BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201G02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 133,390,985 - 133,530,850
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrgap2, 2700049P18Rik, Avpr1b, LOC667238
Upstream geneZp3r, C4bp, C4bp-ps1, Pfkfb2, Yod1, AA986860, Fcamr, Pigr, Faim3, Il24, Il20, Il19, Il10, Mapkapk2, Dyrk3, Lgtn, Rassf5, Ikbke, LOC100042826, LOC100042821
Downstream geneCtse, 5430435G22Rik, Slc26a9, 4732466D17Rik, Slc41a1, Rab7l1, Nucks1, Slc45a3, Elk4, Mfsd4, Pctk3, LOC100042221, Lemd1, EG638532, Klhdc8a, Nuak2, Tmcc2, Ripk5, Rbbp5, Tmem81, Cntn2, Nfasc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201G02.bB6Ng01-201G02.g
ACCGA022173GA022174
length1,060466
definitionB6Ng01-201G02.b B6Ng01-201G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,529,797 - 133,530,850)(133,390,985 - 133,391,456)
sequence
gaattctcttcattaatttttctgtctctatgaccatgactttggcccaa
ggctccagaagtgctagttcctcatggcagggagaacgtagtgaagcaga
tcactcacaccatggcagccaggaagcagggagagaatgtctgccttcct
agaccttctcctctgactccaggcaggctcccagcttatgagaggagagc
atccccttcactgggagaaattcctccctgcttagtcttctctggaaatg
ctctcacagacatactctgaggtactcttgaccaggtctctaggtgcttc
caagctaatcaagttgacaatcaagattagtcatcacagggaccaaacat
tcccattggtatttcagggaccagcagctagccaggaagaattctggagc
cccgaccctcaatgtcagcaagtagtggtgaacagtttgggccagcaaat
gacttaggctcctccatttcagggccttatttcccctctggacttgaccc
tccctccctgtggcagagcctgtgtgtatgctgttacaacgccaggcaag
caccctgttggagtgctcacttccagatgactgccctggacatgcagtgc
tgtcagaggaccctgctctcttcccttatgttttctacctggtgttcctc
aaaggaccttgtcttagtcagcgtttctattcctgcacaaacatcatagc
caagaagcagttggggaggaaagggtttattcagcttacatttccacatt
gctgtttatcaccaaaggaagtcaggactggaactcaagcaggtcagaaa
gcaggagctgatgcagaagtcatgggagggatgctcttttactgggcttg
cttcccctggcttgctcagcctgctctcttatagaaccaagattaccagc
ccagagatggtcccacccacaagggaccctttcccccttgatcactaatt
gagaaatgccttacagttggatctcatggaggcatttctcaacttgaagc
tcctttcttctggtggataactcagctgtggtcaagttgacacaaaacta
gcaggtacaa
agactaattaaggccccagggtgctgcaactaagcagcagagagcaggtt
tccaaggaggaggctgaatagacatacagaagtagaacatcctctagagg
tcatcttctccaccagcccaccactctcctccaacactctgcaggctaca
ggaaagcaagtgcagacaatgagtgggtgtccagtttctcaagctcacct
ggaaagaagccacattatctttcaatgccccgaagctgcaaaacctccaa
ggaagaactcaatagtataaccaccccactagcttcctattcagtctcat
aattcaacatgatgaacctggcacactgccagccaggactgctccagaaa
gatacagatgaaagatgttaaatcagagtatgggagtgcgaaaagaacac
tggatgaggcaacaaaacaatgaacaaagggaaaagaagcattagggtgt
gtgtgtgggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_133529797_133530850
seq2: B6Ng01-201G02.b_46_1105 (reverse)

seq1  TTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGA-CACAGCTGGAGTTATC--AC  47
      ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||   |
seq2  TTGTACCTGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACCACAGCT-GAGTTATCCACC  49

seq1  AG-AGAAAGGAGCTTC-AGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGT  95
      || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAAGGAGCTTCAAGTTGA-GAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGT  98

seq1  AAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGG-AAGGGTCCCTTGTGGGTG  144
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGGCA-TTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGGTCCCTTGTGGGTG  147

seq1  GGACCATCTCTGGGCTGGTAATCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCATCTCTGGGCTGGTAATCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGC  197

seq1  AAGCCAGGGGAAGCAAG-CCAGT-AAAGAGCATCCCT-CCATGACTTCTG  241
      ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGCCAGGGGAAGCAAGCCCAGTAAAAGAGCATCCCTCCCATGACTTCTG  247

seq1  CATCAGCTCCTGCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCTCCTGCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTT  297

seq1  GGTGATAAACAGCAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATAAACAGCAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCC  347

seq1  CAACTGCTTCTTGGCTATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACGCTGACTAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCTTCTTGGCTATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACGCTGACTAA  397

seq1  GACAAGGTCCTTTGAGGAACACCAGGTAGAAAACATAAGGGAAGAGAGCA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGTCCTTTGAGGAACACCAGGTAGAAAACATAAGGGAAGAGAGCA  447

seq1  GGGTCCTCTGACAGCACTGCATGTCCAGGGCAGTCATCTGGAAGTGAGCA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCTCTGACAGCACTGCATGTCCAGGGCAGTCATCTGGAAGTGAGCA  497

seq1  CTCCAACAGGGTGCTTGCCTGGCGTTGTAACAGCATACACACAGGCTCTG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACAGGGTGCTTGCCTGGCGTTGTAACAGCATACACACAGGCTCTG  547

seq1  CCACAGGGAGGGAGGGTCAAGTCCAGAGGGGAAATAAGGCCCTGAAATGG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGGAGGGAGGGTCAAGTCCAGAGGGGAAATAAGGCCCTGAAATGG  597

seq1  AGGAGCCTAAGTCATTTGCTGGCCCAAACTGTTCACCACTACTTGCTGAC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCTAAGTCATTTGCTGGCCCAAACTGTTCACCACTACTTGCTGAC  647

seq1  ATTGAGGGTCGGGGCTCCAGAATTCTTCCTGGCTAGCTGCTGGTCCCTGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGGGTCGGGGCTCCAGAATTCTTCCTGGCTAGCTGCTGGTCCCTGA  697

seq1  AATACCAATGGGAATGTTTGGTCCCTGTGATGACTAATCTTGATTGTCAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCAATGGGAATGTTTGGTCCCTGTGATGACTAATCTTGATTGTCAA  747

seq1  CTTGATTAGCTTGGAAGCACCTAGAGACCTGGTCAAGAGTACCTCAGAGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTAGCTTGGAAGCACCTAGAGACCTGGTCAAGAGTACCTCAGAGT  797

seq1  ATGTCTGTGAGAGCATTTCCAGAGAAGACTAAGCAGGGAGGAATTTCTCC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTGAGAGCATTTCCAGAGAAGACTAAGCAGGGAGGAATTTCTCC  847

seq1  CAGTGAAGGGGATGCTCTCCTCTCATAAGCTGGGAGCCTGCCTGGAGTCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAGGGGATGCTCTCCTCTCATAAGCTGGGAGCCTGCCTGGAGTCA  897

seq1  GAGGAGAAGGTCTAGGAAGGCAGACATTCTCTCCCTGCTTCCTGGCTGCC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAAGGTCTAGGAAGGCAGACATTCTCTCCCTGCTTCCTGGCTGCC  947

seq1  ATGGTGTGAGTGATCTGCTTCACTACGTTCTCCCTGCCATGAGGAACTAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTGAGTGATCTGCTTCACTACGTTCTCCCTGCCATGAGGAACTAG  997

seq1  CACTTCTGGAGCCTTGGGCCAAAGTCATGGTCATAGAGACAGAAAAATTA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGGAGCCTTGGGCCAAAGTCATGGTCATAGAGACAGAAAAATTA  1047

seq1  ATGAAGAGAATTC  1054
      |||||||||||||
seq2  ATGAAGAGAATTC  1060

seq1: chr1_133390985_133391456
seq2: B6Ng01-201G02.g_67_538

seq1  GAATTCAGACTAATTAAGGCCCCAGGGTGCTGCAACTAAGCAGCAGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACTAATTAAGGCCCCAGGGTGCTGCAACTAAGCAGCAGAGAG  50

seq1  CAGGTTTCCAAGGAGGAGGCTGAATAGACATACAGAAGTAGAACATCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTCCAAGGAGGAGGCTGAATAGACATACAGAAGTAGAACATCCTC  100

seq1  TAGAGGTCATCTTCTCCACCAGCCCACCACTCTCCTCCAACACTCTGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTCATCTTCTCCACCAGCCCACCACTCTCCTCCAACACTCTGCAG  150

seq1  GCTACAGGAAAGCAAGTGCAGACAATGAGTGGGTGTCCAGTTTCTCAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGGAAAGCAAGTGCAGACAATGAGTGGGTGTCCAGTTTCTCAAGC  200

seq1  TCACCTGGAAAGAAGCCACATTATCTTTCAATGCCCCGAAGCTGCAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGGAAAGAAGCCACATTATCTTTCAATGCCCCGAAGCTGCAAAAC  250

seq1  CTCCAAGGAAGAACTCAATAGTATAACCACCCCACTAGCTTCCTATTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGGAAGAACTCAATAGTATAACCACCCCACTAGCTTCCTATTCAG  300

seq1  TCTCATAATTCAACATGATGAACCTGGCACACTGCCAGCCAGGACTGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAATTCAACATGATGAACCTGGCACACTGCCAGCCAGGACTGCTC  350

seq1  CAGAAAGATACAGATGAAAGATGTTAAATCAGAGTATGGGAGTGCGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGATACAGATGAAAGATGTTAAATCAGAGTATGGGAGTGCGAAAA  400

seq1  GAACACTGGATGAGGCAACAAAACAATGAACAAAGGGAAAAGAAGCATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTGGATGAGGCAACAAAACAATGAACAAAGGGAAAAGAAGCATTA  450

seq1  GGGTGTGTGTGTGGGGGGGGGG  472
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGTGTGTGGGGGGGGGG  472