BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215J18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 69,558,942 - 69,685,028
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIkzf2
Upstream geneErbb4, LOC667842, EG241084
Downstream geneSpag16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215J18.bB6Ng01-215J18.g
ACCGA032521GA032522
length1,1601,047
definitionB6Ng01-215J18.b B6Ng01-215J18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,683,867 - 69,685,028)(69,558,942 - 69,559,984)
sequence
gaattcactgggcacgaacatagtccctgtttccaggtatgccctatcaa
tgtttcaagcaatacccagtactgtgagtcctgtccactgaaagaaaccc
ggccaccaaatgaagcaaaactctcagacacctcctcctcattctcttcc
tttcgttttcattctttataagtatttgggggaaggctctggtttgtaca
gttagaaaatgtggaaaaacaagattacaaagtcaggtggaagaatgaaa
ctttttcccccactcagtaaaatgatacttttggctccaggccaggaaca
caggagaattaaggatggtgcaggctggactagtctgttaaggaatgggt
ttaggatgccttgtctctgcccagtggtttcctgatgcagtctgactttt
aaccctttgttggttggaaatagtgctccactaagcctgtggttttaacc
acagccaacggagctgtttaaaacacttgctgcatagtctaagaagagag
ctcacgggttctgttctgattggaaccagtggctccctgagggtttctca
taacctccaggtatgatagttaactcttgtcttccttgccattttctctt
gtttgccaaaaccattatatggatacagcacacaattctacccggaagcc
atcccgctgatcatgctattaagtaattgtaatcactcaatatatttcaa
aaacattctattattagcaatattcagagtaatttgaacacctccttata
tcatcgatcatgatgtttatagctaagaccgaattttatgagaattttga
gctttgtgaatctctccaataactgtttgaagatataatgtcttcaacac
attcacggacacctaaacgttactcatttgtgatataggttaccttcata
tattgcattgctatctctcctaaattactcaaagtttacaaagcaaatgc
ctcttcaaagtccattacatagttttgtaatcaagaagattgttttctcc
tatgggatgggaagaatgagaaagatctaggtttcacgtactctttaatg
gagcctgctctgctgcagatggactttctagcacaaagtaaacctctggt
gtggattctagcacttcataagcaggccgtggtgttacatggcttatcca
gcacttggga
gaattctctgaaccatccttatggatacaagaggatatatactatgaaat
atatctgctgccttccaattttccagaatgttctgctctagacttggaat
aactcttttttttttaatggggacatcatagataactgcagacatctcac
ttcattgttctggaatgatgccattgctttaatgcaggcattggtctttt
atcctcattgagatgaaataaagcagttaacacacaccagcatatactgc
acatttccataccgggttcagtatcgctctttcaccaacagagtcaggct
ggcaccgcaaagcagccagtgtcagaaggtcaatcagattcctaatatgc
aaaggagcaaatgaaagcagtgagattctaaggtgcagtgctttctgagc
taagaaaacagaaaaaaatggcttgactcagagcaaggactctgtaagtg
atccttctgttgtgtcaagtgctaagttttcagtgcaaaagggtaaaata
atcaaaaccaaacaaacacctcgtgatagcagaatattcccttccaagga
gctccagttcttttggaatgactcccagattgtcaaggctgtgcaggttt
gggtacataaatttgtatgggataaaggtgtcataatccagaacacaatg
tttacaacaccagggtcctgtgcactattacacagttcaccttcattgtc
atttcaaaatacaggcgccaattggcttcccaggattctccagaacaaaa
ggaggccagtttcattttctgcttcacataggaagaacgaggacagactg
aggaccatgacacagttaaccttacacagcaagacaacccgcatggacca
gtgacatggtctgactgcccagccccacatgtcattccctgtctctgctc
aagaaagggcaggaagtgcagtggtcttgtatgaaaatatgagaacttag
gtaagactcacagctcggatgagaaaaccattccacgcattatgatctaa
gacagacaagatacagggaaggtaacttctattatgattactatttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_69683867_69685028
seq2: B6Ng01-215J18.b_46_1205 (reverse)

seq1  TCCCAAGTGCTGGAATTAAAGGCATGTACCACCACGGCCTGCTTTATGAA  50
      ||||||||||||||    ||| |||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TCCCAAGTGCTGGA---TAAGCCATGTAACACCACGGCCTGC-TTATGAA  46

seq1  GTGCTTAGAATCCCACA-CAGAGTTTAACTTTGTGCTAAGGAAGTCCATC  99
      |||| |||||| ||||| ||||| || |||||||||| || |||||||||
seq2  GTGC-TAGAAT-CCACACCAGAGGTTTACTTTGTGCT-AGAAAGTCCATC  93

seq1  TGCAGCCGGGCAGGCTCCATTAAAGAGTACGTGAAACCTAGATCTTTCTC  149
      |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGAGCAGGCTCCATTAAAGAGTACGTGAAACCTAGATCTTTCTC  143

seq1  ATTCTT-CCATCCCATAGGAGAAAAC-ATCTTCTTGA-TACAAAACTATG  196
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTCTTCCCATCCCATAGGAGAAAACAATCTTCTTGATTACAAAACTATG  193

seq1  TAATGGACTTTGAAGAGGCATTTGCTTTGTAAACTTTGAGTAA-TTAGGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAATGGACTTTGAAGAGGCATTTGCTTTGTAAACTTTGAGTAATTTAGGA  243

seq1  GAGATAGCAATGCAATATATGAAGGTAACCTATATCACAAATGAGTAACG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGCAATGCAATATATGAAGGTAACCTATATCACAAATGAGTAACG  293

seq1  TTTAGGTGTCCGTGAATGTGTTGAAGACATTATATCTTCAAACAGTTATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTGTCCGTGAATGTGTTGAAGACATTATATCTTCAAACAGTTATT  343

seq1  GGAGAGATTCACAAAGCTCAAAATTCTCATAAAATTCGGTCTTAGCTATA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATTCACAAAGCTCAAAATTCTCATAAAATTCGGTCTTAGCTATA  393

seq1  AACATCATGATCGATGATATAAGGAGGTGTTCAAATTACTCTGAATATTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCATGATCGATGATATAAGGAGGTGTTCAAATTACTCTGAATATTG  443

seq1  CTAATAATAGAATGTTTTTGAAATATATTGAGTGATTACAATTACTTAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAATAGAATGTTTTTGAAATATATTGAGTGATTACAATTACTTAAT  493

seq1  AGCATGATCAGCGGGATGGCTTCCGGGTAGAATTGTGTGCTGTATCCATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATCAGCGGGATGGCTTCCGGGTAGAATTGTGTGCTGTATCCATA  543

seq1  TAATGGTTTTGGCAAACAAGAGAAAATGGCAAGGAAGACAAGAGTTAACT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTTTTGGCAAACAAGAGAAAATGGCAAGGAAGACAAGAGTTAACT  593

seq1  ATCATACCTGGAGGTTATGAGAAACCCTCAGGGAGCCACTGGTTCCAATC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACCTGGAGGTTATGAGAAACCCTCAGGGAGCCACTGGTTCCAATC  643

seq1  AGAACAGAACCCGTGAGCTCTCTTCTTAGACTATGCAGCAAGTGTTTTAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGAACCCGTGAGCTCTCTTCTTAGACTATGCAGCAAGTGTTTTAA  693

seq1  ACAGCTCCGTTGGCTGTGGTTAAAACCACAGGCTTAGTGGAGCACTATTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCCGTTGGCTGTGGTTAAAACCACAGGCTTAGTGGAGCACTATTT  743

seq1  CCAACCAACAAAGGGTTAAAAGTCAGACTGCATCAGGAAACCACTGGGCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAACAAAGGGTTAAAAGTCAGACTGCATCAGGAAACCACTGGGCA  793

seq1  GAGACAAGGCATCCTAAACCCATTCCTTAACAGACTAGTCCAGCCTGCAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAGGCATCCTAAACCCATTCCTTAACAGACTAGTCCAGCCTGCAC  843

seq1  CATCCTTAATTCTCCTGTGTTCCTGGCCTGGAGCCAAAAGTATCATTTTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTAATTCTCCTGTGTTCCTGGCCTGGAGCCAAAAGTATCATTTTA  893

seq1  CTGAGTGGGGGAAAAAGTTTCATTCTTCCACCTGACTTTGTAATCTTGTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGGGGGAAAAAGTTTCATTCTTCCACCTGACTTTGTAATCTTGTT  943

seq1  TTTCCACATTTTCTAACTGTACAAACCAGAGCCTTCCCCCAAATACTTAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACATTTTCTAACTGTACAAACCAGAGCCTTCCCCCAAATACTTAT  993

seq1  AAAGAATGAAAACGAAAGGAAGAGAATGAGGAGGAGGTGTCTGAGAGTTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGAAAACGAAAGGAAGAGAATGAGGAGGAGGTGTCTGAGAGTTT  1043

seq1  TGCTTCATTTGGTGGCCGGGTTTCTTTCAGTGGACAGGACTCACAGTACT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCATTTGGTGGCCGGGTTTCTTTCAGTGGACAGGACTCACAGTACT  1093

seq1  GGGTATTGCTTGAAACATTGATAGGGCATACCTGGAAACAGGGACTATGT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTGCTTGAAACATTGATAGGGCATACCTGGAAACAGGGACTATGT  1143

seq1  TCGTGCCCAGTGAATTC  1162
      |||||||||||||||||
seq2  TCGTGCCCAGTGAATTC  1160

seq1: chr1_69558942_69559984
seq2: B6Ng01-215J18.g_66_1110

seq1  GAATTCTCTGAACCATCCTTATGGATACAAGAGGATATATACTATGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAACCATCCTTATGGATACAAGAGGATATATACTATGAAAT  50

seq1  ATATCTGCTGCCTTCCAATTTTCCAGAATGTTCTGCTCTAGACTTGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGCTGCCTTCCAATTTTCCAGAATGTTCTGCTCTAGACTTGGAAT  100

seq1  AACTCTTTTTTTTTTAATGGGGACATCATAGATAACTGCAGACATCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTTTTTTTTTAATGGGGACATCATAGATAACTGCAGACATCTCAC  150

seq1  TTCATTGTTCTGGAATGATGCCATTGCTTTAATGCAGGCATTGGTCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGTTCTGGAATGATGCCATTGCTTTAATGCAGGCATTGGTCTTTT  200

seq1  ATCCTCATTGAGATGAAATAAAGCAGTTAACACACACCAGCATATACTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCATTGAGATGAAATAAAGCAGTTAACACACACCAGCATATACTGC  250

seq1  ACATTTCCATACCGGGTTCAGTATCGCTCTTTCACCAACAGAGTCAGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCATACCGGGTTCAGTATCGCTCTTTCACCAACAGAGTCAGGCT  300

seq1  GGCACCGCAAAGCAGCCAGTGTCAGAAGGTCAATCAGATTCCTAATATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCGCAAAGCAGCCAGTGTCAGAAGGTCAATCAGATTCCTAATATGC  350

seq1  AAAGGAGCAAATGAAAGCAGTGAGATTCTAAGGTGCAGTGCTTTCTGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGCAAATGAAAGCAGTGAGATTCTAAGGTGCAGTGCTTTCTGAGC  400

seq1  TAAGAAAACAGAAAAAAATGGCTTGACTCAGAGCAAGGACTCTGTAAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAACAGAAAAAAATGGCTTGACTCAGAGCAAGGACTCTGTAAGTG  450

seq1  ATCCTTCTGTTGTGTCAAGTGCTAAGTTTTCAGTGCAAAAGGGTAAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCTGTTGTGTCAAGTGCTAAGTTTTCAGTGCAAAAGGGTAAAATA  500

seq1  ATCAAAACCAAACAAACACCTCGTGATAGCAGAATATTCCCTTCCAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAACCAAACAAACACCTCGTGATAGCAGAATATTCCCTTCCAAGGA  550

seq1  GCTCCAGTTCTTTTGGAATGACTCCCAGATTGTCAAGGCTGTGCAGGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGTTCTTTTGGAATGACTCCCAGATTGTCAAGGCTGTGCAGGTTT  600

seq1  GGGTACATAAATTTGTATGGGATAAAGGTGTCATAATCCAGAACACAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACATAAATTTGTATGGGATAAAGGTGTCATAATCCAGAACACAATG  650

seq1  TTTACAACACCAGGGTCCTGTGCACTATTACACAGTTCACCTTCATTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAACACCAGGGTCCTGTGCACTATTACACAGTTCACCTTCATTGTC  700

seq1  ATTTCAAAATACAGGCGCCAATTGGCTTCCCAGGATTCTCCAGAACAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAAATACAGGCGCCAATTGGCTTCCCAGGATTCTCCAGAACAAAA  750

seq1  GGAGGCCAGTTTCATTTTCTGCTTCACATAGGAAGAACGAGGACAGACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCAGTTTCATTTTCTGCTTCACATAGGAAGAACGAGGACAGACTG  800

seq1  AGGACCATGACACAGTTAACCTTACACAGCAAGACAACCCGCATGGACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCATGACACAGTTAACCTTACACAGCAAGACAACCCGCATGGACCA  850

seq1  GTGACATGGTCTGACTGCCCAGCCCCACATGTCATTCCCTGTCTCTGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATGGTCTGACTGCCCAGCCCCACATGTCATTCCCTGTCTCTGCTC  900

seq1  AAGAAAGGGCAGGAAGTGCAGT-GTCTTGTATGAAAATATGAGAACTTAG  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGGCAGGAAGTGCAGTGGTCTTGTATGAAAATATGAGAACTTAG  950

seq1  GTAAGACTCACAGCTCGGATGAGAAAACCATTCCACGCATTATGATCT-A  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTAAGACTCACAGCTCGGATGAGAAAACCATTCCACGCATTATGATCTAA  1000

seq1  GACAGACAAGATACAAGGGAAGGTAAC-TCTA-TATGATTAACTATT  1043
      |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||||
seq2  GACAGACAAGATAC-AGGGAAGGTAACTTCTATTATGATT-ACTATT  1045