BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201F22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 137,384,547 - 137,535,135
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNav1, EG215714, LOC623327
Upstream geneKlhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b, LOC100042418, Syt2, Ppp1r12b, Ube2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1, Tmem58, Ipo9
Downstream geneCsrp1, Phlda3, Tnni1, Lad1, Tnnt2, LOC100042477, Pkp1, 9830123M21Rik, Tmem9, Ascl5, Cacna1s, Kif21b, 2310006M14Rik, 5730559C18Rik, LOC100042513, Gpr25, Camsap1l1, 9230116N13Rik, Ddx59, Kif14, Zfp281
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201F22.bB6Ng01-201F22.g
ACCGA022165GA022166
length1,1381,083
definitionB6Ng01-201F22.b B6Ng01-201F22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(137,533,994 - 137,535,135)(137,384,547 - 137,385,635)
sequence
gaattcccagctagccctgacaatggtgtccatcacaaagctgaccctac
tatctggatgaatgactgctccagccccgtgcttttgccatgctgtataa
caagtgtgtaagagtcaaaacccagctgtgcagtggtggcgcacgccttt
aattccaacacttgggaggcagaggcaaatagatctctcagttcgaggcc
agcctggtctacagagttagttccaggacagccagggctgtacagagaaa
ctctgtctcgaaaaccaaaaaggaaaaaagaaaaaaaaagtaaaaaaccc
tgtaaggcttttttttccatccctgccttctaatttgctgcttcttctta
gataatgtaggcacctggaaaaaaataaaagacagagaaggaaggtagtt
tttgtcattgtttagcctcaagtgacagggtgatccaacaagaacctctt
agtccaggacccaggaggaaacataccctatgtatatatgcacaaggtgt
ctgtctgcatcaggcccaccttagctccgttgcagtggagtggcctcttg
ggggctcctggtgaggtactggtcctgcctggctgaacaggcctgatgta
gaagagggaatgggaaaccatagggaactaggccggcactcagagaaaac
aagcatatacaaatgtatgcagatgtatgcaaatctctgcagctttgccc
ggagcctagctggctctctgagtgggagcctggaccccaccctaggttca
acatctctttttggcccattaatctcttcctcctacttctccctcccagg
agcatctgcctcttcacggtggcattttccctggaccacatgaggggtct
gggaagataagaaagctgagtcaccaggcagggaaaggaagagacacagt
tccaagctgggaatgacagcatgggaaagtggcaagagagctaactcact
tcctgctcacaagtctctgtttagccctagatgtcaaaatcaccagcttt
tagatggggcattaccactcagcttctgggacatctagcagagctctggt
ctcgggccaacaagcagcgaggaaatagggtgttgtggacttctctacct
ctccctctcagtgcccattgtctctctccaagcaggtc
gaattcactatgtagctaagcctgacctggaactgataggaatcctcctg
tatcgggctcctaaatgccgtgccatcatgtttagttacttttagggctt
tttaaaaataaaaggcttacattcatttgtttgttaggttgtttgcgtat
ctgtgtgattgatcttagatatctatctatctatctgtaagtctatgtgt
ggatggatgtgcacacaccgtggtgtatggagaaggtcagaggacaactt
cccggagagggttctcttctgccatgtctgtccctggggtggaactaaag
ttctcagactttactctgaggagcccttctcaccatctccagggcccaac
actagatcttttttatttagattctctttttaagtttcttgtctcttatg
atttatttattttatgtatatgaggacactacaggggtcctcagacacac
cagaagagggcattggatccctttatagatggttgtgagccaccatgtgg
ttgctgggaattgaactcaggacctttggaagaacagtcagtgctcttaa
cccctgagtcatctctccagcccccaacactagatctttaatcacgtctc
tacatctggaacacaaaaacaaaagacaaaacattctaaagcaactctat
cagttacagatgggtagaagttgcaggacaggagagccaaagagtcaggt
tgaagtggaaggaattacctatcgtggctgctttgactgcagagaaattg
tctctgagataaaatcatgtctgtgagtgctccccgaaaggctccatgca
ctcattcaccccggcaaacagcatggatggcgctttgtgggacaaaatgg
aggtaattggattagaggtatcaatatgttttattgggagtttcatgtgg
cggagggtaattgtagggtagcagggacagagagagaagcgagatataag
ggagacatgagagacagtttccgagatgagttaaagctttgcatgtcagc
tgcaggagagcacgcagcaaaagctgagctgttccaccggagtctttctt
tatatggaccaactggtggctgaaagatgctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_137533994_137535135
seq2: B6Ng01-201F22.b_45_1182 (reverse)

seq1  GACCTGCCTTGTGAGAGGACAATGGGCACTGAGA-GGAGAGGTAGAGGAG  49
      ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  GACCTGCTTGGAGAGA-GACAATGGGCACTGAGAGGGAGAGGTAGAGAAG  49

seq1  GCCCACACAACC-ATTTCCTCGCTGCTTGGTTTGCCCGAGAACCCAGAGC  98
       ||   ||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||
seq2  TCCACAACACCCTATTTCCTCGCTGCTT-GTTGGCCCGAGA--CCAGAGC  96

seq1  TCTGCTTAGATTGTCCCAGAAGCTGAGTGGTAATGCCCCATCTAAAAGCT  148
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGC-TAGA-TGTCCCAGAAGCTGAGTGGTAATGCCCCATCTAAAAGCT  144

seq1  GGTGATTTTGACATCTAGGGCTAAACAGAGACTTGTGAGCAGGAAGTGAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTTTGACATCTAGGGCTAAACAGAGACTTGTGAGCAGGAAGTGAG  194

seq1  TTAGCTCTCTTGCCACTTTCCCATGCTGTCATTCCCAGCTTGGAACTGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCTCTTGCCACTTTCCCATGCTGTCATTCCCAGCTTGGAACTGTG  244

seq1  TCTCTTCCTTCCCCTGCCTGGTGACTCAGCTTTCTTATCTTCCCAGACCC  298
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCTTTCCCTGCCTGGTGACTCAGCTTTCTTATCTTCCCAGACCC  294

seq1  CTCATGTGGTCCAGGGAAAATGCCACCGTGAAGAGGCAGATGCTCCTGGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTGGTCCAGGGAAAATGCCACCGTGAAGAGGCAGATGCTCCTGGG  344

seq1  AGGGAGAAGTAGGAGGAAGAGATTAATGGGCCAAAAAGAGATGTTGAACC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAAGTAGGAGGAAGAGATTAATGGGCCAAAAAGAGATGTTGAACC  394

seq1  TAGGGTGGGGTCCAGGCTCCCACTCAGAGAGCCAGCTAGGCTCCGGGCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTGGGGTCCAGGCTCCCACTCAGAGAGCCAGCTAGGCTCCGGGCAA  444

seq1  AGCTGCAGAGATTTGCATACATCTGCATACATTTGTATATGCTTGTTTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGAGATTTGCATACATCTGCATACATTTGTATATGCTTGTTTTC  494

seq1  TCTGAGTGCCGGCCTAGTTCCCTATGGTTTCCCATTCCCTCTTCTACATC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGCCGGCCTAGTTCCCTATGGTTTCCCATTCCCTCTTCTACATC  544

seq1  AGGCCTGTTCAGCCAGGCAGGACCAGTACCTCACCAGGAGCCCCCAAGAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGTTCAGCCAGGCAGGACCAGTACCTCACCAGGAGCCCCCAAGAG  594

seq1  GCCACTCCACTGCAACGGAGCTAAGGTGGGCCTGATGCAGACAGACACCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCCACTGCAACGGAGCTAAGGTGGGCCTGATGCAGACAGACACCT  644

seq1  TGTGCATATATACATAGGGTATGTTTCCTCCTGGGTCCTGGACTAAGAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATATATACATAGGGTATGTTTCCTCCTGGGTCCTGGACTAAGAGG  694

seq1  TTCTTGTTGGATCACCCTGTCACTTGAGGCTAAACAATGACAAAAACTAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTGGATCACCCTGTCACTTGAGGCTAAACAATGACAAAAACTAC  744

seq1  CTTCCTTCTCTGTCTTTTATTTTTTTCCAGGTGCCTACATTATCTAAGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCTCTGTCTTTTATTTTTTTCCAGGTGCCTACATTATCTAAGAA  794

seq1  GAAGCAGCAAATTAGAAGGCAGGGATGGAAAAAAAAGCCTTACAGGGTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGCAAATTAGAAGGCAGGGATGGAAAAAAAAGCCTTACAGGGTTT  844

seq1  TTTACTTTTTTTTTCTTTTTTCCTTTTTGGTTTTCGAGACAGAGTTTCTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTTTTTTTTCTTTTTTCCTTTTTGGTTTTCGAGACAGAGTTTCTC  894

seq1  TGTACAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTAACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTAACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTC  944

seq1  GAACTGAGAGATCTATTTGCCTCTGCCTCCCAAGTGTTGGAATTAAAGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAGAGATCTATTTGCCTCTGCCTCCCAAGTGTTGGAATTAAAGGC  994

seq1  GTGCGCCACCACTGCACAGCTGGGTTTTGACTCTTACACACTTGTTATAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGCCACCACTGCACAGCTGGGTTTTGACTCTTACACACTTGTTATAC  1044

seq1  AGCATGGCAAAAGCACGGGGCTGGAGCAGTCATTCATCCAGATAGTAGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGCAAAAGCACGGGGCTGGAGCAGTCATTCATCCAGATAGTAGGG  1094

seq1  TCAGCTTTGTGATGGACACCATTGTCAGGGCTAGCTGGGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTTGTGATGGACACCATTGTCAGGGCTAGCTGGGAATTC  1138

seq1: chr1_137384547_137385635
seq2: B6Ng01-201F22.g_64_1146

seq1  GAATTCACTATGTAGCTAAGCCTGACCTGGAACTGATAGGAATCCTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGCTAAGCCTGACCTGGAACTGATAGGAATCCTCCTG  50

seq1  TATCGGGCTCCTAAATGCCGTGCCATCATGTTTAGTTACTTTTAGGGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGGGCTCCTAAATGCCGTGCCATCATGTTTAGTTACTTTTAGGGCTT  100

seq1  TTTAAAAATAAAAGGCTTACATTCATTTGTTTGTTAGGTTGTTTGCGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAATAAAAGGCTTACATTCATTTGTTTGTTAGGTTGTTTGCGTAT  150

seq1  CTGTGTGATTGATCTTAGATATCTATCTATCTATCTGTAAGTCTATGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGATTGATCTTAGATATCTATCTATCTATCTGTAAGTCTATGTGT  200

seq1  GGATGGATGTGCACACACCGTGGTGTATGGAGAAGGTCAGAGGACAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATGTGCACACACCGTGGTGTATGGAGAAGGTCAGAGGACAACTT  250

seq1  CCCGGAGAGGGTTCTCTTCTGCCATGTCTGTCCCTGGGGTGGAACTAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGAGAGGGTTCTCTTCTGCCATGTCTGTCCCTGGGGTGGAACTAAAG  300

seq1  TTCTCAGACTTTACTCTGAGGAGCCCTTCTCACCATCTCCAGGGCCCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGACTTTACTCTGAGGAGCCCTTCTCACCATCTCCAGGGCCCAAC  350

seq1  ACTAGATCTTTTTTATTTAGATTCTCTTTTTAAGTTTCTTGTCTCTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGATCTTTTTTATTTAGATTCTCTTTTTAAGTTTCTTGTCTCTTATG  400

seq1  ATTTATTTATTTTATGTATATGAGGACACTACAGGGGTCCTCAGACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTATTTTATGTATATGAGGACACTACAGGGGTCCTCAGACACAC  450

seq1  CAGAAGAGGGCATTGGATCCCTTTATAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGGCATTGGATCCCTTTATAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGG  500

seq1  TTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAACAGTCAGTGCTCTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAACAGTCAGTGCTCTTAA  550

seq1  CCCCTGAGTCATCTCTCCAGCCCCCAACACTAGATCTTTAATCACGTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGAGTCATCTCTCCAGCCCCCAACACTAGATCTTTAATCACGTCTC  600

seq1  TACATCTGGAACACAAAAACAAAAGACAAAACATTCTAAAGCAACTCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTGGAACACAAAAACAAAAGACAAAACATTCTAAAGCAACTCTAT  650

seq1  CAGTTACAGATGGGTAGAAGTTGCAGGACAGGAGAGCCAAAGAGTCAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACAGATGGGTAGAAGTTGCAGGACAGGAGAGCCAAAGAGTCAGGT  700

seq1  TGAAGTGGAAGGAATTACCTATCGTGGCTGCTTTGACTGCAGAGAAATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGGAAGGAATTACCTATCGTGGCTGCTTTGACTGCAGAGAAATTG  750

seq1  TCTCTGAGATAAAATCATGTCTGTGAGTGCTCCCCGAAAGGCTCCATGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGATAAAATCATGTCTGTGAGTGCTCCCCGAAAGGCTCCATGCA  800

seq1  CTCATTCACCCCGGCAAACAGCATGGATGGCGCTTTGTGGGACAAAATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCACCCCGGCAAACAGCATGGATGGCGCTTTGTGGGACAAAATGG  850

seq1  AGGTAATTGGATTAGAGGTATCAATATGTTTTATTGGGAGTTTCATGTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAATTGGATTAGAGGTATCAATATGTTTTATTGGGAGTTTCATGTGG  900

seq1  CGGAGGGTAATTGTAGGGTAGCAGGGGACAGAGAGAGAAGCGAGGATATA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CGGAGGGTAATTGTAGGGTAGCA-GGGACAGAGAGAGAAGCGA-GATATA  948

seq1  AGGGGAGACATGAGAGACAGTTTCCGAGATGGAGGTTAAGGCTTTGCCAT  1000
      | |||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||| |||
seq2  A-GGGAGACATGAGAGACAGTTTCCGAGATG--AGTTAAAGCTTTG-CAT  994

seq1  GTCAGCTGGCGGGAGAGCACGCAGCAGAAAGCTGAGCTGTTCAACGGGAG  1050
      ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||
seq2  GTCAGCT-GCAGGAGAGCACGCAGCA-AAAGCTGAGCTGTTCCACCGGAG  1042

seq1  TC-TTCTTAATTAGGACCAACT-GTGGCTGAAGAATGCTGA  1089
      || ||||| ||  ||||||||| |||||||||  |||||||
seq2  TCTTTCTTTATATGGACCAACTGGTGGCTGAAAGATGCTGA  1083