BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221N02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 93,192,155 - 93,328,975
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2
Upstream geneCops8, Col6a3, Mlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f
Downstream geneTraf3ip1, Asb1, Twist2, Hdac4, LOC100040419, LOC665883
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221N02.bB6Ng01-221N02.g
ACCGA037004GA037005
length1,1281,002
definitionB6Ng01-221N02.b B6Ng01-221N02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,192,155 - 93,193,272)(93,327,985 - 93,328,975)
sequence
aggtttttccaggttttattgggacacctgcatccgggaggagtttggag
ctcgacgattggctactacacgcaagccacatgatgaaagctatgatgtg
tgtcattatagtgtctggtgtaacatcaggaattgcaagaatgtgtcaaa
ctgtcccagggagctgttacaggtgtgttacattgctgttgtgtgataac
aaagtcaatgttaaggacaggaagtgaaggcccaggatggtccacatcat
ctaagataaagacgagaatctgagaaaggggaagcaggagcccgagtcta
atttcatagaggactgcctgggatgcagtcagctcagcaccacttaacca
tcattcagctaagtaggtgttcagttcttcatgctgacgaagattgggtg
ggtttcagagtgaatgtgacactttaaaacacacgttcaggctcgccctc
tcctctgcgtcctcggccactgcgaaagaagggaacatgccaaagaaaaa
gaccggtgtgaggaagaaggcagagaaccgccgagaactcgagaaacaac
tgcgagcatcaagaagtactgtcgacctagccaaacacccatgcaatgct
tcaatggaatgcgacaaatgtcagaggcggcagaagaatagagcattttg
ctattgttgtaattctgttcagaagttaccaatttgtgcacagtgtggga
aaacaaagtgtatgatgaagtcttcagactgtgttatcaagcatgctggt
gtgtacagtactggccttgttatggtgggtgcaatatgtgacttctgcga
agcttgggtttgccatgggaggaagtgtcttagcacccatgcctgtgcct
gaatgtgagcaaggggtatgggaccatggaggaagaatattcagctgttc
gttttgccataattttctctgtgaagatgaccagtttgagcatcaagcca
gctgccagttttagaagcagaaaacatttaatgtgtttctgcagtcaact
tgggccagcaatcatgtctcgctgtaaggcttgtttctgtgatgaacatt
ccagagccaagttgtttaagcaagaaaaagaaactaccttcttgcctaat
gtggccatgcacacaggagacaagatct
gaattccaggacagccagggctacacagagaaaccatgcttcaaaacaga
acaacaacaaaaagaaaacaagacaccccactttcctctgcttttgtctc
aggacagcagggggtgctgctggcttttctggcttattgctctatgtgag
gactgggaaggtctccccctgagtgtgcttaacttcatccttgctctaca
aagcaacaagggctgcccctctgtgtccagccaacaagtgcagatcctac
tgtccagaaggccctggttaccttatgacccactagagcatgcaatctgt
gtttccctacccgcagtagacagtaaggtgctggctgttgggcatacacc
agtgaataaactatcacttgttgctcaagatccctcaggagggcgagcat
gtggctctcatggtgaccacaagcggcatccacagcctagtgcctgggcg
cccattgctgtatgatcattgtcaccagaattgtccctgattgtacggtg
ctctgagtcttgagatatttctaccttagtatctaaggcaagcccaggtt
ccactgtttaaagtcagcctgcctcctggataacttagtgagaccatatc
tttaatcaatcaatcaatcaatcaatcaatcaataaaagaaaaaaagaaa
aagaaaagccaggtatgatggtcccagcacttgagaggcagaagtcagca
gatttctgtgagttcaaagccagcctggtctacataacaagttccaagcc
agccagggctgtagtgagaatttgtttctaagtaaacaaacatctaatga
tgcatgggctacagaggtagttcatggtggagtacctgagctgcacaagc
aaaggtccggtattcagtctagcctgctctgcccaggaggataagacatc
tgtgtctaactggccacaagttcaatattattagggcccatccttttttc
taccctgagcttctgaggccctgagaatggtcctaaccatgtgtgcagtt
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_93192155_93193272
seq2: B6Ng01-221N02.b_20_1128

seq1  TGGGACACCTGCATCCGGGAGGAGTTTGGAGCTCGACGATTGGCTACTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACACCTGCATCCGGGAGGAGTTTGGAGCTCGACGATTGGCTACTAC  50

seq1  ACGCAAGCCACATGATGAAAGCTATGATGTGTGTCATTATAGTGTCTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAAGCCACATGATGAAAGCTATGATGTGTGTCATTATAGTGTCTGGT  100

seq1  GTAACATCAGGAATTGCAAGAATGTGTCAAACTGTCCCAGGGAGCTGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACATCAGGAATTGCAAGAATGTGTCAAACTGTCCCAGGGAGCTGTTA  150

seq1  CAGGTGTGTTACATTGCTGTTGTGTGATAACAAAGTCAATGTTAAGGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTGTTACATTGCTGTTGTGTGATAACAAAGTCAATGTTAAGGACA  200

seq1  GGAAGTGAAGGCCCAGGATGGTCCACATCATCTAAGATAAAGACGAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGAAGGCCCAGGATGGTCCACATCATCTAAGATAAAGACGAGAAT  250

seq1  CTGAGAAAGGGGAAGCAGGAGCCCGAGTCTAATTTCATAGAGGACTGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAAGGGGAAGCAGGAGCCCGAGTCTAATTTCATAGAGGACTGCCT  300

seq1  GGGATGCAGTCAGCTCAGCACCACTTAACCATCATTCAGCTAAGTAGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCAGTCAGCTCAGCACCACTTAACCATCATTCAGCTAAGTAGGTG  350

seq1  TTCAGTTCTTCATGCTGACGAAGATTGGGTGGGTTTCAGAGTGAATGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTTCATGCTGACGAAGATTGGGTGGGTTTCAGAGTGAATGTGA  400

seq1  CACTTTAAAACACACGTTCAGGCTCGCCCTCTCCTCTGCGTCCTCGGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTAAAACACACGTTCAGGCTCGCCCTCTCCTCTGCGTCCTCGGCCA  450

seq1  CTGCGAAAGAAGGGAACATGCCAAAGAAAAAGACCGGTGTGAGGAAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGAAAGAAGGGAACATGCCAAAGAAAAAGACCGGTGTGAGGAAGAAG  500

seq1  GCAGAGAACCGCCGAGAACTCGAGAAACAACTGCGAGCATCAAGAAGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAACCGCCGAGAACTCGAGAAACAACTGCGAGCATCAAGAAGTAC  550

seq1  TGTCGACCTAGCCAAACACCCATGCAATGCTTCAATGGAATGCGACAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGACCTAGCCAAACACCCATGCAATGCTTCAATGGAATGCGACAAAT  600

seq1  GTCAGAGGCGGCAGAAGAATAGAGCATTTTGCTATTGTTGTAATTCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGGCGGCAGAAGAATAGAGCATTTTGCTATTGTTGTAATTCTGTT  650

seq1  CAGAAGTTACCAATTTGTGCACAGTGTGGGAAAACAAAGTGTATGATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTTACCAATTTGTGCACAGTGTGGGAAAACAAAGTGTATGATGAA  700

seq1  GTCTTCAGACTGTGTTATCAAGCATGCTGGTGTGTACAGTACTGGCCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAGACTGTGTTATCAAGCATGCTGGTGTGTACAGTACTGGCCTTG  750

seq1  TTATGGTGGGTGCAATATGTGACTTCTGCGAAGCTTGGGTTTGCCATGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTGGGTGCAATATGTGACTTCTGCGAAGCTTGGGTTTGCCATGGG  800

seq1  AGGAAGTGTCTTAGCACCCATGCCTGTGCCTGAATGTGAGCAAGGGGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTGTCTTAGCACCCATGCCTGTGCCTGAATGTGAGCAAGGGGTAT  850

seq1  GGGACCATGGAGGAAGAATATTCAGCTGTTCGTTTTGCCATAATTTTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCATGGAGGAAGAATATTCAGCTGTTCGTTTTGCCATAATTTTCTC  900

seq1  TGTGAAGATGACCAGTTTGAGCATCAAGCCAGCTGCCAAGTTTTAGAAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTGAAGATGACCAGTTTGAGCATCAAGCCAGCTGCC-AGTTTTAGAAGC  949

seq1  AG-AAACATTTAAATGTGTTTCCTGCAGTCAACTT-GGCCAGCATTCATG  998
      || |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  AGAAAACATTT-AATGTGTTT-CTGCAGTCAACTTGGGCCAGCAATCATG  997

seq1  TCTCCGCTGTAAGGCTTGTTTCTGTGATGAACATACAAGGAGCAAAG-TG  1047
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||| ||
seq2  TCT-CGCTGTAAGGCTTGTTTCTGTGATGAACATTCCA-GAGCCAAGTTG  1045

seq1  TTTAAGCAAGAAAAAGGAAAACAACCTCCTTGCCCTAAATGTGGGCATGA  1097
      ||||||||||||||||  |||| |||| ||||||   ||||||| |||| 
seq2  TTTAAGCAAGAAAAAG--AAACTACCTTCTTGCC--TAATGTGGCCATG-  1090

seq1  AACACAGGAGACAAAGGATCT  1118
       |||||||||||||  |||||
seq2  CACACAGGAGACAA--GATCT  1109

seq1: chr1_93327985_93328975
seq2: B6Ng01-221N02.g_69_1068 (reverse)

seq1  AACTGCACA---TGTTAGGACCATTCTCAGGG-CTCAG-AGCTCAGGGTA  45
      |||||||||    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  AACTGCACACATGGTTAGGACCATTCTCAGGGCCTCAGAAGCTCAGGGTA  50

seq1  G--AAAAGGATGGG-CCTTATAATATTGAACTTGTGGCCAGTTAGACACA  92
      |  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAAAAAGGATGGGCCCTAATAATATTGAACTTGTGGCCAGTTAGACAC-  99

seq1  AGATGTCTTATCCTCCTGGGCAGAGCAGGCTAGACTGAATACCGGACC-T  141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGATGTCTTATCCTCCTGGGCAGAGCAGGCTAGACTGAATACCGGACCTT  149

seq1  TGCTTGTGCAGCTCAGGTACTCCACCATGAACTACCTCTGTAGCCCATGC  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTGCAGCTCAGGTACTCCACCATGAACTACCTCTGTAGCCCATGC  199

seq1  ATCATTAGATGTTTGTTTACTTAGAAACAAATTCTCACTACAGCCCTGGC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTAGATGTTTGTTTACTTAGAAACAAATTCTCACTACAGCCCTGGC  249

seq1  TGGCTTGGAACTTGTTATGTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTCACAGAAAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGGAACTTGTTATGTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTCACAGAAAT  299

seq1  CTGCTGACTTCTGCCTCTCAAGTGCTGGGACCATCATACCTGGCTTTTCT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGACTTCTGCCTCTCAAGTGCTGGGACCATCATACCTGGCTTTTCT  349

seq1  TTTTCTTTTTTTCTTTTATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATT-A  390
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTTCTTTTTTTCTTTTATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTAA  399

seq1  AGATATGGTCTCACTAAGTTATCCAGGAGGCAGGCTGACTTTAAACAGTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGGTCTCACTAAGTTATCCAGGAGGCAGGCTGACTTTAAACAGTG  449

seq1  GAACCTGGGCTTGCCTTAGATACTAAGGTAGAAATATCTCAAGACTCAGA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGGGCTTGCCTTAGATACTAAGGTAGAAATATCTCAAGACTCAGA  499

seq1  GCACCGTACAATCAGGGACAATTCTGGTGACAATGATCATACAGCAATGG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCGTACAATCAGGGACAATTCTGGTGACAATGATCATACAGCAATGG  549

seq1  GCGCCCAGGCACTAGGCTGTGGATGCCGCTTGTGGTCACCATGAGAGCCA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCCAGGCACTAGGCTGTGGATGCCGCTTGTGGTCACCATGAGAGCCA  599

seq1  CATGCTCGCCCTCCTGAGGGATCTTGAGCAACAAGTGATAGTTTATTCAC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCGCCCTCCTGAGGGATCTTGAGCAACAAGTGATAGTTTATTCAC  649

seq1  TGGTGTATGCCCAACAGCCAGCACCTTACTGTCTACTGCGGGTAGGGAAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTATGCCCAACAGCCAGCACCTTACTGTCTACTGCGGGTAGGGAAA  699

seq1  CACAGATTGCATGCTCTAGTGGGTCATAAGGTAACCAGGGCCTTCTGGAC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATTGCATGCTCTAGTGGGTCATAAGGTAACCAGGGCCTTCTGGAC  749

seq1  AGTAGGATCTGCACTTGTTGGCTGGACACAGAGGGGCAGCCCTTGTTGCT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGATCTGCACTTGTTGGCTGGACACAGAGGGGCAGCCCTTGTTGCT  799

seq1  TTGTAGAGCAAGGATGAAGTTAAGCACACTCAGGGGGAGACCTTCCCAGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAGCAAGGATGAAGTTAAGCACACTCAGGGGGAGACCTTCCCAGT  849

seq1  CCTCACATAGAGCAATAAGCCAGAAAAGCCAGCAGCACCCCCTGCTGTCC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACATAGAGCAATAAGCCAGAAAAGCCAGCAGCACCCCCTGCTGTCC  899

seq1  TGAGACAAAAGCAGAGGAAAGTGGGGTGTCTTGTTTTCTTTTTGTTGTTG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAAAAGCAGAGGAAAGTGGGGTGTCTTGTTTTCTTTTTGTTGTTG  949

seq1  TTCTGTTTTGAAGCATGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAATT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTTGAAGCATGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAATT  999

seq1  C  991
      |
seq2  C  1000