BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190H19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,138,018 - 82,299,148
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIrs1
Upstream gene9430031J16Rik, EG621020, LOC433328, EG665145
Downstream geneRhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190H19.bB6Ng01-190H19.g
ACCGA014230GA014231
length1,1711,132
definitionB6Ng01-190H19.b B6Ng01-190H19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,138,018 - 82,139,214)(82,298,009 - 82,299,148)
sequence
gaattccaggactaccaaggctacatagaaaaatcctgtcttgaaaagac
aaaataaataaataagacaaagcattagagatatacttaatagtcctctc
agttgaaaaacatttgttagagacagaacaccatgcttgcacttgcccag
tagacagcaatgactacatatatgctacacagcacattagttagtttcat
gaagcacctttcacttctctgcatatttgccattagaaagaatcacgcaa
aggacagaaaataacaatgttgctgtgatcaaaacacctcacagaaacaa
ctttaaatatttaattttgactcacggtgtcaggggacttctgcccaaca
tggcaggaaatacatggcagagtggttctgtccaaggtggggagaacata
agatagtaactactcatatttgatgaagcgggaagcagagaactgtctgg
aaccagggactgggctatgactatcaagggactgttcctagtgacctaat
tctaccatctaatccttacctcccacaggctccacactttgctaaaaata
acaagcattgaaaacatagacagtggtagaaatttatgttccaaattcta
acaagcagaatattcaaacaaccattgtgtggcccatttagggatcgaaa
gagttgcaagagtggttcagtcgagcattccttagaaggtttgttttgtc
tggggcagcatgcagctcacagctgatgatgcgcttgagtgacaggtgcc
tgttaggctcttgagttccacatcctagcaccagctctttgaattaattc
ttgaagctagtgcaacgctattccaattgtgtccccactaacccagagaa
aaatgtggttctctccgttcaaaatggtgcctgatgtggctaagtgatta
ggtcctgttttgggtcttgctttgtgattcacttttctttgttccttcat
tcttgcaatagaaaaaatgagatattatgacatttgtttttccctcatgg
taatttctctgtcttcacacgaccattgccccttccccaggactgctatg
acagcatcatttagcctctgtgtttcagacttaaccttagaaacgcccag
agtcctctgaaaacattctctgttgaggctgtcctaggaaccatacataa
ggaatggagaaatgtcacaca
gaattcatcctaacagtggctaagtaacattagatttctcacagtctctt
ctaagtcagcaagacagcattgcataatatctttagaattactaagttat
gaagtctgtggggaagaaggtgaaaagaaggtcagctgctgatatcaaat
caggtgccagatgtgacgacccccgcttagtcggaggcactagagcctgc
aagtcagcagaacattactgaatccagcatcaagcagaagccagatgctt
gacaaagacagccttacctgtgcagtcagcattgtgctatataacgtgga
gacactgaacagaggggcaactatttaagagcaaacaccgcaggctatga
ctggcctgtttttgcagctctacttccttaccccatgttgtggaccttta
tttctaatgtatgctatagactcatgcttatattataaagagaaatggaa
atagagcttggataagcagagtcctaaaacctaatgtaacatcttcatgc
tgcctgctgtatgtacttcctatacgttcacgtttgtatgattggctgga
ggtgctaatgcatgaactagcaagaattctgcctttgttcctgctgaagt
tctagccctaaccttctgaattagtagactgtgatctaaacggataagcc
aaataaaccccttcctcccttaaatttttttttttttttggtgaaagtgt
tttggcacagcaagagaatgaaacctcaacaacatgaaaagcttaaggtt
tttcttgactttcctactcctatttatataagatcaactctatagccttc
agtgccccattctggcactggatgtacatagtgcacatacagagcaacca
aataagtaagtaagtaaataaataaaagcttactgtactttaacaagata
ctattactttccgattattgatactcagacagaaaggaggctaagtaagt
tgcctgtattttacaggaagtgttaggcagagccagctgagtctaggctg
cagatctaaagtctgagctaatagctagtctatgatgctcgtgcaaagaa
gaagtctataatgtgtaaattccctctcccttctgttctcattccttcac
catctctgaaggctacaagagacgtttatcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82138018_82139214
seq2: B6Ng01-190H19.b_47_1217

seq1  GAATTCCAGGACTACCAAGGCTACATAGAAAAATCCTGTCTTGAAAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACTACCAAGGCTACATAGAAAAATCCTGTCTTGAAAAGAC  50

seq1  AAAATAAATAAATAAGACAAAGCATTAGAGATATACTTAATAGTCCTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATAAATAAGACAAAGCATTAGAGATATACTTAATAGTCCTCTC  100

seq1  AGTTGAAAAACATTTGTTAGAGACAGAACACCATGCTTGCACTTGCCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAAAACATTTGTTAGAGACAGAACACCATGCTTGCACTTGCCCAG  150

seq1  TAGACAGCAATGACTACATATATGCTACACAGCACATTAGTTAGTTTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGCAATGACTACATATATGCTACACAGCACATTAGTTAGTTTCAT  200

seq1  GAAGCACCTTTCACTTCTCTGCATATTTGCCATTAGAAAGAATCACGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACCTTTCACTTCTCTGCATATTTGCCATTAGAAAGAATCACGCAA  250

seq1  AGGACAGAAAATAACAATGTTGCTGTGATCAAAACACCTCACAGAAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGAAAATAACAATGTTGCTGTGATCAAAACACCTCACAGAAACAA  300

seq1  CTTTAAATATTTAATTTTGACTCACGGTGTCAGGGGACTTCTGCCCAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAATATTTAATTTTGACTCACGGTGTCAGGGGACTTCTGCCCAACA  350

seq1  TGGCAGGAAATACATGGCAGAGTGGTTCTGTCCAAGGTGGGGAGAACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGAAATACATGGCAGAGTGGTTCTGTCCAAGGTGGGGAGAACATA  400

seq1  AGATAGTAACTACTCATATTTGATGAAGCGGGAAGCAGAGAACTGTCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGTAACTACTCATATTTGATGAAGCGGGAAGCAGAGAACTGTCTGG  450

seq1  AACCAGGGACTGGGCTATGACTATCAAGGGACTGTTCCTAGTGACCTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGGACTGGGCTATGACTATCAAGGGACTGTTCCTAGTGACCTAAT  500

seq1  TCTACCATCTAATCCTTACCTCCCACAGGCTCCACACTTTGCTAAAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCATCTAATCCTTACCTCCCACAGGCTCCACACTTTGCTAAAAATA  550

seq1  ACAAGCATTGAAAACATAGACAGTGGTAGAAATTTATGTTCCAAATTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCATTGAAAACATAGACAGTGGTAGAAATTTATGTTCCAAATTCTA  600

seq1  ACAAGCAGAATATTCAAACAACCATTGTGTGGCCCATTTAGGGATCGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAGAATATTCAAACAACCATTGTGTGGCCCATTTAGGGATCGAAA  650

seq1  GAGTTGCAAGAGTGGTTCAGTCGAGCATTCCTTAGAAGGTTTGTTTTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCAAGAGTGGTTCAGTCGAGCATTCCTTAGAAGGTTTGTTTTGTC  700

seq1  TGGGGCAGCATGCAGCTCACAGCTGATGATGCGCTTGAGTGACAGGTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCAGCATGCAGCTCACAGCTGATGATGCGCTTGAGTGACAGGTGCC  750

seq1  TGTTAGGCTCTTGAGTTCCACATCCTAGCACCAGCTCTTTGAATTAATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGCTCTTGAGTTCCACATCCTAGCACCAGCTCTTTGAATTAATTC  800

seq1  TTGAAGCTAGTGCAACGCTATTCCAATTGTGTCCCCACTAACCCAGAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTAGTGCAACGCTATTCCAATTGTGTCCCCACTAACCCAGAGAA  850

seq1  AAATGTGGTTCTCTCCGTTCAAAATGGTGCCTGATGTGGCTAAGTGATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGGTTCTCTCCGTTCAAAATGGTGCCTGATGTGGCTAAGTGATTA  900

seq1  GGTCCTGTTTTGGGTCTTGCTTTGTGATTCACTTTTCTTTGTTCCTTCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGTTTTGGGTCTTGCTTTGTGATTCACTTTTCTTTGTTCCTTCAT  950

seq1  TCTTGCAATAGAAAAAAATGAGATATTATGACATTTGTTTTTCCCTCATG  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAATAG-AAAAAATGAGATATTATGACATTTGTTTTTCCCTCATG  999

seq1  GTAATTTCTCTGTCTTCACCACGACCCATTGCCCCTTCCCCCAGGGAACT  1050
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||  |||
seq2  GTAATTTCTCTGTCTTCA-CACGA-CCATTGCCCCTT-CCCCAGG--ACT  1044

seq1  GCTATGACAGCATCATTTTAGCCTCTGTGTTTCCAAGAACTTAAACCCTT  1100
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||  ||||
seq2  GCTATGACAGCATCA-TTTAGCCTCTGTGTTTC--AG-ACTTAA--CCTT  1088

seq1  TAAGAAACGGCCCCAGAGT-CTCTGAGAAAAACA-TCTCTGTTGAAGGCT  1148
        |||||||  |||||||| |||||   |||||| ||||||||| |||||
seq2  --AGAAACG--CCCAGAGTCCTCTG---AAAACATTCTCTGTTG-AGGCT  1130

seq1  GTCCCCAAGGAACACATTACAAATAAAGAGAATGAGAAAATGTCACACA  1197
      ||  || |||||| |||   | ||||   |||||   ||||||||||||
seq2  GT--CCTAGGAAC-CAT---ACATAA--GGAATGGAGAAATGTCACACA  1171

seq1: chr1_82298009_82299148
seq2: B6Ng01-190H19.g_66_1197 (reverse)

seq1  TAGATAAACAGCTCTTGTAGCTTTAGAAGATGGTGTAGAGAAAAGGAG-A  49
      |||||||||  |||||||||| ||   |||||||| ||    || ||| |
seq2  TAGATAAACGTCTCTTGTAGCCTTCAGAGATGGTGAAG---GAATGAGAA  47

seq1  CAGGAGGGAGAGGGATTTAACACA-TATAGACTTCTCTTTTGCCACGAGC  98
      ||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||  |||| |||||||
seq2  CAGAAGGGAGAGGGAATTTACACATTATAGACTTCTTCTTTG-CACGAGC  96

seq1  CAATTCATAGACTAGCTATTAGCTCAGACTTTAGATCTGGCAGCCTAGAC  148
          |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ---ATCATAGACTAGCTATTAGCTCAGACTTTAGATCT-GCAGCCTAGAC  142

seq1  TCAGCTGGCTCTGCCTAACACCTTCCTTGTAAATACAGGCAACTTACTTA  198
      |||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGGCTCTGCCTAACA-CTTCCTGTAAAATACAGGCAACTTACTTA  191

seq1  GCCTCCTTTCTGTCCTGAGTATCAATAATCGGAAAGTAATAGTATCTTGT  248
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTTTCTGT-CTGAGTATCAATAATCGGAAAGTAATAGTATCTTGT  240

seq1  TAAAGTACAGTAAGCTTTTATTTATTTACTTACTTACTTATTTGGTTGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTACAGTAAGCTTTTATTTATTTACTTACTTACTTATTTGGTTGCT  290

seq1  CTGTATGTGCACTATGTACATCCAGTGCCAGAATGGGGCACTGAAGGCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGTGCACTATGTACATCCAGTGCCAGAATGGGGCACTGAAGGCTA  340

seq1  TAGAGTTGATCTTATATAAATAGGAGTAGGAAAGTCAAGAAAAACCTTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTGATCTTATATAAATAGGAGTAGGAAAGTCAAGAAAAACCTTAA  390

seq1  GCTTTTCATGTTGTTGAGGTTTCATTCTCTTGCTGTGCCAAAACACTTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCATGTTGTTGAGGTTTCATTCTCTTGCTGTGCCAAAACACTTTC  440

seq1  ACCAAAAAAAAAAAAAAATTTAAGGGAGGAAGGGGTTTATTTGGCTTATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAAAAAAAAAAAATTTAAGGGAGGAAGGGGTTTATTTGGCTTATC  490

seq1  CGTTTAGATCACAGTCTACTAATTCAGAAGGTTAGGGCTAGAACTTCAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTAGATCACAGTCTACTAATTCAGAAGGTTAGGGCTAGAACTTCAGC  540

seq1  AGGAACAAAGGCAGAATTCTTGCTAGTTCATGCATTAGCACCTCCAGCCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAAAGGCAGAATTCTTGCTAGTTCATGCATTAGCACCTCCAGCCA  590

seq1  ATCATACAAACGTGAACGTATAGGAAGTACATACAGCAGGCAGCATGAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACAAACGTGAACGTATAGGAAGTACATACAGCAGGCAGCATGAAG  640

seq1  ATGTTACATTAGGTTTTAGGACTCTGCTTATCCAAGCTCTATTTCCATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACATTAGGTTTTAGGACTCTGCTTATCCAAGCTCTATTTCCATTT  690

seq1  CTCTTTATAATATAAGCATGAGTCTATAGCATACATTAGAAATAAAGGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTATAATATAAGCATGAGTCTATAGCATACATTAGAAATAAAGGTC  740

seq1  CACAACATGGGGTAAGGAAGTAGAGCTGCAAAAACAGGCCAGTCATAGCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACATGGGGTAAGGAAGTAGAGCTGCAAAAACAGGCCAGTCATAGCC  790

seq1  TGCGGTGTTTGCTCTTAAATAGTTGCCCCTCTGTTCAGTGTCTCCACGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGTGTTTGCTCTTAAATAGTTGCCCCTCTGTTCAGTGTCTCCACGTT  840

seq1  ATATAGCACAATGCTGACTGCACAGGTAAGGCTGTCTTTGTCAAGCATCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCACAATGCTGACTGCACAGGTAAGGCTGTCTTTGTCAAGCATCT  890

seq1  GGCTTCTGCTTGATGCTGGATTCAGTAATGTTCTGCTGACTTGCAGGCTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTGCTTGATGCTGGATTCAGTAATGTTCTGCTGACTTGCAGGCTC  940

seq1  TAGTGCCTCCGACTAAGCGGGGGTCGTCACATCTGGCACCTGATTTGATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCCTCCGACTAAGCGGGGGTCGTCACATCTGGCACCTGATTTGATA  990

seq1  TCAGCAGCTGACCTTCTTTTCACCTTCTTCCCCACAGACTTCATAACTTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGCTGACCTTCTTTTCACCTTCTTCCCCACAGACTTCATAACTTA  1040

seq1  GTAATTCTAAAGATATTATGCAATGCTGTCTTGCTGACTTAGAAGAGACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCTAAAGATATTATGCAATGCTGTCTTGCTGACTTAGAAGAGACT  1090

seq1  GTGAGAAATCTAATGTTACTTAGCCACTGTTAGGATGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAATCTAATGTTACTTAGCCACTGTTAGGATGAATTC  1132