BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195M22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 160,523,032 - 160,630,537
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAstn1
Upstream geneLOC664935, LOC100039217, 6430517E21Rik
Downstream genePappa2, 4930562F17Rik, EG240853, LOC664972, Rfwd2, EG620484, Tnr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195M22.bB6Ng01-195M22.g
ACCGA018121GA018122
length1,119657
definitionB6Ng01-195M22.b B6Ng01-195M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(160,629,411 - 160,630,537)(160,523,032 - 160,523,688)
sequence
gaattcaataaagacttactgacaacagatatctgttaatacttaacaaa
gaagcaatttctgtactttactttaggaggttgaagagcacttcagatgt
actccaaacgtcatctggattttcagtttccattcatgctatggcctttt
caagaccttaagattaaggattagaggaagctaggtgggaaagaattgaa
tatagaaaaggaataggtggcaagaactgacatcaattcctggccctacc
tgttcttaggcacttatgtgcacatgaacatgccaacttcatgtttcttt
ttcattagctttttcaggcacttcctagccggtgaatgcttcatgtgacc
cctgggtttctgatctatgacttgaccttgactatgagcctttctcagat
tgtttaatccaagttctctgcatcatgtcagtgttactccttcactgcct
ttgtagcttttattttttggataagttaacccagtatcatttacattccc
atacacacatctaatacacatctttttgatcaaactgtgaaggtattgaa
gtggtcggtctattaccacagtggaaatacagtcttcagaagagcaagaa
gcaacgtgcacaacagaggctgacttctacagggaaaggctttcaaaggg
tctcctcatattctgaagaatatcagattcagaggtttgggggaaagaaa
taatttacccatcaagtctcttctggctcttggaagagttttccagcttt
ctttggggaggccttcccttctgtggccagcagtaggaaaatccacacct
gggaggcatgcttgcctttccacgcctgccttcatcctgagcattccaga
gaggtacaggcagttcctgctagtgggcctggccccaagctctgtgggaa
ggagtacagctaagctcaaacattccagtgctgctcaaacccaatggcac
ttcattaagtcctgcgccccaccctcttcctctagtgtttgctgcttttc
catagcaaccaaatacctttctttatgtcccttccttctttgcttcactc
cagtcagctccatcacacacctctgttgtgggtgtcctcaattcttatta
gttgtcaaggtacagagga

gaattcttgtgtatggagcacatgaccttcccccgctgaccatcatactc
taatgaatgttgaattgttcagtgaccctgacacccttcctccacatgct
gcccactatggcttcaaatgacatgtgtcatctcacttttgttcgtgcac
agatgtgcagagaccattaggcgtgagcgtctctccttctctctgtaggt
caataagtaaatgaacacacttcagaggtttccagagaaatgggggcaga
aaaaccacagtagcctgaaatataaattcaactccatcgcacatttcccc
ttgggagaagtcctgcatggcttgaaccagcatgtcaaagcccatcaaga
aattgtggaaatcatcatttgcaaaatgtatgagattgccacatagggag
aaaaaaaaaactatttccagtaggaaatgtggtctcttggcttatgaatc
atccaagtaaggtgaggcaggctcagctgctgaaatctgtccctctgctc
ccaggagacacgaatatgctcatgcgtccatcactcatatccatctgcca
acagagtatctactttgtaatctggaacttagatgtctgtggtctccaat
ttagcctcctaagcaattaatcaaccaaaactcattggttgaaagggggg
gggaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_160629411_160630537
seq2: B6Ng01-195M22.b_46_1164 (reverse)

seq1  TCCTCTGTGTCCCTTGGCAACTAATAAGGAATTGGAGGACACCCACAACA  50
      |||||  ||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  TCCTC--TGTACCTTGACAACTAATAA-GAATT-GAGGACACCCACAACA  46

seq1  GAGGTGTTGGTGATGGAGCTGACTGGAGTGAGGCAAAGAAGGGAGGGACA  100
      |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  GAGGTGT--GTGATGGAGCTGACTGGAGTGAAGCAAAGAAGGAAGGGACA  94

seq1  TAAAGAAAGGGTATTTGGTTGCTATGGAAAAGCAGCAAACACTTAGAGGA  150
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAAAGAAA-GGTATTTGGTTGCTATGGAAAAGCAGCAAACAC-TAGAGGA  142

seq1  AGAGGGTGGGGCGCAGGACTTAATGAAGTGCCATTGGGTTTGAGCAGCAA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAGGGTGGGGCGCAGGACTTAATGAAGTGCCATTGGGTTTGAGCAGC-A  191

seq1  CTGGAATGTTTGAGCTTAGCTGTACTCCTTCCCACAGAGCTTGGGGCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATGTTTGAGCTTAGCTGTACTCCTTCCCACAGAGCTTGGGGCCAG  241

seq1  G-CCACTAGCAGGAACTGCCTGTACCTCTCTGGAATGCTCAGGATGAAGG  299
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTAGCAGGAACTGCCTGTACCTCTCTGGAATGCTCAGGATGAAGG  291

seq1  CAGGCGTGGAAAGGCAAGCATGCCTCCCAGGTGTGGATTTTCCTACTGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCGTGGAAAGGCAAGCATGCCTCCCAGGTGTGGATTTTCCTACTGCT  341

seq1  GGCCACAGAAGGGAAGGCCTCCCCAAAGAAAGCTGGAAAACTCTTCCAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAGAAGGGAAGGCCTCCCCAAAGAAAGCTGGAAAACTCTTCCAAG  391

seq1  AGCCAGAAGAGACTTGATGGGTAAATTATTTCTTTCCCCCAAACCTCTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAGAGACTTGATGGGTAAATTATTTCTTTCCCCCAAACCTCTGA  441

seq1  ATCTGATATTCTTCAGAATATGAGGAGACCCTTTGAAAGCCTTTCCCTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATATTCTTCAGAATATGAGGAGACCCTTTGAAAGCCTTTCCCTGT  491

seq1  AGAAGTCAGCCTCTGTTGTGCACGTTGCTTCTTGCTCTTCTGAAGACTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCAGCCTCTGTTGTGCACGTTGCTTCTTGCTCTTCTGAAGACTGT  541

seq1  ATTTCCACTGTGGTAATAGACCGACCACTTCAATACCTTCACAGTTTGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCACTGTGGTAATAGACCGACCACTTCAATACCTTCACAGTTTGAT  591

seq1  CAAAAAGATGTGTATTAGATGTGTGTATGGGAATGTAAATGATACTGGGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGATGTGTATTAGATGTGTGTATGGGAATGTAAATGATACTGGGT  641

seq1  TAACTTATCCAAAAAATAAAAGCTACAAAGGCAGTGAAGGAGTAACACTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTATCCAAAAAATAAAAGCTACAAAGGCAGTGAAGGAGTAACACTG  691

seq1  ACATGATGCAGAGAACTTGGATTAAACAATCTGAGAAAGGCTCATAGTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATGCAGAGAACTTGGATTAAACAATCTGAGAAAGGCTCATAGTCA  741

seq1  AGGTCAAGTCATAGATCAGAAACCCAGGGGTCACATGAAGCATTCACCGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAAGTCATAGATCAGAAACCCAGGGGTCACATGAAGCATTCACCGG  791

seq1  CTAGGAAGTGCCTGAAAAAGCTAATGAAAAAGAAACATGAAGTTGGCATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAAGTGCCTGAAAAAGCTAATGAAAAAGAAACATGAAGTTGGCATG  841

seq1  TTCATGTGCACATAAGTGCCTAAGAACAGGTAGGGCCAGGAATTGATGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTGCACATAAGTGCCTAAGAACAGGTAGGGCCAGGAATTGATGTC  891

seq1  AGTTCTTGCCACCTATTCCTTTTCTATATTCAATTCTTTCCCACCTAGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTGCCACCTATTCCTTTTCTATATTCAATTCTTTCCCACCTAGCT  941

seq1  TCCTCTAATCCTTAATCTTAAGGTCTTGAAAAGGCCATAGCATGAATGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAATCCTTAATCTTAAGGTCTTGAAAAGGCCATAGCATGAATGGA  991

seq1  AACTGAAAATCCAGATGACGTTTGGAGTACATCTGAAGTGCTCTTCAACC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAAATCCAGATGACGTTTGGAGTACATCTGAAGTGCTCTTCAACC  1041

seq1  TCCTAAAGTAAAGTACAGAAATTGCTTCTTTGTTAAGTATTAACAGATAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAGTAAAGTACAGAAATTGCTTCTTTGTTAAGTATTAACAGATAT  1091

seq1  CTGTTGTCAGTAAGTCTTTATTGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTCAGTAAGTCTTTATTGAATTC  1119


seq1: chr1_160523032_160523688
seq2: B6Ng01-195M22.g_64_720

seq1  GAATTCTTGTGTATGGAGCACATGACCTTCCCCCGCTGACCATCATACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGTATGGAGCACATGACCTTCCCCCGCTGACCATCATACTC  50

seq1  TAATGAATGTTGAATTGTTCAGTGACCCTGACACCCTTCCTCCACATGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAATGTTGAATTGTTCAGTGACCCTGACACCCTTCCTCCACATGCT  100

seq1  GCCCACTATGGCTTCAAATGACATGTGTCATCTCACTTTTGTTCGTGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTATGGCTTCAAATGACATGTGTCATCTCACTTTTGTTCGTGCAC  150

seq1  AGATGTGCAGAGACCATTAGGCGTGAGCGTCTCTCCTTCTCTCTGTAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGCAGAGACCATTAGGCGTGAGCGTCTCTCCTTCTCTCTGTAGGT  200

seq1  CAATAAGTAAATGAACACACTTCAGAGGTTTCCAGAGAAATGGGGGCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGTAAATGAACACACTTCAGAGGTTTCCAGAGAAATGGGGGCAGA  250

seq1  AAAACCACAGTAGCCTGAAATATAAATTCAACTCCATCGCACATTTCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCACAGTAGCCTGAAATATAAATTCAACTCCATCGCACATTTCCCC  300

seq1  TTGGGAGAAGTCCTGCATGGCTTGAACCAGCATGTCAAAGCCCATCAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGAAGTCCTGCATGGCTTGAACCAGCATGTCAAAGCCCATCAAGA  350

seq1  AATTGTGGAAATCATCATTTGCAAAATGTATGAGATTGCCACATAGGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGGAAATCATCATTTGCAAAATGTATGAGATTGCCACATAGGGAG  400

seq1  AAAAAAAAAACTATTTCCAGTAGGAAATGTGGTCTCTTGGCTTATGAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAACTATTTCCAGTAGGAAATGTGGTCTCTTGGCTTATGAATC  450

seq1  ATCCAAGTAAGGTGAGGCAGGCTCAGCTGCTGAAATCTGTCCCTCTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGTAAGGTGAGGCAGGCTCAGCTGCTGAAATCTGTCCCTCTGCTC  500

seq1  CCAGGAGACACGAATATGCTCATGCGTCCATCACTCATATCCATCTGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGACACGAATATGCTCATGCGTCCATCACTCATATCCATCTGCCA  550

seq1  ACAGAGTATCTACTTTGTAATCTGGAACTTAGATGTCTGTGGTCTCCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTATCTACTTTGTAATCTGGAACTTAGATGTCTGTGGTCTCCAAT  600

seq1  TTAGCCTCCTAAGCAATTAATCAACCAAAACTCATTGGTTGAAAGGGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCTCCTAAGCAATTAATCAACCAAAACTCATTGGTTGAAAGGGGGG  650

seq1  GGGAGGG  657
      |||||||
seq2  GGGAGGG  657


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |