BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221J22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 30,903,926 - 31,044,195
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhf3, EG638995, Ptp4a1, EG435615, LOC669402
Upstream geneLOC665944, EG624138, LOC100040699
Downstream geneEG435616, 4931428L18Rik, LOC666020, Gluld1, 4930521A18Rik, EG226957, EG624262, LOC624275, LOC666056
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221J22.bB6Ng01-221J22.g
ACCGA036860GA036861
length1,1271,012
definitionB6Ng01-221J22.b B6Ng01-221J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,903,926 - 30,905,035)(31,043,187 - 31,044,195)
sequence
gaattcagtatcactaggctatttagtaaatttaaggacatcctgtacta
tatgagaccctgactaaaaaacaagtggagagtaaccaaggaagatacct
gacatggacctctggtctattcacgcacgcacgcactcacgcacgcactc
actcacgcacgcacacactcactcacgcacgcacgcacacctgcacactg
acacttccacaaagaaggaagcctcaagtaagcaagcagtaatgttgaca
cacatctacaaggttaaacattacaataattcactttctccctaagtcag
aacaaatgaagataaatgcttatgatccatgaaagaggtgaaaaccggaa
cctgcataaaagccttagacaagtgaagcagggtcaactcagaaattagc
caagtacttcactcaccttgaatgacgcgggagtgggaagaggcagagca
caaataagtggcaggcaagcttgaagctaccagtgactgctcaagaccac
tcagccaatcttgtaactgggtgcatgtccctcacagagactacatttcc
caacctaccttcctacggatgtgacaattactctctagactgtgaagccc
aagacccacaatgttaaatggagttatttccactctcaggtgaacctggc
actactaaaactgtggtcaaatattctgagtccacataacccagtaagtc
agctggaactttggaggaactccacaacagcaacagacacaggaaagaac
aaaggctgcaagatgttgtttctggtggagtcagtaggaaagtggggaat
gtctaactttttgaaatgtaaaatccaggtcatcaacaaggcttttcctt
ctttaggaaacagaacctgccactacaaagaaattgcaaacccaactagg
gtacatgaaaccacagaacagagaaaatgagcagggacaagacccagaca
agaatccccttgcaagttgctgggagtccccacaccactccatcttttac
tcagggctctactcagcggtccttcaaactaacaaagggacttaaagaat
cttttatcacctcatggctccttcttggacagaaaaacggtaaatattta
tgggaggtctaattatgaccaacataa

gaattctctcctctgactcaggcatccaggaatgggctcagctcattggt
ttgcttcttccaatatttgcaatttttttttcttttttgaacatgtggtg
ttaaggaactgtgtttgggtaggaatcattctgagtagaccaaaatagta
tttaactagttctatcatttgcaaaatggagagaagttacacctacattt
accggttaagttcacacctttgtgggtttatactgattaagttcaaactt
cttgattttcctaatcaagttctcaagaactcttccctcttgtctaatga
tgcaatatgctgaaaccacagatgcactttcaacaaaatttaaaatattg
ttttcaaatcaggtaaactggatccaggacccaaatccacgcccgccatg
attgacaaaatgggcaagtctttggaagacatcattgagctgaagaagat
ccagcaaggacttcacaacaggccttattccagagtgaatcgaggcgatg
ggcctaagaggtacaagcccgccatcacccatagtagcaggaagagactg
gcaccataccacagaccaaaacaacttccagacaagtggcagaatgtcct
cttctttggcagcttcagggctggaaaccacatggatactggtgggaagc
tgctcctgtcaaacctacactttggagtgtcagatgctgatattcagaaa
ctctttgctgaatttggaacattgagaaaatctgctgtgcactatgatcg
ctctggacaaagtttagggacagcacatgtgcactttgaaaggaaagcag
atgcccctgaaggctaggagagagtacaatggtgtcctattggatggccg
ccctatgaacatctagcttgtcacctcaacgattgatacacaaccaagac
ctgcacaaagcagaaacaggggctacatgacaagaaactctggctctgga
gggtttgggtggtggaaggcacagagagggatcacttggtaggcaagcat
ggaaaatggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_30903926_30905035
seq2: B6Ng01-221J22.b_46_1172

seq1  GAATTCAGTATCACTAGGCTATTTAGTAAATTTAAGGACATCCTGTACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATCACTAGGCTATTTAGTAAATTTAAGGACATCCTGTACTA  50

seq1  TATGAGACCCTGACTAAAAAACAAGTGGAGAGTAACCAAGGAAGATACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGACCCTGACTAAAAAACAAGTGGAGAGTAACCAAGGAAGATACCT  100

seq1  GACATGGACCTCTGGTCTATTCACGCACGCACGCACTCACGCACGCACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGACCTCTGGTCTATTCACGCACGCACGCACTCACGCACGCACTC  150

seq1  ACTCACGCACGCACACACTCACTCACGCACGCACGCACACCTGCACACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACGCACGCACACACTCACTCACGCACGCACGCACACCTGCACACTG  200

seq1  ACACTTCCACAAAGAAGGAAGCCTCAAGTAAGCAAGCAGTAATGTTGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCACAAAGAAGGAAGCCTCAAGTAAGCAAGCAGTAATGTTGACA  250

seq1  CACATCTACAAGGTTAAACATTACAATAATTCACTTTCTCCCTAAGTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTACAAGGTTAAACATTACAATAATTCACTTTCTCCCTAAGTCAG  300

seq1  AACAAATGAAGATAAATGCTTATGATCCATGAAAGAGGTGAAAACCGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGAAGATAAATGCTTATGATCCATGAAAGAGGTGAAAACCGGAA  350

seq1  CCTGCATAAAAGCCTTAGACAAGTGAAGCAGGGTCAACTCAGAAATTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATAAAAGCCTTAGACAAGTGAAGCAGGGTCAACTCAGAAATTAGC  400

seq1  CAAGTACTTCACTCACCTTGAATGACGCGGGAGTGGGAAGAGGCAGAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACTTCACTCACCTTGAATGACGCGGGAGTGGGAAGAGGCAGAGCA  450

seq1  CAAATAAGTGGCAGGCAAGCTTGAAGCTACCAGTGACTGCTCAAGACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAGTGGCAGGCAAGCTTGAAGCTACCAGTGACTGCTCAAGACCAC  500

seq1  TCAGCCAATCTTGTAACTGGGTGCATGTCCCTCACAGAGACTACATTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAATCTTGTAACTGGGTGCATGTCCCTCACAGAGACTACATTTCC  550

seq1  CAACCTACCTTCCTACGGATGTGACAATTACTCTCTAGACTGTGAAGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTACCTTCCTACGGATGTGACAATTACTCTCTAGACTGTGAAGCCC  600

seq1  AAGACCCACAATGTTAAATGGAGTTATTTCCACTCTCAGGTGAACCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCACAATGTTAAATGGAGTTATTTCCACTCTCAGGTGAACCTGGC  650

seq1  ACTACTAAAACTGTGGTCAAATATTCTGAGTCCACATAACCCAGTAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTAAAACTGTGGTCAAATATTCTGAGTCCACATAACCCAGTAAGTC  700

seq1  AGCTGGAACTTTGGAGGAACTCCACAACAGCAACAGACACAGGAAAGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAACTTTGGAGGAACTCCACAACAGCAACAGACACAGGAAAGAAC  750

seq1  AAAGGCTGCAAGATGTTGTTTCTGGTGGAGTCAGTAGGAAAGTGGGGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTGCAAGATGTTGTTTCTGGTGGAGTCAGTAGGAAAGTGGGGAAT  800

seq1  GTCTAACTTTTTGAAATGTAAAATCCAGGTCATCAACAAGGC-TTTCCTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTCTAACTTTTTGAAATGTAAAATCCAGGTCATCAACAAGGCTTTTCCTT  850

seq1  CTTTA-GAAACAGAACCTGCCACTACAAAGAAATTGCAAACCCAACTA-G  897
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTTTAGGAAACAGAACCTGCCACTACAAAGAAATTGCAAACCCAACTAGG  900

seq1  GTACATGAAACCACAGAACAGAGAAAATGAGCAGGGACAAGACCCAGACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGAAACCACAGAACAGAGAAAATGAGCAGGGACAAGACCCAGACA  950

seq1  AGAATCCCC-TGCAAGTTGCT-GGAGTCCCCACACCACTCCATC-TTTAC  994
      ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAATCCCCTTGCAAGTTGCTGGGAGTCCCCACACCACTCCATCTTTTAC  1000

seq1  TCAGGGCTCTACTCAGC-GTCCTTCAAACCTAACAAA-GGACTTAAAG-A  1041
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |
seq2  TCAGGGCTCTACTCAGCGGTCCTTCAAA-CTAACAAAGGGACTTAAAGAA  1049

seq1  TC-TTTATCA-CTCATTGCT-CTTCTT-GACAGAAAAAC-GTTAATAATT  1086
      || ||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||| || |||| ||
seq2  TCTTTTATCACCTCATGGCTCCTTCTTGGACAGAAAAACGGTAAATATTT  1099

seq1  ATGG--AGTC-AATTA-GACCAACATAA  1110
      ||||   ||| ||||| |||||||||||
seq2  ATGGGAGGTCTAATTATGACCAACATAA  1127


seq1: chr1_31043187_31044195
seq2: B6Ng01-221J22.g_64_1075 (reverse)

seq1  TCTCCATCTTCCCTGCTTGCCT-CCAAGTG-TCCCTCTTCTGGTGCC-TC  47
      ||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||| ||
seq2  TCTCCATTTTCCATGCTTGCCTACCAAGTGATCCCTC-TCT-GTGCCTTC  48

seq1  CACCA-CCAAACCCTCCAGAGCCAGAGTTTCTTGTCATGTAGCCCCTGTT  96
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCCAAACCCTCCAGAGCCAGAGTTTCTTGTCATGTAGCCCCTGTT  98

seq1  TCTGCTTTGTGCAGGTCTTGGTTGTGTATCAATCGTTGAGGTGACAAGCT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTGTGCAGGTCTTGGTTGTGTATCAATCGTTGAGGTGACAAGCT  148

seq1  AGATGTTCATAGGGCGGCCATCCAATAGGACACCATTGTACTCTCTCCTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTCATAGGGCGGCCATCCAATAGGACACCATTGTACTCTCTCCTA  198

seq1  GCCTTCA-GGGCATCTGCTTTCCTTTCAAAGTGCACATGTGCTGTCCCTA  245
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAGGGGCATCTGCTTTCCTTTCAAAGTGCACATGTGCTGTCCCTA  248

seq1  AACTTTGTCCAGAGCGATCATAGTGCACAGCAGATTTTCTCAATGTTCCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGTCCAGAGCGATCATAGTGCACAGCAGATTTTCTCAATGTTCCA  298

seq1  AATTCAGCAAAGAGTTTCTGAATATCAGCATCTGACACTCCAAAGTGTAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGCAAAGAGTTTCTGAATATCAGCATCTGACACTCCAAAGTGTAG  348

seq1  GTTTGACAGGAGCAGCTTCCCACCAGTATCCATGTGGTTTCCAGCCCTGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGACAGGAGCAGCTTCCCACCAGTATCCATGTGGTTTCCAGCCCTGA  398

seq1  AGCTGCCAAAGAAGAGGACATTCTGCCACTTGTCTGGAAGTTGTTTTGGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCAAAGAAGAGGACATTCTGCCACTTGTCTGGAAGTTGTTTTGGT  448

seq1  CTGTGGTATGGTGCCAGTCTCTTCCTGCTACTATGGGTGATGGCGGGCTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTATGGTGCCAGTCTCTTCCTGCTACTATGGGTGATGGCGGGCTT  498

seq1  GTACCTCTTAGGCCCATCGCCTCGATTCACTCTGGAATAAGGCCTGTTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTCTTAGGCCCATCGCCTCGATTCACTCTGGAATAAGGCCTGTTGT  548

seq1  GAAGTCCTTGCTGGATCTTCTTCAGCTCAATGATGTCTTCCAAAGACTTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCTTGCTGGATCTTCTTCAGCTCAATGATGTCTTCCAAAGACTTG  598

seq1  CCCATTTTGTCAATCATGGCGGGCGTGGATTTGGGTCCTGGATCCAGTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTTGTCAATCATGGCGGGCGTGGATTTGGGTCCTGGATCCAGTTT  648

seq1  ACCTGATTTGAAAACAATATTTTAAATTTTGTTGAAAGTGCATCTGTGGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATTTGAAAACAATATTTTAAATTTTGTTGAAAGTGCATCTGTGGT  698

seq1  TTCAGCATATTGCATCATTAGACAAGAGGGAAGAGTTCTTGAGAACTTGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATATTGCATCATTAGACAAGAGGGAAGAGTTCTTGAGAACTTGA  748

seq1  TTAGGAAAATCAAGAAGTTTGAACTTAATCAGTATAAACCCACAAAGGTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAAATCAAGAAGTTTGAACTTAATCAGTATAAACCCACAAAGGTG  798

seq1  TGAACTTAACCGGTAAATGTAGGTGTAACTTCTCTCCATTTTGCAAATGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTAACCGGTAAATGTAGGTGTAACTTCTCTCCATTTTGCAAATGA  848

seq1  TAGAACTAGTTAAATACTATTTTGGTCTACTCAGAATGATTCCTACCCAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTAGTTAAATACTATTTTGGTCTACTCAGAATGATTCCTACCCAA  898

seq1  ACACAGTTCCTTAACACCACATGTTCAAAAAAGAAAAAAAAATTGCAAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTTCCTTAACACCACATGTTCAAAAAAGAAAAAAAAATTGCAAAT  948

seq1  ATTGGAAGAAGCAAACCAATGAGCTGAGCCCATTCCTGGATGCCTGAGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAGAAGCAAACCAATGAGCTGAGCCCATTCCTGGATGCCTGAGTC  998

seq1  AGAGGAGAGAATTC  1009
      ||||||||||||||
seq2  AGAGGAGAGAATTC  1012


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |