BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222K11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 116,181,986 - 116,313,504
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC227506
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222K11.bB6Ng01-222K11.g
ACCGA037615GA037616
length1,1831,026
definitionB6Ng01-222K11.b B6Ng01-222K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,312,310 - 116,313,504)(116,181,986 - 116,182,957)
sequence
gaattcatcagtgagttctcatcacatttaggtgtgtgatattagagcaa
agcagagagtgaatgtctcagaagcaagactgtgatgactcttacaaaaa
cgtcaagtgctagaataaaaatcccgtttcacatgtgtccatcattcttc
tttttcagttatcattaccctcctgttttcttgtttctgcatcctctcat
taaattactggaattttggtaatatatttccttttacaacctaaactttc
ctaaacttcgctatgtagtcaaagtggctttgaattcccacatctatctg
ccaatttctatgattacattcatataccataagcctaattgatatgctgc
tgaagaccaaacccagattcttgtgagttataagcaagtattctactaaa
tatgctacataacaagctcaagaataatttccctttcctttttttcttag
catattatgataccacctttgaagtaattaatgaaacatgatttagatag
ttgtaaatggtcaggataaaacattattatttttcatatatccattagcc
attgacacagacatcaaactctgtatattaatgagggcatatctaaggat
ttacttggaatggactctacaaaagttattttccaatgctgggttccaaa
attgggagcaaacgtttaagcaccagcatttttttaacagctacataaac
gctaagttggtttgacttttaaatgaagagtgttttcttccctcaaacaa
gaccacctggagacatattgcaaaatgttaatgtattctgattattttta
attcaaaagaaggccatagcctataattaagtgtgttcacctataatttt
gacttattgcataagaacaatcaagaggagccatgtaagggatttgagta
aagattatgagggaaggatataggcatgctgccaccaaatgagaaagata
aaaattcaaggagatatgatatgatagacaggattcacaatgtatgttac
attacatgtgggagtgtcttaatttgctttctgtattatgaaaaagactg
tgagcaagcactttgggtagatgtggtcttaaacatcccattatcatcat
taaaggaggccaagatggaaatccaagcagagccaggaactgagtcagaa
cttaggagagactattgaagaatgttcttacaa

gaattcatttccactgcttccctgctgcagttgtctccacctcagtctcc
actgtgccaccacactgccctgtgctgagttgggtcaagcaggtccagca
agaggcccattaggtagtgaggactgtggcagagcttcagttagcatttc
agaagagcagatctcttcccaagtgttacaactcttaggacagaagcact
cagatgtttgagtagttctcacacccctttaatccttctggatatgattc
ttatatacagttttggggtaggtcagggtctggcagcaggtgcttttcat
tgacttgatctgagagcatggggaacacttatttgtatgtggaagggctt
agtgtgctgctcctaaatgtctaatggccatacacttctctgagtggggc
tgagggaggatgtagatgtaacaggagcagggatccaaggggtgtggcag
aacacttgcagtcccttgcaggtgacagtaacctactaggtctctagggt
tctaaaccagagctcaaccatgagccaggctgcctaattacagtgagctg
ccccacaattaattgcatccatgtatgttgggacattaatgaaattgttt
gttttccctgagggatctttagattaggtaaaaacactttctctttgatt
ctcacactaaactgcattataatactaatggtttgccttagaattttccc
acccatattatgataaggttctatttgaggaacaaaatagctaaattcct
tttccatgtaaggaagtgtcttggcttcacaatctgaattgttaaaattt
catattttgaaagatgtggttttgatattagttttaattttatgaccaat
attccattaattttcatacatttggtgcatgacattttggtaaactttat
ggtgaaagaaagtataatctacaatattggaatatagttcaagtgtataa
agttcaacttgaataaccgagtaaatatatcatgcatgataggattgatg
gtaggattaaccaaaaactggctcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_116312310_116313504
seq2: B6Ng01-222K11.b_45_1227 (reverse)

seq1  TTGTAAGAACCATTCTTTCATAGTCTCTCCTTAAGTTCCTGACTCCAGGT  50
      ||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||| |||||||   ||
seq2  TTGTAAGAA-CATTCTTCAATAGTCTCTCC-TAAGTT-CTGACTC--AGT  45

seq1  TCCT-GCTCTGCTTGGATTCCAATCTTGGCTTCCTTTAATGATTGATAAT  99
      |||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||| 
seq2  TCCTGGCTCTGCTTGGATTTCCATCTTGGCCTCCTTTAATGA-TGATAA-  93

seq1  TGGGATGTTTAAGA-CACATCCTACCAAAGTTGCTTTGCTCACAGTCTTT  148
      |||||||||||||| ||||| ||||| ||  ||| |||||||||||||||
seq2  TGGGATGTTTAAGACCACAT-CTACCCAAAGTGC-TTGCTCACAGTCTTT  141

seq1  TTCATAATAACAGAAAGCAAATTAAGACACTCCCACATGTAATGTAACAT  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAAT-ACAGAAAGCAAATTAAGACACTCCCACATGTAATGTAACAT  190

seq1  ACATTGTGAATCCTTGTCTATCATATCATATCTCCTTGAATTTTTATTCT  248
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACATTGTGAATCC-TGTCTATCATATCATATCTCCTTGAATTTTTA-TCT  238

seq1  TTCTCATTTTGGTGGCAGCATGCCTATATCCTTCCCTCATAATCTTTACT  298
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCA-TTTGGTGGCAGCATGCCTATATCCTTCCCTCATAATCTTTACT  287

seq1  CAAATCCCTTACATGGCTCCTCTTGATTGTTCTTATGCAATAAGTCAAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCTTACATGGCTCCTCTTGATTGTTCTTATGCAATAAGTCAAAA  337

seq1  TTATAGGTGAACACACTTAATTATAGGCTATGGCCTTCTTTTGAATTAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGTGAACACACTTAATTATAGGCTATGGCCTTCTTTTGAATTAAA  387

seq1  AATAATCAGAATACATTAACATTTTGCAATATGTCTCCAGGTGGTCTTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCAGAATACATTAACATTTTGCAATATGTCTCCAGGTGGTCTTGT  437

seq1  TTGAGGGAAGAAAACACTCTTTCATTTAAAAGTCAAACCAACTTAGCGTT  498
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGAAGAAAACACTC-TTCATTTAAAAGTCAAACCAACTTAGCGTT  486

seq1  TATGTAGCTGTTAAAAAAATGCTGGTGCTTAAACGTTTGCTCCCAATTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGCTGTTAAAAAAATGCTGGTGCTTAAACGTTTGCTCCCAATTTT  536

seq1  GGAACCCAGCATTGGAAAATAACTTTTGTAGAGTCCATTCCAAGTAAATC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCAGCATTGGAAAATAACTTTTGTAGAGTCCATTCCAAGTAAATC  586

seq1  CTTAGATATGCCCTCATTAATATACAGAGTTTGATGTCTGTGTCAATGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATATGCCCTCATTAATATACAGAGTTTGATGTCTGTGTCAATGGC  636

seq1  TAATGGATATATGAAAAATAATAATGTTTTATCCTGACCATTTACAACTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGATATATGAAAAATAATAATGTTTTATCCTGACCATTTACAACTA  686

seq1  TCTAAATCATGTTTCATTAATTACTTCAAAGGTGGTATCATAATATGCTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATCATGTTTCATTAATTACTTCAAAGGTGGTATCATAATATGCTA  736

seq1  AGAAAAAAAGGAAAGGGAAATTATTCTTGAGCTTGTTATGTAGCATATTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAAAGGAAAGGGAAATTATTCTTGAGCTTGTTATGTAGCATATTT  786

seq1  AGTAGAATACTTGCTTATAACTCACAAGAATCTGGGTTTGGTCTTCAGCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAATACTTGCTTATAACTCACAAGAATCTGGGTTTGGTCTTCAGCA  836

seq1  GCATATCAATTAGGCTTATGGTATATGAATGTAATCATAGAAATTGGCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATCAATTAGGCTTATGGTATATGAATGTAATCATAGAAATTGGCAG  886

seq1  ATAGATGTGGGAATTCAAAGCCACTTTGACTACATAGCGAAGTTTAGGAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGTGGGAATTCAAAGCCACTTTGACTACATAGCGAAGTTTAGGAA  936

seq1  AGTTTAGGTTGTAAAAGGAAATATATTACCAAAATTCCAGTAATTTAATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGGTTGTAAAAGGAAATATATTACCAAAATTCCAGTAATTTAATG  986

seq1  AGAGGATGCAGAAACAAGAAAACAGGAGGGTAATGATAACTGAAAAAGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATGCAGAAACAAGAAAACAGGAGGGTAATGATAACTGAAAAAGAA  1036

seq1  GAATGATGGACACATGTGAAACGGGATTTTTATTCTAGCACTTGACGTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATGGACACATGTGAAACGGGATTTTTATTCTAGCACTTGACGTTT  1086

seq1  TTGTAAGAGTCATCACAGTCTTGCTTCTGAGACATTCACTCTCTGCTTTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGAGTCATCACAGTCTTGCTTCTGAGACATTCACTCTCTGCTTTG  1136

seq1  CTCTAATATCACACACCTAAATGTGATGAGAACTCACTGATGAATTC  1195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATATCACACACCTAAATGTGATGAGAACTCACTGATGAATTC  1183


seq1: chr1_116181986_116182957
seq2: B6Ng01-222K11.g_126_1092

seq1  CCACACTGCCCTGTGCTGAGTTGGGTCAAGCAGGTCCAGCAAGAGGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTGCCCTGTGCTGAGTTGGGTCAAGCAGGTCCAGCAAGAGGCCCA  50

seq1  TTAGGTAGTGAGGACTGTGGCAGAGCTTCAGTTAGCATTTCAGAAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTAGTGAGGACTGTGGCAGAGCTTCAGTTAGCATTTCAGAAGAGCA  100

seq1  GATCTCTTCCCAAGTGTTACAACTCTTAGGACAGAAGCACTCAGATGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTTCCCAAGTGTTACAACTCTTAGGACAGAAGCACTCAGATGTTT  150

seq1  GAGTAGTTCTCACACCCCTTTAATCCTTCTGGATATGATTCTTATATACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGTTCTCACACCCCTTTAATCCTTCTGGATATGATTCTTATATACA  200

seq1  GTTTTGGGGTAGGTCAGGGTCTGGCAGCAGGTGCTTTTCATTGACTTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGGGTAGGTCAGGGTCTGGCAGCAGGTGCTTTTCATTGACTTGAT  250

seq1  CTGAGAGCATGGGGAACACTTATTTGTATGTGGAAGGGCTTAGTGTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGCATGGGGAACACTTATTTGTATGTGGAAGGGCTTAGTGTGCTG  300

seq1  CTCCTAAATGTCTAATGGCCATACACTTCTCTGAGTGGGGCTGAGGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAAATGTCTAATGGCCATACACTTCTCTGAGTGGGGCTGAGGGAGG  350

seq1  ATGTAGATGTAACAGGAGCAGGGATCCAAGGGGTGTGGCAGAACACTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGATGTAACAGGAGCAGGGATCCAAGGGGTGTGGCAGAACACTTGC  400

seq1  AGTCCCTTGCAGGTGACAGTAACCTACTAGGTCTCTAGGGTTCTAAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTTGCAGGTGACAGTAACCTACTAGGTCTCTAGGGTTCTAAACCA  450

seq1  GAGCTCAACCATGAGCCAGGCTGCCTAATTACAGTGAGCTGCCCCACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCAACCATGAGCCAGGCTGCCTAATTACAGTGAGCTGCCCCACAAT  500

seq1  TAATTGCATCCATGTATGTTGGGACATTAATGAAATTGTTTGTTTTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCATCCATGTATGTTGGGACATTAATGAAATTGTTTGTTTTCCCT  550

seq1  GAGGGATCTTTAGATTAGGTAAAAACACTTTCTCTTTGATTCTCACACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATCTTTAGATTAGGTAAAAACACTTTCTCTTTGATTCTCACACTA  600

seq1  AACTGCATTATAATACTAATGGTTTGCCTTAGAATTTTCCCACCCATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCATTATAATACTAATGGTTTGCCTTAGAATTTTCCCACCCATATT  650

seq1  ATGATAAGGTTCTATTTGAGGAACAAAATAGCTAAATTCCTTTTCCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAGGTTCTATTTGAGGAACAAAATAGCTAAATTCCTTTTCCATGT  700

seq1  AAGGAAGTGTCTTGGCTTCACAAATCTGAATTGTTTAAAATTTCATATTT  750
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTGTCTTGGCTTCAC-AATCTGAATTG-TTAAAATTTCATATTT  748

seq1  TGAAAGATGT-GTTTTGATA-TAGTTTTAA-TTTATGACACATATT-CAT  796
      |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||| |||
seq2  TGAAAGATGTGGTTTTGATATTAGTTTTAATTTTATGACCAATATTCCAT  798

seq1  TAATTTTCATACATTT-GTGCATGACATTTT-GTAAAC-TTAT-GTGAAA  842
      |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||
seq2  TAATTTTCATACATTTGGTGCATGACATTTTGGTAAACTTTATGGTGAAA  848

seq1  G-AAGTATAATCTACAATATTGG-ATATAGTTCAAAGTGTTATAAAATTA  890
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| || 
seq2  GAAAGTATAATCTACAATATTGGAATATAGTTC-AAGTG-TATAAAGTTC  896

seq1  AACTTTAATAACCTAGTAAATAATATACATGCATGATAAGAATGACTGTA  940
      ||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||| || |||  |||
seq2  AACTTGAATAACCGAGTAAAT-ATAT-CATGCATGATAGGATTGATGGTA  944

seq1  GAAATAAACCAAAATACTGCTATATGGCTCTA  972
      |  || |||||||| ||       ||||||||
seq2  G-GATTAACCAAAA-AC-------TGGCTCTA  967


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |