BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205I09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 164,781,403 - 164,937,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFmo1, Fmo2, Fmo6, Fmo3
Upstream geneAI848100, Pigc, Dnm3, LOC100039703, Dnm3os, 5630401D24Rik, Vamp4, LOC435651, Myoc, Bat2d, Fmo4
Downstream gene4921528O07Rik, Prrx1, LOC100039597, Scyl1bp1, LOC665237, Gm207, LOC100039626, Kifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205I09.bB6Ng01-205I09.g
ACCGA025182GA025183
length1,2331,161
definitionB6Ng01-205I09.b B6Ng01-205I09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(164,936,498 - 164,937,731)(164,781,403 - 164,782,548)
sequence
gaattcaaagcaaacactccaccatggaggtcatcagttgcccacacccc
tcaaggccacaaatgtttgtgatccataggactagatatgaccaaaattt
caacagtggatgcaggagagaatagtccaacttcatcagctcttaactga
aaggaaatctagtggctcaccccacaggtttgattccttctggtgaactc
agcctaccaaggcagagagaggcccttggtgcatggcagagctgtcctac
cccattgccagcaaggacatctggatggcttctcacaactgtccatagct
ctcaaggtctggtacacaaaagagtcatttgtcttgtttgagaataaaga
cctcactaaagcaaatagtctccatatatgaatcttgttcctccttcaaa
atcatatacctccttaaagcatgacaaaacactattaaagcttcactttt
ggctacgaagcatctccatcaaaatgcagaaaaactttacctcagggagc
atgccacaggtaatcttacttgttaccttggctgaatctagaaccaactg
aaaggaactcagtagggcatccctagaagagattttcttcatcagtttaa
ctaaagttggaataccaatcctaaaggtggatcgcaccttccagtggtag
ctcagacaaaggtaagtccaagagagaaaagctttgatttttgccttgta
gccttcacactgtgatggaaagcacatctgccctatggctattttgctga
cgatgctgctaccacactttgctgacattaaaacccaatgtccttggcct
tccaacatgaactgaagaccagagattcttcaggaagcccctatgttttt
aggactactgaagaatctgcccccatgacttgaacagttactgtgttcat
agcctctccagaatgactgatcagccctagggacccctagtatggaacct
ctctggaagaaaaatgaagaacataacagtttgtccacattggtagaccg
tctctcttcactgtcatcctgtgactgcgtcagttctggtgggctcttca
tgacaattgcatacctccttagtcatgggtggcttcctacaaccacagtt
caataccaattacaccaacgttagagctgcataacaactccctccacttc
catttaggcttatgtcttcatttttatattatttccatctatgggtgctg
gtactgctctttggttttgtttcctagcagtcc
gaattcagggctgtgctagagagaggtaagaggagacaagtaaaagaaaa
cttcccgactgctaattgatgtttataacttacattgaaataaatgcatc
tctgaaggttgaactgggttgagtagagtttgagatattccaggaataga
gaatttggcacaaagtttggatagtcttctggaaaaggaaaatctgggta
acacgacatctccctgctgctgttagaaaccacagacttgtaaagactgg
ctctcccttcttcaacatgttcctgtaaaaacagtgcatactcatgagtg
tacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaga
tacacacacacagatatacacacacacaaaatggatgctaacatttttga
agtctcaaacattggttgagttttaggtaatcaatataatatatactact
tatcacttttaaaataggatttacatttgggaaatgatcaaccctgggcc
cagtgtaaactgcttgaccacaatcactattttagtcatgacatggcacc
aaataagtctgggatgaactcgcatgcatgcagcatcacagcaaagtata
aaaacaaataggcaaatcctggacactggcttggataaacaagacttgct
tatatatatacacacacacatctatctatctatctatctatctattctat
ctatctatctatctatctatctatctatctacacacacatatagttttct
agttattttgttcatacaaataagtgggaacatgaatataaaccttttca
tatggatagtctcactctgtccccataaagtatatgattctaagtatggg
caaatggttatcatcatacaatataaattaaatatgaataaaaaatcaat
gtttactggcatatcgagttgattgttaacctgtatgtgaccctgcactg
tcagcttcacttttagtggctcaaaacaagaacttgaatgaatatgtcat
ggacctgcttaagtcagagggaactctctcaggtgttcacatggtgggac
atgtaagaaccatcagcaaactgttgctgtcgagaaatgagaagagtagt
cccatgctcagggtcctcagaatccttaactgattgcctcaagaactaag
tggaaggccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_164936498_164937731
seq2: B6Ng01-205I09.b_44_1276 (reverse)

seq1  GGACTGGGCTAGGAGAACAAAAACAAAGA-CAGTACCAGCAACCCCCATT  49
      |||||  ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||   |||| |
seq2  GGACT--GCTAGGA-AACAAAACCAAAGAGCAGTACCAGCA---CCCA-T  43

seq1  AGATTGGGAATA--ATAAAAATGAAAACCAATAGCATAAAATGGAGTTGA  97
      ||| ||| ||||  ||||||||||| | ||  ||| ||||  | ||| ||
seq2  AGA-TGGAAATAATATAAAAATGAAGA-CATAAGCCTAAATGGAAGTGGA  91

seq1  GGAGTTTGTAATGCAGCTCTAACG-TGGTGTTATTGGTATTGAACTGTGG  146
      ||   |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |
seq2  GGGAGTTGTTATGCAGCTCTAACGTTGGTGTAATTGGTATTGAACTGT-G  140

seq1  GTTGTAGGAAGCCACCCATGACTAAGGA-GTATGCA--TGTCATG-AGAG  192
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||
seq2  GTTGTAGGAAGCCACCCATGACTAAGGAGGTATGCAATTGTCATGAAGAG  190

seq1  CCCA-CAGAACTGACGCAGTCACAGGATGACAGTGAAGAGAGACGGTCTA  241
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAGAACTGACGCAGTCACAGGATGACAGTGAAGAGAGACGGTCTA  240

seq1  CCAATGTGGACAAACTGTTATGTTCTTCATTTTTCTTCCAGAGAGGTTCC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTGGACAAACTGTTATGTTCTTCATTTTTCTTCCAGAGAGGTTCC  290

seq1  ATACTAGGGGTCCCTAGGGCTGATCAGTCATTCTGGAGAGGCTATGAACA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGGGGTCCCTAGGGCTGATCAGTCATTCTGGAGAGGCTATGAACA  340

seq1  CAGTAACTGTTCAAGTCATGGGGGCAGATTCTTCAGTAGTCCTAAAAACA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAACTGTTCAAGTCATGGGGGCAGATTCTTCAGTAGTCCTAAAAACA  390

seq1  TAGGGGCTTCCTGAAGAATCTCTGGTCTTCAGTTCATGTTGGAAGGCCAA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCTTCCTGAAGAATCTCTGGTCTTCAGTTCATGTTGGAAGGCCAA  440

seq1  GGACATTGGGTTTTAATGTCAGCAAAGTGTGGTAGCAGCATCGTCAGCAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTGGGTTTTAATGTCAGCAAAGTGTGGTAGCAGCATCGTCAGCAA  490

seq1  AATAGCCATAGGGCAGATGTGCTTTCCATCACAGTGTGAAGGCTACAAGG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCCATAGGGCAGATGTGCTTTCCATCACAGTGTGAAGGCTACAAGG  540

seq1  CAAAAATCAAAGCTTTTCTCTCTTGGACTTACCTTTGTCTGAGCTACCAC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATCAAAGCTTTTCTCTCTTGGACTTACCTTTGTCTGAGCTACCAC  590

seq1  TGGAAGGTGCGATCCACCTTTAGGATTGGTATTCCAACTTTAGTTAAACT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGTGCGATCCACCTTTAGGATTGGTATTCCAACTTTAGTTAAACT  640

seq1  GATGAAGAAAATCTCTTCTAGGGATGCCCTACTGAGTTCCTTTCAGTTGG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGAAAATCTCTTCTAGGGATGCCCTACTGAGTTCCTTTCAGTTGG  690

seq1  TTCTAGATTCAGCCAAGGTAACAAGTAAGATTACCTGTGGCATGCTCCCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATTCAGCCAAGGTAACAAGTAAGATTACCTGTGGCATGCTCCCT  740

seq1  GAGGTAAAGTTTTTCTGCATTTTGATGGAGATGCTTCGTAGCCAAAAGTG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAAGTTTTTCTGCATTTTGATGGAGATGCTTCGTAGCCAAAAGTG  790

seq1  AAGCTTTAATAGTGTTTTGTCATGCTTTAAGGAGGTATATGATTTTGAAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTAATAGTGTTTTGTCATGCTTTAAGGAGGTATATGATTTTGAAG  840

seq1  GAGGAACAAGATTCATATATGGAGACTATTTGCTTTAGTGAGGTCTTTAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACAAGATTCATATATGGAGACTATTTGCTTTAGTGAGGTCTTTAT  890

seq1  TCTCAAACAAGACAAATGACTCTTTTGTGTACCAGACCTTGAGAGCTATG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACAAGACAAATGACTCTTTTGTGTACCAGACCTTGAGAGCTATG  940

seq1  GACAGTTGTGAGAAGCCATCCAGATGTCCTTGCTGGCAATGGGGTAGGAC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTGTGAGAAGCCATCCAGATGTCCTTGCTGGCAATGGGGTAGGAC  990

seq1  AGCTCTGCCATGCACCAAGGGCCTCTCTCTGCCTTGGTAGGCTGAGTTCA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGCCATGCACCAAGGGCCTCTCTCTGCCTTGGTAGGCTGAGTTCA  1040

seq1  CCAGAAGGAATCAAACCTGTGGGGTGAGCCACTAGATTTCCTTTCAGTTA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGAATCAAACCTGTGGGGTGAGCCACTAGATTTCCTTTCAGTTA  1090

seq1  AGAGCTGATGAAGTTGGACTATTCTCTCCTGCATCCACTGTTGAAATTTT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGATGAAGTTGGACTATTCTCTCCTGCATCCACTGTTGAAATTTT  1140

seq1  GGTCATATCTAGTCCTATGGATCACAAACATTTGTGGCCTTGAGGGGTGT  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATATCTAGTCCTATGGATCACAAACATTTGTGGCCTTGAGGGGTGT  1190

seq1  GGGCAACTGATGACCTCCATGGTGGAGTGTTTGCTTTGAATTC  1234
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAACTGATGACCTCCATGGTGGAGTGTTTGCTTTGAATTC  1233

seq1: chr1_164781403_164782548
seq2: B6Ng01-205I09.g_66_1226

seq1  GAATTCAGGGCTGTGCTAGAGAGAGGTAAGAGGAGACAAGTAAAAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGCTGTGCTAGAGAGAGGTAAGAGGAGACAAGTAAAAGAAAA  50

seq1  CTTCCCGACTGCTAATTGATGTTTATAACTTACATTGAAATAAATGCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCGACTGCTAATTGATGTTTATAACTTACATTGAAATAAATGCATC  100

seq1  TCTGAAGGTTGAACTGGGTTGAGTAGAGTTTGAGATATTCCAGGAATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGTTGAACTGGGTTGAGTAGAGTTTGAGATATTCCAGGAATAGA  150

seq1  GAATTTGGCACAAAGTTTGGATAGTCTTCTGGAAAAGGAAAATCTGGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGGCACAAAGTTTGGATAGTCTTCTGGAAAAGGAAAATCTGGGTA  200

seq1  ACACGACATCTCCCTGCTGCTGTTAGAAACCACAGACTTGTAAAGACTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGACATCTCCCTGCTGCTGTTAGAAACCACAGACTTGTAAAGACTGG  250

seq1  CTCTCCCTTCTTCAACATGTTCCTGTAAAAACAGTGCATACTCATGAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTTCTTCAACATGTTCCTGTAAAAACAGTGCATACTCATGAGTG  300

seq1  TACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGA  350

seq1  TACACACACACAGATATACACACACACAAAATGGATGCTAACATTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACAGATATACACACACACAAAATGGATGCTAACATTTTTGA  400

seq1  AGTCTCAAACATTGGTTGAGTTTTAGGTAATCAATATAATATATACTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAAACATTGGTTGAGTTTTAGGTAATCAATATAATATATACTACT  450

seq1  TATCACTTTTAAAATAGGATTTACATTTGGGAAATGATCAACCCTGGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTTTTAAAATAGGATTTACATTTGGGAAATGATCAACCCTGGGCC  500

seq1  CAGTGTAAACTGCTTGACCACAATCACTATTTTAGTCATGACATGGCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAAACTGCTTGACCACAATCACTATTTTAGTCATGACATGGCACC  550

seq1  AAATAAGTCTGGGATGAACTCGCATGCATGCAGCATCACAGCAAAGTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTCTGGGATGAACTCGCATGCATGCAGCATCACAGCAAAGTATA  600

seq1  AAAACAAATAGGCAAATCCTGGACACTGGCTTGGATAAACAAGACTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAATAGGCAAATCCTGGACACTGGCTTGGATAAACAAGACTTGCT  650

seq1  TATATATATACACACACACATCTATCTATCTATCTATCTATCTA-TCTAT  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATATATATACACACACACATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTCTAT  700

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACACACACATATAG-TTTCT  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACACACACATATAGTTTTCT  750

seq1  AGTTATTTTGTTCATACAAATAAGTGGGAACATGAATATAAACC-TTTCA  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTTATTTTGTTCATACAAATAAGTGGGAACATGAATATAAACCTTTTCA  800

seq1  TATGGATAGTCTCACTCTGTCCCCATAAAGTATATGATTCTAAGTATGGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGATAGTCTCACTCTGTCCCCATAAAGTATATGATTCTAAGTATGGG  850

seq1  CAAAATGTATATCAGTCATACATAATAAATTAAATATGATTAAAAAATCA  897
      | |||||  ||||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  C-AAATGGTTATCA-TCATACAATATAAATTAAATATGAATAAAAAATCA  898

seq1  ATG-TTACTGGCCATATCGAGTTGATTG-TAACCTGGTATGTGACCCTGC  945
      ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  ATGTTTACTGG-CATATCGAGTTGATTGTTAACCT-GTATGTGACCCTGC  946

seq1  ACCTGTCAGCTTCAC-TTTAGTTGCCTAAAACAAG-ACCTGAATGATAAT  993
      | ||||||||||||| |||||| ||  |||||||| || |||||||  ||
seq2  A-CTGTCAGCTTCACTTTTAGTGGCTCAAAACAAGAACTTGAATGAATAT  995

seq1  GTCAATGGACCTGC-TAAGGCAGAAGGGAC-ATCTCAGGGTGTCACAT-G  1040
      ||| |||||||||| |||| |||| || ||  |||||||   |||||| |
seq2  GTC-ATGGACCTGCTTAAGTCAGAGGGAACTCTCTCAGGTGTTCACATGG  1044

seq1  TGGGACATG-AAGAACCA-CAGC-AACTGTTGCTGCTGAGAGA-GGGAGA  1086
      ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||  |||| | | ||  
seq2  TGGGACATGTAAGAACCATCAGCAAACTGTTGCTGTCGAGAAATGAGAAG  1094

seq1  GGTAG--CCCTGCCCAGGGTC--CAG-ACCCTTAACTGATTG-CTCAAG-  1129
       ||||  || ||| |||||||  ||| | ||||||||||||| |||||| 
seq2  AGTAGTCCCATGCTCAGGGTCCTCAGAATCCTTAACTGATTGCCTCAAGA  1144

seq1  ACAAAGTGGAAAGCCAC  1146
      || |||||||| |||||
seq2  ACTAAGTGGAAGGCCAC  1161