TATAACGATTGCTAATAAATTTTCCTACTGGTCAATGACAATGACATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACGATTGCTAATAAATTTTCCTACTGGTCAATGACAATGACATAAT  394

seq1  ACCACAAGTATTGTTACCACTGTACCAAAGGGATTAGGAGACTCCCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAGTATTGTTACCACTGTACCAAAGGGATTAGGAGACTCCCTAAA  444

seq1  AAAATGCTAAATCAGAAAACACAAATTTGTGAGCTGTAGAGCCTCAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCTAAATCAGAAAACACAAATTTGTGAGCTGTAGAGCCTCAAGAG  494

seq1  ATAGGAACTTTCTCATCATTCTTTTAGAAGAAGTGAGGGCCAAAGCTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAACTTTCTCATCATTCTTTTAGAAGAAGTGAGGGCCAAAGCTATT  544

seq1  AACTTTTCTGAGCATAGACTTCTAGTGAGTGGCAAACAGGGTTTGAAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTCTGAGCATAGACTTCTAGTGAGTGGCAAACAGGGTTTGAAAGG  594

seq1  AACTTAATATTTAAGGGGCTCCTAGCACATGAACTTCCAGGATGATTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAATATTTAAGGGGCTCCTAGCACATGAACTTCCAGGATGATTAAT  644

seq1  GAGTTATTAAAAGCACTGGAAAAGAAGAACTCAGCAATGAGAGCAGGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATTAAAAGCACTGGAAAAGAAGAACTCAGCAATGAGAGCAGGCTG  694

seq1  TTTGGAAGATCAAAACAGCCAGGTGCCAGGAGGGCTAACTCAATGTTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAGATCAAAACAGCCAGGTGCCAGGAGGGCTAACTCAATGTTCAG  744

seq1  ATCTCAGCACAGTATCTCCATAACCAGGCAAAACAAAACAGAACAGAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGCACAGTATCTCCATAACCAGGCAAAACAAAACAGAACAGAACA  794

seq1  ACCAAACAAACAGCAACAATAACAACAGAACATGCACAAAGAGTCTGCGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACAAACAGCAACAATAACAACAGAACATGCACAAAGAGTCTGCGT  844

seq1  GGTTCTAGACAAAGATGTTGAGGACTCATTGTGCATGAAGGGGCTTAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAGACAAAGATGTTGAGGACTCATTGTGCATGAAGGGGCTTAAAC  894

seq1  ATAGGTAGGAGGCAGACAACAAGAGAACACAAATGGAATTTCACCTACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTAGGAGGCAGACAACAAGAGAACACAAATGGAATTTCACCTACAT  944

seq1  TGAAGAACAAATAACTCATACCAAGGAAAAAGCAACATTTAAGGCTTACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAACAAATAACTCATACCAAGGAAAAAGCAACATTTAAGGCTTACA  994

seq1  TTCATAACGGCGGGAGGAAACCATGTTGGATATGACTAACAAAGACCATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAACGGCGGGAGGAAACCATGTTGGATATGACTAACAAAGACCATG  1044

seq1  TTTATCTAGAAAGTGAATTC  1070
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTAGAAAGTGAATTC  1064


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |