BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194O01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 50,954,875 - 51,153,027
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmeff2
Upstream geneEG666962, EG666970, LOC100041993
Downstream geneSdpr, LOC383504, Obfc2a, Myo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194O01.bB6Ng01-194O01.g
ACCGA017452GA017453
length1,1191,081
definitionB6Ng01-194O01.b B6Ng01-194O01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,954,875 - 50,955,958)(51,151,943 - 51,153,027)
sequence
gaaatatctatgaatgctccgattattgccatgctagctctgatttcata
cttaaagaagagaaaagaagtcaacattaaaaaaaaaaaaaaaccaacct
ctattctaatgttgttaaaacactcagtgggaaatcaagataacatttga
gaattgtaactgactctgtgattcagatcatggcaccactatggcatctg
agcaccccagcacttacaaagatgtctacaaatggagcagtgacttaggt
ttatgggggatctcacacttttctccctggcacagtgggagaaatgcttt
atgccatttaagggctatagctaagaactctgaatatctagattcttttt
taaaggaagtgcttttgactataatgtacaggcagcaaatacattttctt
ccgttttcaattccaagtgacatttaaggggataaatttactgcttttcc
cttgttgtctttacaggagagaaatctgatataaacacaaaatgttgtta
cctaatgaaattcttactacagagcaactaattggcttaaaatactttaa
ttatatgcctgattaagttttccagtccttgtttctattggcttctgggg
tgcagtatgtactgcactttcttaggatttaatgatgtttgtgaatgttc
taccatgtttttaaactcagccatggaaacatagcccaaatttagaaaaa
aaacagcttcagattctatgattttctttattaaaatttacatgatcttt
atattgctgtgagtcttccaaatagaagataattaattggtgtgatggct
actcttgattgtcaatttgacctggttaaatatataatacatttgctatt
gtatgtaggatggttatgttgttatgagtaattatgactcctaatattct
ggttattattttcacttggaaattaagcatgacataaggagatatgattg
tatatcaaattgacaccatgaatttgtaatgattattcatggttgtcaac
ttgactacatctgggaattactaaagcccaaatgactgggcccacttgga
aagggatttgttctagtaaatcatttgtagcgaagagacccacttctaat
acgaaatctttacgtgcaa
gaattcagaaggaactggtgtttatagggagggcagtacatgaccacaca
gaacataaaaattgggggaaattagtgagtctggctaatggagaggactg
gctctggaaagataaagtcagtctgtcttaattttgcaacatttgatgaa
aatataaaggccacaccacataagttttatttttacaaaactaaaattaa
aatcaaagttccattgaataattaatttatttattatagagaagtgtaca
cttagtgcaaattattagtagcatactatatgcagcaagggaatgtcagg
ttatatatcagggaactataatccttttggagatttagtctacaaaataa
tgtgaattgtgatggctaatcttgactgtcaactaagtctggaaaggaac
cataactcaaacaatagattggcctgtggctatatctgtggaatattttc
ttgattgctagttgatgtaggagggtccagtccattcattgtcagcacca
acatcagcgctatataaggcagctgaacagtcactggaacaagcctccat
tactcctgccttcaggttcctcccttgaatccctgtcctgaatttttaat
ggtggtctgtcacttagagatgtgagatggaattaaccctttcctcccca
agttgttttggacaaagtgtttcatcacagaaaccaacaaacaaaaatct
ggaacagaaaaaaaaaatacacctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatctaactaactacctacctacctatctatctccttccta
actacctacctgccggcctacctacctacctacctatcatttattacaag
ggaaaaggagtaagttccagatgtaaataagtggtggtatcaattacctt
tgcttcttggtattgtttctcttctatagtcccatcacctttagtgtgga
gctagtcctaaggaacacttttactacagtaaatttgatggacaggacaa
gctttcccagagacatggactgtgcatgcatggagctgtctatttacatc
catttgtatcttagttactatcttcagtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_50954875_50955958
seq2: B6Ng01-194O01.b_37_1119

seq1  GCTCTGATTTCATACTTAAAGAAGAGAAAAGAAGTCAACATTAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGATTTCATACTTAAAGAAGAGAAAAGAAGTCAACATTAAAAAAAA  50

seq1  AAAAAAACCAACCTCTATTCTAATGTTGTTAAAACACTCAGTGGGAAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCAACCTCTATTCTAATGTTGTTAAAACACTCAGTGGGAAATC  100

seq1  AAGATAACATTTGAGAATTGTAACTGACTCTGTGATTCAGATCATGGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAACATTTGAGAATTGTAACTGACTCTGTGATTCAGATCATGGCAC  150

seq1  CACTATGGCATCTGAGCACCCCAGCACTTACAAAGATGTCTACAAATGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGGCATCTGAGCACCCCAGCACTTACAAAGATGTCTACAAATGGA  200

seq1  GCAGTGACTTAGGTTTATGGGGGATCTCACACTTTTCTCCCTGGCACAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGACTTAGGTTTATGGGGGATCTCACACTTTTCTCCCTGGCACAGT  250

seq1  GGGAGAAATGCTTTATGCCATTTAAGGGCTATAGCTAAGAACTCTGAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAATGCTTTATGCCATTTAAGGGCTATAGCTAAGAACTCTGAATA  300

seq1  TCTAGATTCTTTTTTAAAGGAAGTGCTTTTGACTATAATGTACAGGCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATTCTTTTTTAAAGGAAGTGCTTTTGACTATAATGTACAGGCAGC  350

seq1  AAATACATTTTCTTCCGTTTTCAATTCCAAGTGACATTTAAGGGGATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATTTTCTTCCGTTTTCAATTCCAAGTGACATTTAAGGGGATAAA  400

seq1  TTTACTGCTTTTCCCTTGTTGTCTTTACAGGAGAGAAATCTGATATAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGCTTTTCCCTTGTTGTCTTTACAGGAGAGAAATCTGATATAAAC  450

seq1  ACAAAATGTTGTTACCTAATGAAATTCTTACTACAGAGCAACTAATTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATGTTGTTACCTAATGAAATTCTTACTACAGAGCAACTAATTGGC  500

seq1  TTAAAATACTTTAATTATATGCCTGATTAAGTTTTCCAGTCCTTGTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATACTTTAATTATATGCCTGATTAAGTTTTCCAGTCCTTGTTTCT  550

seq1  ATTGGCTTCTGGGGTGCAGTATGTACTGCACTTTCTTAGGATTTAATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTTCTGGGGTGCAGTATGTACTGCACTTTCTTAGGATTTAATGAT  600

seq1  GTTTGTGAATGTTCTACCATGTTTTTAAACTCAGCCATGGAAACATAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGAATGTTCTACCATGTTTTTAAACTCAGCCATGGAAACATAGCC  650

seq1  CAAATTTAGAAAAAAAACAGCTTCAGATTCTATGATTTTCTTTATTAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAGAAAAAAAACAGCTTCAGATTCTATGATTTTCTTTATTAAAA  700

seq1  TTTACATGATCTTTATATTGCTGTGAGTCTTCCAAATAGAAGATAATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATGATCTTTATATTGCTGTGAGTCTTCCAAATAGAAGATAATTAA  750

seq1  TTGGTGTGATGGCTACTCTTGATTGTCAATTTGACCTGGTTAAATATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTGATGGCTACTCTTGATTGTCAATTTGACCTGGTTAAATATATA  800

seq1  ATACATTTGCTATTGTATGTAGGATGGTTATGTTGTTATGAGTAATTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTTGCTATTGTATGTAGGATGGTTATGTTGTTATGAGTAATTATG  850

seq1  ACTCCTAATATTCTGGTTATTATTTTCACTTGGAAATTAAGCATGACATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTAATATTCTGGTTATTATTTTCACTTGGAAATTAAGCATGACATA  900

seq1  AGGAGATATGATTGTATATCAAATTGACAACCATGAATTTGTAATGATTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATATGATTGTATATCAAATTGAC-ACCATGAATTTGTAATGATTA  949

seq1  TTCATGGTTGTCAACTTGACTACATCTGGAATTTACTAAAGCCCAAATGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTTGTCAACTTGACTACATCTGGGAATTACTAAAGCCCAAATGA  999

seq1  CTGGGCACACCT-GAGAGGGATTTGTCTTAAGTAAATCATTTGAAGCGAG  1049
      |||||| ||| | || |||||||||| |  ||||||||||||| ||||| 
seq2  CTGGGCCCACTTGGAAAGGGATTTGT-TCTAGTAAATCATTTGTAGCGAA  1048

seq1  AAGACCCACTTCTAATAC-AGATCTTTAAGGTGCAA  1084
       ||||||||||||||||| | |||||| | ||||||
seq2  GAGACCCACTTCTAATACGAAATCTTT-ACGTGCAA  1083

seq1: chr1_51151943_51153027
seq2: B6Ng01-194O01.g_66_1146 (reverse)

seq1  AAAACTTGAAGATAGTAATTAAGAATTCCAAATGGATGGTAAAATAGACA  50
      ||||| |||||||||||| |||||  | ||||||||||   |||||||||
seq2  AAAAC-TGAAGATAGTAACTAAGA--TACAAATGGATG--TAAATAGACA  45

seq1  GCT-CATGCATGCACAGGTCCCATGTCTCTGGG-AAGCTTGTCCTGTCCA  98
      ||| |||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTCCATGCATGCACAG--TCCATGTCTCTGGGAAAGCTTGTCCTGTCCA  93

seq1  TCAATTTTACTGTAGTAAAAGTGTTCC-TAGGACTAGCTCCACACTAAAG  147
      |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTACTGTAGTAAAAGTGTTCCTTAGGACTAGCTCCACACTAAAG  143

seq1  GTGATGGAACTATAGAAGAGAAACAATACCAAGAAGCAAAGGTAATTGAT  197
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGACTATAGAAGAGAAACAATACCAAGAAGCAAAGGTAATTGAT  193

seq1  ACCACCACTTATTTACATCTGGAACTTACTCCTTTTCCCTTGTAATAAAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACTTATTTACATCTGGAACTTACTCCTTTTCCCTTGTAATAAAT  243

seq1  GATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGCCGGCAGGTAGGTAGTTAGGAAGGAGAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGCCGGCAGGTAGGTAGTTAGGAAGGAGAT  293

seq1  AGATAGGTAGGTAGGTAGTTAGTTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGTAGGTAGGTAGTTAGTTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  343

seq1  ATAGATAGATAGATAGGTGTATTTTTTTTTTCTGTTCCAGATTTTTGTTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGGTGTATTTTTTTTTTCTGTTCCAGATTTTTGTTT  393

seq1  GTTGGTTTCTGTGATGAAACACTTTGTCCAAAACAACTTGGGGAGGAAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTTCTGTGATGAAACACTTTGTCCAAAACAACTTGGGGAGGAAAG  443

seq1  GGTTAATTCCATCTCACATCTCTAAGTGACAGACCACCATTAAAAATTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATTCCATCTCACATCTCTAAGTGACAGACCACCATTAAAAATTCA  493

seq1  GGACAGGGATTCAAGGGAGGAACCTGAAGGCAGGAGTAATGGAGGCTTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGGATTCAAGGGAGGAACCTGAAGGCAGGAGTAATGGAGGCTTGT  543

seq1  TCCAGTGACTGTTCAGCTGCCTTATATAGCGCTGATGTTGGTGCTGACAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGACTGTTCAGCTGCCTTATATAGCGCTGATGTTGGTGCTGACAA  593

seq1  TGAATGGACTGGACCCTCCTACATCAACTAGCAATCAAGAAAATATTCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGACTGGACCCTCCTACATCAACTAGCAATCAAGAAAATATTCCA  643

seq1  CAGATATAGCCACAGGCCAATCTATTGTTTGAGTTATGGTTCCTTTCCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATAGCCACAGGCCAATCTATTGTTTGAGTTATGGTTCCTTTCCAG  693

seq1  ACTTAGTTGACAGTCAAGATTAGCCATCACAATTCACATTATTTTGTAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGTTGACAGTCAAGATTAGCCATCACAATTCACATTATTTTGTAGA  743

seq1  CTAAATCTCCAAAAGGATTATAGTTCCCTGATATATAACCTGACATTCCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCTCCAAAAGGATTATAGTTCCCTGATATATAACCTGACATTCCC  793

seq1  TTGCTGCATATAGTATGCTACTAATAATTTGCACTAAGTGTACACTTCTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCATATAGTATGCTACTAATAATTTGCACTAAGTGTACACTTCTC  843

seq1  TATAATAAATAAATTAATTATTCAATGGAACTTTGATTTTAATTTTAGTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAAATAAATTAATTATTCAATGGAACTTTGATTTTAATTTTAGTT  893

seq1  TTGTAAAAATAAAACTTATGTGGTGTGGCCTTTATATTTTCATCAAATGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAATAAAACTTATGTGGTGTGGCCTTTATATTTTCATCAAATGT  943

seq1  TGCAAAATTAAGACAGACTGACTTTATCTTTCCAGAGCCAGTCCTCTCCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAATTAAGACAGACTGACTTTATCTTTCCAGAGCCAGTCCTCTCCA  993

seq1  TTAGCCAGACTCACTAATTTCCCCCAATTTTTATGTTCTGTGTGGTCATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCAGACTCACTAATTTCCCCCAATTTTTATGTTCTGTGTGGTCATG  1043

seq1  TACTGCCCTCCCTATAAACACCAGTTCCTTCTGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCCTCCCTATAAACACCAGTTCCTTCTGAATTC  1081