BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213L06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 148,866,473 - 148,979,212
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383571, B830045N13Rik, LOC100043240
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213L06.bB6Ng01-213L06.g
ACCGA031152GA031153
length1,2031,079
definitionB6Ng01-213L06.b B6Ng01-213L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,978,033 - 148,979,212)(148,866,473 - 148,867,561)
sequence
gaattcataataggaaaatgaccatcctaccaaaagcaatttataaactc
aatgtaccatcacatcatggttctgatctctcataagcataatattaatg
aatgttgaagcagatataccaagagctcacatggaacacatttactacac
tagttttatgatttcccatgtatattttaagaaggtattggtagaattac
agagatctagtagaaaccattactattagtgtcagcattttcaagagtgg
ataggcttttaagattttgtgagaaaataaacacaaattaaatgtatatg
tgcatatgtaggaggatgtattactaacatacacatgtacctatctctac
atacataacacatacacataacacatacataacatacacatgtacctatc
tctacatacatacataacacacattcctgaaaataattataagtgcatag
ctggctatagttagaatgtgggttgggtgattttataaagaataaggtga
attcagagtcatatcttatagaattacctagtggtccatggaactaaata
ccagaatattgacctttgtgcttgcagaccattattacttggctggtttg
gcatggaactaacagagcacagcagctagtaaaataaagtgctcaggacc
ccagccacctgacaaaagttaagctaaatcaaatatcatgctaggaaaca
ttaaatcgtctccattaacttagcactgagtaattaagaatatgaatatt
tttaatataaaaagccccaggatccattttataaaagttgtttaaataca
acactcaacataaaagaagatgatcctgaagcagacatgcagagcatact
aataaaccataaaatataaccataaacataatgatttagggacataaact
tatcttttagtattataaaaatagcatagtctgccatgttgtcctctagt
tattttcacccatttaaaaataacccagcattatattgagctgcagctcc
cttaagaaaagattgccctataagtaaaattatagtcactttatttcaga
gagaataaaattcatgatattcaaacaatggtaacaatctcttgcagaat
gaatattaaaaggaattgaaattgcataatttctcgaattattattttat
aaattctttgatttaaatgcattatgtgggtggagaatttgagaactaac
tct

gaattccgtctacaacagcacataaaatgaggtgataaagccattggccc
tgtaaatccagccactccagaagcaaaagctggtgagtcaggacttcagg
ttcaccttcagcatcagacacatccgggtttccatgtcccaaaaaaaagt
aaacgtgaccctatgattaaaaatataagatctatgatttcaacagggac
aaagacatagttccttggtgtcatctatagcaacttaggggttttcttaa
tcttgatactttggtcttgctgttgaaaagaatccagaatggtatagtat
gaaacagagctggagattaaaattttttcagcataagtttttcagaccaa
gagaaattagtcttgggaggacagtaagactcctaaaagcatgagtgtgg
gcttctcaaaacaggaacacagtcaagtatgtaaacattagccacacata
tcttttaggtagcttcaaatttacatctcaaagggctgcttagactctgg
gagtttcatagataacataggtgagattcaagtcagataatagcaaatca
gtttctactagggattcactgaaatatgacctcctggcactgatacttaa
aatgagtctcttaagcagaagccatacattattcttaccatatctgaaaa
catgacaggtcagttggccaaatgtctgaaaaatctatgattataaggaa
aatgcttgtatcacgaatgttgtacatttgagtttgcaaagcattattgc
agtaagtatggaacgtgactacagcaagctgttttactgactgacagaat
tatggatacactggaaaattctacatcttgctcaaaaataaattatttag
taatccagaactgaaaaccctggtatggatgaaaaaaagtagtctttttt
ttttttcttttttaatctcttgggtcagcacaggctataaaacttcattg
atacttgaagaaaaatatagatcagttgtgtaaatttctggatattgtgg
ttagaacatgggggacatattagaaccaggaagcacttatttcatatatg
tacttaataaaacttatattttgttatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_148978033_148979212
seq2: B6Ng01-213L06.b_43_1245 (reverse)

seq1  AGAGTTAG-TCTTCAATTCT---CACACATAATGCATTTAACCCAAGGA-  45
      |||||||| |||  ||||||   | ||||||||||||||||  ||| || 
seq2  AGAGTTAGTTCTCAAATTCTCCACCCACATAATGCATTTAAATCAAAGAA  50

seq1  -TTATAAA--TATAATTTCAGAAATTAATGCATTTTCA---TCTTTTTAT  89
       |||||||   ||||||  ||||||| ||||| |||||    ||||| ||
seq2  TTTATAAAATAATAATTCGAGAAATT-ATGCAATTTCAATTCCTTTTAAT  99

seq1  ATTCATTCTGCAAGAGATTTGTTA-CATTGTTTG-ATATCATG-ATTTTA  136
      ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||
seq2  ATTCATTCTGCAAGAGA-TTGTTACCATTGTTTGAATATCATGAATTTTA  148

seq1  TTCTCTCTG-AATTAAGTGACTATA--TTTTCCTATAGG--CATC-TTTC  180
      ||||||||| ||| |||||||||||  ||| | ||||||   ||| ||||
seq2  TTCTCTCTGAAATAAAGTGACTATAATTTTACTTATAGGGCAATCTTTTC  198

seq1  TTAA-GGAGCTGCAGCTCAATATAATGCTGGGTTATTTTTAAAT-GGTGA  228
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTAAGGGAGCTGCAGCTCAATATAATGCTGGGTTATTTTTAAATGGGTGA  248

seq1  AAATAACTAGA-GACAACATGGCAGACTATGCTATTTTTATAATACTAAA  277
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTAGAGGACAACATGGCAGACTATGCTATTTTTATAATACTAAA  298

seq1  AGATAAGTTTATGTCCCT-AATCATTATG-TTATGGTTATATTTTATGGT  325
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGTTTATGTCCCTAAATCATTATGTTTATGGTTATATTTTATGGT  348

seq1  TTATTAGTATGCTCTGCATGTCTGCTTCAGGATCATCTTCTTTTATGTTG  375
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGTATGCTCTGCATGTCTGCTTCAGGATCATCTTCTTTTATGTTG  398

seq1  AGTGTTGTATTTAAACAACTTTTATAAAATGGATCCTGGGGCTTTTTATA  425
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGTATTTAAACAACTTTTATAAAATGGATCCTGGGGCTTTTTATA  448

seq1  TTAAAAATATTCATATTCTTAATTACTCAGTGCTAAGTTAATGGAGACGA  475
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATATTCATATTCTTAATTACTCAGTGCTAAGTTAATGGAGACGA  498

seq1  TTTAATGTTTCCTAGCATGATATTTGATTTAGCTTAACTTTTGTCAGGTG  525
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGTTTCCTAGCATGATATTTGATTTAGCTTAACTTTTGTCAGGTG  548

seq1  GCTGGGGTCCTGAGCACTTTATTTTACTAGCTGCTGTGCTCTGTTAGTTC  575
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTCCTGAGCACTTTATTTTACTAGCTGCTGTGCTCTGTTAGTTC  598

seq1  CATGCCAAACCAGCCAAGTAATAATGGTCTGCAAGCACAAAGGTCAATAT  625
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAAACCAGCCAAGTAATAATGGTCTGCAAGCACAAAGGTCAATAT  648

seq1  TCTGGTATTTAGTTCCATGGACCACTAGGTAATTCTATAAGATATGACTC  675
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTATTTAGTTCCATGGACCACTAGGTAATTCTATAAGATATGACTC  698

seq1  TGAATTCACCTTATTCTTTATAAAATCACCCAACCCACATTCTAACTATA  725
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCACCTTATTCTTTATAAAATCACCCAACCCACATTCTAACTATA  748

seq1  GCCAGCTATGCACTTATAATTATTTTCAGGAATGTGTGTTATGTATGTAT  775
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTATGCACTTATAATTATTTTCAGGAATGTGTGTTATGTATGTAT  798

seq1  GTAGAGATAGGTACATGTGTATGTTATGTATGTGTTATGTGTATGTGTTA  825
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATAGGTACATGTGTATGTTATGTATGTGTTATGTGTATGTGTTA  848

seq1  TGTATGTAGAGATAGGTACATGTGTATGTTAGTAATACATCCTCCTACAT  875
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTAGAGATAGGTACATGTGTATGTTAGTAATACATCCTCCTACAT  898

seq1  ATGCACATATACATTTAATTTGTGTTTATTTTCTCACAAAATCTTAAAAG  925
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACATATACATTTAATTTGTGTTTATTTTCTCACAAAATCTTAAAAG  948

seq1  CCTATCCACTCTTGAAAATGCTGACACTAATAGTAATGGTTTCTACTAGA  975
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCACTCTTGAAAATGCTGACACTAATAGTAATGGTTTCTACTAGA  998

seq1  TCTCTGTAATTCTACCAATACCTTCTTAAAATATACATGGGAAATCATAA  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTAATTCTACCAATACCTTCTTAAAATATACATGGGAAATCATAA  1048

seq1  AACTAGTGTAGTAAATGTGTTCCATGTGAGCTCTTGGTATATCTGCTTCA  1075
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTGTAGTAAATGTGTTCCATGTGAGCTCTTGGTATATCTGCTTCA  1098

seq1  ACATTCATTAATATTATGCTTATGAGAGATCAGAACCATGATGTGATGGT  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATTAATATTATGCTTATGAGAGATCAGAACCATGATGTGATGGT  1148

seq1  ACATTGAGTTTATAAATTGCTTTTGGTAGGATGGTCATTTTCCTATTATG  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAGTTTATAAATTGCTTTTGGTAGGATGGTCATTTTCCTATTATG  1198

seq1  AATTC  1180
      |||||
seq2  AATTC  1203


seq1: chr1_148866473_148867561
seq2: B6Ng01-213L06.g_67_1145

seq1  GAATTCCGTCTACAACAGCACATAAAATGAGGTGATAAAGCCATTGGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGTCTACAACAGCACATAAAATGAGGTGATAAAGCCATTGGCCC  50

seq1  TGTAAATCCAGCCACTCCAGAAGCAAAAGCTGGTGAGTCAGGACTTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCCAGCCACTCCAGAAGCAAAAGCTGGTGAGTCAGGACTTCAGG  100

seq1  TTCACCTTCAGCATCAGACACATCCGGGTTTCCATGTCCCAAAAAAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTTCAGCATCAGACACATCCGGGTTTCCATGTCCCAAAAAAAAGT  150

seq1  AAACGTGACCCTATGATTAAAAATATAAGATCTATGATTTCAACAGGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTGACCCTATGATTAAAAATATAAGATCTATGATTTCAACAGGGAC  200

seq1  AAAGACATAGTTCCTTGGTGTCATCTATAGCAACTTAGGGGTTTTCTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACATAGTTCCTTGGTGTCATCTATAGCAACTTAGGGGTTTTCTTAA  250

seq1  TCTTGATACTTTGGTCTTGCTGTTGAAAAGAATCCAGAATGGTATAGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATACTTTGGTCTTGCTGTTGAAAAGAATCCAGAATGGTATAGTAT  300

seq1  GAAACAGAGCTGGAGATTAAAATTTTTTCAGCATAAGTTTTTCAGACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGAGCTGGAGATTAAAATTTTTTCAGCATAAGTTTTTCAGACCAA  350

seq1  GAGAAATTAGTCTTGGGAGGACAGTAAGACTCCTAAAAGCATGAGTGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATTAGTCTTGGGAGGACAGTAAGACTCCTAAAAGCATGAGTGTGG  400

seq1  GCTTCTCAAAACAGGAACACAGTCAAGTATGTAAACATTAGCCACACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCAAAACAGGAACACAGTCAAGTATGTAAACATTAGCCACACATA  450

seq1  TCTTTTAGGTAGCTTCAAATTTACATCTCAAAGGGCTGCTTAGACTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAGGTAGCTTCAAATTTACATCTCAAAGGGCTGCTTAGACTCTGG  500

seq1  GAGTTTCATAGATAACATAGGTGAGATTCAAGTCAGATAATAGCAAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCATAGATAACATAGGTGAGATTCAAGTCAGATAATAGCAAATCA  550

seq1  GTTTCTACTAGGGATTCACTGAAATATGACCTCCTGGCACTGATACTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACTAGGGATTCACTGAAATATGACCTCCTGGCACTGATACTTAA  600

seq1  AATGAGTCTCTTAAGCAGAAGCCATACATTATTCTTACCATATCTGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTCTCTTAAGCAGAAGCCATACATTATTCTTACCATATCTGAAAA  650

seq1  CATGACAGGTCAGTTGGCCAAATGTCTGAAAAATCTATGATTATAAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACAGGTCAGTTGGCCAAATGTCTGAAAAATCTATGATTATAAGGAA  700

seq1  AATGCTTGTATCACGAATGTTGTACATTTGAGTTTGCAAAGCATTATTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTGTATCACGAATGTTGTACATTTGAGTTTGCAAAGCATTATTGC  750

seq1  AGTAAGTATGGAACGTGACTACAGCAAGCTGTTTTACTGACTGACAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTATGGAACGTGACTACAGCAAGCTGTTTTACTGACTGACAGAAT  800

seq1  TATGGATACACTGGAAAATTCTACATCTTGCTCAAAAATAAATTATTTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGATACACTGGAAAATTCTACATCTTGCTCAAAAATAAATTATTTAG  850

seq1  TAATCCAGAACTGAAAACCCTGGTATGGATGAAAAAAAGTAGTCTTTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
seq2  TAATCCAGAACTGAAAACCCTGGTATGGATGAAAAAAAGTAGTC------  894

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCTC-TGGGTCAGCACAGGCTATAAAAAC  949
      |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTTTTTTTTTTCTTTTTTAATCTCTTGGGTCAGCACAGGCTAT-AAAAC  943

seq1  TTCATTGATACCTG-AGAAAAATATAGATCAGTGTGT-TAAAATTCT-GA  996
      ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||
seq2  TTCATTGATACTTGAAGAAAAATATAGATCAGT-TGTGTAAATTTCTGGA  992

seq1  TATTGT-GTTAGAACAT-GGGGACATAATTAAGAAACAAGGAAGCACTTA  1044
      |||||| |||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||||||||||
seq2  TATTGTGGTTAGAACATGGGGGACAT-ATTA--GAACCAGGAAGCACTTA  1039

seq1  TTTTCATATTAATGTACTCTAATAAATACTATATTTTGTTTATAC  1089
       ||||||||  ||||||| |||||||   ||||||||| ||||||
seq2  -TTTCATAT--ATGTACT-TAATAAAACTTATATTTTG-TTATAC  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |