BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201J13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 105,343,232 - 105,477,525
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041056, LOC100041067
Downstream geneLOC383546
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201J13.bB6Ng01-201J13.g
ACCGA022327GA022328
length1,0981,176
definitionB6Ng01-201J13.b B6Ng01-201J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,343,232 - 105,344,332)(105,476,353 - 105,477,525)
sequence
gaattcagtctaacctctccaagcatagtaagtacagttaaacattagat
gcactctcttactttaagaagtaagtgcatgaaaccctgctgattagaaa
aggaaagaaatgatgagaactagcttcctgagatgtatgggagtcacatg
agatcaagtccattcctgagtcaaaggaaaggatttcaagttactggagc
agcaactagcatggactaggttaaataatctggattcttgcttacctcag
agttgtcaaagaaataaaaagcaaaagaaattatgaggaggaaaattctt
ataatataaaacatacatggttgaattgtggtgaaactaaagacttgatt
gtcttgttttagagacatgaataatgtttaacacgttttcacatgtctta
ggatttggcaagattatataataattatgccataggaatagtaggataaa
aatgagtcactctatagttagcaacactgtggcgaaagtcagcatcattc
cttcagcacagacaaatgtactgcttatatatctttgactatgataaaac
attctcatcaaaagaagcttagagaatgacatgtttacgttggtttatag
ttcctgaagaataagagcttcttatggccagaatgcatggcagcaagcag
caggcatcggctcaagaccagaaaggtgagagagttcataccttgaatca
taagcacaaggacagagaaacctggagggatagagcacttgaatcccaaa
gctcacccttagtgatgcactttctatagcaagactccaccatttctttg
tcttcacaaatagtacctataactgaggaatgaaggctgacagggatcat
ttcttatttaaattagtatgacaacattcatctgtataagcatggagctt
ttattcatgaaaaattacatgaacaacaggtttgaagtaaaataatgatt
cttcccaaaatctaagacagaagggcatgggataggatggctgaattatc
aactgggtggtcctgtcctcatttcagatgacatttgtattaaaagtggt
aaattttgtggatgataatagaactctcctatgcagctctgtttttgg

gaattctagaagcatgtctctcccatggaggatctataggcaattatggt
tgcagggagagtgagagagaatttcttcagtgggtatagcttcaggtaag
ttgctcatgctcctataattaactcctcactaattaaaatatttatctca
taaaaattatagaaaagtagaggggaaataaaagtttaatggcgtgacgg
agtgacaggaggcatagtgagggagggaaaatgaatgttatcacacaatt
atttacatgtatgaaaatgtcataataaatcctattgttgtatctaatca
atgtgtaatataaaaactaaaaagaacacaagggcagtctttccccccat
ttttaacaggtctaagtctcttatttataatatatttttcacctagtcta
tataacaaaatagaaagcagcatggtaaaaaagatgctttcatcacctat
ggttaattttaatttcttgggggaactaaaaattaaaacacttaccatct
gaataaattactaacaacaaaagcatctatttaataaatttcatcctgtc
ctggtatgcttgttaaatattttactaatatcctaggtagataacttcat
agtagcactaggattttgactaataaatccagatcattttcaagatatgt
tcaaatataactgatctgtatctcacattcccatccccccacccctggtg
cgcacgcatacatgtgagcatacatgcctctggatggttttatgacagga
ttggatagagataatatcttgaaagcattacatttcagacttactcaaaa
acataattctctcccaccttagatttctaaggaatattttttggagttga
gcctggccccagtctgtttattaaaatgcctagtaactttgctatttctg
tgcatagtgtacttcttcctgaaagcataatttgcagggcaaacactttc
caattttaaatcatttaagtttttttatctaatcaatttttctataaact
cctaaaaatgttctcttgttaaaacaactcaagtgagcaggttgatgatc
cacattgactgagaagaagcctaggatattagatcctcccacttcgcggg
ggattaatttccttgagttttactagtatctcgcaaggatgcctgcttca
tcagcaataatttgattacccactag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_105343232_105344332
seq2: B6Ng01-201J13.b_46_1143

seq1  GAATTCAGTCTAACCTCTCCAAGCATAGTAAGTACAGTTAAACATTAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTAACCTCTCCAAGCATAGTAAGTACAGTTAAACATTAGAT  50

seq1  GCACTCTCTTACTTTAAGAAGTAAGTGCATGAAACCCTGCTGATTAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTTACTTTAAGAAGTAAGTGCATGAAACCCTGCTGATTAGAAA  100

seq1  AGGAAAGAAATGATGAGAACTAGCTTCCTGAGATGTATGGGAGTCACATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAAATGATGAGAACTAGCTTCCTGAGATGTATGGGAGTCACATG  150

seq1  AGATCAAGTCCATTCCTGAGTCAAAGGAAAGGATTTCAAGTTACTGGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGTCCATTCCTGAGTCAAAGGAAAGGATTTCAAGTTACTGGAGC  200

seq1  AGCAACTAGCATGGACTAGGTTAAATAATCTGGATTCTTGCTTACCTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTAGCATGGACTAGGTTAAATAATCTGGATTCTTGCTTACCTCAG  250

seq1  AGTTGTCAAAGAAATAAAAAGCAAAAGAAATTATGAGGAGGAAAATTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCAAAGAAATAAAAAGCAAAAGAAATTATGAGGAGGAAAATTCTT  300

seq1  ATAATATAAAACATACATGGTTGAATTGTGGTGAAACTAAAGACTTGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATAAAACATACATGGTTGAATTGTGGTGAAACTAAAGACTTGATT  350

seq1  GTCTTGTTTTAGAGACATGAATAATGTTTAACACGTTTTCACATGTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTTTTAGAGACATGAATAATGTTTAACACGTTTTCACATGTCTTA  400

seq1  GGATTTGGCAAGATTATATAATAATTATGCCATAGGAATAGTAGGATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGGCAAGATTATATAATAATTATGCCATAGGAATAGTAGGATAAA  450

seq1  AATGAGTCACTCTATAGTTAGCAACACTGTGGCGAAAGTCAGCATCATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTCACTCTATAGTTAGCAACACTGTGGCGAAAGTCAGCATCATTC  500

seq1  CTTCAGCACAGACAAATGTACTGCTTATATATCTTTGACTATGATAAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCACAGACAAATGTACTGCTTATATATCTTTGACTATGATAAAAC  550

seq1  ATTCTCATCAAAAGAAGCTTAGAGAATGACATGTTTACGTTGGTTTATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCATCAAAAGAAGCTTAGAGAATGACATGTTTACGTTGGTTTATAG  600

seq1  TTCCTGAAGAATAAGAGCTTCTTATGGCCAGAATGCATGGCAGCAAGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAAGAATAAGAGCTTCTTATGGCCAGAATGCATGGCAGCAAGCAG  650

seq1  CAGGCATCGGCTCAAGACCAGAAAGGTGAGAGAGTTCATACCTTGAATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATCGGCTCAAGACCAGAAAGGTGAGAGAGTTCATACCTTGAATCA  700

seq1  TAAGCACAAGGACAGAGAAACCTGGAGGGATAGAGCACTTGAATCCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACAAGGACAGAGAAACCTGGAGGGATAGAGCACTTGAATCCCAAA  750

seq1  GCTCACCCTTAGTGATGCACTTTCTATAGCAAGACTCCACCATTTCTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCCTTAGTGATGCACTTTCTATAGCAAGACTCCACCATTTCTTTG  800

seq1  TCTTCACAAATAGTACCTATAACTGAGGAATGAAGGCTGACAGGGATCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACAAATAGTACCTATAACTGAGGAATGAAGGCTGACAGGGATCAT  850

seq1  TTCTTATTTAAATTAGTATGACAACATTCATCTGTATAAGCATGGAGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATTTAAATTAGTATGACAACATTCATCTGTATAAGCATGGAGCTT  900

seq1  TTATTCATGAAAAATTTACATGAACAACAGGTTTGAAGTAAAATAATGAT  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCATGAAAAA-TTACATGAACAACAGGTTTGAAGTAAAATAATGAT  949

seq1  TCTT-CCAAAATCTTAAGACAGAAGGGCATGGATTAGGATGGCTGAATTA  999
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCAAAATC-TAAGACAGAAGGGCATGGGATAGGATGGCTGAATTA  998

seq1  TCAAACTGGT-GTCCTGTCCTCAATTTCAAGAATGACAATTTGTAT--AA  1046
      ||||   ||| ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||  ||
seq2  TCAACTGGGTGGTCCTGTCCTC-ATTTCA--GATGAC-ATTTGTATTAAA  1044

seq1  AGT-GTAAATTTTGTGGATGATAATAG-ACTCTCCTATGCCAAGCTCTGT  1094
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||
seq2  AGTGGTAAATTTTGTGGATGATAATAGAACTCTCCTATGC--AGCTCTGT  1092

seq1  ATTTTGG  1101
       ||||||
seq2  -TTTTGG  1098


seq1: chr1_105476353_105477525
seq2: B6Ng01-201J13.g_66_1241 (reverse)

seq1  CTAGTGGGTAATCATATTATCTTTCCTGATGAAAGCAAGCATATCTTTGG  50
      |||||||||||||| ||||   || |||||| ||||| ||  ||| || |
seq2  CTAGTGGGTAATCAAATTA---TTGCTGATG-AAGCAGGC--ATCCTT-G  43

seq1  CGAG-TACTTTGTAAAACTCAA-GAAATTTATCACCCGCG-AGT-GAAGA  96
      |||| ||| | ||||||||||| |||||| ||| |||||| ||| | || 
seq2  CGAGATAC-TAGTAAAACTCAAGGAAATTAATCCCCCGCGAAGTGGGAGG  92

seq1  ATCTAATTAATCCTTAGCTTTCTTCTCAGTC-ATGTGGATCATCAACTTG  145
      |||||||  |||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  ATCTAAT--ATCC-TAGGCTTCTTCTCAGTCAATGTGGATCATCAACCTG  139

seq1  CTCACTTGAG-TGTTTTACCAGGAG-ACATTTTTA-GAGTTTATAG-AAA  191
      |||||||||| ||||||| || ||| ||||||||| |||||||||| |||
seq2  CTCACTTGAGTTGTTTTAACAAGAGAACATTTTTAGGAGTTTATAGAAAA  189

seq1  ATTGATTTAGAT--AAAAACTTAAATGATTT-AAATTGGAAAGTGTTTG-  237
      ||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  ATTGA-TTAGATAAAAAAACTTAAATGATTTAAAATTGGAAAGTGTTTGC  238

seq1  CCTGCAAA-TATGCTTTCAGGGAAGAAGTACACTATGCACAGAAATAGC-  285
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTGCAAATTATGCTTTCA-GGAAGAAGTACACTATGCACAGAAATAGCA  287

seq1  AAGTTACTAGGCATTTTAATAAAACAGACTGGGGCCAGGCTCAACTCC-A  334
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGTTACTAGGCATTTTAAT-AAACAGACTGGGGCCAGGCTCAACTCCAA  336

seq1  AAAATATTCCTTAGAAATCTAAGGTGGGAGAGAATTATGTTTTTGAGTAA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTCCTTAGAAATCTAAGGTGGGAGAGAATTATGTTTTTGAGTAA  386

seq1  GTCTG-AATGTAATGCTTTCAAGATATTATCTCTATCCAATCCTGTCATA  433
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAATGTAATGCTTTCAAGATATTATCTCTATCCAATCCTGTCATA  436

seq1  AAACCATCCAGAGGCATGTATGCTCACATGTATGCGTGCGCACCAGGGGT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATCCAGAGGCATGTATGCTCACATGTATGCGTGCGCACCAGGGGT  486

seq1  GGGGGGATGGGAATGTGAGATACAGATCAGTTATATTTGAACATATCTTG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGATGGGAATGTGAGATACAGATCAGTTATATTTGAACATATCTTG  536

seq1  AAAATGATCTGGATTTATTAGTCAAAATCCTAGTGCTACTATGAAGTTAT  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATCTGGATTTATTAGTCAAAATCCTAGTGCTACTATGAAGTTAT  586

seq1  CTACCTAGGATATTAGTAAAATATTTAACAAGCATACCAGGACAGGATGA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTAGGATATTAGTAAAATATTTAACAAGCATACCAGGACAGGATGA  636

seq1  AATTTATTAAATAGATGCTTTTGTTGTTAGTAATTTATTCAGATGGTAAG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTAAATAGATGCTTTTGTTGTTAGTAATTTATTCAGATGGTAAG  686

seq1  TGTTTTAATTTTTAGTTCCCCCAAGAAATTAAAATTAACCATAGGTGATG  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAATTTTTAGTTCCCCCAAGAAATTAAAATTAACCATAGGTGATG  736

seq1  AAAGCATCTTTTTTACCATGCTGCTTTCTATTTTGTTATATAGACTAGGT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATCTTTTTTACCATGCTGCTTTCTATTTTGTTATATAGACTAGGT  786

seq1  GAAAAATATATTATAAATAAGAGACTTAGACCTGTTAAAAATGGGGGGAA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATATATTATAAATAAGAGACTTAGACCTGTTAAAAATGGGGGGAA  836

seq1  AGACTGCCCTTGTGTTCTTTTTAGTTTTTATATTACACATTGATTAGATA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCCCTTGTGTTCTTTTTAGTTTTTATATTACACATTGATTAGATA  886

seq1  CAACAATAGGATTTATTATGACATTTTCATACATGTAAATAATTGTGTGA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATAGGATTTATTATGACATTTTCATACATGTAAATAATTGTGTGA  936

seq1  TAACATTCATTTTCCCTCCCTCACTATGCCTCCTGTCACTCCGTCACGCC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTCATTTTCCCTCCCTCACTATGCCTCCTGTCACTCCGTCACGCC  986

seq1  ATTAAACTTTTATTTCCCCTCTACTTTTCTATAATTTTTATGAGATAAAT  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACTTTTATTTCCCCTCTACTTTTCTATAATTTTTATGAGATAAAT  1036

seq1  ATTTTAATTAGTGAGGAGTTAATTATAGGAGCATGAGCAACTTACCTGAA  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATTAGTGAGGAGTTAATTATAGGAGCATGAGCAACTTACCTGAA  1086

seq1  GCTATACCCACTGAAGAAATTCTCTCTCACTCTCCCTGCAACCATAATTG  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATACCCACTGAAGAAATTCTCTCTCACTCTCCCTGCAACCATAATTG  1136

seq1  CCTATAGATCCTCCATGGGAGAGACATGCTTCTAGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGATCCTCCATGGGAGAGACATGCTTCTAGAATTC  1176


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |