BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219C04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 52,381,817 - 52,513,155
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383504, Obfc2a, Myo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735
Downstream geneNab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik, Gdf8, 1700019A02Rik, Pms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866, LOC100042162
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219C04.bB6Ng01-219C04.g
ACCGA035069GA035070
length1,1351,144
definitionB6Ng01-219C04.b B6Ng01-219C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,512,018 - 52,513,155)(52,381,817 - 52,382,964)
sequence
gaattctggtctcttggcagtgcctgattctttggtcataatttctaaga
ctgttcttttgactgctccatttatgtccagatctcacttgtaagacata
aaagggctcatttctgccagttcaccctcaaccaaaggaaaagtttaata
ttgttgtagtgatttaatatgatgtctagaacagaagcatttaaaaataa
ctcaccaagcactaaactcgattttttagcattcacatgacatgctactt
accattagctttctctttttatttttaaaatatttcattgattttctatt
tttaaagtagttaattgggccagtgtgatgatgcccacttttaattagtc
cttgaaggttgaggtggggcaactgtagtttgagtttggcctacacagga
agactcagttgcaaaaggaaaagacattaattggtaaataaaaatggtac
atattcaagtgtataacatgggttatctacctgttttgaaaatgtgttca
ttgtgtgtgcatgacatgtttaacacatgctgtggcatacatgtggggca
gagggtagcttggtggagctggctcagaattgaaacaagatactaggttt
gtgagcactgattatttaatttctgtacaccgtgcatcctgattgccaca
ggcaaattaagacacctcagtgggaaagtggattctggctgtgcttgact
gccacttaccattcttcagtttgcttacctttgctaaactctcagtagag
tgttttaaattctacacagcatcacaagacaaagatgtgcactgttagaa
actgggaaaaacataaattctactttatgttccagaattttaatccactt
tttatgattctacagttgaacccagcacctcatgcattcaagatcaacac
tgccaccaagctatgttctcagcccctattttttttaaatctttataatt
gctctctatttaagtttttcattgtgccttctccaaagtatcaacttgat
tttttacactccaagaaatgtcatgttggatgctgccatcaaatctgatg
cttcaaaatgtaggtatacagtaacattggtaacaagaatagaaatgcag
caacaagctaaaaaaaaaaaaaaaaaggtcccatg
gaattcaattctctagcaaatgttatcttttaaactaaatacatattctc
ccccccccgccccgcccctctctttctccttcagtgttagttctgaccta
aactataattgggcttctttataaatgactctaatagtgtgaaattgcat
ggaaacaaaattagaaaacatatcacgtggtatgtttattacaatgcata
agtatattcatttagaagtgggtggcattttacagggaatttttgtatta
cttgagggtaatgatcacttaagatttttgttgagtttctattgtattct
agagagaaaatttaaggccaagaataagtcatttaaaaacatggtttgca
gttcagtcaatctacctagctgaactggacaatattaagaatatacaaat
gaacaaatgggcaggggtcctgctctctaaagaaacttgagttagcgtcc
ctactgtctgagaatttattcaatgatctgccacaggctgcatgcccatg
ggttagaaagctacttgagctaacagcaaacctcttcaagttctcttttg
aaaaaaaatacttttaattaaaaaaatttacacttttgttatttagtgtg
cacatatgtgtacgcatgtgggtatttgccatggctcactgtgggggtca
tatgacaatggcttcaacggcatgggttcccttcctgtgagttcttattg
gcaagcaacacaaaactcaataaatatgacaactaagtttaaatcaaagt
gcagcctagtgtatctagcattatgaaggataaggaatgtttgtgtttag
atcttctgatgatgaaaaacttgtattccgttaaagtatcaaagcatagt
gttagctgtgctttctaaaccagacaaactgttcccactgacttctcata
ttgtgttctgtgaatcaaatgtaagacctctttaagagtctggggcactg
tggcatcatcgcaagccacactgcagagctcgggatgtgctgagtagtgg
gttcgtcctcatactgccaattagctgttgtggtaccatgtctgtaatcc
cagccactcagcaagggaggtggcaggatgttcaggagttcagtcattac
aagcctacatagaaagtccaaggcagtctggctactaacaagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_52512018_52513155
seq2: B6Ng01-219C04.b_45_1179 (reverse)

seq1  CATGGGAC--TTTTTTTTTTTTTTTTAGCTTTTGTTGCTGCATTTCTA-T  47
      ||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |
seq2  CATGGGACCTTTTTTTTTTTTTTTTTAGC--TTGTTGCTGCATTTCTATT  48

seq1  CTTG-TACCAATGTTACCTGTATAACCTACATTTTGAAGCATCAGATTTT  96
      |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTTGTTACCAATGTTA-CTGTAT-ACCTACATTTTGAAGCATCAGA-TTT  95

seq1  GATGGCAGCATCCAACATGACATTTCTTTGGAGTTGTAAAAAATCAAGTT  146
      |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  GATGGCAGCATCCAACATGACATTTC-TTGGAG-TGTAAAAAATCAAGTT  143

seq1  GATACTTTGGAGAAGGCACAATGAAAAACTTAAATAGAGAGCAATTATAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTTGGAGAAGGCACAATGAAAAACTTAAATAGAGAGCAATTATAA  193

seq1  AGATTTAAAAAAAATAGGGGCTGAGAACATAGCTTGGTGGCAGTGTTGAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAAAAAAAATAGGGGCTGAGAACATAGCTTGGTGGCAGTGTTGAT  243

seq1  CTTGAATGCATGAGGTGCTGGGTTCAACTGTAGAATCATAAAAAGTGGAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATGCATGAGGTGCTGGGTTCAACTGTAGAATCATAAAAAGTGGAT  293

seq1  TAAAATTCTGGAACATAAAGTAGAATTTATGTTTTTCCCAGTTTCTAACA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCTGGAACATAAAGTAGAATTTATGTTTTTCCCAGTTTCTAACA  343

seq1  GTGCACATCTTTGTCTTGTGATGCTGTGTAGAATTTAAAACACTCTACTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACATCTTTGTCTTGTGATGCTGTGTAGAATTTAAAACACTCTACTG  393

seq1  AGAGTTTAGCAAAGGTAAGCAAACTGAAGAATGGTAAGTGGCAGTCAAGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTAGCAAAGGTAAGCAAACTGAAGAATGGTAAGTGGCAGTCAAGC  443

seq1  ACAGCCAGAATCCACTTTCCCACTGAGGTGTCTTAATTTGCCTGTGGCAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAGAATCCACTTTCCCACTGAGGTGTCTTAATTTGCCTGTGGCAA  493

seq1  TCAGGATGCACGGTGTACAGAAATTAAATAATCAGTGCTCACAAACCTAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATGCACGGTGTACAGAAATTAAATAATCAGTGCTCACAAACCTAG  543

seq1  TATCTTGTTTCAATTCTGAGCCAGCTCCACCAAGCTACCCTCTGCCCCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGTTTCAATTCTGAGCCAGCTCCACCAAGCTACCCTCTGCCCCAC  593

seq1  ATGTATGCCACAGCATGTGTTAAACATGTCATGCACACACAATGAACACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCCACAGCATGTGTTAAACATGTCATGCACACACAATGAACACA  643

seq1  TTTTCAAAACAGGTAGATAACCCATGTTATACACTTGAATATGTACCATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAACAGGTAGATAACCCATGTTATACACTTGAATATGTACCATT  693

seq1  TTTATTTACCAATTAATGTCTTTTCCTTTTGCAACTGAGTCTTCCTGTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTACCAATTAATGTCTTTTCCTTTTGCAACTGAGTCTTCCTGTGT  743

seq1  AGGCCAAACTCAAACTACAGTTGCCCCACCTCAACCTTCAAGGACTAATT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAACTCAAACTACAGTTGCCCCACCTCAACCTTCAAGGACTAATT  793

seq1  AAAAGTGGGCATCATCACACTGGCCCAATTAACTACTTTAAAAATAGAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGGGCATCATCACACTGGCCCAATTAACTACTTTAAAAATAGAAA  843

seq1  ATCAATGAAATATTTTAAAAATAAAAAGAGAAAGCTAATGGTAAGTAGCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGAAATATTTTAAAAATAAAAAGAGAAAGCTAATGGTAAGTAGCA  893

seq1  TGTCATGTGAATGCTAAAAAATCGAGTTTAGTGCTTGGTGAGTTATTTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGTGAATGCTAAAAAATCGAGTTTAGTGCTTGGTGAGTTATTTTT  943

seq1  AAATGCTTCTGTTCTAGACATCATATTAAATCACTACAACAATATTAAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTCTGTTCTAGACATCATATTAAATCACTACAACAATATTAAAC  993

seq1  TTTTCCTTTGGTTGAGGGTGAACTGGCAGAAATGAGCCCTTTTATGTCTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTTGGTTGAGGGTGAACTGGCAGAAATGAGCCCTTTTATGTCTT  1043

seq1  ACAAGTGAGATCTGGACATAAATGGAGCAGTCAAAAGAACAGTCTTAGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGAGATCTGGACATAAATGGAGCAGTCAAAAGAACAGTCTTAGAA  1093

seq1  ATTATGACCAAAGAATCAGGCACTGCCAAGAGACCAGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGACCAAAGAATCAGGCACTGCCAAGAGACCAGAATTC  1135

seq1: chr1_52381817_52382964
seq2: B6Ng01-219C04.g_63_1206

seq1  GAATTCAATTCTCTAGCAAATGTTATCTTTTAAACTAAATACATATTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCTCTAGCAAATGTTATCTTTTAAACTAAATACATATTCTC  50

seq1  CCCCCCCCGCCCCGCCCCTCTCTTTCTCCTTCAGTGTTAGTTCTGACCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCGCCCCGCCCCTCTCTTTCTCCTTCAGTGTTAGTTCTGACCTA  100

seq1  AACTATAATTGGGCTTCTTTATAAATGACTCTAATAGTGTGAAATTGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATAATTGGGCTTCTTTATAAATGACTCTAATAGTGTGAAATTGCAT  150

seq1  GGAAACAAAATTAGAAAACATATCACGTGGTATGTTTATTACAATGCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAAAATTAGAAAACATATCACGTGGTATGTTTATTACAATGCATA  200

seq1  AGTATATTCATTTAGAAGTGGGTGGCATTTTACAGGGAATTTTTGTATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATTCATTTAGAAGTGGGTGGCATTTTACAGGGAATTTTTGTATTA  250

seq1  CTTGAGGGTAATGATCACTTAAGATTTTTGTTGAGTTTCTATTGTATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGGTAATGATCACTTAAGATTTTTGTTGAGTTTCTATTGTATTCT  300

seq1  AGAGAGAAAATTTAAGGCCAAGAATAAGTCATTTAAAAACATGGTTTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAAATTTAAGGCCAAGAATAAGTCATTTAAAAACATGGTTTGCA  350

seq1  GTTCAGTCAATCTACCTAGCTGAACTGGACAATATTAAGAATATACAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCAATCTACCTAGCTGAACTGGACAATATTAAGAATATACAAAT  400

seq1  GAACAAATGGGCAGGGGTCCTGCTCTCTAAAGAAACTTGAGTTAGCGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAATGGGCAGGGGTCCTGCTCTCTAAAGAAACTTGAGTTAGCGTCC  450

seq1  CTACTGTCTGAGAATTTATTCAATGATCTGCCACAGGCTGCATGCCCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTCTGAGAATTTATTCAATGATCTGCCACAGGCTGCATGCCCATG  500

seq1  GGTTAGAAAGCTACTTGAGCTAACAGCAAACCTCTTCAAGTTCTCTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGAAAGCTACTTGAGCTAACAGCAAACCTCTTCAAGTTCTCTTTTG  550

seq1  AAAAAAAATACTTTTAATTAAAAAAATTTACACTTTTGTTATTTAGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATACTTTTAATTAAAAAAATTTACACTTTTGTTATTTAGTGTG  600

seq1  CACATATGTGTACGCATGTGGGTATTTGCCATGGCTCACTGTGGGGGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATGTGTACGCATGTGGGTATTTGCCATGGCTCACTGTGGGGGTCA  650

seq1  TATGACAATGGCTTCAACGGCATGGGTTCCCTTCCTGTGAGTTCTTATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACAATGGCTTCAACGGCATGGGTTCCCTTCCTGTGAGTTCTTATTG  700

seq1  GCAAGCAACACAAAACTCAATAAATATGACAACTAAGTTTAAATCAAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAACACAAAACTCAATAAATATGACAACTAAGTTTAAATCAAAGT  750

seq1  GCAGCCTAGTGTATCTAGCATTATGAAGGATAAGGAATGTTTGTGTTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTAGTGTATCTAGCATTATGAAGGATAAGGAATGTTTGTGTTTAG  800

seq1  ATCTTCTGATGATGAAAAACTTGTATTCCGTTAAAGTATCAAAGCATAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTGATGATGAAAAACTTGTATTCCGTTAAAGTATCAAAGCATAGT  850

seq1  GTTAGCTGTGCTTTCTAAACCAGACAAACTGTTCCCACTGACTTCTCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTGTGCTTTCTAAACCAGACAAACTGTTCCCACTGACTTCTCATA  900

seq1  TTGTGTTCTGTGAATCAAATGTAAGACCTCTTTAAGAGTCTGGGGCACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTCTGTGAATCAAATGTAAGACCTCTTTAAGAGTCTGGGGCACTG  950

seq1  TGGCATCATCGCAAGCCACACTGCAGAGCTCGGGATGTGCTGAGTAGTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCATCGCAAGCCACACTGCAGAGCTCGGGATGTGCTGAGTAGTGG  1000

seq1  GTTCGTCCTCCATACTGCCCAAATTAGCTGTTGTGGTACCATGTCTGTAA  1050
      ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGTCCT-CATACTGCC--AATTAGCTGTTGTGGTACCATGTCTGTAA  1047

seq1  TCCCAG-CACTCAGCAAGG--AGAGGCAGGATGGTCAGAAGTTCAAGGTC  1097
      |||||| ||||||||||||   | ||||||||| |||| ||||||  |||
seq2  TCCCAGCCACTCAGCAAGGGAGGTGGCAGGATGTTCAGGAGTTCA--GTC  1095

seq1  ATTACCAG-CTACATAGAAAGTTCAAGGCCAGTCTGGGCTACTACACAAG  1146
      ||||| || ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||
seq2  ATTACAAGCCTACATAGAAAGTCCAAGG-CAGTCT-GGCTACTA-ACAAG  1142

seq1  AC  1148
      ||
seq2  AC  1144