BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214F16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 99,908,119 - 100,055,862
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC670708, LOC623430, Slco6c1, EG634331, EG634346, D1Ertd622e, Hisppd1, Zh2c2, Pam, LOC100041823
Downstream geneLOC666153, LOC100040887, Slco6d1, LOC100041868, EG666182
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214F16.bB6Ng01-214F16.g
ACCGA031624GA031625
length1,1421,056
definitionB6Ng01-214F16.b B6Ng01-214F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,908,119 - 99,909,245)(100,054,801 - 100,055,862)
sequence
gaattcttgaatgcaagctctgagaagcagagctggtgaatagaaagtga
atgcactttgacgtgccgtggcattccaccctctaaccgccaagtttttg
tacacacctctacatgcatgctttatcataaaggaaagtaatgaaatctc
ccttaaagatctttagaaacttaaatgccggagtactcgcacgattcagg
gaaggaaagttaacatttccagggtctctcacgagctgtgataacgtatt
tattacgtttagttgatccatcactgccaatgttccaaattaaaggatat
ttgaaagtgaagagccagaacatcttccatcttaatcaagagtcttaatc
aagaatttaggagcttcatggtatgcatgccactagtggactagcatgcg
aagcagatgctcagctcttgccctctcccattgctccttctggtttccgt
ttactgatcacaaacagaagcccttatagagcagatattccctggcagta
tagaacattaagagctggatccacagggtacttactgtgaggacaagcaa
tgattgccgctcaactgaacccttggaagttcaaatgtttctctgacaca
aaggaaactgaaaaataaaatccttaaccaccagtactcttccatttccc
ccattacattcagttgctttaagacagaatgatataaagtgaccctcaaa
tatggctctctgtacacaacagacatatatattgtatatgcattaactct
tttggagtaatggagctccaaagaacattgccatcattctttaagactga
tcttattaaaaacgagagaagcaattatatgtagttacgaaaagtctttt
gattgagattctgtgaaaatgctcagagtggcaaatgatgactgccctat
atgcataattaatgctatctgcctatattaaaaaaacctaataaatgtaa
attataagaaacagtggtaaaatgcattgtttctggggcatggtggttca
ggggcagaaatgttcttgtattctttgaagtccttcctttctacactgga
gctctacactgcttcagaagaaaagagtttaaaaaaaaatagaggtcaaa
tgggaagaatgggcctggaagatatgccgaaggtgggaaatg

gaattccacctggagttcacagcaataatattttgccatggcatcagtgg
aaataaggaagtaataaagcagagaagcagaagaaagagtgctttaaagg
cagaatctgtagacctgtcaatcactggctgtgagaaccagagaggaagt
aggaaagatacagcaccctaacagatgtcaggagtattagtgacaccatt
aacaaaaccaggtgtcaccaaacagggacagtgttcgcatttatgtgtgc
tttgagtgtgttactcaaagagcaggaagcataggttggaattactacat
ggagcagttgaaaattttttgcctggtatgagtgttaagtatatattttg
tagcatatttataatttttaaaatgttatttatggtttctggtcactaat
tctaaattagactcatacatgatgaaagcttacaaaacaaccaagtctgt
caacatttccctaactggatcttttttttttttttttgatatgtcctttt
tatacatttcgaatgctatcccgaaagttccctataccctcgccccaccc
tgttcccctactcactcactctcacttcttggccctggatttcccctgta
ctggggtatataaagtttgtaataccaaggggcctctctttccagtgatg
gccgactaggtcatctgctatatatgcagctagagacacgagctctgggg
ctactggttagttcatagtgctccacctatagggctgcagaccccttcag
ctcctcgggtgttttctctatagcttctccattggggggccctgtgtttc
atcttatagatgactgtgagcatcccacttctgtatttgccaggcactgg
gcatcttgcaatcttcacatcaatgcctgctgggttttgtttgctgtgtt
gctgaagatggatgctggtcttggattttgttgtggtcattttatatgaa
taatcaaagaatttaaagaacaagttctgcatttctacaagtttattcat
tttttttttcatttctagaactggatcatagccttgcttttctctaggac
attgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_99908119_99909245
seq2: B6Ng01-214F16.b_52_1193

seq1  GAATTCTTGAATGCAAGCTCTGAGAAGCAGAGCTGGTGAATAGAAAGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAATGCAAGCTCTGAGAAGCAGAGCTGGTGAATAGAAAGTGA  50

seq1  ATGCACTTTGACGTGCCGTGGCATTCCACCCTCTAACCGCCAAGTTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTTTGACGTGCCGTGGCATTCCACCCTCTAACCGCCAAGTTTTTG  100

seq1  TACACACCTCTACATGCATGCTTTATCATAAAGGAAAGTAATGAAATCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACCTCTACATGCATGCTTTATCATAAAGGAAAGTAATGAAATCTC  150

seq1  CCTTAAAGATCTTTAGAAACTTAAATGCCGGAGTACTCGCACGATTCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAGATCTTTAGAAACTTAAATGCCGGAGTACTCGCACGATTCAGG  200

seq1  GAAGGAAAGTTAACATTTCCAGGGTCTCTCACGAGCTGTGATAACGTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAGTTAACATTTCCAGGGTCTCTCACGAGCTGTGATAACGTATT  250

seq1  TATTACGTTTAGTTGATCCATCACTGCCAATGTTCCAAATTAAAGGATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACGTTTAGTTGATCCATCACTGCCAATGTTCCAAATTAAAGGATAT  300

seq1  TTGAAAGTGAAGAGCCAGAACATCTTCCATCTTAATCAAGAGTCTTAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGTGAAGAGCCAGAACATCTTCCATCTTAATCAAGAGTCTTAATC  350

seq1  AAGAATTTAGGAGCTTCATGGTATGCATGCCACTAGTGGACTAGCATGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTAGGAGCTTCATGGTATGCATGCCACTAGTGGACTAGCATGCG  400

seq1  AAGCAGATGCTCAGCTCTTGCCCTCTCCCATTGCTCCTTCTGGTTTCCGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGATGCTCAGCTCTTGCCCTCTCCCATTGCTCCTTCTGGTTTCCGT  450

seq1  TTACTGATCACAAACAGAAGCCCTTATAGAGCAGATATTCCCTGGCAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGATCACAAACAGAAGCCCTTATAGAGCAGATATTCCCTGGCAGTA  500

seq1  TAGAACATTAAGAGCTGGATCCACAGGGTACTTACTGTGAGGACAAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACATTAAGAGCTGGATCCACAGGGTACTTACTGTGAGGACAAGCAA  550

seq1  TGATTGCCGCTCAACTGAACCCTTGGAAGTTCAAATGTTTCTCTGACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGCCGCTCAACTGAACCCTTGGAAGTTCAAATGTTTCTCTGACACA  600

seq1  AAGGAAACTGAAAAATAAAATCCTTAACCACCAGTACTCTTCCATTTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACTGAAAAATAAAATCCTTAACCACCAGTACTCTTCCATTTCCC  650

seq1  CCATTACATTCAGTTGCTTTAAGACAGAATGATATAAAGTGACCCTCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTACATTCAGTTGCTTTAAGACAGAATGATATAAAGTGACCCTCAAA  700

seq1  TATGGCTCTCTGTACACAACAGACATATATATTGTATATGCATTAACTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTCTCTGTACACAACAGACATATATATTGTATATGCATTAACTCT  750

seq1  TTTGGAGTAATGGAGCTCCAAAGAACATTGCCATCATTCTTTAAGACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGTAATGGAGCTCCAAAGAACATTGCCATCATTCTTTAAGACTGA  800

seq1  TCTTATTAAAAACGAGAGAAGCAATTATATGTAGTTACGAAAAGTC-TTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCTTATTAAAAACGAGAGAAGCAATTATATGTAGTTACGAAAAGTCTTTT  850

seq1  GATTGAGATTCTGTGAAAATGCTCAGAGTGGC-AATGATGACTG-CCTAT  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  GATTGAGATTCTGTGAAAATGCTCAGAGTGGCAAATGATGACTGCCCTAT  900

seq1  ATGCAT-ATTAATGCTATCTGCCTATATTAAAAAAACCTAATAAATGTAA  946
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAATTAATGCTATCTGCCTATATTAAAAAAACCTAATAAATGTAA  950

seq1  ATTATAAGAAACAGTGGTAAAATGCATTG-TTCT-GGGCAT-GTGGTTCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||
seq2  ATTATAAGAAACAGTGGTAAAATGCATTGTTTCTGGGGCATGGTGGTTCA  1000

seq1  GGGGCAG-AATG-TCTTGTATTC-TTGAAGTCC-TACGTTCTACACT-GA  1038
      ||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||||| ||
seq2  GGGGCAGAAATGTTCTTGTATTCTTTGAAGTCCTTCCTTTCTACACTGGA  1050

seq1  GTTCTACACTGCTACAG-AGAAAGAAGTTAAAAAAAAAATAGAGGTCAGA  1087
      | ||||||||||| ||| |||||  |||| |||||||||||||||||| |
seq2  GCTCTACACTGCTTCAGAAGAAAAGAGTTTAAAAAAAAATAGAGGTCAAA  1100

seq1  ATGGAAGAATGGGCCTGGGAAGAT-GGCCGA--GTGGGAAATG  1127
        |||||||||||||| |||||||  |||||  ||||||||||
seq2  TGGGAAGAATGGGCCT-GGAAGATATGCCGAAGGTGGGAAATG  1142


seq1: chr1_100054801_100055862
seq2: B6Ng01-214F16.g_66_1121 (reverse)

seq1  TCCAATGTCCTTAGAGAAAAGCCAAGCTATGATTCAGTTTCCTAGAAATG  50
      |||||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||
seq2  TCCAATGTCC-TAGAGAAAAGCAAGGCTATGATCCAGTT--CTAGAAATG  47

seq1  AAAAAAAAATGAAATAAACTTTGTAGAAATTGCAGAACTTGTTCTTTAAA  100
      |||||||||   ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAATGAATAAAC-TTGTAGAAA-TGCAGAACTTGTTCTTTAAA  95

seq1  ATCTTTGATTTATTCATATAAAATGACCACAACAAAATACAAAGACCAGC  150
       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
seq2  TTCTTTGA-TTATTCATATAAAATGACCACAACAAAAT-CCAAGACCAGC  143

seq1  ATCCATCTACAGCAACAACAGCAAACAAAACCCAGCAGGCATTGATGTGA  200
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCTTCAGCAAC-ACAGCAAACAAAACCCAGCAGGCATTGATGTGA  192

seq1  AGATTGCAAGATG-CCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGT-GGATGCTCACA  248
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGATTGCAAGATGCCCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGTGGGATGCTCACA  242

seq1  GTCATCTATAAGATGAAACACAGGGCCCCCCAATGGAGAAGCTATAGAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTATAAGATGAAACACAGGGCCCCCCAATGGAGAAGCTATAGAGA  292

seq1  AAACACCCGAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAGCCCTATAGGTGGAGCACTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCCGAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAGCCCTATAGGTGGAGCACTAT  342

seq1  GAACTAACCAGTAGCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATATAGCAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAACCAGTAGCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATATAGCAG  392

seq1  ATGACCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCCTTGGTATTACAAAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCCTTGGTATTACAAAC  442

seq1  TTTATATACCCCAGTACAGGGGAAATCCAGGGCCAAGAAGTGAGAGTGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATACCCCAGTACAGGGGAAATCCAGGGCCAAGAAGTGAGAGTGAG  492

seq1  TGAGTAGGGGAACAGGGTGGGGCGAGGGTATAGGGAACTTTCGGGATAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAGGGGAACAGGGTGGGGCGAGGGTATAGGGAACTTTCGGGATAGC  542

seq1  ATTCGAAATGTATAAAAAGGACATATCAAAAAAAAAAAAAAAAGATCCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGAAATGTATAAAAAGGACATATCAAAAAAAAAAAAAAAAGATCCAG  592

seq1  TTAGGGAAATGTTGACAGACTTGGTTGTTTTGTAAGCTTTCATCATGTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGAAATGTTGACAGACTTGGTTGTTTTGTAAGCTTTCATCATGTAT  642

seq1  GAGTCTAATTTAGAATTAGTGACCAGAAACCATAAATAACATTTTAAAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTAATTTAGAATTAGTGACCAGAAACCATAAATAACATTTTAAAAA  692

seq1  TTATAAATATGCTACAAAATATATACTTAACACTCATACCAGGCAAAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATATGCTACAAAATATATACTTAACACTCATACCAGGCAAAAAA  742

seq1  TTTTCAACTGCTCCATGTAGTAATTCCAACCTATGCTTCCTGCTCTTTGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAACTGCTCCATGTAGTAATTCCAACCTATGCTTCCTGCTCTTTGA  792

seq1  GTAACACACTCAAAGCACACATAAATGCGAACACTGTCCCTGTTTGGTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACACACTCAAAGCACACATAAATGCGAACACTGTCCCTGTTTGGTGA  842

seq1  CACCTGGTTTTGTTAATGGTGTCACTAATACTCCTGACATCTGTTAGGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGTTTTGTTAATGGTGTCACTAATACTCCTGACATCTGTTAGGGT  892

seq1  GCTGTATCTTTCCTACTTCCTCTCTGGTTCTCACAGCCAGTGATTGACAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATCTTTCCTACTTCCTCTCTGGTTCTCACAGCCAGTGATTGACAG  942

seq1  GTCTACAGATTCTGCCTTTAAAGCACTCTTTCTTCTGCTTCTCTGCTTTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAGATTCTGCCTTTAAAGCACTCTTTCTTCTGCTTCTCTGCTTTA  992

seq1  TTACTTCCTTATTTCCACTGATGCCATGGCAAAATATTATTGCTGTGAAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCCTTATTTCCACTGATGCCATGGCAAAATATTATTGCTGTGAAC  1042

seq1  TCCAGGTGGAATTC  1062
      ||||||||||||||
seq2  TCCAGGTGGAATTC  1056


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |