BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204H21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 100,757,306 - 100,912,291
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePam, LOC100041823, LOC666153, LOC100040887, Slco6d1, LOC100041868, EG666182
Downstream geneC230078M14Rik, LOC633295
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204H21.bB6Ng01-204H21.g
ACCGA024426GA024427
length1,152914
definitionB6Ng01-204H21.b B6Ng01-204H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,757,306 - 100,758,446)(100,911,382 - 100,912,291)
sequence
gaattcataatcagaaggtagagattaatgaaaaacagcctaagctttgc
taatttttctacttctttaaattcattcctggtacacagactattgattt
accaaacttgggatcacagtatatgccctatgaaacaaagttcagccacc
catcccaaataagccaatcagaacagccaaattaatagaaaaaaaaaaca
gagaaaaatattcaatgtggaaacattgtagatggtgacaaacatatcca
ctgacacattctagttcattttcaagcatctgaagtgagattaaagttta
caaaaatggctgtggtttgaatatgtttcacagggattggcgttattagg
aggtatgttcttacacgagtaggtgtgaccttttttggaggaagtgtatt
actgtgagggtaggctttgagaatctcttttcctagctgcctgggaacca
gtcttctgcttgcctttggaaaaagatatagaactcttagctcctcctgc
aacatacctaccatcgtcttgccttggtgataatgaacctgtaagccaat
cccaattaaatgttgccctttataagagtttccttcatcatgatgtttct
tctcagcaatggaaactctaactaagaaagtggtcagatatgtacatgta
cataatcacacttagggtgttaccctgcctaccacagatgtactgctgtt
tctgtaactctataaaatcctttctcagagagaagagttcctgcttaatc
tggtttgaaccttttattttctcccagcatgagattccagagtgttgagg
atgtgtggaattctaatttcacaatgttctttgttttgatagtttcattg
ttaaagtattaaaatatattcactttatgcccaggccagtttaaaaatgt
atgtttgctgtctaacagttcaagaagatcccaccatctttaacagtata
catttatcactcgcaaggccttcttttaagcttggactccaagtgattct
agatttgtcaagctaacaattcaatttagccattgaagtatatgttcatt
gtgcttggaaaagaggaaggatagcaatgccacaatcagctctttttctt
ttatccaagaaaggagaaggctgtatttggaaaataagttttaggacaga
gt

gaattcaattatgattatcagaaagaatagcaagcttcattaatcactaa
gccatctctctaccttcatatacatagatagatagatagatagatagata
gatagatagatacatacatacatacatacatacacacacacacacacaca
cacagagacatgcacatatgtccccatacatatgttcatattcaagaata
catattttgatgtgaatattaaaaacctatattttcatataaacatacaa
tatttatagttatctataaaatggaaaaaagaaaaaagtcactctaacct
tctaacatctgttttgtggtgtgttcaattccctttgctgtttcattata
tgagcatcattcattgaactttataaatgttcatggcttatctttatttc
tttaacttgagaatttctcattccccactttataataggcttatatagca
caacatagtggttttaagtattgtttcttaaatgaggttgcatgactatg
cttgttgacccactaattccaacctataccatttgggcaaatggaggtag
ttacagtttcccaagaatgcatgtagcatcatcttgtgcagagcaataat
cattgttatgacaattatttataaaatgagttgcaataaaagtaatatgt
aaaggtcctaagacaatcaaagtcatgtttcagttgaagacttactaaaa
aaatgtccaaaagaaaaaaatgtattatcagactaaaatccaaatgactc
atgctctatagaatgtggtgactagtcttagtaattttaaatgcttttat
ttacatttctctcttttctttgtcactctgtgtttctgttttctctctca
cacattgtgttgtacgtgtacctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtt
gtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_100757306_100758446
seq2: B6Ng01-204H21.b_45_1196

seq1  GAATTCATAATCAGAAGGTAGAGATTAATGAAAAACAGCCTAAGCTTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAATCAGAAGGTAGAGATTAATGAAAAACAGCCTAAGCTTTGC  50

seq1  TAATTTTTCTACTTCTTTAAATTCATTCCTGGTACACAGACTATTGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTTCTACTTCTTTAAATTCATTCCTGGTACACAGACTATTGATTT  100

seq1  ACCAAACTTGGGATCACAGTATATGCCCTATGAAACAAAGTTCAGCCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACTTGGGATCACAGTATATGCCCTATGAAACAAAGTTCAGCCACC  150

seq1  CATCCCAAATAAGCCAATCAGAACAGCCAAATTAATAGAAAAAAAAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAAATAAGCCAATCAGAACAGCCAAATTAATAGAAAAAAAAAACA  200

seq1  GAGAAAAATATTCAATGTGGAAACATTGTAGATGGTGACAAACATATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAATATTCAATGTGGAAACATTGTAGATGGTGACAAACATATCCA  250

seq1  CTGACACATTCTAGTTCATTTTCAAGCATCTGAAGTGAGATTAAAGTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACATTCTAGTTCATTTTCAAGCATCTGAAGTGAGATTAAAGTTTA  300

seq1  CAAAAATGGCTGTGGTTTGAATATGTTTCACAGGGATTGGCGTTATTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATGGCTGTGGTTTGAATATGTTTCACAGGGATTGGCGTTATTAGG  350

seq1  AGGTATGTTCTTACACGAGTAGGTGTGACCTTTTTTGGAGGAAGTGTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGTTCTTACACGAGTAGGTGTGACCTTTTTTGGAGGAAGTGTATT  400

seq1  ACTGTGAGGGTAGGCTTTGAGAATCTCTTTTCCTAGCTGCCTGGGAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAGGGTAGGCTTTGAGAATCTCTTTTCCTAGCTGCCTGGGAACCA  450

seq1  GTCTTCTGCTTGCCTTTGGAAAAAGATATAGAACTCTTAGCTCCTCCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTGCTTGCCTTTGGAAAAAGATATAGAACTCTTAGCTCCTCCTGC  500

seq1  AACATACCTACCATCGTCTTGCCTTGGTGATAATGAACCTGTAAGCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACCTACCATCGTCTTGCCTTGGTGATAATGAACCTGTAAGCCAAT  550

seq1  CCCAATTAAATGTTGCCCTTTATAAGAGTTTCCTTCATCATGATGTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTAAATGTTGCCCTTTATAAGAGTTTCCTTCATCATGATGTTTCT  600

seq1  TCTCAGCAATGGAAACTCTAACTAAGAAAGTGGTCAGATATGTACATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCAATGGAAACTCTAACTAAGAAAGTGGTCAGATATGTACATGTA  650

seq1  CATAATCACACTTAGGGTGTTACCCTGCCTACCACAGATGTACTGCTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCACACTTAGGGTGTTACCCTGCCTACCACAGATGTACTGCTGTT  700

seq1  TCTGTAACTCTATAAAATCCTTTCTCAGAGAGAAGAGTTCCTGCTTAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAACTCTATAAAATCCTTTCTCAGAGAGAAGAGTTCCTGCTTAATC  750

seq1  TGGTTTGAACCTTTTATTTTCTCCCAGCATGAGATTCCAGAGTGTTGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGAACCTTTTATTTTCTCCCAGCATGAGATTCCAGAGTGTTGAGG  800

seq1  ATGTGTGGAATTCTAATTTCACAATGTTCTTTGTTTTGATAGTTTCATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGGAATTCTAATTTCACAATGTTCTTTGTTTTGATAGTTTCATTG  850

seq1  TTAAAGTATTAAAATATATTCAC-TTATG-CCAGGCCAG-TTAAAAATGT  897
      ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TTAAAGTATTAAAATATATTCACTTTATGCCCAGGCCAGTTTAAAAATGT  900

seq1  ATG-TTGCTGTCT-ACAGTTCAAGAAGATCCCACCATC-TTAACAGTATA  944
      ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGTTTGCTGTCTAACAGTTCAAGAAGATCCCACCATCTTTAACAGTATA  950

seq1  CA-TTATCACTCGC-AGGCCTTCTTTAAGGCTT-GACTCCAAGGTGATTC  991
      || ||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||| |||||||
seq2  CATTTATCACTCGCAAGGCCTTCTTTTAAGCTTGGACTCCAA-GTGATTC  999

seq1  TAGATTTGTCAAGCTAACAATCAATTTTAGCCATTGAAGTATATGTTCA-  1040
      |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAGATTTGTCAAGCTAACAATTCAATTTAGCCATTGAAGTATATGTTCAT  1049

seq1  TGTGCTTGGAAAAAGAGGAAGGATAAGCATG-CAC-ATCAGCTC-TTTTC  1087
      ||||||||| |||||||||||||||   ||| ||| |||||||| |||||
seq2  TGTGCTTGG-AAAAGAGGAAGGATAGCAATGCCACAATCAGCTCTTTTTC  1098

seq1  TTTTATCCCAGAAAGGAGAAGCCTGTATTTGG-AAATACATTTTAGGAAC  1136
      |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||| ||
seq2  TTTTATCCAAGAAAGGAGAAGGCTGTATTTGGAAAATAAGTTTTAGG-AC  1147

seq1  AGAGT  1141
      |||||
seq2  AGAGT  1152


seq1: chr1_100911382_100912291
seq2: B6Ng01-204H21.g_66_979 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGTACAC  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACACACACACACA-ACACACACACACACACACACACACACAGGTACAC  49

seq1  GTAC-ACAC-ATGTGTGAGAGAG-AAACAGAAACACAGAGTGACAAAG-A  96
      |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTACAACACAATGTGTGAGAGAGAAAACAGAAACACAGAGTGACAAAGAA  99

seq1  AAGAGAGAAATGTAAAT-AAAGCATTTAAAATTACTAAGACTAGTCACCA  145
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGAAATGTAAATAAAAGCATTTAAAATTACTAAGACTAGTCACCA  149

seq1  CATTCTATAGAGCATGAGTCATTTGGATTTTAGTCTGATAATACATTTTT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTATAGAGCATGAGTCATTTGGATTTTAGTCTGATAATACATTTTT  199

seq1  TTCTTTTGGACATTTTTTTAGTAAGTCTTCAACTGAAACATGACTTTGAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGGACATTTTTTTAGTAAGTCTTCAACTGAAACATGACTTTGAT  249

seq1  TGTCTTAGGACCTTTACATATTACTTTTATTGCAACTCATTTTATAAATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGGACCTTTACATATTACTTTTATTGCAACTCATTTTATAAATA  299

seq1  ATTGTCATAACAATGATTATTGCTCTGCACAAGATGATGCTACATGCATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCATAACAATGATTATTGCTCTGCACAAGATGATGCTACATGCATT  349

seq1  CTTGGGAAACTGTAACTACCTCCATTTGCCCAAATGGTATAGGTTGGAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAAACTGTAACTACCTCCATTTGCCCAAATGGTATAGGTTGGAAT  399

seq1  TAGTGGGTCAACAAGCATAGTCATGCAACCTCATTTAAGAAACAATACTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGTCAACAAGCATAGTCATGCAACCTCATTTAAGAAACAATACTT  449

seq1  AAAACCACTATGTTGTGCTATATAAGCCTATTATAAAGTGGGGAATGAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCACTATGTTGTGCTATATAAGCCTATTATAAAGTGGGGAATGAGA  499

seq1  AATTCTCAAGTTAAAGAAATAAAGATAAGCCATGAACATTTATAAAGTTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTCAAGTTAAAGAAATAAAGATAAGCCATGAACATTTATAAAGTTC  549

seq1  AATGAATGATGCTCATATAATGAAACAGCAAAGGGAATTGAACACACCAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGATGCTCATATAATGAAACAGCAAAGGGAATTGAACACACCAC  599

seq1  AAAACAGATGTTAGAAGGTTAGAGTGACTTTTTTCTTTTTTCCATTTTAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGATGTTAGAAGGTTAGAGTGACTTTTTTCTTTTTTCCATTTTAT  649

seq1  AGATAACTATAAATATTGTATGTTTATATGAAAATATAGGTTTTTAATAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACTATAAATATTGTATGTTTATATGAAAATATAGGTTTTTAATAT  699

seq1  TCACATCAAAATATGTATTCTTGAATATGAACATATGTATGGGGACATAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCAAAATATGTATTCTTGAATATGAACATATGTATGGGGACATAT  749

seq1  GTGCATGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGT  799

seq1  ATGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTATATGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTATATGA  849

seq1  AGGTAGAGAGATGGCTTAGTGATTAATGAAGCTTGCTATTCTTTCTGATA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGAGAGATGGCTTAGTGATTAATGAAGCTTGCTATTCTTTCTGATA  899

seq1  ATCATAATTGAATTC  910
      |||||||||||||||
seq2  ATCATAATTGAATTC  914


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |