BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199I11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 51,443,353 - 51,569,140
singlet/doubletdoublet
Overlap geneObfc2a
Upstream geneTmeff2, Sdpr, LOC383504
Downstream geneMyo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735, Nab1, LOC546736
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199I11.bB6Ng01-199I11.g
ACCGA020839GA020840
length8371,105
definitionB6Ng01-199I11.b B6Ng01-199I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,568,304 - 51,569,140)(51,443,353 - 51,444,455)
sequence
gaattcatctgccttctgatacgtagttttgagggacgaagacggctagt
aaaaatggtgagaacttaatatgttcatgatgtacgtctggattagagga
aaggcacacctgatattagaggttggtttagctgctgtcttgagctgagt
tagctcagtgccgctgtgcttacagacacaaggctctctatcaacgttac
tttttcctttgcttgtcctcctgatgcctggtttatatttcagcttaatg
gaaacagcttgacttgaatttgggggggggggcactttcccaccatcgac
ccaggtagtcacttttcattgacatcacagcatcttagacaggaccaagt
ctgtagcagaggttaacacagcagcagcaggagcctgcttttgggtgtga
cctctgttttcatacagactttctgcctgtgtgccactttcctacttggt
ttcctagttgcttcacaaagtatagatgggttgaccttggtgacgtcata
atgggggccaacctgctctgccttctggaggcccacatctatgcactcat
gctttacagttgttttctactactggagatactccttttgtaacatgcat
gctaaattatgtaatgtacatactgtaacgtctaatcacatgcttatgtt
ctagtaatacatgattgctgtgggaaatatgaaatgcccagaaacctatg
aaggtgaattgaaatgtttcacatcaattcagtttgattctgtctttgag
aaattctctgaccaggccttaacctcaaagagggctaatgttctctaata
cacttcagactatcgcattgcattttatagcacttct
gaattcaagaagaagctatgcattcagcctgtgagtaggaccagacttag
gtcctgactggtgactctcacagaaacagtttcttctgatctttgtttag
caaagttggactgaacctggtcagggtgtgaatagaaagtgagacagtat
agcaatagtcgattttctgaggccaaaagaaacatctgttagggtccaat
cctgaaggaagaccccagactcaaattgtatgcaaagataaagagcactt
attctgcaagaacgaccagcatgaggaggtcaaccattcatcaaaatggc
aaccctggaaaaacttgcaaggctaggtgaattttccagaaggactagat
aatctctaatgtgattgataatgtgattaggtaatctctaaaacaaagct
atgacattagtacagatttgattggctactatgttagttcttgtatattt
ggagagaccttagagaacgggaacggattaggtaatctaaaatttcattg
gtgggtgctgaggaagctacatgggtcggtttctgattggcttgtgccag
gtgtgctgtgttctgcattcctatgtcatgaatgtttaaccacaggatga
gctaaccaaactatataaggctgcccagcatagatggcccaccctgggat
aagatatttttcccattcttgtggttatcttcaggctgctctttgggtgt
ttttttttttcctttcttcttggagctgctggtggtggcctagttccctg
ggactgatgtcttgggggttgcagggtatggagctagtgacttataatct
agtttcctgggactctggctttcctttagaagtcaggcctggtcctgaaa
tggagtttatgtcatcttcttacagcttaagtaaagaagaaggactcaca
cacatacatacacacacacatacacacacacaccttttttttttttaatt
aaattgaaaaaatacattgttgatagcagagagtctgagaataaagagat
tgaatagttgcgatctgatctttgacctctagaggggcatggccttagat
tttgaatgggagtagataattatcttaagcaggaaataagactctttata
gttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_51568304_51569140
seq2: B6Ng01-199I11.b_44_880 (reverse)

seq1  AGAAGTGCTAT-AAATGCAATGCGATAGTCTGAAGTGTATTAGAGAACAT  49
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGCTATAAAATGCAATGCGATAGTCTGAAGTGTATTAGAGAACAT  50

seq1  TAGCCCTCTTTGAGGTTAAGGCCCTGGTCAGAGAATTTCTCAAAGACAGA  99
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTCTTTGAGGTTAAGG-CCTGGTCAGAGAATTTCTCAAAGACAGA  99

seq1  ATCAAACTGAATTGATGTGAAACATTTCAATTCACCTTCATAGGTTTCTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTGAATTGATGTGAAACATTTCAATTCACCTTCATAGGTTTCTG  149

seq1  GGCATTTCATATTTCCCACAGCAATCATGTATTACTAGAACATAAGCATG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTCATATTTCCCACAGCAATCATGTATTACTAGAACATAAGCATG  199

seq1  TGATTAGACGTTACAGTATGTACATTACATAATTTAGCATGCATGTTACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAGACGTTACAGTATGTACATTACATAATTTAGCATGCATGTTACA  249

seq1  AAAGGAGTATCTCCAGTAGTAGAAAACAACTGTAAAGCATGAGTGCATAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTATCTCCAGTAGTAGAAAACAACTGTAAAGCATGAGTGCATAG  299

seq1  ATGTGGGCCTCCAGAAGGCAGAGCAGGTTGGCCCCCATTATGACGTCACC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGCCTCCAGAAGGCAGAGCAGGTTGGCCCCCATTATGACGTCACC  349

seq1  AAGGTCAACCCATCTATACTTTGTGAAGCAACTAGGAAACCAAGTAGGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAACCCATCTATACTTTGTGAAGCAACTAGGAAACCAAGTAGGAA  399

seq1  AGTGGCACACAGGCAGAAAGTCTGTATGAAAACAGAGGTCACACCCAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCACACAGGCAGAAAGTCTGTATGAAAACAGAGGTCACACCCAAAA  449

seq1  GCAGGCTCCTGCTGCTGCTGTGTTAACCTCTGCTACAGACTTGGTCCTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTCCTGCTGCTGCTGTGTTAACCTCTGCTACAGACTTGGTCCTGT  499

seq1  CTAAGATGCTGTGATGTCAATGAAAAGTGACTACCTGGGTCGATGGTGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATGCTGTGATGTCAATGAAAAGTGACTACCTGGGTCGATGGTGGG  549

seq1  AAAGTGCCCCCCCCCCCAAATTCAAGTCAAGCTGTTTCCATTAAGCTGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCCCCCCCCCCCAAATTCAAGTCAAGCTGTTTCCATTAAGCTGAA  599

seq1  ATATAAACCAGGCATCAGGAGGACAAGCAAAGGAAAAAGTAACGTTGATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAACCAGGCATCAGGAGGACAAGCAAAGGAAAAAGTAACGTTGATA  649

seq1  GAGAGCCTTGTGTCTGTAAGCACAGCGGCACTGAGCTAACTCAGCTCAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCTTGTGTCTGTAAGCACAGCGGCACTGAGCTAACTCAGCTCAAG  699

seq1  ACAGCAGCTAAACCAACCTCTAATATCAGGTGTGCCTTTCCTCTAATCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGCTAAACCAACCTCTAATATCAGGTGTGCCTTTCCTCTAATCCA  749

seq1  GACGTACATCATGAACATATTAAGTTCTCACCATTTTTACTAGCCGTCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTACATCATGAACATATTAAGTTCTCACCATTTTTACTAGCCGTCTT  799

seq1  CGTCCCTCAAAACTACGTATCAGAAGGCAGATGAATTC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCCTCAAAACTACGTATCAGAAGGCAGATGAATTC  837

seq1: chr1_51443353_51444455
seq2: B6Ng01-199I11.g_65_1169

seq1  GAATTCAAGAAGAAGCTATGCATTCAGCCTGTGAGTAGGACCAGACTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAAGAAGCTATGCATTCAGCCTGTGAGTAGGACCAGACTTAG  50

seq1  GTCCTGACTGGTGACTCTCACAGAAACAGTTTCTTCTGATCTTTGTTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGACTGGTGACTCTCACAGAAACAGTTTCTTCTGATCTTTGTTTAG  100

seq1  CAAAGTTGGACTGAACCTGGTCAGGGTGTGAATAGAAAGTGAGACAGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTGGACTGAACCTGGTCAGGGTGTGAATAGAAAGTGAGACAGTAT  150

seq1  AGCAATAGTCGATTTTCTGAGGCCAAAAGAAACATCTGTTAGGGTCCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAGTCGATTTTCTGAGGCCAAAAGAAACATCTGTTAGGGTCCAAT  200

seq1  CCTGAAGGAAGACCCCAGACTCAAATTGTATGCAAAGATAAAGAGCACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGGAAGACCCCAGACTCAAATTGTATGCAAAGATAAAGAGCACTT  250

seq1  ATTCTGCAAGAACGACCAGCATGAGGAGGTCAACCATTCATCAAAATGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCAAGAACGACCAGCATGAGGAGGTCAACCATTCATCAAAATGGC  300

seq1  AACCCTGGAAAAACTTGCAAGGCTAGGTGAATTTTCCAGAAGGACTAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGGAAAAACTTGCAAGGCTAGGTGAATTTTCCAGAAGGACTAGAT  350

seq1  AATCTCTAATGTGATTGATAATGTGATTAGGTAATCTCTAAAACAAAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTAATGTGATTGATAATGTGATTAGGTAATCTCTAAAACAAAGCT  400

seq1  ATGACATTAGTACAGATTTGATTGGCTACTATGTTAGTTCTTGTATATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATTAGTACAGATTTGATTGGCTACTATGTTAGTTCTTGTATATTT  450

seq1  GGAGAGACCTTAGAGAACGGGAACGGATTAGGTAATCTAAAATTTCATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGACCTTAGAGAACGGGAACGGATTAGGTAATCTAAAATTTCATTG  500

seq1  GTGGGTGCTGAGGAAGCTACATGGGTCGGTTTCTGATTGGCTTGTGCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGCTGAGGAAGCTACATGGGTCGGTTTCTGATTGGCTTGTGCCAG  550

seq1  GTGTGCTGTGTTCTGCATTCCTATGTCATGAATGTTTAACCACAGGATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGTGTTCTGCATTCCTATGTCATGAATGTTTAACCACAGGATGA  600

seq1  GCTAACCAAACTATATAAGGCTGCCCAGCATAGATGGCCCACCCTGGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACCAAACTATATAAGGCTGCCCAGCATAGATGGCCCACCCTGGGAT  650

seq1  AAGATATTTTTCCCATTCTTGTGGTTATCTTCAGGCTGCTCTTTGGGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATTTTTCCCATTCTTGTGGTTATCTTCAGGCTGCTCTTTGGGTGT  700

seq1  TTTTTTTTTTCC-TTCTTCTTGGAGCTGCTGGTGGTGGCCTAGTT-CCTG  748
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTTTTTTTTCCTTTCTTCTTGGAGCTGCTGGTGGTGGCCTAGTTCCCTG  750

seq1  GGACTGATGTCTTGGGGGTTGCAGGGTATGGAGCTAGTGACTTATAATCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGATGTCTTGGGGGTTGCAGGGTATGGAGCTAGTGACTTATAATCT  800

seq1  AG-TTCCTGGGACTCTGGCTTTCCTTTAGAAGTCAGGCCTGGTCCTGAAA  847
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCTGGGACTCTGGCTTTCCTTTAGAAGTCAGGCCTGGTCCTGAAA  850

seq1  TGGAGTTTATGTCATCCTCTTACAGCTAAAGTAAAG-AGAAGGACTCACA  896
      |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  TGGAGTTTATGTCATCTTCTTACAGCTTAAGTAAAGAAGAAGGACTCACA  900

seq1  CACATACATACACACACACATACACACACACACC--TTTTTTTTTTAAAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |
seq2  CACATACATACACACACACATACACACACACACCTTTTTTTTTTTTAATT  950

seq1  AAATTG-AAAAATACATTGTTGATAGAGAAGAGTTTGAG-ATAAAGAGAT  992
      |||||| |||||||||||||||||||   ||||| |||| ||||||||||
seq2  AAATTGAAAAAATACATTGTTGATAGCAGAGAGTCTGAGAATAAAGAGAT  1000

seq1  TGAATAGTTGGCGGATCTGATCTTTGAACCTCTAGA-GGGCATGGGCTTT  1041
      ||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||
seq2  TGAATAGTTG--CGATCTGATCTTTG-ACCTCTAGAGGGGCAT-GGCCTT  1046

seq1  AGA-TTTGAATGGGAGTAAGATAAATTATCCTTAGCAGGAAGAAAGACTT  1090
      ||| ||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||  ||||| |
seq2  AGATTTTGAATGGGAGT-AGAT-AATTATCTTAAGCAGGAAATAAGAC-T  1093

seq1  CTTTATTAGTTAG  1103
      ||||| |||||||
seq2  CTTTA-TAGTTAG  1105