BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218A15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 161,397,870 - 161,539,114
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnr
Upstream geneAstn1, Pappa2, 4930562F17Rik, EG240853, LOC664972, Rfwd2, EG620484
Downstream gene4930523C07Rik, 4930562F07Rik, Tnn, Mrps14, Cacybp, Rabgap1l, Gpr52
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218A15.bB6Ng01-218A15.g
ACCGA034274GA034275
length1,1421,117
definitionB6Ng01-218A15.b B6Ng01-218A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,537,938 - 161,539,114)(161,397,870 - 161,398,977)
sequence
gaattctgtgggaatcgtcaaggtcttggtccacctcaaagaatacgcgg
tatgtgcaataaacccctggaacactgtgaaggtctattatctgtgtaac
tattataatggttgtaattaccactgcatctcccattactattagcaagg
acccagcatgacctctcttgataagttgttctagccattccataagtagg
gcccaatgctctgtcctgttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggagt
gggcaggcagatcttggaggttggtcatcctgaggaggaatctcatcaag
ttcaggtggggaagagtaatggtgactcctattgtgggcagccctgtatg
attatgccagctgttctatccataggtttaggcatcagggtcaagttctc
caatcatcagggctctataactaatccattgtgtcttatacaggagggta
cctctcagaggaaagaacagaatcccactaatatatcaaattacaattcc
atttgcccagacaagactgattttcaaaatttgtcctcacagggagagag
caagaagaaagtcgaatcccccccccttcccccaaccctcatcagcacac
caagctctgtcatccctgaatgaaccctgaggtgagcacagacccacaat
gaccttgcctgtatggtaaggcaggcagaaaaacctctgccagctaatat
agggcagtcatcagctgtcagacaaaaatatttgtcagttcctgctgacc
ggagctgggttggaactagtgaccccactgtacaaatctcctgaccccat
taaggcagccagcatagcacagcctcattcctggtgatggctagtcccca
tgctgataccacttgtgcttgggactcacagaaacctgggtaggcttgga
tcccccaactgatccattctaccacattcacctagggatagaacatcacc
agatgagatgaaatcagtgcacatagtgtgacagccctaccctggggagc
tggcaaagatgaggtgaggtccctgcagtatgtggcattccaggtgcagg
atattttcaaatagctgtatgtgctgtgtatatgatgtgtgttatgtgca
tgccatgcttaacctgtagtgtatgtgggtgtgggtcatcta
gaattcttttcaagggcaaatcttattgctatttcactcagtctatggag
ttcctaatctggaaatatttctgatgtatactgcgccccgtgtacaagtc
aaaaggaagccaaatatagtttccaaacaagtgtttctgaaatattgatt
gccatgaaaaatgggacagacagatgttaatagtcatccatggttcagaa
caacttgtaagaagactataacggccttcttgccagcctagtgtgctatg
ccaacattggtattttatcactgggtctttactagaagttcaccaacgag
agctgtattcataggcagggagtttaaggccccaagaagctgttttcccg
ggtaggtgggagggcatggcagacataagaggcaatgataggattcatgt
tcttctgatctgtccaaggatggctggcatggaagacttctgggatcctt
tgccaattattttctgaaaattgaggctataggttgaaggttttatggaa
gaatgttacaggtatatacttataaacatcctccctgggccaaagtaata
atagaaagagctgtttgctgagtttttcaactcagtgatgggtaggctcc
ctgtttggttggtgggatgcactgatctgtggaacttaccaaagattggt
ccagctgccatttatcttataccttaactctccttggtgccaagaaacca
tcgagccataggaacagcctggagccatgtttctgagatactcaacttca
aatggtgataaaacagcatgcatttgacaacagatactgtgggcttccat
gtagtcaaatgatctagaaggagctatagtgcagaccacaactgctagac
aaaactaaatggagagcaatgccatgcacccttggacttagcaccaatgg
taaacgacagctgtggattattttataccagctttagtgaactattttat
tttatcttgtgtgtgtgcctgagcacacattgtgctgccttttgaagttg
cttggctaaaaaaaaaaaaaatgtaagtttcttagaaatgggcctaatag
aaatgacttgttttttgaaaaacagcgtggggaccaagttcattcattaa
agaggtttttggctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_161537938_161539114
seq2: B6Ng01-218A15.b_44_1185 (reverse)

seq1  TAGATGA-CCACAACCACATACACATACAGTGTTAAGCATGTGCACTGCA  49
      ||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||
seq2  TAGATGACCCACACCCACATACAC-TACAG-GTTAAGCATG-GCA-TGCA  46

seq1  CATAACACACATCATATACACAGCCACATACAGCCTTATTTGAAAAATAT  99
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||
seq2  CATAACACACATCATATACACAG-CACATACAGC--TATTTG-AAAATAT  92

seq1  CCTGCACCTTGGGAAATGCCACATACCTGCAGGGACCTCACCTCATCTTT  149
      |||||||||   | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACCT---GGAATGCCACATA-CTGCAGGGACCTCACCTCATCTTT  138

seq1  GCCAGCT-CCCAGGGTAGGGCTGTCACACTATGTGCACTGATTTCATCTC  198
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTCCCCAGGGTAGGGCTGTCACACTATGTGCACTGATTTCATCTC  188

seq1  ATCTGGTGATGTTCTTATCCCTAGGTGAATGGTGGTAGAATGGATCAGTT  248
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTGATGTTC-TATCCCTAGGTGAAT-GTGGTAGAATGGATCAGTT  236

seq1  GGGGGATCCAAGCCTACCCAGGTTTCTGTGAGTCCCAAGCACAAGTGGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGATCCAAGCCTACCCAGGTTTCTGTGAGTCCCAAGCACAAGTGGTA  286

seq1  TCAGCATGGGGACTAGCCATCACCAGGAATGAGGCTGTGCTATGCTGGCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATGGGGACTAGCCATCACCAGGAATGAGGCTGTGCTATGCTGGCT  336

seq1  GCCTTAATGGGGTCAGGAGATTTGTACAGTGGGGTCACTAGTTCCAACCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAATGGGGTCAGGAGATTTGTACAGTGGGGTCACTAGTTCCAACCC  386

seq1  AGCTCCGGTCAGCAGGAACTGACAAATATTTTTGTCTGACAGCTGATGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCGGTCAGCAGGAACTGACAAATATTTTTGTCTGACAGCTGATGAC  436

seq1  TGCCCTATATTAGCTGGCAGAGGTTTTTCTGCCTGCCTTACCATACAGGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTATATTAGCTGGCAGAGGTTTTTCTGCCTGCCTTACCATACAGGC  486

seq1  AAGGTCATTGTGGGTCTGTGCTCACCTCAGGGTTCATTCAGGGATGACAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCATTGTGGGTCTGTGCTCACCTCAGGGTTCATTCAGGGATGACAG  536

seq1  AGCTTGGTGTGCTGATGAGGGTTGGGGGAAGGGGGGGGGATTCGACTTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGTGTGCTGATGAGGGTTGGGGGAAGGGGGGGGGATTCGACTTTC  586

seq1  TTCTTGCTCTCTCCCTGTGAGGACAAATTTTGAAAATCAGTCTTGTCTGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTCTCTCCCTGTGAGGACAAATTTTGAAAATCAGTCTTGTCTGG  636

seq1  GCAAATGGAATTGTAATTTGATATATTAGTGGGATTCTGTTCTTTCCTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGAATTGTAATTTGATATATTAGTGGGATTCTGTTCTTTCCTCT  686

seq1  GAGAGGTACCCTCCTGTATAAGACACAATGGATTAGTTATAGAGCCCTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTACCCTCCTGTATAAGACACAATGGATTAGTTATAGAGCCCTGA  736

seq1  TGATTGGAGAACTTGACCCTGATGCCTAAACCTATGGATAGAACAGCTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGAGAACTTGACCCTGATGCCTAAACCTATGGATAGAACAGCTGG  786

seq1  CATAATCATACAGGGCTGCCCACAATAGGAGTCACCATTACTCTTCCCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCATACAGGGCTGCCCACAATAGGAGTCACCATTACTCTTCCCCA  836

seq1  CCTGAACTTGATGAGATTCCTCCTCAGGATGACCAACCTCCAAGATCTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACTTGATGAGATTCCTCCTCAGGATGACCAACCTCCAAGATCTGC  886

seq1  CTGCCCACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  948
      |||||||||||                       ||||||||||||||||
seq2  CTGCCCACTCC-----------------------TTTTTTTTTTTTTTTT  913

seq1  TTTTTTTTTAACAGGACAGAGCATTGGGCCCTACTTATGGAATGGCTAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTAACAGGACAGAGCATTGGGCCCTACTTATGGAATGGCTAGA  963

seq1  ACAACTTATCAAGAGAGGTCATGCTGGGTCCTTGCTAATAGTAATGGGAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTATCAAGAGAGGTCATGCTGGGTCCTTGCTAATAGTAATGGGAG  1013

seq1  ATGCAGTGGTAATTACAACCATTATAATAGTTACACAGATAATAGACCTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTGGTAATTACAACCATTATAATAGTTACACAGATAATAGACCTT  1063

seq1  CACAGTGTTCCAGGGGTTTATTGCACATACCGCGTATTCTTTGAGGTGGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTTCCAGGGGTTTATTGCACATACCGCGTATTCTTTGAGGTGGA  1113

seq1  CCAAGACCTTGACGATTCCCACAGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACCTTGACGATTCCCACAGAATTC  1142

seq1: chr1_161397870_161398977
seq2: B6Ng01-218A15.g_66_1182

seq1  GAATTCTTTTCAAGGGCAAATCTTATTGCTATTTCACTCAGTCTATGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCAAGGGCAAATCTTATTGCTATTTCACTCAGTCTATGGAG  50

seq1  TTCCTAATCTGGAAATATTTCTGATGTATACTGCGCCCCGTGTACAAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATCTGGAAATATTTCTGATGTATACTGCGCCCCGTGTACAAGTC  100

seq1  AAAAGGAAGCCAAATATAGTTTCCAAACAAGTGTTTCTGAAATATTGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAGCCAAATATAGTTTCCAAACAAGTGTTTCTGAAATATTGATT  150

seq1  GCCATGAAAAATGGGACAGACAGATGTTAATAGTCATCCATGGTTCAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAAAAATGGGACAGACAGATGTTAATAGTCATCCATGGTTCAGAA  200

seq1  CAACTTGTAAGAAGACTATAACGGCCTTCTTGCCAGCCTAGTGTGCTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGTAAGAAGACTATAACGGCCTTCTTGCCAGCCTAGTGTGCTATG  250

seq1  CCAACATTGGTATTTTATCACTGGGTCTTTACTAGAAGTTCACCAACGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATTGGTATTTTATCACTGGGTCTTTACTAGAAGTTCACCAACGAG  300

seq1  AGCTGTATTCATAGGCAGGGAGTTTAAGGCCCCAAGAAGCTGTTTTCCCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTATTCATAGGCAGGGAGTTTAAGGCCCCAAGAAGCTGTTTTCCCG  350

seq1  GGTAGGTGGGAGGGCATGGCAGACATAAGAGGCAATGATAGGATTCATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGTGGGAGGGCATGGCAGACATAAGAGGCAATGATAGGATTCATGT  400

seq1  TCTTCTGATCTGTCCAAGGATGGCTGGCATGGAAGACTTCTGGGATCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGATCTGTCCAAGGATGGCTGGCATGGAAGACTTCTGGGATCCTT  450

seq1  TGCCAATTATTTTCTGAAAATTGAGGCTATAGGTTGAAGGTTTTATGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATTATTTTCTGAAAATTGAGGCTATAGGTTGAAGGTTTTATGGAA  500

seq1  GAATGTTACAGGTATATACTTATAAACATCCTCCCTGGGCCAAAGTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTACAGGTATATACTTATAAACATCCTCCCTGGGCCAAAGTAATA  550

seq1  ATAGAAAGAGCTGTTTGCTGAGTTTTTCAACTCAGTGATGGGTAGGCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGAGCTGTTTGCTGAGTTTTTCAACTCAGTGATGGGTAGGCTCC  600

seq1  CTGTTTGGTTGGTGGGATGCACTGATCTGTGGAACTTACCAAAGATTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGTTGGTGGGATGCACTGATCTGTGGAACTTACCAAAGATTGGT  650

seq1  CCAGCTGCCATTTATCTTATACCTTAACTCTCCTTGGTGCCAAGAAACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGCCATTTATCTTATACCTTAACTCTCCTTGGTGCCAAGAAACCA  700

seq1  TCGAGCCATAGGAACAGCCTGGAGCCATGTTTCTGAGATACTCAACTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGCCATAGGAACAGCCTGGAGCCATGTTTCTGAGATACTCAACTTCA  750

seq1  AATGGTGATAAAACAGCATGCATTTGACAACAGATACTGTGGGCTTCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGATAAAACAGCATGCATTTGACAACAGATACTGTGGGCTTCCAT  800

seq1  GTAGTCAAATGATCTAGAAGGAGCTATAGTGCAGACCACAACTGCTAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCAAATGATCTAGAAGGAGCTATAGTGCAGACCACAACTGCTAGAC  850

seq1  AAAACTAAATGGAGAGCAATGCCATGCACCCTTGGACTTAGCACCAATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAAATGGAGAGCAATGCCATGCACCCTTGGACTTAGCACCAATGG  900

seq1  TAAACGACAGCTGTGGA-TATTTTATACCAGCTTTAGTGAACTATTT--A  947
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  TAAACGACAGCTGTGGATTATTTTATACCAGCTTTAGTGAACTATTTTAT  950

seq1  TTTATCTTGTGTGTGTGCCTGAGCACACATTGTGCTGCCTTTTGAAG-TG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTATCTTGTGTGTGTGCCTGAGCACACATTGTGCTGCCTTTTGAAGTTG  1000

seq1  CTTGGCTAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAGTT--CTAGAAATGGGC--TAT  1042
      |||||||  ||||||||||||||||||||||   |||||||||||   ||
seq2  CTTGGCT--AAAAAAAAAAAAAATGTAAGTTTCTTAGAAATGGGCCTAAT  1048

seq1  AGAAATGACTTG-TTTTTGAAAAACAGCGT-GGGACCAAGGTCATTCAAT  1090
      |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |
seq2  AGAAATGACTTGTTTTTTGAAAAACAGCGTGGGGACCAAGTTCATTCATT  1098

seq1  AAA-AGAGTTCTGGCTTTG  1108
      ||| ||  || ||||||||
seq2  AAAGAGGTTTTTGGCTTTG  1117