BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202P06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 133,196,746 - 133,314,040
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrgap2, LOC100042826
Upstream geneDaf2, Cd55, Zp3r, C4bp, C4bp-ps1, Pfkfb2, Yod1, AA986860, Fcamr, Pigr, Faim3, Il24, Il20, Il19, Il10, Mapkapk2, Dyrk3, Lgtn, Rassf5, Ikbke
Downstream geneLOC100042821, 2700049P18Rik, Avpr1b, LOC667238, Ctse, 5430435G22Rik, Slc26a9, 4732466D17Rik, Slc41a1, Rab7l1, Nucks1, Slc45a3, Elk4, Mfsd4, Pctk3, LOC100042221, Lemd1, EG638532, Klhdc8a, Nuak2, Tmcc2, Ripk5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202P06.bB6Ng01-202P06.g
ACCGA023305GA023306
length6881,081
definitionB6Ng01-202P06.b B6Ng01-202P06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,313,353 - 133,314,040)(133,196,746 - 133,197,817)
sequence
gaattctttcttgtcagcctcggcacacagttcccactgaggaacacagg
actattgttctaccttgtctctttgggaagagatagtggaatactgaagt
cagctctcctttcttatttctctcatgtcttcctagagacatgcagctgc
ttggttaattgcctgtcgctatcttatccaactgtgatttgctaagggtt
gtgcacttttagtaggctgcactcttggctgtgacccggtgcctgttgag
gaacatgttggaactggatgaaagctaagtctttgtttgtttggaaatga
aaatactaatatttctcccatttgcatagtgttttgtgttgctaaagttc
tcttgcagccatcatttcagctgatctacaacaatagccctgagaaaggg
caaataatagactgtaaacccagaaggaaacctcagtctagcaaggcaga
agctctagccgtccaacaccaagatggagctctgcagggccatagaagtg
gctgtagctaatgaattgccatcccatactggaggagcttctgggtctta
gcagtgatctattgactgggtttcagaaggtagatgggcactgtccattt
tgtagatgagctggtaggaaactgatgggacaagtgtttttgtatgtgag
cttattgaaacaaccagaggaaatatggggggggggga
gaattcaggttagatagggagctaagaggtgggtccaggaagctgcagga
ctacaaaaggtgtattattcacctcaagtattcattacttgagactgctc
ctccaaggtaagaagagacaagaaactcctttctcccacttagggtccac
tggacagcatagttggttgaatgcacaatatatactatcatgcctgcttt
actgaccagcagcctatagcataccatcatcgcttgtgtggtgctccgct
gtaacgtcctgggtggagtcttcagcagaggtagtctctccatgagtgct
gtcactgaaacagaagagcaataacgggacatcactgtttgctcctaaaa
ttttcctcccctttgttatatcaaatcaattgcttgctaaactccacagc
catcaactgctaataaaagatctctgtgattctctagtttagcttctgtt
ccccaagccacatgccactacttgggacttaggctgccttgagagaaagg
gaaggctgtggagttacaaataaactctttataaaacacaacttgactac
tcagagaaggaaagccctggtttttgaagcagggacaactggacatgaaa
accagctctgatatttgatagctacatctgttgttatttttaaaataaat
acagaggtgtgtgaggtatcactggtgtaatttagtgaaggcttggcaag
aggggtgctcagtaagtgtaacctccttcctttccttgctgactctgggg
caccgcgtgactcactggcccaggcactgatgggaaagtaggaagtgagt
ggaggatgactggaaccagagcaaaggtaaaggtctgctggagagtggat
ttcactggaggccaatggatgaaagctcagcctagtccttaaaacattta
tcttctcttaaatcattcaaggctaagaacttggagtggcctagaagtta
ctatggcagtgtttcttctcttcctctctggctcaaggaggtaggtggac
attcttgaagagcagaaaaaccctcctgaccaatgtcctgaagcttttcc
ctttctgctggtaggaaaccatcaagcacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_133313353_133314040
seq2: B6Ng01-202P06.b_46_733 (reverse)

seq1  TCCCCCCCCCCCATATTTCCTCTGGTTGTTTCAATAAGCTCACATACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCCCCCCATATTTCCTCTGGTTGTTTCAATAAGCTCACATACAAA  50

seq1  AACACTTGTCCCATCAGTTTCCTACCAGCTCATCTACAAAATGGACAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTGTCCCATCAGTTTCCTACCAGCTCATCTACAAAATGGACAGTG  100

seq1  CCCATCTACCTTCTGAAACCCAGTCAATAGATCACTGCTAAGACCCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTACCTTCTGAAACCCAGTCAATAGATCACTGCTAAGACCCAGAA  150

seq1  GCTCCTCCAGTATGGGATGGCAATTCATTAGCTACAGCCACTTCTATGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCAGTATGGGATGGCAATTCATTAGCTACAGCCACTTCTATGGC  200

seq1  CCTGCAGAGCTCCATCTTGGTGTTGGACGGCTAGAGCTTCTGCCTTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGAGCTCCATCTTGGTGTTGGACGGCTAGAGCTTCTGCCTTGCTA  250

seq1  GACTGAGGTTTCCTTCTGGGTTTACAGTCTATTATTTGCCCTTTCTCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGGTTTCCTTCTGGGTTTACAGTCTATTATTTGCCCTTTCTCAGG  300

seq1  GCTATTGTTGTAGATCAGCTGAAATGATGGCTGCAAGAGAACTTTAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTGTTGTAGATCAGCTGAAATGATGGCTGCAAGAGAACTTTAGCAA  350

seq1  CACAAAACACTATGCAAATGGGAGAAATATTAGTATTTTCATTTCCAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACACTATGCAAATGGGAGAAATATTAGTATTTTCATTTCCAAAC  400

seq1  AAACAAAGACTTAGCTTTCATCCAGTTCCAACATGTTCCTCAACAGGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGACTTAGCTTTCATCCAGTTCCAACATGTTCCTCAACAGGCAC  450

seq1  CGGGTCACAGCCAAGAGTGCAGCCTACTAAAAGTGCACAACCCTTAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTCACAGCCAAGAGTGCAGCCTACTAAAAGTGCACAACCCTTAGCAA  500

seq1  ATCACAGTTGGATAAGATAGCGACAGGCAATTAACCAAGCAGCTGCATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGTTGGATAAGATAGCGACAGGCAATTAACCAAGCAGCTGCATGT  550

seq1  CTCTAGGAAGACATGAGAGAAATAAGAAAGGAGAGCTGACTTCAGTATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGAAGACATGAGAGAAATAAGAAAGGAGAGCTGACTTCAGTATTC  600

seq1  CACTATCTCTTCCCAAAGAGACAAGGTAGAACAATAGTCCTGTGTTCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCTCTTCCCAAAGAGACAAGGTAGAACAATAGTCCTGTGTTCCTC  650

seq1  AGTGGGAACTGTGTGCCGAGGCTGACAAGAAAGAATTC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAACTGTGTGCCGAGGCTGACAAGAAAGAATTC  688

seq1: chr1_133196746_133197817
seq2: B6Ng01-202P06.g_68_1148

seq1  GAATTCAGGTTAGATAGGGAGCTAAGAGGTGGGTCCAGGAAGCTGCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTTAGATAGGGAGCTAAGAGGTGGGTCCAGGAAGCTGCAGGA  50

seq1  CTACAAAAGGTGTATTATTCACCTCAAGTATTCATTACTTGAGACTGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAAGGTGTATTATTCACCTCAAGTATTCATTACTTGAGACTGCTC  100

seq1  CTCCAAGGTAAGAAGAGACAAGAAACTCCTTTCTCCCACTTAGGGTCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGGTAAGAAGAGACAAGAAACTCCTTTCTCCCACTTAGGGTCCAC  150

seq1  TGGACAGCATAGTTGGTTGAATGCACAATATATACTATCATGCCTGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGCATAGTTGGTTGAATGCACAATATATACTATCATGCCTGCTTT  200

seq1  ACTGACCAGCAGCCTATAGCATACCATCATCGCTTGTGTGGTGCTCCGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCAGCAGCCTATAGCATACCATCATCGCTTGTGTGGTGCTCCGCT  250

seq1  GTAACGTCCTGGGTGGAGTCTTCAGCAGAGGTAGTCTCTCCATGAGTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACGTCCTGGGTGGAGTCTTCAGCAGAGGTAGTCTCTCCATGAGTGCT  300

seq1  GTCACTGAAACAGAAGAGCAATAACGGGACATCACTGTTTGCTCCTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGAAACAGAAGAGCAATAACGGGACATCACTGTTTGCTCCTAAAA  350

seq1  TTTTCCTCCCCTTTGTTATATCAAATCAATTGCTTGCTAAACTCCACAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTCCCCTTTGTTATATCAAATCAATTGCTTGCTAAACTCCACAGC  400

seq1  CATCAACTGCTAATAAAAGATCTCTGTGATTCTCTAGTTTAGCTTCTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAACTGCTAATAAAAGATCTCTGTGATTCTCTAGTTTAGCTTCTGTT  450

seq1  CCCCAAGCCACATGCCACTACTTGGGACTTAGGCTGCCTTGAGAGAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGCCACATGCCACTACTTGGGACTTAGGCTGCCTTGAGAGAAAGG  500

seq1  GAAGGCTGTGGAGTTACAAATAAACTCTTTATAAAACACAACTTGACTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTGTGGAGTTACAAATAAACTCTTTATAAAACACAACTTGACTAC  550

seq1  TCAGAGAAGGAAAGCCCTGGTTTTTGAAGCAGGGACAACTGGACATGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAAGGAAAGCCCTGGTTTTTGAAGCAGGGACAACTGGACATGAAA  600

seq1  ACCAGCTCTGATATTTGATAGCTACATCTGTTGTTATTTTTAAAATAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTCTGATATTTGATAGCTACATCTGTTGTTATTTTTAAAATAAAT  650

seq1  ACAGAGGTGTGTGAGGTATCACTGGTGTAATTTAGTGAAGGCTTGGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGTGTGTGAGGTATCACTGGTGTAATTTAGTGAAGGCTTGGCAAG  700

seq1  AGGGGTGCTCAGTAAGTGTAACCTCCTTCCTTTCCTTGCTGACTCTGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGCTCAGTAAGTGTAACCTCCTTCCTTTCCTTGCTGACTCTGGGG  750

seq1  CACCGCGTGACTCACTGGCCCAGGCACTGATGGGAAAGTAGGAAGTGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCGTGACTCACTGGCCCAGGCACTGATGGGAAAGTAGGAAGTGAGT  800

seq1  GGAGGATGACTGGAACCAGAGCAAAGGTAAAGGTCTGCTGGAGAGTGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATGACTGGAACCAGAGCAAAGGTAAAGGTCTGCTGGAGAGTGGAT  850

seq1  TTCACTGGAGGCCAATGGATGAAAGCTCAGCCTAGTCCTTAAAACATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGGAGGCCAATGGATGAAAGCTCAGCCTAGTCCTTAAAACATTTA  900

seq1  TCTTCTCTTAAATCATTCAAGGCTAAGAACTTGGAGTGG-CTAGAAGTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTTCTCTTAAATCATTCAAGGCTAAGAACTTGGAGTGGCCTAGAAGTTA  950

seq1  CTATGGCAGTGTTTCTTCTCTTCTCTTCTGGCTCAGGGAGG-AGGTGGAC  998
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||
seq2  CTATGGCAGTGTTTCTTCTCTTCCTCTCTGGCTCAAGGAGGTAGGTGGAC  1000

seq1  ATTCTTGAAGAGCAG-AAAACCCT-CTGACC-ATGT-CTGAAGCTTT--C  1042
      ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||  |
seq2  ATTCTTGAAGAGCAGAAAAACCCTCCTGACCAATGTCCTGAAGCTTTTCC  1050

seq1  CCTTCTGGCAGTAGG-AACCATCAAGCACAC  1072
      | |||||   ||||| |||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCTGGTAGGAAACCATCAAGCACAC  1081