BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211I13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 92,566,182 - 92,723,004
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol6a3
Upstream geneCentg2, Gbx2, Asb18, Iqca, Cxcr7, Cops8
Downstream geneMlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211I13.bB6Ng01-211I13.g
ACCGA029575GA029576
length1,180999
definitionB6Ng01-211I13.b B6Ng01-211I13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,566,182 - 92,567,348)(92,722,022 - 92,723,004)
sequence
gaattctggaggccatagcacagcctctgaaggggcctttcctagctcct
gatgacagatttgtgagctctagctatgattatgggctctctctctgatt
agcggtttcctgtgtacccaccctcaacagtgaaggttaaacctacaaga
agagtagagtgatggcccttggtctaaggctaaacactgaagggaaatga
acagaagaaaaagacaggcttccttccaaagaagaggagattaaaaatga
ccaggagcagtgttgtgagacagtgtgagacagacatgttcagagtggga
tgaccagaggccagaataccttttcaaaataagacatcaaagtattgaga
gcgtagctcaatgcaagagtcatctgcttcccttggaacatactgtctct
ccacaaagactgcccagtctctgacaggctcttggacaatcgtccatatt
catcatcaagaaagctttgtgtgggtttcataagaacactttactccaga
gcccatctgcagtgccatccagtcctggcccataagaaaagacttaaggc
ttaagcaggactcttaaaaggcagagcctgtagctctgtctatcttccat
cagcaatgtgacctgggctgtcaggctgagcaggtctgccttccacccag
gtcactgtggtcacctctaagacctggcccttgtctgtcacaccaactgt
tcctctcctttccaagcaccattcactgtcatgggcatcaccattactga
tgcatgccaggtccctcttctccatgacacctgtcacactctgaggctga
gatcagacaagaggcagtaaagtttgccaaggacatgtggccagccagaa
gatggacccattgtccacaactgcagagcttttagaaagactcttcggga
tgggctcagctccaacaatggctcagagtcaggcaaccatcctcgaaagc
caggcttcacctggtcaccaggccaaaaggcctcataatcacgctcatgg
cctgctgaccatgaactgatccactttcaaagcagcttcaccatctaaac
cacctctgggaaaaggtagaacaccctctggagaaattcttggtggaaat
gtttccattatgcaatgttagtatataattctcccagagattagatttcc
atttgtgtgtaaggactgagaagccttcag
gaattctcagagtcacaggatgagacaccggactgtccttaagacagttg
agcgtgtatggaaggtacagccagaattgtatttaagagggcgtttggaa
tcatgaagttggagaattggaggggttgcccatgaggctggaagggcaac
ctatgccctctagagaggtctcctatgggaggggctgaagagcacaatgg
gttcttgactagggaaagagtgatcttgcagccaggactcaggaggcatg
gcatatacagcccagaggaggtggtagagggagtcaagttcacaggtagc
ttttcccttctgccaagagaatgactgaggcagggggctggaggtaaagc
atccggtgaagccagtctccttcaaggaagatgctaaggagtgagatgaa
gatgcagtagagaggtagagacatgagtcaagcactctaaggagcatgtg
ggacacttaggggagacagatggaacaggtggcaagcctttgggattata
atcagatcaataggcagctctaagaaaacaatgtcagaccagtttcatca
cagggatttagaaaaagacaggcgaagagagaggtggtatgtgtcagcag
aaagaaacctgttgccatggacatgcaaggcttcggtatatagggctgtg
ggaatgacacatcctaaggagctgtttctgaaggctgctcttcctttggc
ttccccatggttccccatgatctcagccttggtaggattggggtcaccaa
ggtctaccaaatgacagagaggagactacctggcccacttatctgtactt
actagggttccctgcttcgggggtttgagggcgtgtctctcctctgggca
cttgctttacaattgccaggtataggaaaacaaatatgtattctagggat
ccacccctggatggtattccatgtttcagaggaaatgtcaagggggcaac
ttgggggcagctcgttggtggtgtccactcaagagtcatcttgacccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_92566182_92567348
seq2: B6Ng01-211I13.b_48_1227

seq1  GAATTCTGGAGGCCATAGCACAGCCTCTGAAGGGGCCTTTCCTAGCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAGGCCATAGCACAGCCTCTGAAGGGGCCTTTCCTAGCTCCT  50

seq1  GATGACAGATTTGTGAGCTCTAGCTATGATTATGGGCTCTCTCTCTGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAGATTTGTGAGCTCTAGCTATGATTATGGGCTCTCTCTCTGATT  100

seq1  AGCGGTTTCCTGTGTACCCACCCTCAACAGTGAAGGTTAAACCTACAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTTTCCTGTGTACCCACCCTCAACAGTGAAGGTTAAACCTACAAGA  150

seq1  AGAGTAGAGTGATGGCCCTTGGTCTAAGGCTAAACACTGAAGGGAAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGAGTGATGGCCCTTGGTCTAAGGCTAAACACTGAAGGGAAATGA  200

seq1  ACAGAAGAAAAAGACAGGCTTCCTTCCAAAGAAGAGGAGATTAAAAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGAAAAAGACAGGCTTCCTTCCAAAGAAGAGGAGATTAAAAATGA  250

seq1  CCAGGAGCAGTGTTGTGAGACAGTGTGAGACAGACATGTTCAGAGTGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGCAGTGTTGTGAGACAGTGTGAGACAGACATGTTCAGAGTGGGA  300

seq1  TGACCAGAGGCCAGAATACCTTTTCAAAATAAGACATCAAAGTATTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGAGGCCAGAATACCTTTTCAAAATAAGACATCAAAGTATTGAGA  350

seq1  GCGTAGCTCAATGCAAGAGTCATCTGCTTCCCTTGGAACATACTGTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGCTCAATGCAAGAGTCATCTGCTTCCCTTGGAACATACTGTCTCT  400

seq1  CCACAAAGACTGCCCAGTCTCTGACAGGCTCTTGGACAATCGTCCATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAGACTGCCCAGTCTCTGACAGGCTCTTGGACAATCGTCCATATT  450

seq1  CATCATCAAGAAAGCTTTGTGTGGGTTTCATAAGAACACTTTACTCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCAAGAAAGCTTTGTGTGGGTTTCATAAGAACACTTTACTCCAGA  500

seq1  GCCCATCTGCAGTGCCATCCAGTCCTGGCCCATAAGAAAAGACTTAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCTGCAGTGCCATCCAGTCCTGGCCCATAAGAAAAGACTTAAGGC  550

seq1  TTAAGCAGGACTCTTAAAAGGCAGAGCCTGTAGCTCTGTCTATCTTCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCAGGACTCTTAAAAGGCAGAGCCTGTAGCTCTGTCTATCTTCCAT  600

seq1  CAGCAATGTGACCTGGGCTGTCAGGCTGAGCAGGTCTGCCTTCCACCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATGTGACCTGGGCTGTCAGGCTGAGCAGGTCTGCCTTCCACCCAG  650

seq1  GTCACTGTGGTCACCTCTAAGACCTGGCCCTTGTCTGTCACACCAACTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTGGTCACCTCTAAGACCTGGCCCTTGTCTGTCACACCAACTGT  700

seq1  TCCTCTCCTTTCCAAGCACCATTCACTGTCATGGGCATCACCATTACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCCTTTCCAAGCACCATTCACTGTCATGGGCATCACCATTACTGA  750

seq1  TGCATGCCAGGTCCCTCTTCTCCATGACACCTGTCACACTCTGAGGCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCAGGTCCCTCTTCTCCATGACACCTGTCACACTCTGAGGCTGA  800

seq1  GATCAGACAAGAGGCAGTAAAG-TTGCCAAGGACATGTGGCCAGCCAGAA  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGACAAGAGGCAGTAAAGTTTGCCAAGGACATGTGGCCAGCCAGAA  850

seq1  GATGGACCCATTGTCCACAACTGCAGAGCTTTTAGAAAGACTCTTCGGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACCCATTGTCCACAACTGCAGAGCTTTTAGAAAGACTCTTCGGGA  900

seq1  TGGGCTCAGCTCCAACAATGGCTCAGAGTCAGGCAACCATCCTCGAAAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCAGCTCCAACAATGGCTCAGAGTCAGGCAACCATCCTCGAAAGC  950

seq1  CAGGCTTCACCT-GTCACCAGGCCAAAAGG-CTCATAATCACGCTCATGG  997
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTCACCTGGTCACCAGGCCAAAAGGCCTCATAATCACGCTCATGG  1000

seq1  -CTGCTGACCATGAACTGATCCACTTCAAAAGCAGCTTCA-CATCTAAAC  1045
       |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||
seq2  CCTGCTGACCATGAACTGATCCACTTTCAAAGCAGCTTCACCATCTAAAC  1050

seq1  CA-CTCTGGGAAAA-GTAAGACACCCTCTGGAG-AATTCTT-GTGG-AAT  1090
      || ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||| |||| |||
seq2  CACCTCTGGGAAAAGGTAGAACACCCTCTGGAGAAATTCTTGGTGGAAAT  1100

seq1  G-TTCCATTATGCAAATGGTAGTATA-AATTCTCCCA-AGAGTAGTTTTC  1137
      | ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||| ||| ||||
seq2  GTTTCCATTATGC-AATGTTAGTATATAATTCTCCCAGAGATTAGATTTC  1149

seq1  CAT---TGTGTAAGGAGCTGAAGAAGCTTTCAG  1167
      |||   |||||||||| ||| |||||| |||||
seq2  CATTTGTGTGTAAGGA-CTG-AGAAGCCTTCAG  1180

seq1: chr1_92722022_92723004
seq2: B6Ng01-211I13.g_70_1068 (reverse)

seq1  GTGGGTC-AGA-GACTCTTG-GTGGACA-CAC--ACG-GCTG-CCCCAAG  42
      ||||||| ||| |||||||| ||||||| |||  ||| |||| |||||||
seq2  GTGGGTCAAGATGACTCTTGAGTGGACACCACCAACGAGCTGCCCCCAAG  50

seq1  -TGCCCCCTTGGCATTCCCTCTGAAAC-TGGAATACCATCCAGGG--TGA  88
       |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||   ||
seq2  TTGCCCCCTTGACATTTCCTCTGAAACATGGAATACCATCCAGGGGTGGA  100

seq1  TCCCTAGAATACATATTTG-TTTCCTATAACCTGGCAATTGTAAAGC-AG  136
      ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  TCCCTAGAATACATATTTGTTTTCCTAT-ACCTGGCAATTGTAAAGCAAG  149

seq1  TG-CCAGAGGAGAGACACGCCCTC-AACCCCCGAAGCAGGGAACCCTAGT  184
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGAGGAGAGACACGCCCTCAAACCCCCGAAGCAGGGAACCCTAGT  199

seq1  -AGTACAGATAAGTGGGCCAGGTAGTCTCCTCTCTGTCATTTGGTAGACC  233
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACAGATAAGTGGGCCAGGTAGTCTCCTCTCTGTCATTTGGTAGACC  249

seq1  TTGGTGACCCCAATCCTACCAAGGCTGAGATCATGGGGAACCATGGGGAA  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGACCCCAATCCTACCAAGGCTGAGATCATGGGGAACCATGGGGAA  299

seq1  GCCAAAGGAAGAGCAGCCTTCAGAAACAGCTCCTTAGGATGTGTCATTCC  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGGAAGAGCAGCCTTCAGAAACAGCTCCTTAGGATGTGTCATTCC  349

seq1  CACAGCCCTATATACCGAAGCCTTGCATGTCCATGGCAACAGGTTTCTTT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCTATATACCGAAGCCTTGCATGTCCATGGCAACAGGTTTCTTT  399

seq1  CTGCTGACACATACCACCTCTCTCTTCGCCTGTCTTTTTCTAAATCCCTG  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGACACATACCACCTCTCTCTTCGCCTGTCTTTTTCTAAATCCCTG  449

seq1  TGATGAAACTGGTCTGACATTGTTTTCTTAGAGCTGCCTATTGATCTGAT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAACTGGTCTGACATTGTTTTCTTAGAGCTGCCTATTGATCTGAT  499

seq1  TATAATCCCAAAGGCTTGCCACCTGTTCCATCTGTCTCCCCTAAGTGTCC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCCCAAAGGCTTGCCACCTGTTCCATCTGTCTCCCCTAAGTGTCC  549

seq1  CACATGCTCCTTAGAGTGCTTGACTCATGTCTCTACCTCTCTACTGCATC  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCTCCTTAGAGTGCTTGACTCATGTCTCTACCTCTCTACTGCATC  599

seq1  TTCATCTCACTCCTTAGCATCTTCCTTGAAGGAGACTGGCTTCACCGGAT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTCACTCCTTAGCATCTTCCTTGAAGGAGACTGGCTTCACCGGAT  649

seq1  GCTTTACCTCCAGCCCCCTGCCTCAGTCATTCTCTTGGCAGAAGGGAAAA  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTACCTCCAGCCCCCTGCCTCAGTCATTCTCTTGGCAGAAGGGAAAA  699

seq1  GCTACCTGTGAACTTGACTCCCTCTACCACCTCCTCTGGGCTGTATATGC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTGTGAACTTGACTCCCTCTACCACCTCCTCTGGGCTGTATATGC  749

seq1  CATGCCTCCTGAGTCCTGGCTGCAAGATCACTCTTTCCCTAGTCAAGAAC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTCCTGAGTCCTGGCTGCAAGATCACTCTTTCCCTAGTCAAGAAC  799

seq1  CCATTGTGCTCTTCAGCCCCTCCCATAGGAGACCTCTCTAGAGGGCATAG  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTGCTCTTCAGCCCCTCCCATAGGAGACCTCTCTAGAGGGCATAG  849

seq1  GTTGCCCTTCCAGCCTCATGGGCAACCCCTCCAATTCTCCAACTTCATGA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCCTTCCAGCCTCATGGGCAACCCCTCCAATTCTCCAACTTCATGA  899

seq1  TTCCAAACGCCCTCTTAAATACAATTCTGGCTGTACCTTCCATACACGCT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAACGCCCTCTTAAATACAATTCTGGCTGTACCTTCCATACACGCT  949

seq1  CAACTGTCTTAAGGACAGTCCGGTGTCTCATCCTGTGACTCTGAGAATTC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTCTTAAGGACAGTCCGGTGTCTCATCCTGTGACTCTGAGAATTC  999