BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215B06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 84,863,488 - 84,958,249
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxo36, Slc16a14
Upstream gene5033414K04Rik, LOC100039638, Dner, Trip12
Downstream geneLOC100039695, EG665317, LOC100039723, A530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378, C130026I21Rik, LOC100040135, LOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215B06.bB6Ng01-215B06.g
ACCGA032152GA032153
length1,1831,040
definitionB6Ng01-215B06.b B6Ng01-215B06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,957,136 - 84,958,249)(84,863,488 - 84,864,522)
sequence
gaattcttatagctacaaattccctgactaaatcagttccagtcactctt
ctgcaaaaaaaacccactgaacatctggccacagatgtctgtctgtccag
actataataaagaactgaaaggggggctggtgagatggctcagtgggtaa
gagcactgactgctcttctgaaggtcctgagttcaaaccccagcaagcac
atggtggctcacaaccacctgtaatgagatctggtgccctcttctgaaga
cagctacagtgtacttacatatagtaataaataaatctttgggctgaacc
ggagcaagtggggccaactggagtgagcagaggacctaaattcaattccc
aacaaccacatgaaggtccacaaccatatgaacagctacagtgtactcat
atacataaaataaataaataaatcttttttaaaaaagaagaagaactgaa
agactgagtgtgtagttcagttagtagagctgagtctgccgggtaggcac
aaaatcctgggctccatccctgtgctatataaaacccatttgacatgtaa
ttgtaaccccagcacctaggagataagaggcaggaagttcttatgttcaa
ggttgtcctcagctatacagtaagttggaagccaacctgggttacataaa
attctgcctcaaaaaaaaaaaaaaaagaaaagaaaaagaaaagaaaacaa
gtaaatacagctgcaaatggcccctatgtcagcagcatacagcagagatg
cctgagcccctgtgtttattgcaccatgacttgaagcagctaagttaaga
cattggatggagaggagtatggattccctctaaggagcatcctagggatg
tgactcagagcacctgtcctgggacagagcaaccagcaccctcaacctta
ggtgcccatcacctaaggaatggataaagagagagatgcatagatgacac
aggtccttccttcacagacagcagccactgccttctcttctcatagggcc
ctggacattgagctgagaggagtccccaaattctctgaactctgaagcag
aacagctagtcccccacctcagccatgcatgacagtgcacaccctgttaa
ctcaagcatgcatgacagcacactgccaaccctcaggcatgtatggaaca
tgcacaccctgactcaagccaatgcatgacagc

gaattctcttagcagtagctaagaacataaggccagcaagcctttgtggc
tgaatatggttatgtgcacctgtaatcccagctcttgggaaggctgaggc
aggaggatcaccagcctgggcaacagagtgggttagggaggaatttgaga
ccacaggtatttgttctttccaactggctgaatgaaggactgagaggaac
aaagtgtcttgcagatttctacccctggggactgggatcatgctgtcact
gaaacaaagaaatagaatggctggaactatagcttagttggtggtgtgct
caaagccctgggttcaatgcctagcactgtaatggtggcacatactacac
gcttgcaatcccagcaagggggaggcagatgcaggaggttcatgagccca
aggccagcctctgttgcagagtaaattcaagaccaacctgagactcaaga
gaccatgcctaaccctttgttccccaccctctaaaaagaaagaacactgt
gtattctttcttcttctactgaggaagaaaacctcatagagacaagaaat
tttatttatcatttgtttgtttgagacagagtttctctttatgacccgac
tgtcctcgaacttgctctgtagacaaggttggcctctaactcagatctgc
ctgcctctgccttcagagtgctgggattaaaggcctgcggcaccacccct
cagtttatttattttcttatttgagacaagacatttgttataaagctcta
gttggcttcttctccaatacgtagagatctgcctgtggggcatccccagt
actggaattaaagatgtgtgatgtgcggggcaggacagggagttttaatc
ttttttttttttttttcgagacaaggtttctctgtatatccctggctgtc
ctggaactcacttgtagaccaaggctgggcctcgaactcaagaaattcgc
ttgcctctgcctcccgagtgctgggaatcaaagcgtgttgccaccacacc
gggctagttttaatcttttatgctgccttgtacccttgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_84957136_84958249
seq2: B6Ng01-215B06.b_44_1226 (reverse)

seq1  --------------------------------------------------  0
                                                        
seq2  GCTGTCATGCATTGGCTTGAGTCAGGGTGTGCATGTTCCATACATGCCTG  50

seq1  --------------GCTGTCATGCATGGCTTGAGTT-ACA-GGTGTGCAC  34
                    |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||
seq2  AGGGTTGGCAGTGTGCTGTCATGCAT-GCTTGAGTTAACAGGGTGTGCAC  99

seq1  TGTCATGCATGGCTGAGGT-GGGGACTAGCTG-TCTGC-TCAGAGGTCAG  81
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||
seq2  TGTCATGCATGGCTGAGGTGGGGGACTAGCTGTTCTGCTTCAGAGTTCAG  149

seq1  AGAA-TTGGGGACTCCTCTCAGCTCAATGTCCAGGG-CCTATGAGAAGAA  129
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  AGAATTTGGGGACTCCTCTCAGCTCAATGTCCAGGGCCCTATGAGAAG-A  198

seq1  GAAGGCAGTGGCTGCTGTCTGTGAAGGAAGGACCTGTGTCATCTATGCAT  179
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAGTGGCTGCTGTCTGTGAAGGAAGGACCTGTGTCATCTATGCAT  248

seq1  CTCTCTCTTTATCCATTCCTTAGGTGATGGGCACCTAAGGTTGAGGGTGC  229
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTTTATCCATTCCTTAGGTGATGGGCACCTAAGGTTGAGGGTGC  298

seq1  TGGTTGCTCTGTCCCAGGACAGGTGCTCTGAGTCACATCCCTAGGATGCT  279
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCTCTGTCCCAGGACAGGTGCTCTGAGTCACATCCCTAGGATGCT  348

seq1  CCTTAGAGGGAATCCATACTCCTCTCCATCCAATGTCTTAACTTAGCTGC  329
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAGGGAATCCATACTCCTCTCCATCCAATGTCTTAACTTAGCTGC  398

seq1  TTCAAGTCATGGTGCAATAAACACAGGGGCTCAGGCATCTCTGCTGTATG  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCATGGTGCAATAAACACAGGGGCTCAGGCATCTCTGCTGTATG  448

seq1  CTGCTGACATAGGGGCCATTTGCAGCTGTATTTACTTGTTTTCTTTTCTT  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGACATAGGGGCCATTTGCAGCTGTATTTACTTGTTTTCTTTTCTT  498

seq1  TTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAGAATTTTATGTAACCCAGG  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAGAATTTTATGTAACCCAGG  548

seq1  TTGGCTTCCAACTTACTGTATAGCTGAGGACAACCTTGAACATAAGAACT  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTCCAACTTACTGTATAGCTGAGGACAACCTTGAACATAAGAACT  598

seq1  TCCTGCCTCTTATCTCCTAGGTGCTGGGGTTACAATTACATGTCAAATGG  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCTCTTATCTCCTAGGTGCTGGGGTTACAATTACATGTCAAATGG  648

seq1  GTTTTATATAGCACAGGGATGGAGCCCAGGATTTTGTGCCTACCCGGCAG  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATATAGCACAGGGATGGAGCCCAGGATTTTGTGCCTACCCGGCAG  698

seq1  ACTCAGCTCTACTAACTGAACTACACACTCAGTCTTTCAGTTCTTCTTCT  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTCTACTAACTGAACTACACACTCAGTCTTTCAGTTCTTCTTCT  748

seq1  TTTTTAAAAAAGATTTATTTATTTATTTTATGTATATGAGTACACTGTAG  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAAAAGATTTATTTATTTATTTTATGTATATGAGTACACTGTAG  798

seq1  CTGTTCATATGGTTGTGGACCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTGAATTTAG  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCATATGGTTGTGGACCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTGAATTTAG  848

seq1  GTCCTCTGCTCACTCCAGTTGGCCCCACTTGCTCCGGTTCAGCCCAAAGA  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTGCTCACTCCAGTTGGCCCCACTTGCTCCGGTTCAGCCCAAAGA  898

seq1  TTTATTTATTACTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGAAGAGGGC  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTACTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGAAGAGGGC  948

seq1  ACCAGATCTCATTACAGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGCTTGCTGGGGTT  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATCTCATTACAGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGCTTGCTGGGGTT  998

seq1  TGAACTCAGGACCTTCAGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTACCCACTGAGCCA  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCAGGACCTTCAGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTACCCACTGAGCCA  1048

seq1  TCTCACCAGCCCCCCTTTCAGTTCTTTATTATAGTCTGGACAGACAGACA  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCAGCCCCCCTTTCAGTTCTTTATTATAGTCTGGACAGACAGACA  1098

seq1  TCTGTGGCCAGATGTTCAGTGGGTTTTTTTTGCAGAAGAGTGACTGGTTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TCTGTGGCCAGATGTTCAGTGGGTTTTTTTTGCAGAAGAGTGACTGGAAC  1148

seq1  TGATTTAGTCAGGGAATTTGTAGCTATAAGAATTC  1114
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTAGTCAGGGAATTTGTAGCTATAAGAATTC  1183


seq1: chr1_84863488_84864522
seq2: B6Ng01-215B06.g_66_1105

seq1  GAATTCTCTTAGCAGTAGCTAAGAACATAAGGCCAGCAAGCCTTTGTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAGCAGTAGCTAAGAACATAAGGCCAGCAAGCCTTTGTGGC  50

seq1  TGAATATGGTTATGTGCACCTGTAATCCCAGCTCTTGGGAAGGCTGAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATGGTTATGTGCACCTGTAATCCCAGCTCTTGGGAAGGCTGAGGC  100

seq1  AGGAGGATCACCAGCCTGGGCAACAGAGTGGGTTAGGGAGGAATTTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGATCACCAGCCTGGGCAACAGAGTGGGTTAGGGAGGAATTTGAGA  150

seq1  CCACAGGTATTTGTTCTTTCCAACTGGCTGAATGAAGGACTGAGAGGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGTATTTGTTCTTTCCAACTGGCTGAATGAAGGACTGAGAGGAAC  200

seq1  AAAGTGTCTTGCAGATTTCTACCCCTGGGGACTGGGATCATGCTGTCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTCTTGCAGATTTCTACCCCTGGGGACTGGGATCATGCTGTCACT  250

seq1  GAAACAAAGAAATAGAATGGCTGGAACTATAGCTTAGTTGGTGGTGTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAAGAAATAGAATGGCTGGAACTATAGCTTAGTTGGTGGTGTGCT  300

seq1  CAAAGCCCTGGGTTCAATGCCTAGCACTGTAATGGTGGCACATACTACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCCTGGGTTCAATGCCTAGCACTGTAATGGTGGCACATACTACAC  350

seq1  GCTTGCAATCCCAGCAAGGGGGAGGCAGATGCAGGAGGTTCATGAGCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAATCCCAGCAAGGGGGAGGCAGATGCAGGAGGTTCATGAGCCCA  400

seq1  AGGCCAGCCTCTGTTGCAGAGTAAATTCAAGACCAACCTGAGACTCAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCCTCTGTTGCAGAGTAAATTCAAGACCAACCTGAGACTCAAGA  450

seq1  GACCATGCCTAACCCTTTGTTCCCCACCCTCTAAAAAGAAAGAACACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGCCTAACCCTTTGTTCCCCACCCTCTAAAAAGAAAGAACACTGT  500

seq1  GTATTCTTTCTTCTTCTACTGAGGAAGAAAACCTCATAGAGACAAGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTTTCTTCTTCTACTGAGGAAGAAAACCTCATAGAGACAAGAAAT  550

seq1  TTTATTTATCATTTGTTTGTTTGAGACAGAGTTTCTCTTTATGACCCGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATCATTTGTTTGTTTGAGACAGAGTTTCTCTTTATGACCCGAC  600

seq1  TGTCCTCGAACTTGCTCTGTAGACAAGGTTGGCCTCTAACTCAGATCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCGAACTTGCTCTGTAGACAAGGTTGGCCTCTAACTCAGATCTGC  650

seq1  CTGCCTCTGCCTTCAGAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGCGGCACCACCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTGCCTTCAGAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGCGGCACCACCCCT  700

seq1  CAGTTTATTTATTTTCTTATTTGAGACAAGACATTTGTTATAAAGCTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTATTTATTTTCTTATTTGAGACAAGACATTTGTTATAAAGCTCTA  750

seq1  GTTGGCTTCTTCTCCAATACGTAGAGATCTGCCTGTGGGGCATCCCCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTTCTTCTCCAATACGTAGAGATCTGCCTGTGGGGCATCCCCAGT  800

seq1  ACTGGAATTAAAGATGTGTGATGTGCGGGGCAGGACAGGGAGTTTTAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAATTAAAGATGTGTGATGTGCGGGGCAGGACAGGGAGTTTTAATC  850

seq1  -TTTTTTTTTTTTTTTCGAGACAAGGTTTCTCTGTATATCCCTGGCTGTC  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTCGAGACAAGGTTTCTCTGTATATCCCTGGCTGTC  900

seq1  CTGGAACTCACTTTGTAGACC-AGGCT-GGCCTCGAACTC-AGAAATTCG  946
      ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  CTGGAACTCAC-TTGTAGACCAAGGCTGGGCCTCGAACTCAAGAAATTCG  949

seq1  CCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGG-ATCAAAGGCGTG-TGCCACCACA  994
      | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||
seq2  CTTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGAATCAAA-GCGTGTTGCCACCACA  998

seq1  CCGGGCTAGTTTTAATCTTTTATGCTG-CTTGTATCCTTGAA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CCGGGCTAGTTTTAATCTTTTATGCTGCCTTGTACCCTTGAA  1040


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |