BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198B11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,350,698 - 82,496,162
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRhbdd1, Col4a4
Upstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1
Downstream geneCol4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198B11.bB6Ng01-198B11.g
ACCGA019778GA019779
length1,1691,072
definitionB6Ng01-198B11.b B6Ng01-198B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,350,698 - 82,351,856)(82,495,086 - 82,496,162)
sequence
gaattcaagaggagagcattttaatgctgtagtcacttatagtacacagg
tcaaataaataacaaatcatattcccaaaagtatatgtcactgctataat
ttatagtgattccttgattctaagacactcatctttttagtttataacag
gcaacgaatacaatgagaacaacatcaggtatcctcagactagtaagaat
actgcttaattagggattgtattgttgttgctgctgctgctgttgttttg
ctatttgtaaaagccagagcttcatctcgtggacttgagatatttggaaa
atctggtaaaaacaatctgaaaatgttgactatgtgaaggaagtcatcct
tctcgctttggggatggaggtctcgccttgaggttggccatcctccagtg
tccctgggattataaagtgtctcatggtgccaggctgggatttacattgc
taagcttaaaagctgtgagcatactattcgatgcagacaagaggaacaga
ttttttattttcaggtccaaacgcattataaaccaaaatagaataccaaa
accttagaaataaatgacaggaaatggctcctttttaatgaagcagcgtg
ggcttcaagagaaatcccagcaggtcgattgttaaaagcttctgttgaca
gaggttcgtcagtgcgtgctaaaggcatggcataaagactgattgtttaa
gtaacgagaccttaaagccatgagcctgcttcctcagtaagttaatgagc
ttgtaaaaaaaagctctcagtattgtattcacctgggtgtttgatgtgac
ctggtagatggtacacttgggcgggcagtctgcacggtgcatagataaca
agtttccagaccagaaaaggggattatgttccttcatttctgagaatctg
taagaattataaatatccataaataaaaaaaaaataaaggaaatgattgg
gcatcagtctatgtattgacgtggactgttgggggagccatttaaatgct
cattcagtaattgttatacagtagaatattatacagctattaaaatattg
cctagggatagttttaatagatttgggaaaataacttcatggccaaataa
ggtgggaagcctagtactaggcataatttataatatggatttgactttaa
tttttataaatatttacac
gaattctcatgtataatttccccagctttaaaaatacaattatttttaaa
aagtgtatgtgtatttattatgagtccctgcatgtagttatgcacatcac
atacaagtatgtatgtgcatcaagtgcattcctggtgcatggagaggtta
gaggaggaagtaggtcccctggaactggagttacaaggtcttcagcgtca
ccatgtggatgctgctgaccaacagtgttctctgcaaagccagcaagtgc
tctcagtactgagccatctctctagcctcattctgatatattaagcatgg
tgaactgctaaggtaggagagtcatggatacattgttgctaacccagata
caaactttacatagatcttagcaccaagaacttgtggtttttatgcaata
gaaccacaagaaggttctggaaggcaggaaagggataaaacaaagatttt
tcgaggcagaatctttaaacagagatttagagaaaaagagaaggtgttaa
ataaacaagaatataaatgacttctgtcctattagaattaatctaatgca
ctgctcttgttattatttttatttaccaagggaagacctggtgccatggg
gccccctggtcacaaaggggaaaagggtgacatggtcatatcaagagtga
aaggtgagtgtgacctatgacatggtcatgtcaagagtgaaaggtgtgtg
tgacctatgacttagccctctgacattttatgaattatctatgggcatcc
actttcattgatttccccctgtgactgcagattaattgtatatagtttag
gattcttgagatggcctagaaagtatttcctgcccttcatagaatggcat
ggctgttaagcactaaatctcccacttcttatttgaaatcataaatgtta
cttcagtgacatccaatcccattgtggtggaacttgaatctgaagcagat
atcttttacttgccttctgccttgtatggccttataaccagtggcattta
attacaaggtaccagtgcttaatctgggtagttctggggggatatatact
ttaatttgacttacctagagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82350698_82351856
seq2: B6Ng01-198B11.b_51_1219

seq1  GAATTCAAGAGGAGAGCATTTTAATGCTGTAGTCACTTATAGTACACAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGGAGAGCATTTTAATGCTGTAGTCACTTATAGTACACAGG  50

seq1  TCAAATAAATAACAAATCATATTCCCAAAAGTATATGTCACTGCTATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAAATAACAAATCATATTCCCAAAAGTATATGTCACTGCTATAAT  100

seq1  TTATAGTGATTCCTTGATTCTAAGACACTCATCTTTTTAGTTTATAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTGATTCCTTGATTCTAAGACACTCATCTTTTTAGTTTATAACAG  150

seq1  GCAACGAATACAATGAGAACAACATCAGGTATCCTCAGACTAGTAAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACGAATACAATGAGAACAACATCAGGTATCCTCAGACTAGTAAGAAT  200

seq1  ACTGCTTAATTAGGGATTGTATTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTAATTAGGGATTGTATTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTTTG  250

seq1  CTATTTGTAAAAGCCAGAGCTTCATCTCGTGGACTTGAGATATTTGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGTAAAAGCCAGAGCTTCATCTCGTGGACTTGAGATATTTGGAAA  300

seq1  ATCTGGTAAAAACAATCTGAAAATGTTGACTATGTGAAGGAAGTCATCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTAAAAACAATCTGAAAATGTTGACTATGTGAAGGAAGTCATCCT  350

seq1  TCTCGCTTTGGGGATGGAGGTCTCGCCTTGAGGTTGGCCATCCTCCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGCTTTGGGGATGGAGGTCTCGCCTTGAGGTTGGCCATCCTCCAGTG  400

seq1  TCCCTGGGATTATAAAGTGTCTCATGGTGCCAGGCTGGGATTTACATTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGGATTATAAAGTGTCTCATGGTGCCAGGCTGGGATTTACATTGC  450

seq1  TAAGCTTAAAAGCTGTGAGCATACTATTCGATGCAGACAAGAGGAACAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTAAAAGCTGTGAGCATACTATTCGATGCAGACAAGAGGAACAGA  500

seq1  TTTTTTATTTTCAGGTCCAAACGCATTATAAACCAAAATAGAATACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATTTTCAGGTCCAAACGCATTATAAACCAAAATAGAATACCAAA  550

seq1  ACCTTAGAAATAAATGACAGGAAATGGCTCCTTTTTAATGAAGCAGCGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGAAATAAATGACAGGAAATGGCTCCTTTTTAATGAAGCAGCGTG  600

seq1  GGCTTCAAGAGAAATCCCAGCAGGTCGATTGTTAAAAGCTTCTGTTGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAAGAGAAATCCCAGCAGGTCGATTGTTAAAAGCTTCTGTTGACA  650

seq1  GAGGTTCGTCAGTGCGTGCTAAAGGCATGGCATAAAGACTGATTGTTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCGTCAGTGCGTGCTAAAGGCATGGCATAAAGACTGATTGTTTAA  700

seq1  GTAACGAGACCTTAAAGCCATGAGCCTGCTTCCTCAGTAAGTTAATGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACGAGACCTTAAAGCCATGAGCCTGCTTCCTCAGTAAGTTAATGAGC  750

seq1  TTGTAAAAAAAAGCTCTCAGTATTGTATTCACCTGGGTGTTTGATGTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAAAAAGCTCTCAGTATTGTATTCACCTGGGTGTTTGATGTGAC  800

seq1  CTGGTAGATGGTACACTTGGGCGGGCAGTCTGCACGGTGCATAGATAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGATGGTACACTTGGGCGGGCAGTCTGCACGGTGCATAGATAACA  850

seq1  AGTTTCCAGACCAGAAAAGGGGATTATGTTCCTTCATTTCTGAGAATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCAGACCAGAAAAGGGGATTATGTTCCTTCATTTCTGAGAATCTG  900

seq1  TAAGAATTATAAATATCCATAAAT-AAAAAAAAATAAAGGAAATGATT-G  948
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAAGAATTATAAATATCCATAAATAAAAAAAAAATAAAGGAAATGATTGG  950

seq1  GCATCAGTCTATGTATTGACGTGGACTGT--GGGGAGCCATTTAAATGCT  996
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGTCTATGTATTGACGTGGACTGTTGGGGGAGCCATTTAAATGCT  1000

seq1  CATTCAGTAATTGTTATACAGTAGAATATTATACAGCTATTAAAATATTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGTAATTGTTATACAGTAGAATATTATACAGCTATTAAAATATTG  1050

seq1  -CTAGGGATTAGTTTAATAGATTT-GGAAAATA--CTCATGGTAAAATAA  1092
       ||||||||   |||||||||||| ||||||||   ||||||  |||| |
seq2  CCTAGGGATAGTTTTAATAGATTTGGGAAAATAACTTCATGGCCAAAT-A  1099

seq1  AGGTGGGAAGCCTAGTACTAGGCATTATTTATAATATGG-TTTGACTTT-  1140
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| 
seq2  AGGTGGGAAGCCTAGTACTAGGCATAATTTATAATATGGATTTGACTTTA  1149

seq1  ATTTTTATATAT-TTTACAC  1159
      ||||||||| || |||||||
seq2  ATTTTTATAAATATTTACAC  1169

seq1: chr1_82495086_82496162
seq2: B6Ng01-198B11.g_65_1136 (reverse)

seq1  CTCTCTA-GTAAGTCAA--TAAAGTATATTATTCCCCCAG-ACTACTCCA  46
      ||||||| |||||||||  ||||||||| ||| ||||||| ||||| |||
seq2  CTCTCTAGGTAAGTCAAATTAAAGTATA-TATCCCCCCAGAACTAC-CCA  48

seq1  AGATAAGCACCTGTTACTTGTAATTTAAATGCCACTGGTTAATAAAGGCC  96
         |||||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||   ||||||
seq2  GATTAAGCACTGGTACCTTGTAA-TTAAATGCCACTGGTTA--TAAGGCC  95

seq1  ATTACAAGGCAGAAGGCAAGTTAAAAGATATTCTGCTTCAGATTCAAGTT  146
      | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  A-TACAAGGCAGAAGGCAAG-TAAAAGATA-TCTGCTTCAGATTCAAGTT  142

seq1  -CACCACAATGGGGATTTGGATGTCACTGAAGTAACATTTATGATTTCAA  195
       ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACAATGGG--ATTGGATGTCACTGAAGTAACATTTATGATTTCAA  190

seq1  ATAAGAAGTGGGAGATTTAGTGCTTAACAGCCATGCCATTCTATGAAGGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAGTGGGAGATTTAGTGCTTAACAGCCATGCCATTCTATGAAGGG  240

seq1  CAGGAAATACTTTCTAGGCCATCTCAAGAATCCTAAACTATATACAATTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAATACTTTCTAGGCCATCTCAAGAATCCTAAACTATATACAATTA  290

seq1  ATCTGCAGTCACAGGGGGAAATCAATGAAAGTGGATGCCCATAGATAATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCAGTCACAGGGGGAAATCAATGAAAGTGGATGCCCATAGATAATT  340

seq1  CATAAAATGTCAGAGGGCTAAGTCATAGGTCACACACACCTTTCACTCTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATGTCAGAGGGCTAAGTCATAGGTCACACACACCTTTCACTCTT  390

seq1  GACATGACCATGTCATAGGTCACACTCACCTTTCACTCTTGATATGACCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGACCATGTCATAGGTCACACTCACCTTTCACTCTTGATATGACCA  440

seq1  TGTCACCCTTTTCCCCTTTGTGACCAGGGGGCCCCATGGCACCAGGTCTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCCTTTTCCCCTTTGTGACCAGGGGGCCCCATGGCACCAGGTCTT  490

seq1  CCCTTGGTAAATAAAAATAATAACAAGAGCAGTGCATTAGATTAATTCTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGTAAATAAAAATAATAACAAGAGCAGTGCATTAGATTAATTCTA  540

seq1  ATAGGACAGAAGTCATTTATATTCTTGTTTATTTAACACCTTCTCTTTTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACAGAAGTCATTTATATTCTTGTTTATTTAACACCTTCTCTTTTT  590

seq1  CTCTAAATCTCTGTTTAAAGATTCTGCCTCGAAAAATCTTTGTTTTATCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAATCTCTGTTTAAAGATTCTGCCTCGAAAAATCTTTGTTTTATCC  640

seq1  CTTTCCTGCCTTCCAGAACCTTCTTGTGGTTCTATTGCATAAAAACCACA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGCCTTCCAGAACCTTCTTGTGGTTCTATTGCATAAAAACCACA  690

seq1  AGTTCTTGGTGCTAAGATCTATGTAAAGTTTGTATCTGGGTTAGCAACAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTGGTGCTAAGATCTATGTAAAGTTTGTATCTGGGTTAGCAACAA  740

seq1  TGTATCCATGACTCTCCTACCTTAGCAGTTCACCATGCTTAATATATCAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCCATGACTCTCCTACCTTAGCAGTTCACCATGCTTAATATATCAG  790

seq1  AATGAGGCTAGAGAGATGGCTCAGTACTGAGAGCACTTGCTGGCTTTGCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGCTAGAGAGATGGCTCAGTACTGAGAGCACTTGCTGGCTTTGCA  840

seq1  GAGAACACTGTTGGTCAGCAGCATCCACATGGTGACGCTGAAGACCTTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACACTGTTGGTCAGCAGCATCCACATGGTGACGCTGAAGACCTTGT  890

seq1  AACTCCAGTTCCAGGGGACCTACTTCCTCCTCTAACCTCTCCATGCACCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAGTTCCAGGGGACCTACTTCCTCCTCTAACCTCTCCATGCACCA  940

seq1  GGAATGCACTTGATGCACATACATACTTGTATGTGATGTGCATAACTACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCACTTGATGCACATACATACTTGTATGTGATGTGCATAACTACA  990

seq1  TGCAGGGACTCATAATAAATACACATACACTTTTTAAAAATAATTGTATT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGACTCATAATAAATACACATACACTTTTTAAAAATAATTGTATT  1040

seq1  TTTAAAGCTGGGGAAATTATACATGAGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGCTGGGGAAATTATACATGAGAATTC  1072