BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219E15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 185,935,314 - 185,987,791
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666649, 1700056E22Rik, Dusp10
Downstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219E15.bB6Ng01-219E15.g
ACCGA035174GA035175
length1,2051,093
definitionB6Ng01-219E15.b B6Ng01-219E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(185,935,314 - 185,936,551)(185,986,711 - 185,987,791)
sequence
gaattctgggtgtgaacataaaaggaaccatgaaacctccagatggtgat
gagcaaacagaggtgaatccacactggggatgggagcatctttcttatat
agctcataaaaagcaattaaacatgaacacgtacacagatgcacacaaat
aaaaataaatgcatctttaaaaaggtggtcttcactttccccttgtttgc
ttcatttttctttcattcctctaagtctcttggtatggttcccatcaata
gtccctccctggaggactcatagctagccacctcagacaatttctctcct
aagaaagtcatatgatgtcaaacacacacatatacacacacacgtacata
caaacaaacatatgcacacacaggcacacacacaaacatacacatacatg
cacacactttaacaaaatgggaacgtattatatttactcttctgcttttt
gtttttgtcctcaaatcctcattattgatgccgatcagtgccaactctca
taccttgaattttcccacattgcagcagtatactctaatgtgtgtatatt
taacataaattactcatttccctctgctctctccacttggacagtgggta
agtgtgcacctgcgagtgtgtcctgactttgttatttttatttctaggcc
tacactccctggcaggtttcctttggtatacagattgttcccctcccttc
cccataccttaggcacagaaacctgggtttcttctgtgcctaaggtatgg
ggaaggcaccagccgacctgggttccagttctgactctgccactggctga
ctaagtaaccctgagccttgggggaaagcctgaaaatggagctaacagcc
ctcaccttgcttgaatgagttcctggctgctgagaacacggaatgcaaca
gaactgggagctgtatccattgttcacttctcaatgttgaatagaaactc
attccctcactacaacttactttacattccagtaatgtagcatcgaaacc
ataaaagctctctctttccacagactttcattccggtagaaatatgctgc
accattacagttttaaatgtggctgtttttataggttgactccaatttgc
ttctgatgctttctgactggaagtgtattggtccttactgcatactgcag
cctatgattattgcgtatcacgtatgcatcaggtaattacccatccctta
atttt

gaattcccaagcactttggaagaggctgcttggttaatggtatctgcacc
agataagggacactgtggaaccaggcacagctggagaatgagttagacat
gggtggaatttatgcacatctctgcagaggggaacaatgctcagatgcat
tctaatgtctgaatttacccaaataccccattaaatcttgctttataatg
aatacaatgtcttgttaactattgtttatttgaagcttacattaatgaat
cacaggcatttattttctttggcttatggcaattataaatttaagttcag
ggaccttaattttcatgtttgtcatctcccagcatagactgggaattatt
tattaacagaattgtaatctttgaataaatggctgataagcaccactgag
tgaattttctaggaatgttaacaccaggaagtgaattttcatggtgaatt
tcagttgatgctctttgtctaccactacaaataaacattcccattcttca
gacactgaatccagcgagtccttatataaactgtatctacaagctatatt
atagtgttggtggaaaaaatatttacccaactgtatctcctatgaagatc
aaagatagctgtttagccctaaatccataccatcctctctatggcccagg
ccaccatggaagagggggagaaagaaggttaaaaactggaaagtaaagag
aaaggctacggaaagtcatctcctgggctaggtgcaggtcttacaaccac
aaactcactggcgactgtggatggctgtactggcttgttttgtgtgtcag
cttgacacaggctggagttatcacagagaaaggagcttcagttgaggaaa
ggcctccatgagattcagctgtaaaggcattttctcaattagtgatcaag
ggtgggagggtctcttgtgggaggtgccatccctgagcaggtagtcttgg
gttctataagaaagcaagctgagcaagccaggggaagcaagccagtagga
catcctccatggctctgcatcagctctgcttctgacctgctgagttcagt
ctgactctggtgatgaacagcagtatggaaatgtagctgaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_185935314_185936551
seq2: B6Ng01-219E15.b_42_1246

seq1  GAATTCTGGGTGTGAACATAAAAGGAACCATGAAACCTCCAGATGGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTGTGAACATAAAAGGAACCATGAAACCTCCAGATGGTGAT  50

seq1  GAGCAAACAGAGGTGAATCCACACTGGGGATGGGAGCATCTTTCTTATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAACAGAGGTGAATCCACACTGGGGATGGGAGCATCTTTCTTATAT  100

seq1  AGCTCATAAAAAGCAATTAAACATGAACACGTACACAGATGCACACAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATAAAAAGCAATTAAACATGAACACGTACACAGATGCACACAAAT  150

seq1  AAAAATAAATGCATCTTTAAAAAGGTGGTCTTCACTTTCCCCTTGTTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAATGCATCTTTAAAAAGGTGGTCTTCACTTTCCCCTTGTTTGC  200

seq1  TTCATTTTTCTTTCATTCCTCTAAGTCTCTTGGTATGGTTCCCATCAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTTCTTTCATTCCTCTAAGTCTCTTGGTATGGTTCCCATCAATA  250

seq1  GTCCCTCCCTGGAGGACTCATAGCTAGCCACCTCAGACAATTTCTCTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCCCTGGAGGACTCATAGCTAGCCACCTCAGACAATTTCTCTCCT  300

seq1  AAGAAAGTCATATGATGTCAAACACACACATATACACACACACGTACATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGTCATATGATGTCAAACACACACATATACACACACACGTACATA  350

seq1  CAAACAAACATATGCACACACAGGCACACACACAAACATACACATACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACATATGCACACACAGGCACACACACAAACATACACATACATG  400

seq1  CACACACTTTAACAAAATGGGAACGTATTATATTTACTCTTCTGCTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTTTAACAAAATGGGAACGTATTATATTTACTCTTCTGCTTTTT  450

seq1  GTTTTTGTCCTCAAATCCTCATTATTGATGCCGATCAGTGCCAACTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTCCTCAAATCCTCATTATTGATGCCGATCAGTGCCAACTCTCA  500

seq1  TACCTTGAATTTTCCCACATTGCAGCAGTATACTCTAATGTGTGTATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGAATTTTCCCACATTGCAGCAGTATACTCTAATGTGTGTATATT  550

seq1  TAACATAAATTACTCATTTCCCTCTGCTCTCTCCACTTGGACAGTGGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAAATTACTCATTTCCCTCTGCTCTCTCCACTTGGACAGTGGGTA  600

seq1  AGTGTGCACCTGCGAGTGTGTCCTGACTTTGTTATTTTTATTTCTAGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGCACCTGCGAGTGTGTCCTGACTTTGTTATTTTTATTTCTAGGCC  650

seq1  TACACTCCCTGGCAGGTTTCCTTTGGTATACAGATTGTTCCCCTCCCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCCCTGGCAGGTTTCCTTTGGTATACAGATTGTTCCCCTCCCTTC  700

seq1  CCCATACCTTAGGCACAGAAACCTGGGTTTCTTCTGTGCCTAAGGTATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACCTTAGGCACAGAAACCTGGGTTTCTTCTGTGCCTAAGGTATGG  750

seq1  GGAAGGCACCAGCCGACCTGGGTTCCAGTTCTGACTCTGCCACTGGCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCACCAGCCGACCTGGGTTCCAGTTCTGACTCTGCCACTGGCTGA  800

seq1  CTAAGTAACCCTGAGCCTTGGGGGAAAGCCTGAAAATGGAGCTAACAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAACCCTGAGCCTTGGGGGAAAGCCTGAAAATGGAGCTAACAGCC  850

seq1  CTCACCTTGCTTGAATGAGTTCCTGGCTGCTGAGAACACGGAATGCAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTTGCTTGAATGAGTTCCTGGCTGCTGAGAACACGGAATGCAACA  900

seq1  GAACTGGGAGCTGTATCCATTGTTCACTTCTCAAATGTTGAATAAGAAAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  GAACTGGGAGCTGTATCCATTGTTCACTTCTC-AATGTTGAAT-AGAAAC  948

seq1  TCATTCCCTCACTACAACTTACTTTACATTCCAGTAATGTAGCATCGAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCATTCCCTCACTACAACTTACTTTACATTCCAGTAATGTAGCATCG-AA  997

seq1  ACCAATAAAAAGCTCTCTCTTTCCACAGAACTTTCATTCCGGTAGAAAAT  1050
      ||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  ACCA--TAAAAGCTCTCTCTTTCCACAG-ACTTTCATTCCGGTAG-AAAT  1043

seq1  ATGCTGCACCATTTACAGTTTTAAAATGTTGGCTGTTTTTATAAAGTGTG  1100
      ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||    || 
seq2  ATGCTGCACCA-TTACAGTTTT-AAATG-TGGCTGTTTTTATA---GGTT  1087

seq1  AACTCAATTTTGCTTCTGATGCCTTTTCCTGACTGGGAGTGTATTTGGTC  1150
       |||| | ||||||||||||||   || |||||||| |||||| ||||||
seq2  GACTCCAATTTGCTTCTGATGC---TTTCTGACTGGAAGTGTA-TTGGTC  1133

seq1  TTTAACTGGCATACTGGCAG-CTATGATCTTTCTTGTGGGTTATCTACGT  1199
       || ||| ||||||| |||| ||||||   || ||| |   |||| ||||
seq2  CTT-ACT-GCATACT-GCAGCCTATGA---TTATTGCG---TATC-ACGT  1173

seq1  ATGCATTTCAAGGTAATTTTAACCCATCCCTTAAATTTT  1238
      ||||||    ||||||||   ||||||||||||| ||| 
seq2  ATGCAT---CAGGTAATT---ACCCATCCCTTAATTTT-  1205


seq1: chr1_185986711_185987791
seq2: B6Ng01-219E15.g_90_1158 (reverse)

seq1  TATTCAGCTTACATTTCAATACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTCAGGAC  50
      |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    ||||| |||
seq2  TATTCAGC-TACATTTCCATACTGCTGTTCATCACCA---GAGTCA-GAC  45

seq1  TGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAAG  100
      | |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| ||
seq2  T-GAACTC-AGCAGGTCA-GAAGCA-GAGCTGATGCAGA-GCCATGG-AG  89

seq1  GATGTTCCTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCTTGCTTTCTTA  150
      |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGT--CCTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCTTGCTTTCTTA  137

seq1  TAGAACCCAAGACTACCTGCTCAGGGATGGCACCTCCCACAAGAGACCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCCAAGACTACCTGCTCAGGGATGGCACCTCCCACAAGAGACCCT  187

seq1  CCCACCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCC-TTACAGCTGAATCTCATG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTTACAGCTGAATCTCATG  237

seq1  GAGGCCTTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCCTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCCTGT  287

seq1  GTCAAGCTGACACACAAAACAAGCCAGTACAGCCATCCACAGTCGCCAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCTGACACACAAAACAAGCCAGTACAGCCATCCACAGTCGCCAGT  337

seq1  GAGTTTGTGGTTGTAAGACCTGCACCTAGCCCAGGAGATGACTTTCCGTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGTGGTTGTAAGACCTGCACCTAGCCCAGGAGATGACTTTCCGTA  387

seq1  GCCTTTCTCTTTACTTTCCAGTTTTTAACCTTCTTTCTCCCCCTCTTCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCTCTTTACTTTCCAGTTTTTAACCTTCTTTCTCCCCCTCTTCCA  437

seq1  TGGTGGCCTGGGCCATAGAGAGGATGGTATGGATTTAGGGCTAAACAGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCCTGGGCCATAGAGAGGATGGTATGGATTTAGGGCTAAACAGCT  487

seq1  ATCTTTGATCTTCATAGGAGATACAGTTGGGTAAATATTTTTTCCACCAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGATCTTCATAGGAGATACAGTTGGGTAAATATTTTTTCCACCAA  537

seq1  CACTATAATATAGCTTGTAGATACAGTTTATATAAGGACTCGCTGGATTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATAATATAGCTTGTAGATACAGTTTATATAAGGACTCGCTGGATTC  587

seq1  AGTGTCTGAAGAATGGGAATGTTTATTTGTAGTGGTAGACAAAGAGCATC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTGAAGAATGGGAATGTTTATTTGTAGTGGTAGACAAAGAGCATC  637

seq1  AACTGAAATTCACCATGAAAATTCACTTCCTGGTGTTAACATTCCTAGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAATTCACCATGAAAATTCACTTCCTGGTGTTAACATTCCTAGAA  687

seq1  AATTCACTCAGTGGTGCTTATCAGCCATTTATTCAAAGATTACAATTCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACTCAGTGGTGCTTATCAGCCATTTATTCAAAGATTACAATTCTG  737

seq1  TTAATAAATAATTCCCAGTCTATGCTGGGAGATGACAAACATGAAAATTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAATAATTCCCAGTCTATGCTGGGAGATGACAAACATGAAAATTA  787

seq1  AGGTCCCTGAACTTAAATTTATAATTGCCATAAGCCAAAGAAAATAAATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCTGAACTTAAATTTATAATTGCCATAAGCCAAAGAAAATAAATG  837

seq1  CCTGTGATTCATTAATGTAAGCTTCAAATAAACAATAGTTAACAAGACAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATTCATTAATGTAAGCTTCAAATAAACAATAGTTAACAAGACAT  887

seq1  TGTATTCATTATAAAGCAAGATTTAATGGGGTATTTGGGTAAATTCAGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCATTATAAAGCAAGATTTAATGGGGTATTTGGGTAAATTCAGAC  937

seq1  ATTAGAATGCATCTGAGCATTGTTCCCCTCTGCAGAGATGTGCATAAATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAATGCATCTGAGCATTGTTCCCCTCTGCAGAGATGTGCATAAATT  987

seq1  CCACCCATGTCTAACTCATTCTCCAGCTGTGCCTGGTTCCACAGTGTCCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCATGTCTAACTCATTCTCCAGCTGTGCCTGGTTCCACAGTGTCCC  1037

seq1  TTATCTGGTGCAGATACCATTAACCAAGCAGC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGGTGCAGATACCATTAACCAAGCAGC  1069


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |