BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193I09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 187,236,670 - 187,396,075
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik
Upstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1
Downstream geneLOC677785, Lyplal1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193I09.bB6Ng01-193I09.g
ACCGA016472GA016473
length1,2021,110
definitionB6Ng01-193I09.b B6Ng01-193I09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(187,236,670 - 187,237,888)(187,394,952 - 187,396,075)
sequence
gaattcagtactaacattaacatctttaaatttgatggtatttgtgagcc
aaagagaggcttaaacagtatgaagagtgaacagttttacatggaacaca
gcattcctagtatttacccaagtagatggtacggtgagcaactcttacag
acagagaggtgaggcacagagcattagctcgctaggtagacctgtgtctc
ttcaggattctgtgatttatgaagtaagcaatgccattcagtgagctgtc
acagataatgaccagacacactctaatccatattaatttatattgtgaat
ttaactcttgtcagccttcaggaagaaatcaaatcatagatgtctctgtt
ttctttacttccagtgatgtatccggcatatgctaaatgggtgcagtccc
acagagacctgcccgtcaggctcaaccagtggtgcaatgtggtggtaggt
gctgcacacacgcatacttcatttgtcactgtgttcttctcaggatttgt
ggctttgtagagcatactttctttggttggtccgaccatgaaagtaattt
ttgaagtattttggatcacaataattatttttgattattcatcatgtaaa
gttgctaataaaaaacactatttcctgtgctgactggctttgtcctctca
tcttgcagcgctgggagttcaaacacccacagcctttcctccgaactcgg
gagttcctgtggcaggaggggcacagcgcctttgccacctttgaggaagc
agctgatgaggtaggaacggtcctctgctgtgctcctgtcttcaggccct
gcttttttattatatggcttatgctgtgtaaaacctgtttgaaaagaaag
tttattcaagagcaaacaaatttaaaaagctgtttattgtgccgggtgtg
gtggtgcactccttttatcccagcactcaggtggtagaggcaggaggtgc
tctgtggtctacaaatcaagtctagtacagtcagggcttgttacactgga
gaaacccttgaccagccagacacacaaaaataccacaaacatgcttatga
aatttactagtaagtttactacttagttttataggcggcatgggtgagca
cgcttaatccagcatcgggaggtcgagcatgcgatccggattcaaggcca
actgcctacagtgagtttcaggccaggcaggtctacacacagagaatccc
tg
gaattccctgtaactgctttgaaaatcactcgggctgtgtttctgcaacc
tgaacagatacagaagttgcaccacagtgggactgccttcccccatctct
gagcagacacagatgtgactccctttgtaaatgtcttcacactgcttgtc
ctactcctgagtggtttccacagatttatctggtgaactcagtttcctag
gagaacgtatcacgtgcactcgcctagagagttccatccttgcaaaccat
taggtaaacttaaagaacaaattagagcccggagtctgctcccacgccca
tctcctgtgagctactcccaccatgggattttctcaatggagtctaagcc
aggctttctaagcaaagcctcgctcccaccaccaaggcctgggtgtgtac
ttcataagcacaatccacaacgatttgtttgtcagtttctcacatctggg
ggctacattgcgaatgttgaagcaccagcgggaagggtgagtgtcaggat
aaatccatgagggatgggaactgagaagcgagcaggaggggagtgccagg
caagggttggccatcgctacataacttctcatctctgccgctctagaaat
actgaactgtgcttagccattggctatgcaagcgctggtagctttagcca
agtccgctactcatcaggatcagagaaaattctctttgacttcatttatt
tcagtagcttttaaggttacagcaaaattgcgaagtcacatttatttccc
atatgctttcttaaaagtgagctccatgcatgaagtgtgggtctacgatg
aagcctcactgtcacctgggatccacagttcacaggagctggttcttggt
gctgtgtagtctatgggtccctaaaggggttagtctgggttactctatgc
tggttcctaagagtttgttttcccagtcctggggattcaattcagagctt
cccatatgctaggtaaagtctctccctctcaactacatccccattttata
gggttgacaatatgaatgatcatacgttacactgcatcttagagattaca
ctgaccaacctgcctgggtgatgatctgtactggagtgagcacatagcgc
ccaatatagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_187236670_187237888
seq2: B6Ng01-193I09.b_43_1244

seq1  GAATTCAGTACTAACATTAACATCTTTAAATTTGATGGTATTTGTGAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTACTAACATTAACATCTTTAAATTTGATGGTATTTGTGAGCC  50

seq1  AAAGAGAGGCTTAAACAGTATGAAGAGTGAACAGTTTTACATGGAACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGGCTTAAACAGTATGAAGAGTGAACAGTTTTACATGGAACACA  100

seq1  GCATTCCTAGTATTTACCCAAGTAGATGGTACGGTGAGCAACTCTTACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCCTAGTATTTACCCAAGTAGATGGTACGGTGAGCAACTCTTACAG  150

seq1  ACAGAGAGGTGAGGCACAGAGCATTAGCTCGCTAGGTAGACCTGTGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGGTGAGGCACAGAGCATTAGCTCGCTAGGTAGACCTGTGTCTC  200

seq1  TTCAGGATTCTGTGATTTATGAAGTAAGCAATGCCATTCAGTGAGCTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGATTCTGTGATTTATGAAGTAAGCAATGCCATTCAGTGAGCTGTC  250

seq1  ACAGATAATGACCAGACACACTCTAATCCATATTAATTTATATTGTGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAATGACCAGACACACTCTAATCCATATTAATTTATATTGTGAAT  300

seq1  TTAACTCTTGTCAGCCTTCAGGAAGAAATCAAATCATAGATGTCTCTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCTTGTCAGCCTTCAGGAAGAAATCAAATCATAGATGTCTCTGTT  350

seq1  TTCTTTACTTCCAGTGATGTATCCGGCATATGCTAAATGGGTGCAGTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACTTCCAGTGATGTATCCGGCATATGCTAAATGGGTGCAGTCCC  400

seq1  ACAGAGACCTGCCCGTCAGGCTCAACCAGTGGTGCAATGTGGTGGTAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACCTGCCCGTCAGGCTCAACCAGTGGTGCAATGTGGTGGTAGGT  450

seq1  GCTGCACACACGCATACTTCATTTGTCACTGTGTTCTTCTCAGGATTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCACACACGCATACTTCATTTGTCACTGTGTTCTTCTCAGGATTTGT  500

seq1  GGCTTTGTAGAGCATACTTTCTTTGGTTGGTCCGACCATGAAAGTAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGTAGAGCATACTTTCTTTGGTTGGTCCGACCATGAAAGTAATTT  550

seq1  TTGAAGTATTTTGGATCACAATAATTATTTTTGATTATTCATCATGTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTATTTTGGATCACAATAATTATTTTTGATTATTCATCATGTAAA  600

seq1  GTTGCTAATAAAAAACACTATTTCCTGTGCTGACTGGCTTTGTCCTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTAATAAAAAACACTATTTCCTGTGCTGACTGGCTTTGTCCTCTCA  650

seq1  TCTTGCAGCGCTGGGAGTTCAAACACCCACAGCCTTTCCTCCGAACTCGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAGCGCTGGGAGTTCAAACACCCACAGCCTTTCCTCCGAACTCGG  700

seq1  GAGTTCCTGTGGCAGGAGGGGCACAGCGCCTTTGCCACCTTTGAGGAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCTGTGGCAGGAGGGGCACAGCGCCTTTGCCACCTTTGAGGAAGC  750

seq1  AGCTGATGAGGTAGGAACGGTCCTCTGCTGTGCTCCTGTCTTCAGGCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATGAGGTAGGAACGGTCCTCTGCTGTGCTCCTGTCTTCAGGCCCT  800

seq1  GCTTTTTTATTATATGGCTTATGCTGTGTAAAACCTGTTTGAAAAGAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTTATTATATGGCTTATGCTGTGTAAAACCTGTTTGAAAAGAAAG  850

seq1  TTTATTCAAGAGCAAACAAATTTAAAAAGCTGTTTATTGTGCCGGGTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCAAGAGCAAACAAATTTAAAAAGCTGTTTATTGTGCCGGGTGTG  900

seq1  GTGGTGCACTCCTTTAATCCCAGCACTCAGGTGGTAGAGGCAGGAGGTGC  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCACTCCTTTTATCCCAGCACTCAGGTGGTAGAGGCAGGAGGTGC  950

seq1  TCTGTGGTCTACAAATCAAGTCTAGTACAGTCAGGGCTTGTTACACT-GA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTGTGGTCTACAAATCAAGTCTAGTACAGTCAGGGCTTGTTACACTGGA  1000

seq1  GAAACCC-TGACCAAGCCAGACACACAAAAATACCAACAAAACATTGCTT  1048
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||| |||||
seq2  GAAACCCTTGACC-AGCCAGACACACAAAAATACCA--CAAACA-TGCTT  1046

seq1  ATTGAAATTTTACTAGTAAATTTACTACTTTAGTTTTTATAGCCGGGCAT  1098
      | ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||| | |||||
seq2  A-TGAAA-TTTACTAGTAAGTTTACTAC-TTAG-TTTTATAGGC-GGCAT  1091

seq1  GGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGAT  1148
      ||  | ||||||  ||||| |||||| ||||||||  || ||| |||   
seq2  GGGTGAGCACGC--TTAAT-CCAGCA-TCGGGAGGTCGA-GCATGCG---  1133

seq1  TTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCA  1198
       || |  |||||||||| |   | ||||  |||||||| |||| ||| ||
seq2  ATCCGGATTCAAGGCCAAC--TGCCTAC--AGTGAGTTTCAGGCCAGGCA  1179

seq1  GGGCT--ACACAGAGAAACCCTG  1219
      || ||  |||||||||| |||||
seq2  GGTCTACACACAGAGAATCCCTG  1202

seq1: chr1_187394952_187396075
seq2: B6Ng01-193I09.g_65_1174 (reverse)

seq1  ACTATATTGTGCTGCTATGGTGCTCAACTCAGTACAGATACAAAATACAC  50
      ||||||||| || ||||| |||||||   |||||||||| ||     |||
seq2  ACTATATTGGGC-GCTAT-GTGCTCACTCCAGTACAGAT-CA----TCAC  43

seq1  CCCAGCAGGTTTGGGCCAGTGTAAATTCTCTAGGATGCAGTGGTACGTAT  100
      ||  |||||||  || ||||||||  |||||| |||||||||  ||||||
seq2  CCAGGCAGGTT--GGTCAGTGTAA--TCTCTAAGATGCAGTGTAACGTAT  89

seq1  GTATCATTCATATTTGTCAAACCCTATAAAATGGGGATGTAGTTGAGAGG  150
      | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-ATCATTCATA-TTGTC-AACCCTATAAAATGGGGATGTAGTTGAGAGG  136

seq1  GAGAGACTTTACCTAGCATATGGGAAGCTCTGAATTGAATCCCCAGGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACTTTACCTAGCATATGGGAAGCTCTGAATTGAATCCCCAGGACT  186

seq1  GGGAAAACAAACTCTTAGGAACCCAGCATAGAGTAACCCAGACTAACCCC  250
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAACAAACTCTTAGGAA-CCAGCATAGAGTAACCCAGACTAACCCC  235

seq1  -TTAGGGACCCATAGACTACACAGCACCAAGAACCAGCTCCTGTGAACTG  299
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGACCCATAGACTACACAGCACCAAGAACCAGCTCCTGTGAACTG  285

seq1  TGGATCCCAGGTGACAGTGAGGCTTCATCGTAGACCCACACTTCATGCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCCAGGTGACAGTGAGGCTTCATCGTAGACCCACACTTCATGCAT  335

seq1  GGAGCTCACTTTTAAGAAAGCATATGGGAAATAAATGTGACTTCGCAATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCACTTTTAAGAAAGCATATGGGAAATAAATGTGACTTCGCAATT  385

seq1  TTGCTGTAACCTTAAAAGCTACTGAAATAAATGAAGTCAAAGAGAATTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTAACCTTAAAAGCTACTGAAATAAATGAAGTCAAAGAGAATTTT  435

seq1  CTCTGATCCTGATGAGTAGCGGACTTGGCTAAAGCTACCAGCGCTTGCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATCCTGATGAGTAGCGGACTTGGCTAAAGCTACCAGCGCTTGCAT  485

seq1  AGCCAATGGCTAAGCACAGTTCAGTATTTCTAGAGCGGCAGAGATGAGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATGGCTAAGCACAGTTCAGTATTTCTAGAGCGGCAGAGATGAGAA  535

seq1  GTTATGTAGCGATGGCCAACCCTTGCCTGGCACTCCCCTCCTGCTCGCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTAGCGATGGCCAACCCTTGCCTGGCACTCCCCTCCTGCTCGCTT  585

seq1  CTCAGTTCCCATCCCTCATGGATTTATCCTGACACTCACCCTTCCCGCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTCCCATCCCTCATGGATTTATCCTGACACTCACCCTTCCCGCTG  635

seq1  GTGCTTCAACATTCGCAATGTAGCCCCCAGATGTGAGAAACTGACAAACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCAACATTCGCAATGTAGCCCCCAGATGTGAGAAACTGACAAACA  685

seq1  AATCGTTGTGGATTGTGCTTATGAAGTACACACCCAGGCCTTGGTGGTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTTGTGGATTGTGCTTATGAAGTACACACCCAGGCCTTGGTGGTGG  735

seq1  GAGCGAGGCTTTGCTTAGAAAGCCTGGCTTAGACTCCATTGAGAAAATCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGAGGCTTTGCTTAGAAAGCCTGGCTTAGACTCCATTGAGAAAATCC  785

seq1  CATGGTGGGAGTAGCTCACAGGAGATGGGCGTGGGAGCAGACTCCGGGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGGGAGTAGCTCACAGGAGATGGGCGTGGGAGCAGACTCCGGGCT  835

seq1  CTAATTTGTTCTTTAAGTTTACCTAATGGTTTGCAAGGATGGAACTCTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTGTTCTTTAAGTTTACCTAATGGTTTGCAAGGATGGAACTCTCT  885

seq1  AGGCGAGTGCACGTGATACGTTCTCCTAGGAAACTGAGTTCACCAGATAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGAGTGCACGTGATACGTTCTCCTAGGAAACTGAGTTCACCAGATAA  935

seq1  ATCTGTGGAAACCACTCAGGAGTAGGACAAGCAGTGTGAAGACATTTACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGGAAACCACTCAGGAGTAGGACAAGCAGTGTGAAGACATTTACA  985

seq1  AAGGGAGTCACATCTGTGTCTGCTCAGAGATGGGGGAAGGCAGTCCCACT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGTCACATCTGTGTCTGCTCAGAGATGGGGGAAGGCAGTCCCACT  1035

seq1  GTGGTGCAACTTCTGTATCTGTTCAGGTTGCAGAAACACAGCCCGAGTGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCAACTTCTGTATCTGTTCAGGTTGCAGAAACACAGCCCGAGTGA  1085

seq1  TTTTCAAAGCAGTTACAGGGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAGCAGTTACAGGGAATTC  1110