BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196H15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 57,346,990 - 57,522,370
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik
Upstream geneHsfy2, Satb2, EG329160, 9130024F11Rik, LOC100042869
Downstream geneLOC667339, 2810022L02Rik, Kctd18, Sgol2, Aox1, Aox3, Aox4, Aox3l1, EG628262, Bzw1, Clk1, Ppil3, Nif3l1, Orc2l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196H15.bB6Ng01-196H15.g
ACCGA018607GA018608
length5481,046
definitionB6Ng01-196H15.b B6Ng01-196H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,346,990 - 57,347,541)(57,521,300 - 57,522,370)
sequence
tctgctttttaaacaatgatacatcaatccaggctattcatacactttaa
cagacagtaatgtttaaattatcacacaagtgtttatggaatgtttgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcatttatagattgaaaagtatcaa
ctattaatactttaccctcatctatgttctccaggaactggccaactaca
aacttctttttcttattatatattttctttatttacatttcaaatgttat
accctttccttatttcccctccgaaaatccccctattccatccccccttc
ccctgctcaccaacttacccatcccactttccctgtcctggcattcccct
acactggggcatataacctcacagggacaagggcttctcctcccattgat
gacccacaaggccatcctctgctacatatgcagctggagccatgggtccc
tccatgtgttctttggttggtggtttattctctgggagatcttggggggt
actaattggttcatattgttgttcatcctatgggactgcaaacccctt
gaattccaaagtgcagagatttgctattgtgcaagtgctaagatattcaa
gaagggacaactatatagacctttgcaaacttgaatctgcctgtacattt
ctctgaaaatgtcattgtcacttttgtgaggatccagccatgatgatttc
tcttcaagaaagaggcagctgtgaactcactgaggctatttgtaagagaa
tcaaaaggtcgtgcattctagaaaaagtttcattgccatgtctaccagag
ccagggagaaagggtctcttgtggctttcttttcattccaatggttgcta
aatgcacattccattagccaactatggttgctactgtatctgcttgtctg
atctcagttacataaagtacaagtagttaggatgctagagcgatgccgaa
tagtccatttgcacacattggttcatccttcatttgatcaaagggtatga
acatcttcatttcattttagattttaccaaacacatccatgaattgggct
tcaaagtgactgcattaccgcaaactagattaatctagccagctcgcatt
actggcaatagtttgtctttgttctgagataaacacactgtcctaaaaaa
tttgatatagaactccttttaaaaatgtgatgaattccctcatcgtatac
agcagcccagagacattacttactgaaatggatgctgctgtataatgtat
cttattgaatcacaagtatttcccagttgattatcagatgcataaatcca
atcaaaattatcacctatcgaactagaaacagtaaacttacaaacccaaa
tggatcacctagcaaatcatacatactgccaccacatttacatattggca
ctctgttacattgacttacgggagaagtgtaactctctgtaacagtgcct
gatgatagtcttctttagatatggctctgtacataccataggagtcatgc
tgtcttcgctttgcaaaggcacatgcagtcatgagatggagagtctctca
gctccatctctctgtgctagtgactgagactgtcaacaagcagctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_57346990_57347541
seq2: B6Ng01-196H15.b_43_596

seq1  GAATTCTCTGCTTTTTAAACAATGATACATCAATCCAGGCTATTCATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTTTTTAAACAATGATACATCAATCCAGGCTATTCATACA  50

seq1  CTTTAACAGACAGTAATGTTTAAATTATCACACAAGTGTTTATGGAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACAGACAGTAATGTTTAAATTATCACACAAGTGTTTATGGAATGT  100

seq1  TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCATTTATAGATTGAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCATTTATAGATTGAAAAG  150

seq1  TATCAACTATTAATACTTTACCCTCATCTATGTTCTCCAGGAACTGGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAACTATTAATACTTTACCCTCATCTATGTTCTCCAGGAACTGGCCA  200

seq1  ACTACAAACTTCTTTTTCTTATTATATATTTTCTTTATTTACATTTCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAAACTTCTTTTTCTTATTATATATTTTCTTTATTTACATTTCAAA  250

seq1  TGTTATACCCTTTCCTTATTTCCCCTCCGAAAATCCCCCTATTCCATCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATACCCTTTCCTTATTTCCCCTCCGAAAATCCCCCTATTCCATCCC  300

seq1  CCCTTCCCCTGCTCACCAACTTACCCATCCCAC-TTCCCTGTCCTGGCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCCCTGCTCACCAACTTACCCATCCCACTTTCCCTGTCCTGGCAT  350

seq1  TCCCCTACACTGGGGCATAGAACCTCACAGGGACAAGGGCTTCTCCTCCC  399
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTACACTGGGGCATATAACCTCACAGGGACAAGGGCTTCTCCTCCC  400

seq1  ATTGATGACCCACAAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGACCCACAAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATG  450

seq1  GGTCCCTCCATGTGTTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCTCTGGGAGATC-TG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  GGTCCCTCCATGTGTTCTTTGGTTGGTGGTTTATTCTCTGGGAGATCTTG  500

seq1  GGGGGTACTAATTGGTTCATATTGTTGTTCATCCTATGGGACTGCAAACC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTACTAATTGGTTCATATTGTTGTTCATCCTATGGGACTGCAAACC  550

seq1  CCTT  552
      ||||
seq2  CCTT  554

seq1: chr1_57521300_57522370
seq2: B6Ng01-196H15.g_62_1107 (reverse)

seq1  AAGCTGCTTTGTGGACAGTTCTCAAGGTCACTAGCACCAGGAGAAGGAAT  50
      ||||||| |||| ||||| |||||  |||||||||||   |||| |||  
seq2  AAGCTGC-TTGTTGACAG-TCTCA--GTCACTAGCACAGAGAGATGGA--  44

seq1  GGGAGGCTGAAGGAGACTCTCCATCCTCCATGACCTGGCATGTGCCTTTG  100
           |||||  |||||||||||||   ||||||   |||||||||||||
seq2  -----GCTGA--GAGACTCTCCATC--TCATGAC--TGCATGTGCCTTTG  83

seq1  CAAAGCGAAGACAGCATGACTCCCTATGGTTAATGGTACAGAGCCATATC  150
      ||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||
seq2  CAAAGCGAAGACAGCATGACT-CCTATGGT--AT-GTACAGAGCCATATC  129

seq1  TAAAAGAAGACTATCATCCAGGCCACTGTTACAGAGAGTTAACACTTCTC  200
      | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  T-AAAGAAGACTATCAT-CAGG-CACTGTTACAGAGAGTT-ACACTTCT-  174

seq1  CCCGTAAGTCAATGTAACAGAGTGCCAATATGTAAATGTGGTGGCAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTAAGTCAATGTAACAGAGTGCCAATATGTAAATGTGGTGGCAGTAT  224

seq1  GTATGATTTGCTAGGTGATCCATTTGGGTTTGTAAGTTTACTGTTTCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATTTGCTAGGTGATCCATTTGGGTTTGTAAGTTTACTGTTTCTAG  274

seq1  TTCGATAGGTGATAATTTTGATTGGATTTATGCATCTGATAATCAACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGATAGGTGATAATTTTGATTGGATTTATGCATCTGATAATCAACTGG  324

seq1  GAAATACTTGTGATTCAATAAGATACATTATACAGCAGCATCCATTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTTGTGATTCAATAAGATACATTATACAGCAGCATCCATTTCAG  374

seq1  TAAGTAATGTCTCTGGGCTGCTGTATACGATGAGGGAATTCATCACATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAATGTCTCTGGGCTGCTGTATACGATGAGGGAATTCATCACATTT  424

seq1  TTAAAAGGAGTTCTATATCAAA-TTTTTAGGACAGTGTGTTTATCTCAGA  499
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGGAGTTCTATATCAAATTTTTTAGGACAGTGTGTTTATCTCAGA  474

seq1  ACAAAGACAAACTATTGCCAGTAATGCGAGCTGGCTAGATTAATCTAGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGACAAACTATTGCCAGTAATGCGAGCTGGCTAGATTAATCTAGTT  524

seq1  TGCGGTAATGCAGTCACTTTGAAGCCCAATTCATGGATGTGTTTGGTAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGTAATGCAGTCACTTTGAAGCCCAATTCATGGATGTGTTTGGTAAA  574

seq1  ATCTAAAATGAAATGAAGATGTTCATACCCTTTGATCAAATGAAGGATGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAATGAAATGAAGATGTTCATACCCTTTGATCAAATGAAGGATGA  624

seq1  ACCAATGTGTGCAAATGGACTATTCGGCATCGCTCTAGCATCCTAACTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGTGTGCAAATGGACTATTCGGCATCGCTCTAGCATCCTAACTAC  674

seq1  TTGTACTTTATGTAACTGAGATCAGACAAGCAGATACAGTAGCAACCATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTTTATGTAACTGAGATCAGACAAGCAGATACAGTAGCAACCATA  724

seq1  GTTGGCTAATGGAATGTGCATTTAGCAACCATTGGAATGAAAAGAAAGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTAATGGAATGTGCATTTAGCAACCATTGGAATGAAAAGAAAGCC  774

seq1  ACAAGAGACCCTTTCTCCCTGGCTCTGGTAGACATGGCAATGAAACTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGACCCTTTCTCCCTGGCTCTGGTAGACATGGCAATGAAACTTTT  824

seq1  TCTAGAATGCACGACCTTTTGATTCTCTTACAAATAGCCTCAGTGAGTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAATGCACGACCTTTTGATTCTCTTACAAATAGCCTCAGTGAGTTC  874

seq1  ACAGCTGCCTCTTTCTTGAAGAGAAATCATCATGGCTGGATCCTCACAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGCCTCTTTCTTGAAGAGAAATCATCATGGCTGGATCCTCACAAA  924

seq1  AGTGACAATGACATTTTCAGAGAAATGTACAGGCAGATTCAAGTTTGCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAATGACATTTTCAGAGAAATGTACAGGCAGATTCAAGTTTGCAA  974

seq1  AGGTCTATATAGTTGTCCCTTCTTGAATATCTTAGCACTTGCACAATAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTATATAGTTGTCCCTTCTTGAATATCTTAGCACTTGCACAATAGC  1024

seq1  AAATCTCTGCACTTTGGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCTGCACTTTGGAATTC  1046