BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208E07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,074,629 - 82,203,923
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene9430031J16Rik, EG621020, LOC433328, EG665145
Downstream geneIrs1, Rhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208E07.bB6Ng01-208E07.g
ACCGA027194GA027195
length1,022956
definitionB6Ng01-208E07.b B6Ng01-208E07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,074,629 - 82,075,646)(82,202,981 - 82,203,923)
sequence
gaattctcggaaaacctaaagctcctaaaatttcacgagaaattgtcttg
ttctggaccctctctcaagcctactacaagtatctaagccttacctccaa
aatgtgactcttttctcatgaaaattccattgagagttgatcaaaatggg
gcaagggagtaaaggaatagaggtgtgcctttctccccatcagcatcact
atgcacaactgcacagttgcacctctaggaccaaccaagcttccagttct
ttgtgctgtgacagttctcttggagcatctcttgaagtttatgatgaata
gcacatgattcccctgagaaaacatttcagcttggatgcaaggttcttaa
gacccagaataatctcaatggaattgaaatatcccacctttcttggaggc
tcattaagactcaggaagtaaataactcaaaaggtttatgaagtccttga
aactgagcagattcagtaagccactacctccccaaacttaataatctata
agaatggctaggtattgtcttgccacagatgggggctctgtcggcccccc
tcagtctgtgggaatcaggggttccggcagatgggcatagagtcggcggg
aattgacagacagacgcagacacgagagtgtactggacctgagtgtaatt
tgtcaaatcgagcatcaaacttttcatacagaagaaaaatagggaagtta
ggtgacacactggcaaggtacaatgaggttactggattcttacataaaac
agaggaatgcaaacacgaaaggactggcaggaaccgactgggataaaatt
caatgttaacaactgggatcaaaaacagccccacctaaagtcagcttaaa
cttagaagccatgggcaaagggcttcatgcccttgccatagttcctactt
tagtctattgtataactcagctatctatccttcttcttagatatgctaac
ttcttgtgtagggcagtgacttactatccatgcccagggtcagatcaagg
actgccagaatctaactgagct
gaattcaatattcagcaaaaacttattgacttctcactctcatccaggga
tttgttaaatgctctgaggtatctattgatagaggaagcaattcctactt
caaataatttaccatgatgtcttgaggaagactgatgaaaaggcgagagt
gtttcaatgtggttcatactttggtgtatgtaagtaaaggggctgcggta
ccaccttgagggccccagaaagggaatattaggtttaacactgaaatgcc
aaaggcttttgagggaggggagctcttccagaccttatttcattgagcct
cttaggttctccctggttttcatggcttggtatccctttttccttaagtg
tttctttcctgcttgaagtctttagagatcattttgttttaagtggtacc
ttctgcctaggcctaattccccagtcctctttcatgttttatttcctttt
ccccagtccttgtcacatcacagcctacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacgccattttatttgttactgttaatgttaac
caatattattctctcactccaactagaaatgtaagccacatccttaccta
gtgtgttgttagcccctacaacagtgaccaccaaggagggggtgatcact
atatactacttggctagaagcaagaagttttatcatttgcacagagctga
ggatgaatctatgatgtgcacatatgaccaattcagtggattctaaacga
tataaatttgatgctcacaggacaaggctggaagttcaagaccacagtgt
cagcatggcagagttctgatcaaaggtcttttggggttagtacattatga
gcttcttgtcgcaaatgtggaaagaggaggcaggagagttcttccatgtc
tcatttagaggacattaaacccttcgtgaaggccttacttcaaaagatca
actcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82074629_82075646
seq2: B6Ng01-208E07.b_43_1059

seq1  GAATTCTCAGAAAACCTAAAGCTCCTAAAATTTCAAGAGAAATTGTCTTG  50
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGGAAAACCTAAAGCTCCTAAAATTTCACGAGAAATTGTCTTG  50

seq1  TTCTGGACCCTCTCTCAAGCCTACTACAAGTATCTAAGCCTTACCTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGACCCTCTCTCAAGCCTACTACAAGTATCTAAGCCTTACCTCCAA  100

seq1  AATGTGACTCTTTTCTCATGAAAATTCCATTGAGAGTTGATCAAAATGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGACTCTTTTCTCATGAAAATTCCATTGAGAGTTGATCAAAATGGG  150

seq1  GCAAGGGAGTAAAGGAATAGAGGTGTGCCTTTCTCCCCATCAGCATCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGAGTAAAGGAATAGAGGTGTGCCTTTCTCCCCATCAGCATCACT  200

seq1  ATGCACAACTGCACAGTTGCACCTCTAGGACCAACCAAGCTTCCAGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAACTGCACAGTTGCACCTCTAGGACCAACCAAGCTTCCAGTTCT  250

seq1  TTGTGCTGTGACAGTTCTCTTGGAGCATCTCTTGAAGTTTATGATGAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTGTGACAGTTCTCTTGGAGCATCTCTTGAAGTTTATGATGAATA  300

seq1  GCACATGATTCCCCTGAGAAAACATTTCAGCTTGGATGCAAGGTTCTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGATTCCCCTGAGAAAACATTTCAGCTTGGATGCAAGGTTCTTAA  350

seq1  GACCCAGAATAATCTCAATGGAATTGAAATATCCCACCTTTCTTGGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGAATAATCTCAATGGAATTGAAATATCCCACCTTTCTTGGAGGC  400

seq1  TCATTAAGACTCAGGAAGTAAATAACTCAAAAGGTTTATGAAGTCCTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAGACTCAGGAAGTAAATAACTCAAAAGGTTTATGAAGTCCTTGA  450

seq1  AACTGAGCAGATTCAGTAAGCCACTACCTCCCCAAACTTAATAATCTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGCAGATTCAGTAAGCCACTACCTCCCCAAACTTAATAATCTATA  500

seq1  AGAATGGCTAGGTATTGTCTTGCCACAGATGGGGGCTCTGTCGGCCCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGCTAGGTATTGTCTTGCCACAGATGGGGGCTCTGTCGGCCCCCC  550

seq1  TCAGTCTGTGGGAATCAGGGGTTCCGGCAGATGGGCATAGAGTCGGCGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTGTGGGAATCAGGGGTTCCGGCAGATGGGCATAGAGTCGGCGGG  600

seq1  AATTGACAGACAGACGCAGACACGAGAGTGTACTGGACCTGAGTGTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACAGACAGACGCAGACACGAGAGTGTACTGGACCTGAGTGTAATT  650

seq1  TGTCAAATCGAGCATCAAACTTTTCATACAGAAG-AAAATAGGGAAGTTA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTCAAATCGAGCATCAAACTTTTCATACAGAAGAAAAATAGGGAAGTTA  700

seq1  GGTGACACACTGGCAAGGTACAATGAGGTTACTGGATTCTTACATAAAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACACACTGGCAAGGTACAATGAGGTTACTGGATTCTTACATAAAAC  750

seq1  AGAGGAATGCAAACACGAAAGGACTGGCAGGAACCGACTGGGATAAAATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAATGCAAACACGAAAGGACTGGCAGGAACCGACTGGGATAAAATT  800

seq1  CAATGTTAACAACTGGGATCAAAAACAGCCCCACCTAAAGTCAGCTTAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTAACAACTGGGATCAAAAACAGCCCCACCTAAAGTCAGCTTAAA  850

seq1  CTTAGAAGCCATGGGC-AAGGGCTTCATGCCCTTGCCATAGTTCCTAGTT  898
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTAGAAGCCATGGGCAAAGGGCTTCATGCCCTTGCCATAGTTCCTACTT  900

seq1  TAGTCTATTGTATAACTCAGCTATCTATCCTTCTTCCTAGATAATGGTAA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||
seq2  TAGTCTATTGTATAACTCAGCTATCTATCCTTCTTCTTAGAT-ATGCTAA  949

seq1  CTTCCTGTGTAGGGCAGTGACTTAGCTATCCATGCCCAGGGTCGGATCAA  998
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTCTTGTGTAGGGCAGTGACTTA-CTATCCATGCCCAGGGTCAGATCAA  998

seq1  GGACTGCCTAGAATCTAACT  1018
      |||||||| |||||||||||
seq2  GGACTGCC-AGAATCTAACT  1017

seq1: chr1_82202981_82203923
seq2: B6Ng01-208E07.g_65_1004 (reverse)

seq1  AAGTAAGGCCTTCACGAAAGTGATTAATGTCCTCATAAATGAGACCTGGA  50
      |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  AAGTAAGGCCTTCACG-AAGGGTTTAATGTCCTC-TAAATGAGACATGGA  48

seq1  AGAACTCTCCTACCTCCTCTTTCCACATTGTGCGACAAGAAGCTCATAAT  100
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTCCTGCCTCCTCTTTCCACATT-TGCGACAAGAAGCTCATAAT  97

seq1  GTACAAACCCCAAAAGGCCTTTGATCAGAACTCTGCCATGCTGACACTGT  150
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAACCCCAAAAGACCTTTGATCAGAACTCTGCCATGCTGACACTGT  147

seq1  GGTCTTGAACTTCCAGCCTTGTCCTGTGAGCATTAAATTTCTATTGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||
seq2  GGTCTTGAACTTCCAGCCTTGTCCTGTGAGCATCAAATTTATATCGTTTA  197

seq1  GAAACCACTTAATTGCTCATATGTACACATCATAGATACATCCTCAGCTC  250
      ||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAATCCACTGAATTGGTCATATGTGCACATCATAGATTCATCCTCAGCTC  247

seq1  TGTGCAAATGATAAAACTTCTTGCTTCTAGCCAAGTCGTATCTACTGAAC  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |
seq2  TGTGCAAATGATAAAACTTCTTGCTTCTAGCCAAGTAGTATATAGTGATC  297

seq1  ACCCCCTCCTTGGTGGTCACTGTTCTAGGGGCTAACAACACACTAGGTAA  350
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCTCCTTGGTGGTCACTGTTGTAGGGGCTAACAACACACTAGGTAA  347

seq1  GGATGTGGCTTACATTTCTAGTTGGAGTGAGAGAATAATATTGGTTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGGCTTACATTTCTAGTTGGAGTGAGAGAATAATATTGGTTAACA  397

seq1  TTAACAGTAACAAATAAAATGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGTAACAAATAAAATGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  447

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTAGGCTGTGATGTGACAAGGACTGGGGAAAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTAGGCTGTGATGTGACAAGGACTGGGGAAAAGGA  497

seq1  AATAAAACATGAAAGAGGACTGGGGAATTAGGCCTAGGCAGAAGGTACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACATGAAAGAGGACTGGGGAATTAGGCCTAGGCAGAAGGTACCA  547

seq1  CTTAAAACAAAATGATCTCTAAAGACTTCAAGCAGGAAAGAAACACTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACAAAATGATCTCTAAAGACTTCAAGCAGGAAAGAAACACTTAA  597

seq1  GGAAAAAGGGATACCAAGCCATGAAAACCAGGGAGAACCTAAGAGGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAGGGATACCAAGCCATGAAAACCAGGGAGAACCTAAGAGGCTCA  647

seq1  ATGAAATAAGGTCTGGAAGAGCTCCCCTCCCTCAAAAGCCTTTGGCATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATAAGGTCTGGAAGAGCTCCCCTCCCTCAAAAGCCTTTGGCATTT  697

seq1  CAGTGTTAAACCTAATATTCCCTTTCTGGGGCCCTCAAGGTGGTACCGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTAAACCTAATATTCCCTTTCTGGGGCCCTCAAGGTGGTACCGCA  747

seq1  GCCCCTTTACTTACATACACCAAAGTATGAACCACATTGAAACACTCTCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTTACTTACATACACCAAAGTATGAACCACATTGAAACACTCTCG  797

seq1  CCTTTTCATCAGTCTTCCTCAAGACATCATGGTAAATTATTTGAAGTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCATCAGTCTTCCTCAAGACATCATGGTAAATTATTTGAAGTAGG  847

seq1  AATTGCTTCCTCTATCAATAGATACCTCAGAGCATTTAACAAATCCCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTTCCTCTATCAATAGATACCTCAGAGCATTTAACAAATCCCTGG  897

seq1  ATGAGAGTGAGAAGTCAATAAGTGTTTGCTGAATATTGAATTC  943
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGTGAGAAGTCAATAAGTTTTTGCTGAATATTGAATTC  940