BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216F02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 23,139,037 - 23,288,996
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG623356
Upstream geneLOC100040338, Rims1, Rims1, EG665725, LOC665731, 4933415F23Rik, Rn4.5s-ps4
Downstream geneOgfrl1, LOC665782, B3gat2, Smap1, 1110058L19Rik, 4921533L14Rik, LOC665808, Col9a1, Col19a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216F02.bB6Ng01-216F02.g
ACCGA033041GA033042
length1,2051,042
definitionB6Ng01-216F02.b B6Ng01-216F02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,287,788 - 23,288,996)(23,139,037 - 23,140,072)
sequence
gaattcaggactggaactcaagcaggtcaggaagcaggagctgatgcaga
ggccatggagggatgttccttactggcttgctcccctggcttgctcagcc
tgctctcttattaccagccccgagatgattctacccacaaggggcctttt
ccccttgatcactaattgagaaaatgccttacagctggatctcatggagg
catttcctcaactgaagctcctttctctgtgataactccagctgtgtcaa
gttgacacaaaactagccagtacagacatataccttaaaaagcaaaatta
tgttagatgtatgacttggggcccacatggaatgggacagattagcacaa
tgaaccaaattaatgtcactattaggccatctgtctaagaaattccatat
gtcgtataggtgacatagctcttgtgaagcttaaggataattttaagtat
ctatcaaattcaggtaaagaaaggacaggaaaggaccaactaggcaacag
agcaagtgaaaaaagatgttttcattgccattaaggccaagctgagtaat
actgactgaaaaaggcaacattaagagagaatgatactatccttagaaat
taaccaagtatttataaaaccttttttgacgctgttctagtgctgtgggg
atagagaggtaacaagcacagtccccacattttaaaggcacaattacagt
cccacgcccaaacatcagaggcctcaatgcactcaacaggcacagcacaa
gttcggtctgtagtcatagcctcaacttaccaaaatgcttcttttagttt
taaatggcatatgattcacttatctggaaagttaaattatgggaattaat
tctttcataaaagcaccctctctacaagctaaagtgcacaatctataagt
ttgagaaaagagagtaatgtgaataatgggtcagagataaaggtattcta
gatctccgtggctctgagtacttgaagttcatagtccaaccaatgactct
ggagaggtaaaacaggatccacagataaaacagattatctgtcatcaaaa
aacatccctattatagtaatagcctatgcatctacattgagctcctcttc
taagtgaatgttccagctataaaatcttttgatgtccttataagcctgta
tcaaatcctatcggaaactgccacaaatggaaatatagtgcccaccccac
aattt
gaattctatggaggctggaatgtgaagggagtgaaaactggggaaagact
caaggtcaaaagcagacatcagctatgggctggttgaaaggatgattaca
aaacacaagggcaagatggtggctccatggcaatgggaatgctgggatgt
attctgaaggtctagaagagatttttttgaaaggctgtgtgtgtggtgtg
tgtaggagagagctgtagctgacaagcaagactctattgatgtcagcatt
aaaacaacacagaaaacatgaccttgtctcttattaaccatgttttcttc
catagtaactttacctttgagtttcctccttgataaaactggcctcagat
ggttctgaccatgtagaacctttggagaagctattgaaggatacgctgct
tccttaacatctgctaccggtaatcaccaaacaaggggccattaagagcc
atttatctgtctgtggttcctactcaagcgagaagcagaatgatttcacc
agttatcaggcttgcttcagagcaaggtgtcagcaaatgaaaacttcggg
agctagcagtctcctcccctaggacattatggtgttcattgcaaacctgc
tgttctttgcatcttacacttaagtcttccctgaaagcttacactcccag
tacagccctaagaagtgatcagtcctcaccagtacagacatgggccagaa
gagcctatgtttctattgtggtgtaatctccccaaagccaactacttcta
aggcccttttagtagatggccactcccttgtggatgtatcctgactttac
ccaagtacccaaatattatctattaaattatagtatcatctaaaattggg
tcccatttagacatttttggagagtttaatcaacttgtattactttattt
ctagtcaactagactttagccactggctggtgctttttaacatacaaacc
tgaagaatatttcattctctggaagcgtatatgaaaaagacatttcagat
ggagtggttgaaaatcatagaagcagctaaccatcggtttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_23287788_23288996
seq2: B6Ng01-216F02.b_43_1247 (reverse)

seq1  AAATT-TGGGGT-GGCA-TATA-TTCATTTTGTGGCATGTTTCGATAGTA  46
      ||||| |||||| |||| |||| |||  |||||||||  || |||||| |
seq2  AAATTGTGGGGTGGGCACTATATTTCCATTTGTGGCAGTTTCCGATAGGA  50

seq1  TTTGGATACAGCCTAATAAAGACATCAAAAAAGAATATTATAAACTGGAA  96
      ||| ||||||| || |||| ||||||||||    || |||| | ||||||
seq2  TTT-GATACAGGCTTATAAGGACATCAAAA---GATTTTAT-AGCTGGAA  95

seq1  ACATCACTTAAGAAGA-GAACTCAATGTAGGATTGCATA-GCTATTAACT  144
         |||||| |||||| || ||||||||||   |||||| |||||| |||
seq2  CATTCACTT-AGAAGAGGAGCTCAATGTAG--ATGCATAGGCTATT-ACT  141

seq1  ATAATA-GGATGTTTTTTGATGACAGATAATCTGTTTTATCTGT-GATCC  192
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATAATAGGGATGTTTTTTGATGACAGATAATCTGTTTTATCTGTGGATCC  191

seq1  TGTTTTACCTCTCCAGAGTCATTGGTTGGACTATGAACTTCAAGTACTCA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTACCTCTCCAGAGTCATTGGTTGGACTATGAACTTCAAGTACTCA  241

seq1  GAGCCCACGGAGATCTAGAATACCTTTTATCTCTGACCCATTATTCACAT  292
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAG-CCACGGAGATCTAGAATACC-TTTATCTCTGACCCATTATTCACAT  289

seq1  TACTCTCTTTTCTCAAACCTTATAGATTGTGCACTTTAGCTTGTAGAGAG  342
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTCTTTTCTCAAA-CTTATAGATTGTGCACTTTAGCTTGTAGAGAG  338

seq1  GGTGCTTTTATGAAAGAATTAATTCCCATAATTTAACTTTCCAGATAAGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTTTATGAAAGAATTAATTCCCATAATTTAACTTTCCAGATAAGT  388

seq1  GAATCATATGCCATTTAAAACTAAAAGAAGCATTTTGGTAAGTTGAGGCT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATATGCCATTTAAAACTAAAAGAAGCATTTTGGTAAGTTGAGGCT  438

seq1  ATGACTACAGACCGAACTTGTGCTGTGCCTGTTGAGTGCATTGAGGCCTC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTACAGACCGAACTTGTGCTGTGCCTGTTGAGTGCATTGAGGCCTC  488

seq1  TGATGTTTGGGCGTGGGACTGTAATTGTGCCTTTAAAATGTGGGGACTGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTGGGCGTGGGACTGTAATTGTGCCTTTAAAATGTGGGGACTGT  538

seq1  GCTTGTTACCTCTCTATCCCCACAGCACTAGAACAGCGTCAAAAAAGGTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTACCTCTCTATCCCCACAGCACTAGAACAGCGTCAAAAAAGGTT  588

seq1  TTATAAATACTTGGTTAATTTCTAAGGATAGTATCATTCTCTCTTAATGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATACTTGGTTAATTTCTAAGGATAGTATCATTCTCTCTTAATGT  638

seq1  TGCCTTTTTCAGTCAGTATTACTCAGCTTGGCCTTAATGGCAATGAAAAC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTTCAGTCAGTATTACTCAGCTTGGCCTTAATGGCAATGAAAAC  688

seq1  ATCTTTTTTCACTTGCTCTGTTGCCTAGTTGGTCCTTTCCTGTCCTTTCT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTTTCACTTGCTCTGTTGCCTAGTTGGTCCTTTCCTGTCCTTTCT  738

seq1  TTACCTGAATTTGATAGATACTTAAAATTATCCTTAAGCTTCACAAGAGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGAATTTGATAGATACTTAAAATTATCCTTAAGCTTCACAAGAGC  788

seq1  TATGTCACCTATACGACATATGGAATTTCTTAGACAGATGGCCTAATAGT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCACCTATACGACATATGGAATTTCTTAGACAGATGGCCTAATAGT  838

seq1  GACATTAATTTGGTTCATTGTGCTAATCTGTCCCATTCCATGTGGGCCCC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTAATTTGGTTCATTGTGCTAATCTGTCCCATTCCATGTGGGCCCC  888

seq1  AAGTCATACATCTAACATAATTTTGCTTTTTAAGGTATATGTCTGTACTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATACATCTAACATAATTTTGCTTTTTAAGGTATATGTCTGTACTG  938

seq1  GCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAG  988

seq1  CTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTC  1038

seq1  AATTAGTGATCAAGGGGAAAAGGCCCCTTGTGGGTAGAATCATCTCGGGG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTGATCAAGGGGAAAAGGCCCCTTGTGGGTAGAATCATCTCGGGG  1088

seq1  CTGGTAATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAGCAAGCCAGTAAGG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAGCAAGCCAGTAAGG  1138

seq1  AACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGA  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGA  1188

seq1  GTTCCAGTCCTGAATTC  1209
      |||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGTCCTGAATTC  1205

seq1: chr1_23139037_23140072
seq2: B6Ng01-216F02.g_66_1107

seq1  GAATTCTATGGAGGCTGGAATGTGAAGGGAGTGAAAACTGGGGAAAGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGGAGGCTGGAATGTGAAGGGAGTGAAAACTGGGGAAAGACT  50

seq1  CAAGGTCAAAAGCAGACATCAGCTATGGGCTGGTTGAAAGGATGATTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCAAAAGCAGACATCAGCTATGGGCTGGTTGAAAGGATGATTACA  100

seq1  AAACACAAGGGCAAGATGGTGGCTCCATGGCAATGGGAATGCTGGGATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAGGGCAAGATGGTGGCTCCATGGCAATGGGAATGCTGGGATGT  150

seq1  ATTCTGAAGGTCTAGAAGAGATTTTTTTGAAAGGCTGTGTGTGTGGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAAGGTCTAGAAGAGATTTTTTTGAAAGGCTGTGTGTGTGGTGTG  200

seq1  TGTAGGAGAGAGCTGTAGCTGACAAGCAAGACTCTATTGATGTCAGCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAGAGAGCTGTAGCTGACAAGCAAGACTCTATTGATGTCAGCATT  250

seq1  AAAACAACACAGAAAACATGACCTTGTCTCTTATTAACCATGTTTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACACAGAAAACATGACCTTGTCTCTTATTAACCATGTTTTCTTC  300

seq1  CATAGTAACTTTACCTTTGAGTTTCCTCCTTGATAAAACTGGCCTCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTAACTTTACCTTTGAGTTTCCTCCTTGATAAAACTGGCCTCAGAT  350

seq1  GGTTCTGACCATGTAGAACCTTTGGAGAAGCTATTGAAGGATACGCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGACCATGTAGAACCTTTGGAGAAGCTATTGAAGGATACGCTGCT  400

seq1  TCCTTAACATCTGCTACCGGTAATCACCAAACAAGGGGCCATTAAGAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAACATCTGCTACCGGTAATCACCAAACAAGGGGCCATTAAGAGCC  450

seq1  ATTTATCTGTCTGTGGTTCCTACTCAAGCGAGAAGCAGAATGATTTCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCTGTCTGTGGTTCCTACTCAAGCGAGAAGCAGAATGATTTCACC  500

seq1  AGTTATCAGGCTTGCTTCAGAGCAAGGTGTCAGCAAATGAAAACTTCGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCAGGCTTGCTTCAGAGCAAGGTGTCAGCAAATGAAAACTTCGGG  550

seq1  AGCTAGCAGTCTCCTCCCCTAGGACATTATGGTGTTCATTGCAAACCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGCAGTCTCCTCCCCTAGGACATTATGGTGTTCATTGCAAACCTGC  600

seq1  TGTTCTTTGCATCTTACACTTAAGTCTTCCCTGAAAGCTTACACTCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTGCATCTTACACTTAAGTCTTCCCTGAAAGCTTACACTCCCAG  650

seq1  TACAGCCCTAAGAAGTGATCAGTCCTCACCAGTACAGACATGGGCCAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCCTAAGAAGTGATCAGTCCTCACCAGTACAGACATGGGCCAGAA  700

seq1  GAGCCTATGTTTCTATTGTGGTGTAATCTCCCCAAAGCCAACTACTTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTATGTTTCTATTGTGGTGTAATCTCCCCAAAGCCAACTACTTCTA  750

seq1  AGGCCCTTTTAGTAGATGGCCACTCCCTTGTGGATGTATCCTGACTTTA-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGCCCTTTTAGTAGATGGCCACTCCCTTGTGGATGTATCCTGACTTTAC  800

seq1  CCAAGTACCCAAATA-TATCTATTAAATTATAGTATCATCTAAAATT-GG  847
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAAGTACCCAAATATTATCTATTAAATTATAGTATCATCTAAAATTGGG  850

seq1  TCCCATTTAGACA-TTTTGGAGAGTTTAATCAAC-TGTATTACTTTATTT  895
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCCATTTAGACATTTTTGGAGAGTTTAATCAACTTGTATTACTTTATTT  900

seq1  CTAGTCAACTAGACTTTAAGCCACTGGCT-GTGCTTTTTAACATACAAAC  944
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCAACTAGACTTT-AGCCACTGGCTGGTGCTTTTTAACATACAAAC  949

seq1  CTGAAG-ATATTTCATTCTCTTGAAGCGTATATGAAAAAGAACATTTTAG  993
      |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  CTGAAGAATATTTCATTCTCTGGAAGCGTATATGAAAAAG-ACATTTCAG  998

seq1  ATTGAGTGTATGAAAATCATAGAAGCAGCT-ACCATCGGTTTAA  1036
      || |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGGAGTGGTTGAAAATCATAGAAGCAGCTAACCATCGGTTTAA  1042