BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222C14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 142,284,698 - 142,437,726
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnt2
Upstream geneZbtb41, Aspm, F13b, Cfhr1, EG624286, EG214403, BC026782, LOC545399, EG545367, Cfh
Downstream geneEG226472
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222C14.bB6Ng01-222C14.g
ACCGA037258GA037259
length5911,130
definitionB6Ng01-222C14.b B6Ng01-222C14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,284,698 - 142,285,293)(142,436,591 - 142,437,726)
sequence
ttttgtctgtgcaatgtcttttgtgcttttatatgcactgtaagattttt
ttttctatttcttgatgaatactatgaaaagtatatagagttttattgtg
attgaattcgaaatgtagatttttgaggcctttttgtttttatcttttga
agtttttttttttttaaatttggtaagggatatttatttttattttttag
tatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgcatgcatgtatgtatgca
tgtttctattttttagagagggtcttactatgtagctctgtcctggtact
ccataactctacctacctttgcctcttgagtattgggataagcgttgtct
tctcccaccagcagcttttaggttgcttctaatcattctctttacagttt
tactctaccagttcacaagcctaggaagtctgtctgtcctctagtgtctt
ttcctttctgcattcagaactttaaaatttcccttttataaatcttttag
tttcttggataaataatagtgtgcaggttctcttgtaaaatattttctga
aattttcatgaataattagagatgtccaaatacttgagaat
gaattctcttgatctgttctagttctctcagatgctaggacatgagctac
aagacaaaaaaaagtgaaactaaaaagaatcccaggtgtgcttggtggaa
tagccaacttcctcttacaaattttgcttgcatttggtcataaggggttt
tggggggaaatacaaacttcttgacatctatcacctattttctgaactat
ttcatcccaacaaaggagggaaattaagaccacagaccaaacggttaaca
agaaatgactatgtcttcctatatgtatatgtatatgtatatgtatatgc
atatgcatatgtatatgtacacacatatatacatacatatgtgtctatat
attgtattaatttaaataattatatgacttaatatataattaatatatta
ttaattaattgtactattattaagtagatagatagatagatagatagata
gatagatagatagatacaagggggaaatttgtagaatcaaatgaagtcat
tcctagtgtggtggggcatgtttataatcccatgatgtgtggttatatgt
ggttatatgtgccttgtgtcgttgatgcaatacaatcataagactgagga
ctgcatggcttcacaatgactatttgtttcacagccatcaacagaaatgg
attgccatgtgatgtagcaaagattcttttttttttttaactttatctgc
atttattttatgctgaatttattcccaggccatgagtttttgtttcttca
gtttcttctgggatatctttttcttctgtgcagtctcctcttctggcttt
ggaacaatctatgcctgacttaatgctgagggcaatgcctgtggagtgac
aaatggctttagaacctatggaatgaggccaacaagtaaccacacccaca
tttggtgagccttgtcatggcacaaccccaaggactatgtgacttggagt
tctgatctgctttctgccctcacatccctataatctaagaaagatatgaa
aactttaaggggtttcattcccttatgggcagtaacttctcgcactcaca
ataatatagctgatctctttccaggcgtgctgctaggtacatctagagag
actttagatggtagatggtcaggcaatgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_142284698_142285293
seq2: B6Ng01-222C14.b_46_642

seq1  GAATTCTTTTGTCTGTGCAATGTCTTTTGTGCTTTTATATGCACTGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTCTGTGCAATGTCTTTTGTGCTTTTATATGCACTGTAAG  50

seq1  ATTTTTTTTTCTATTTCTTGATGAATACTATGAAAAGTATATAGAGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTTCTATTTCTTGATGAATACTATGAAAAGTATATAGAGTTTT  100

seq1  ATTGTGATTGAATTCGAAATGTAGATTTTTGAGGCCTTTTTGTTTTTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGATTGAATTCGAAATGTAGATTTTTGAGGCCTTTTTGTTTTTATC  150

seq1  TTTTGAAGTTTTTTTTTTTTTAAATTTGGTAAGGGATATTTATTTTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAGTTTTTTTTTTTTTAAATTTGGTAAGGGATATTTATTTTTATT  200

seq1  TTTTAGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATGCATGTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATGCATGTATG  250

seq1  TATGCATGTTTCTATTTTTTAGAGAGGGTCTTACTATGTAGCTCTGTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGTTTCTATTTTTTAGAGAGGGTCTTACTATGTAGCTCTGTCCT  300

seq1  GGTACTCCATAACTCTACCTACCTTTGCCTCTTGAGTATTGGGATAAGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTCCATAACTCTACCTACCTTTGCCTCTTGAGTATTGGGATAAGCG  350

seq1  TTGTCTTCTCCCACCAGCAGCTTTTAGGTTGCTTCTAATCATTCTCTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCTCCCACCAGCAGCTTTTAGGTTGCTTCTAATCATTCTCTTTA  400

seq1  CAGTTTTACTCTACCAGTTCACAAGCCTAGGAAGTCTGTCTGTCCTCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTACTCTACCAGTTCACAAGCCTAGGAAGTCTGTCTGTCCTCTAG  450

seq1  TGTCTTTTCCTTTCTGCATTCAGAACTTTAAAATTTCCCTTTTATAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTTCCTTTCTGCATTCAGAACTTTAAAATTTCCCTTTTATAAATC  500

seq1  TTTTAGTTTCTTGGATAAATAATAGTGTGCAGGTTCTCTTGTAAAATA-T  549
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTTAGTTTCTTGGATAAATAATAGTGTGCAGGTTCTCTTGTAAAATATT  550

seq1  TTCTGAAATTTTCATGAATAATTAGAGATGTCCAAATACTTGAGAAT  596
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAATTTTCATGAATAATTAGAGATGTCCAAATACTTGAGAAT  597

seq1: chr1_142436591_142437726
seq2: B6Ng01-222C14.g_67_1196 (reverse)

seq1  GTCATTGCTTGACAATCTACACATCTAAGTTCTTCTCTAGGATTGTACCC  50
      |||||||| |||| |||||| |||||||  || |||||||   |||| ||
seq2  GTCATTGCCTGACCATCTAC-CATCTAAAGTC-TCTCTAG--ATGTA-CC  45

seq1  TAGCAGCAACGCCT-GAAAGAGATCAAGCTATATTATTGTGAGTGCGAG-  98
      ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAGCAGC-ACGCCTGGAAAGAGATC-AGCTATATTATTGTGAGTGCGAGA  93

seq1  AGTTACTGCCCATAAGGGAATGGAAACCCCCTTAAAGTTTTCATATCTTT  148
      ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTGCCCATAAGGGAATG--AAACCCCTTAAAGTTTTCATATCTTT  141

seq1  CTTAGATTAATAGGGATGTGAGGGCAGAAAGCAGATCAGAACTCCAAGTC  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATT-ATAGGGATGTGAGGGCAGAAAGCAGATCAGAACTCCAAGTC  190

seq1  ACATAGTCCTTGGGGTTGTGCCATGACAAGGCTCACC-AATGTGGGTGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACATAGTCCTTGGGGTTGTGCCATGACAAGGCTCACCAAATGTGGGTGTG  240

seq1  GTTACTTGTTGGCCTCATTCCATAGGTTCTAAAGCCATTTGTCACTCCAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTGTTGGCCTCATTCCATAGGTTCTAAAGCCATTTGTCACTCCAC  290

seq1  AGGCATTGCCCTCAGCATTAAGTCAGGCATAGATTGTTCCAAAGCCAGAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTGCCCTCAGCATTAAGTCAGGCATAGATTGTTCCAAAGCCAGAA  340

seq1  GAGGAGACTGCACAGAAGAAAAAGATATCCCAGAAGAAACTGAAGAAACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGACTGCACAGAAGAAAAAGATATCCCAGAAGAAACTGAAGAAACA  390

seq1  AAAACTCATGGCCTGGGAATAAATTCAGCATAAAATAAATGCAGATAAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCATGGCCTGGGAATAAATTCAGCATAAAATAAATGCAGATAAAG  440

seq1  TT-AAAAAAAAAAAGAATCTTTGCTACATCACATGGCAATCCATTTCTGT  496
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAAAAAAAGAATCTTTGCTACATCACATGGCAATCCATTTCTGT  490

seq1  TGATGGCTGTGAAACAAATAGTCATTGTGAAGCCATGCAGTCCTCAGTCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCTGTGAAACAAATAGTCATTGTGAAGCCATGCAGTCCTCAGTCT  540

seq1  TATGATTGTATTGCATCAACGACACAAGGCACATATAACCACATATAACC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTGTATTGCATCAACGACACAAGGCACATATAACCACATATAACC  590

seq1  ACACATCATGGGATTATAAACATGCCCCACCACACTAGGAATGACTTCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCATGGGATTATAAACATGCCCCACCACACTAGGAATGACTTCAT  640

seq1  TTGATTCTACAAATTTCCCCCTTGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCTACAAATTTCCCCCTTGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  690

seq1  TCTATCTATCTATCTACTTAATAATAGTACAATTAATTAATAATATATTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTACTTAATAATAGTACAATTAATTAATAATATATTA  740

seq1  ATTATATATTAAGTCATATAATTATTTAAATTAATACAATATATAGACAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATTAAGTCATATAATTATTTAAATTAATACAATATATAGACAC  790

seq1  ATATGTATGTATATATGTGTGTACATATACATATGCATATGCATATACAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTATATATGTGTGTACATATACATATGCATATGCATATACAT  840

seq1  ATACATATACATATACATATAGGAAGACATAGTCATTTCTTGTTAACCGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATACATATACATATAGGAAGACATAGTCATTTCTTGTTAACCGT  890

seq1  TTGGTCTGTGGTCTTAATTTCCCTCCTTTGTTGGGATGAAATAGTTCAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTGTGGTCTTAATTTCCCTCCTTTGTTGGGATGAAATAGTTCAGA  940

seq1  AAATAGGTGATAGATGTCAAGAAGTTTGTATTTCCCCCCAAAACCCCTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGTGATAGATGTCAAGAAGTTTGTATTTCCCCCCAAAACCCCTTA  990

seq1  TGACCAAATGCAAGCAAAATTTGTAAGAGGAAGTTGGCTATTCCACCAAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAATGCAAGCAAAATTTGTAAGAGGAAGTTGGCTATTCCACCAAG  1040

seq1  CACACCTGGGATTCTTTTTAGTTTCACTTTTTTTTGTCTTGTAGCTCATG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTGGGATTCTTTTTAGTTTCACTTTTTTTTGTCTTGTAGCTCATG  1090

seq1  TCCTAGCATCTGAGAGAACTAGAACAGATCAAGAGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCATCTGAGAGAACTAGAACAGATCAAGAGAATTC  1130