BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201M17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 149,058,219 - 149,212,073
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383571, B830045N13Rik, LOC100043240
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201M17.bB6Ng01-201M17.g
ACCGA022466GA022467
length1,0811,162
definitionB6Ng01-201M17.b B6Ng01-201M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,210,988 - 149,212,073)(149,058,219 - 149,059,386)
sequence
gaattcaaggatgcagggtcctctgaaaaagacaatattttaagtgttat
catgctctaggctggggaaaaactgataggagcggtcttctggccaggag
acaaatataaactaagatttagcatacacatgaaggaacaaaattcattg
aattctgcatataaagtgctggacttcaaatagcctggtaagtgtaaggc
ctgcacttagttcatcttgtcttgcctgtaagcaggagacatgatttttt
catgttagctacactatatgatgtttatggaggatgatgaatgttggcat
tctttttgcactactacttcatctttttcttttattgtcctaaaatcaca
cactgtaatcctgcatgtgatttcctttgcttttataaaagtacttttct
gtgttgacagcagctcaaattgtaatttttctaaagacttcagtgctaaa
aaagtcttacaatgtttcctataaattctacttcttttatattttggaga
aacttcctgtgtaagacagaacaaaaatctctttggatcttcaaagagtg
aagaatatttatgagccatagtgtattaaagttagttagttagttagcta
gttagttagttagttaatttggcattgggctcaggggctattgtttctgc
attcttcttatgtgttttaccattgagttacaccccttagcaccatcttg
gtattttacatgtcatttttcttgtgttaataatcctgtacaacttcatc
agaaaaaaatctagcccagggcaacaagaacaggtttaaataatttatat
taaatgagccttgaaacacaaatggtacaaaagaaaaataaacactgtta
gagttttgaataacatttggaattatgtttacactaacattttaatgtac
taaatgtgaatgtacttaactttattaactactttatgtttctacaattt
agtgataatatctatgttatttcaggatgaaatattagtggtaatagctt
cagtatagaagaatactgaaattacagttttatggtttgattagttcatt
gttcaggttgaagtaacttgttaacaataaa

gaattcaatgttgaagacatggctatgtggaaatgtagttgacatgcaaa
tatgtgcacctgtgtatggatttccaacaaccatgtaaaaagaagtgagc
actgcaggacatgaccataatcccaggtctttgcagtaggagacaggggg
aactgcagagattgctgcccagctaggatagtcaaattactaatttcagc
ttcaaggagagacactgactcaaaaaaatatggtgaacaccagttgaagg
agatgccacccacacacaagactgaacgcatacttctatacaacagtata
tagctgcataaacatgtacagaacatatactgggcaaatgtccaaaaaag
atgaaaaataaatttcaaaatctctcttcactaaataatcagaagagtga
agaaaccacctagggaattggaggaaacgttcctgagctaatatgttcaa
aactcaataaagaaaatacaaaccaacagataatcccaataaaaaatgat
ctaaataaatatatctcaaaacagaaataaaatagacaataaatatacaa
aaaaaattgacatcatcaatacaagattccattctataccgattagaatg
gcttttgttgcaaagtaagtaatgatattatgactataaagtacctttag
tataagacttttcattaggacaatcagtagctactatgagcagagaatag
atattacttagaaaaagtaaattaaacaggagctaaactagaatatgcta
ccataggatttggctttcctgctcatgttttaaagtaaggagaatgatat
tgccagtatgacctacactccctgatgcattgcaccatccttaattgttc
cttagcataggaacagaatcaacctaaacatgtgtatcatgatcactaga
ggaatgtagaggatatatatatatatatatatatatatatatatatatca
ccctgttatatttaaattgtaacagttgaaccaccacaccttaagagact
gagagtgaattgcttggtcctttgatgcagtcagcattctcccacacagc
agtccttctttggaagtcagacaatctgttaagcctgctcagtcaacaaa
gcctaagttcactggcgagttcgagttttccaatgaattgcatggcttct
atagagagaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_149210988_149212073
seq2: B6Ng01-201M17.b_45_1125 (reverse)

seq1  TTTATTGGTAACAAGTAACTTCAACCCTGACAATGAACTTAATCAAACTA  50
      ||||||| |||||||| |||||||||   ||||||||| ||||||||| |
seq2  TTTATTGTTAACAAGTTACTTCAACCTGAACAATGAAC-TAATCAAACCA  49

seq1  TAGACTTGTAATTTCAGTTATTCTTTCTATACTTGAAGCTATTACCACTA  100
      || |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAAAACTGTAATTTCAG-TATTC-TTCTATAC-TGAAGCTATTACCACTA  96

seq1  ATATTTTCATCCTGAAATAACATAGATATTATCACTAAATTGTAGAAACA  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATA-TTTCATCCTGAAATAACATAGATATTATCACTAAATTGTAGAAACA  145

seq1  TAAAGTAGTTAATAAAGTTAAGTACATTCACATTTAGTACATTAAAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAGTTAATAAAGTTAAGTACATTCACATTTAGTACATTAAAATGT  195

seq1  TAGTGTAAACATAATTCCAAATGTTATTCAAAACTCTAACAGTGTTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTAAACATAATTCCAAATGTTATTCAAAACTCTAACAGTGTTTATT  245

seq1  TTTCTTTTGTACCATTTGTGTTTCAAGGCTCATTTAATATAAATTATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTGTACCATTTGTGTTTCAAGGCTCATTTAATATAAATTATTTA  295

seq1  AACCTGTTCTTGTTGCCCTGGGCTAGATTTTTTTCTGATGAAGTTGTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTTCTTGTTGCCCTGGGCTAGATTTTTTTCTGATGAAGTTGTACA  345

seq1  GGATTATTAACACAAGAAAAATGACATGTAAAATACCAAGATGGTGCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATTAACACAAGAAAAATGACATGTAAAATACCAAGATGGTGCTAA  395

seq1  GGGGTGTAACTCAATGGTAAAACACATAAGAAGAATGCAGAAACAATAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGTAACTCAATGGTAAAACACATAAGAAGAATGCAGAAACAATAGC  445

seq1  CCCTGAGCCCAATGCCAAATTAACTAACTAACTAACTAGCTAACTAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCCCAATGCCAAATTAACTAACTAACTAACTAGCTAACTAACTA  495

seq1  ACTAACTTTAATACACTATGGCTCATAAATATTCTTCACTCTTTGAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTTTAATACACTATGGCTCATAAATATTCTTCACTCTTTGAAGAT  545

seq1  CCAAAGAGATTTTTGTTCTGTCTTACACAGGAAGTTTCTCCAAAATATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAGATTTTTGTTCTGTCTTACACAGGAAGTTTCTCCAAAATATAA  595

seq1  AAGAAGTAGAATTTATAGGAAACATTGTAAGACTTTTTTAGCACTGAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTAGAATTTATAGGAAACATTGTAAGACTTTTTTAGCACTGAAGT  645

seq1  CTTTAGAAAAATTACAATTTGAGCTGCTGTCAACACAGAAAAGTACTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAAAAATTACAATTTGAGCTGCTGTCAACACAGAAAAGTACTTTT  695

seq1  ATAAAAGCAAAGGAAATCACATGCAGGATTACAGTGTGTGATTTTAGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGCAAAGGAAATCACATGCAGGATTACAGTGTGTGATTTTAGGAC  745

seq1  AATAAAAGAAAAAGATGAAGTAGTAGTGCAAAAAGAATGCCAACATTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGAAAAAGATGAAGTAGTAGTGCAAAAAGAATGCCAACATTCAT  795

seq1  CATCCTCCATAAACATCATATAGTGTAGCTAACATGAAAAAATCATGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCCATAAACATCATATAGTGTAGCTAACATGAAAAAATCATGTCT  845

seq1  CCTGCTTACAGGCAAGACAAGATGAACTAAGTGCAGGCCTTACACTTACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTACAGGCAAGACAAGATGAACTAAGTGCAGGCCTTACACTTACC  895

seq1  AGGCTATTTGAAGTCCAGCACTTTATATGCAGAATTCAATGAATTTTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATTTGAAGTCCAGCACTTTATATGCAGAATTCAATGAATTTTGTT  945

seq1  CCTTCATGTGTATGCTAAATCTTAGTTTATATTTGTCTCCTGGCCAGAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGTGTATGCTAAATCTTAGTTTATATTTGTCTCCTGGCCAGAAG  995

seq1  ACCGCTCCTATCAGTTTTTCCCCAGCCTAGAGCATGATAACACTTAAAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCTCCTATCAGTTTTTCCCCAGCCTAGAGCATGATAACACTTAAAAT  1045

seq1  ATTGTCTTTTTCAGAGGACCCTGCATCCTTGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTTTTTCAGAGGACCCTGCATCCTTGAATTC  1081


seq1: chr1_149058219_149059386
seq2: B6Ng01-201M17.g_66_1227

seq1  GAATTCAATGTTGAAGACATGGCTATGTGGAAATGTAGTTGACATGCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGTTGAAGACATGGCTATGTGGAAATGTAGTTGACATGCAAA  50

seq1  TATGTGCACCTGTGTATGGATTTCCAACAACCATGTAAAAAGAAGTGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCACCTGTGTATGGATTTCCAACAACCATGTAAAAAGAAGTGAGC  100

seq1  ACTGCAGGACATGACCATAATCCCAGGTCTTTGCAGTAGGAGACAGGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGGACATGACCATAATCCCAGGTCTTTGCAGTAGGAGACAGGGGG  150

seq1  AACTGCAGAGATTGCTGCCCAGCTAGGATAGTCAAATTACTAATTTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAGAGATTGCTGCCCAGCTAGGATAGTCAAATTACTAATTTCAGC  200

seq1  TTCAAGGAGAGACACTGACTCAAAAAAATATGGTGAACACCAGTTGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGAGAGACACTGACTCAAAAAAATATGGTGAACACCAGTTGAAGG  250

seq1  AGATGCCACCCACACACAAGACTGAACGCATACTTCTATACAACAGTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCACCCACACACAAGACTGAACGCATACTTCTATACAACAGTATA  300

seq1  TAGCTGCATAAACATGTACAGAACATATACTGGGCAAATGTCCAAAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCATAAACATGTACAGAACATATACTGGGCAAATGTCCAAAAAAG  350

seq1  ATGAAAAATAAATTTCAAAATCTCTCTTCACTAAATAATCAGAAGAGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAATAAATTTCAAAATCTCTCTTCACTAAATAATCAGAAGAGTGA  400

seq1  AGAAACCACCTAGGGAATTGGAGGAAACGTTCCTGAGCTAATATGTTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCACCTAGGGAATTGGAGGAAACGTTCCTGAGCTAATATGTTCAA  450

seq1  AACTCAATAAAGAAAATACAAACCAACAGATAATCCCAATAAAAAATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAATAAAGAAAATACAAACCAACAGATAATCCCAATAAAAAATGAT  500

seq1  CTAAATAAATATATCTCAAAACAGAAATAAAATAGACAATAAATATACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAAATATATCTCAAAACAGAAATAAAATAGACAATAAATATACAA  550

seq1  AAAAAATTGACATCATCAATACAAGATTCCATTCTATACCGATTAGAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTGACATCATCAATACAAGATTCCATTCTATACCGATTAGAATG  600

seq1  GCTTTTGTTGCAAAGTAAGTAATGATATTATGACTATAAAGTACCTTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGTTGCAAAGTAAGTAATGATATTATGACTATAAAGTACCTTTAG  650

seq1  TATAAGACTTTTCATTAGGACAATCAGTAGCTACTATGAGCAGAGAATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACTTTTCATTAGGACAATCAGTAGCTACTATGAGCAGAGAATAG  700

seq1  ATATTACTTAGAAAAAGTAAATTAAACAGGAGCTAAACTAGAATATGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACTTAGAAAAAGTAAATTAAACAGGAGCTAAACTAGAATATGCTA  750

seq1  CCATAGGATTTGGCTTTCCTGCTCATGTTTTAAAGTAAGGAGAATGATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGGATTTGGCTTTCCTGCTCATGTTTTAAAGTAAGGAGAATGATAT  800

seq1  TGCCAGTATGACCTACACTCCCTGATGCATTGCACCATCCTTAATTGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTATGACCTACACTCCCTGATGCATTGCACCATCCTTAATTGTTC  850

seq1  CTTAGCATAGGAACAGAATCAACCTAAACATGTGTATCATGATCACTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCATAGGAACAGAATCAACCTAAACATGTGTATCATGATCACTAGA  900

seq1  GGAATGTAGAGGATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  950
      ||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTAGAGG------ATATATATATATATATATATATATATATATAT  944

seq1  ATATCACCCTGTTATATTTAAATTGTAACAGTTGAACCACCACACC-TAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATATCACCCTGTTATATTTAAATTGTAACAGTTGAACCACCACACCTTAA  994

seq1  GAGACTGAGAAGTGGAAATTGCTTGGTCC-TTGATGCAGTCAGCATTCTC  1048
      ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGAG-AGTG--AATTGCTTGGTCCTTTGATGCAGTCAGCATTCTC  1041

seq1  CCACAACAGCAGTCTTCCTTTGGGAAGTCAGACAATCTGTTA--GCTGCT  1096
      |||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||   |||||
seq2  CCAC-ACAGCAGTCCTTCTTT-GGAAGTCAGACAATCTGTTAAGCCTGCT  1089

seq1  CAGTCAACAAAG-CTAGGTTCACTGGC-AGTCCAAATTTTTCACATGAAA  1144
      |||||||||||| ||| |||||||||| ||| | | |||| || |||  |
seq2  CAGTCAACAAAGCCTAAGTTCACTGGCGAGTTCGAGTTTTCCA-ATG--A  1136

seq1  ATTGGAAGGCTTC--TAGAGAGAGGC  1168
      |||| | ||||||  |||||||||||
seq2  ATTGCATGGCTTCTATAGAGAGAGGC  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |