BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222O17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 189,877,540 - 190,044,108
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEsrrg
Upstream geneSpata17, Gpatch2, 9330162B11Rik
Downstream geneUsh2a, Kctd3, Kcnk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222O17.bB6Ng01-222O17.g
ACCGA037804GA037805
length1,1271,142
definitionB6Ng01-222O17.b B6Ng01-222O17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(190,042,981 - 190,044,108)(189,877,540 - 189,878,671)
sequence
gaattcactggatatgtcagcacaggcctactcactttgctcaatagaaa
agaaccttgaccaaatagaagccccagagattcaaagtagaatcacagag
attattctcaaactatcatcttcagaacagtttgcaaatgtctgctctca
gaatgcttgtttgctatgatagaaagtcccaatctaggagatttagtcca
actcaaggccttctttgtgaaaactaacacacacacacacacacacacac
acacacatacaacaacaacacacacataacatgcacgcatacacatgcac
acacatacaacacactcataacacgcatgcacacacatataacaacacac
acataacacacatgcacacacacacacataacacgcacgcacacgcatgc
acacacacacacacataacaacacacacataacacacacgcacacgcatg
cacacagagcagactttacttcgcagcaaaactgtgaaatttgactgata
atgcagatttactcggggtacgaatggcatcctcttagcctgctgcaagc
tagagtgttccccttctacaccttgaagtatcttttcccagagttggttg
gtattccctgaagtcagccactgttcagcccgtgtgaaacacacagtcac
gctcagttttacaaacattaaataaagtaagtttctttcttctttcctat
ttgcttttccagtttctctctttgggagaaatataataaactccagttat
aacttgactgcatgctataaaattagcattacccagtgtttgcttgttca
gattcttctgtctacgatgcaatctagtgcctctggcaacattcattccc
tccaagacattcttcacaattctcaaaatctgtgctgcaaaagacagtta
taacctaagacctttccccacccacctttgtccagcctaagaccttctgt
tgttgggcagtgggtgtggggaaagagggagtgggagaaaacctgcatcc
tgccagagttctggtgctctgggcaggcagacgcagaaggacttgccgca
cgatctccacatggtagtggcatgggtatgtgtcctggctgtgggaagaa
cacagccggcaggggtagtacaagggg

gaattctttcctcctaaatgtgagatcttgagttttatcctgagcacagt
cagtcaataggtcaatcaattgaccaatcaatcacactaatcaatcaatc
aatcaatcaatcaatcaattggaaacagatacattttggagcatagggag
ggttgttctccttccttggtagagcctagagtcacagaaaagtcttctga
tttattacttaataaacctaaatagcttcttaggacttaaaggttatcag
tcactttcttgtgaactgaattaatccattttcagtcattatgatgggat
acctaaagttctggtcactggtgttcacttagacattctaaaggcaacat
ttggtgagggattctggtgaagaatttggagcttacatccgggtacattt
gtttgcttggtactagagattaaatctgggcccttggatactcatggttt
tccatggagtccaccctcattctctaagattgttattagtagatatgata
ttgaaacttagttttagttatggttaaaaacaggagtttggaaccttagc
cactttaattgtacaaagtgaaggtgtcaactgtgttcatgtggccaagt
acaagatcattagagttttagctgtgaccctggcactctccctcgacaca
actcccttttcttcctgcccccagccctgggcagctgcactcacagaacc
ataacataatggatagccagcaggaccatgcaatattattgatttggtgc
taaggaaggaatgcagggccttgcagatggcaggcaagtgtttctaccct
tgactaaatccgaagccacagtgtttatctttttctgtggctgacacttc
gtctaaaatcctcaacgtccatccatggtatgttgtcgtgtattccagaa
catccttttgaaaactaaaataaccaatgcattgtgtatatgagacttaa
aaaaacaaaacaaaacaaactccattcatctcctgatggacattttagat
tgtatccaccttctgggctacttaagtaatgagtattgccagtgggtatt
gcaaatggcattgttctgatctgaaggctgaaaacaagagatgctatgtt
cgaatgcttactggctgtcatagccttcttcccaggttcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_190042981_190044108
seq2: B6Ng01-222O17.b_48_1174 (reverse)

seq1  CCCCTTGTCCACCACCTGCCGAGCTGGTGTCTTCCCACAGCCAGG-CACC  49
      |||||||| |  | ||||||| ||||   |||||||||||||||| ||| 
seq2  CCCCTTGTACTACCCCTGCCG-GCTGTGTTCTTCCCACAGCCAGGACACA  49

seq1  TACCCATGGCCCACCTACCCATGTGGAGATCGTGCGGC-AGT-CTTCTGC  97
      ||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  TACCCATG--CCA-CTA-CCATGTGGAGATCGTGCGGCAAGTCCTTCTGC  95

seq1  GTCTGCCTGCCCAGAGCACCAGAACTCTGGCAGGATGCAGGTTTTCTCCC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCTGCCCAGAGCACCAGAACTCTGGCAGGATGCAGGTTTTCTCCC  145

seq1  ACTCCCTCTTTCCCCACACCCACTGCCCAACAACAG-AGGTCTTAGGCTG  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTCCCTCTTTCCCCACACCCACTGCCCAACAACAGAAGGTCTTAGGCTG  195

seq1  GACAAAGGTGGGTGGGGAAAGGTCTTAGGTTATAACTGTCTTTTGCAGCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGGTGGGTGGGGAAAGGTCTTAGGTTATAACTGTCTTTTGCAGCA  245

seq1  CAGATTTTGAGAATTGTGAAGAATGTCTTGGAGGGAATGAATGTTGCCAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTTGAGAATTGTGAAGAATGTCTTGGAGGGAATGAATGTTGCCAG  295

seq1  AGGCACTAGATTGCATCGTAGACAGAAGAATCTGAACAAGCAAACACTGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTAGATTGCATCGTAGACAGAAGAATCTGAACAAGCAAACACTGG  345

seq1  GTAATGCTAATTTTATAGCATGCAGTCAAGTTATAACTGGAGTTTATTAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGCTAATTTTATAGCATGCAGTCAAGTTATAACTGGAGTTTATTAT  395

seq1  ATTTCTCCCAAAGAGAGAAACTGGAAAAGCAAATAGGAAAGAAGAAAGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCCCAAAGAGAGAAACTGGAAAAGCAAATAGGAAAGAAGAAAGAA  445

seq1  ACTTACTTTATTTAATGTTTGTAAAACTGAGCGTGACTGTGTGTTTCACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTTATTTAATGTTTGTAAAACTGAGCGTGACTGTGTGTTTCACA  495

seq1  CGGGCTGAACAGTGGCTGACTTCAGGGAATACCAACCAACTCTGGGAAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCTGAACAGTGGCTGACTTCAGGGAATACCAACCAACTCTGGGAAAA  545

seq1  GATACTTCAAGGTGTAGAAGGGGAACACTCTAGCTTGCAGCAGGCTAAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTCAAGGTGTAGAAGGGGAACACTCTAGCTTGCAGCAGGCTAAGA  595

seq1  GGATGCCATTCGTACCCCGAGTAAATCTGCATTATCAGTCAAATTTCACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCATTCGTACCCCGAGTAAATCTGCATTATCAGTCAAATTTCACA  645

seq1  GTTTTGCTGCGAAGTAAAGTCTGCTCTGTGTGCATGCGTGTGCGTGTGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCTGCGAAGTAAAGTCTGCTCTGTGTGCATGCGTGTGCGTGTGTG  695

seq1  TTATGTGTGTGTTGTTATGTGTGTGTGTGTGTGCATGCGTGTGCGTGCGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTGTGTTGTTATGTGTGTGTGTGTGTGCATGCGTGTGCGTGCGT  745

seq1  GTTATGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTTATGTGTGTGTTGTTATATGTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTTATGTGTGTGTTGTTATATGTGT  795

seq1  GTGCATGCGTGTTATGAGTGTGTTGTATGTGTGTGCATGTGTATGCGTGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCGTGTTATGAGTGTGTTGTATGTGTGTGCATGTGTATGCGTGC  845

seq1  ATGTTATGTGTGTGTTGTTGTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATGTGTGTGTTGTTGTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  895

seq1  GTGTGTTAGTTTTCACAAAGAAGGCCTTGAGTTGGACTAAATCTCCTAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTAGTTTTCACAAAGAAGGCCTTGAGTTGGACTAAATCTCCTAGA  945

seq1  TTGGGACTTTCTATCATAGCAAACAAGCATTCTGAGAGCAGACATTTGCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGACTTTCTATCATAGCAAACAAGCATTCTGAGAGCAGACATTTGCA  995

seq1  AACTGTTCTGAAGATGATAGTTTGAGAATAATCTCTGTGATTCTACTTTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTCTGAAGATGATAGTTTGAGAATAATCTCTGTGATTCTACTTTG  1045

seq1  AATCTCTGGGGCTTCTATTTGGTCAAGGTTCTTTTCTATTGAGCAAAGTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTGGGGCTTCTATTTGGTCAAGGTTCTTTTCTATTGAGCAAAGTG  1095

seq1  AGTAGGCCTGTGCTGACATATCCAGTGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCCTGTGCTGACATATCCAGTGAATTC  1127


seq1: chr1_189877540_189878671
seq2: B6Ng01-222O17.g_68_1209

seq1  GAATTCTTTCCTCCTAAATGTGAGATCTTGAGTTTTATCCTGAGCACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTCCTAAATGTGAGATCTTGAGTTTTATCCTGAGCACAGT  50

seq1  CAGTCAATAGGTCAATCAATTGACCAATCAATCACACTAATCAATCAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAATAGGTCAATCAATTGACCAATCAATCACACTAATCAATCAATC  100

seq1  AATCAATCAATCAATCAATTGGAAACAGATACATTTTGGAGCATAGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATCAATCAATCAATTGGAAACAGATACATTTTGGAGCATAGGGAG  150

seq1  GGTTGTTCTCCTTCCTTGGTAGAGCCTAGAGTCACAGAAAAGTCTTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTCTCCTTCCTTGGTAGAGCCTAGAGTCACAGAAAAGTCTTCTGA  200

seq1  TTTATTACTTAATAAACCTAAATAGCTTCTTAGGACTTAAAGGTTATCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTACTTAATAAACCTAAATAGCTTCTTAGGACTTAAAGGTTATCAG  250

seq1  TCACTTTCTTGTGAACTGAATTAATCCATTTTCAGTCATTATGATGGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTCTTGTGAACTGAATTAATCCATTTTCAGTCATTATGATGGGAT  300

seq1  ACCTAAAGTTCTGGTCACTGGTGTTCACTTAGACATTCTAAAGGCAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAGTTCTGGTCACTGGTGTTCACTTAGACATTCTAAAGGCAACAT  350

seq1  TTGGTGAGGGATTCTGGTGAAGAATTTGGAGCTTACATCCGGGTACATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAGGGATTCTGGTGAAGAATTTGGAGCTTACATCCGGGTACATTT  400

seq1  GTTTGCTTGGTACTAGAGATTAAATCTGGGCCCTTGGATACTCATGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTGGTACTAGAGATTAAATCTGGGCCCTTGGATACTCATGGTTT  450

seq1  TCCATGGAGTCCACCCTCATTCTCTAAGATTGTTATTAGTAGATATGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGAGTCCACCCTCATTCTCTAAGATTGTTATTAGTAGATATGATA  500

seq1  TTGAAACTTAGTTTTAGTTATGGTTAAAAACAGGAGTTTGGAACCTTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACTTAGTTTTAGTTATGGTTAAAAACAGGAGTTTGGAACCTTAGC  550

seq1  CACTTTAATTGTACAAAGTGAAGGTGTCAACTGTGTTCATGTGGCCAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTAATTGTACAAAGTGAAGGTGTCAACTGTGTTCATGTGGCCAAGT  600

seq1  ACAAGATCATTAGAGTTTTAGCTGTGACCCTGGCACTCTCCCTCGACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATCATTAGAGTTTTAGCTGTGACCCTGGCACTCTCCCTCGACACA  650

seq1  ACTCCCTTTTCTTCCTGCCCCCAGCCCTGGGCAGCTGCACTCACAGAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTTTTCTTCCTGCCCCCAGCCCTGGGCAGCTGCACTCACAGAACC  700

seq1  ATAACATAATGGATAGCCAGCAGGACCATGCAATATTATTGATTTGGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATAATGGATAGCCAGCAGGACCATGCAATATTATTGATTTGGTGC  750

seq1  TAAGGAAGGAATGCAGGGCCTTGCAGATGGCAGGCAAGTG-TTCTACCCT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAAGGAAGGAATGCAGGGCCTTGCAGATGGCAGGCAAGTGTTTCTACCCT  800

seq1  TGACTAAATCCGAAGCCACAGTGTTTATCTTTTTCTGTGGCTGACACTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAAATCCGAAGCCACAGTGTTTATCTTTTTCTGTGGCTGACACTTC  850

seq1  GTCTAAAATCCTCAACGTCCATCCATGGTATGTTGTCGTGTATTCCAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAAATCCTCAACGTCCATCCATGGTATGTTGTCGTGTATTCCAGAA  900

seq1  CATCCTTTTGAAAACT-AAATAA-CAATGCATTGTGTATATGAGACTTAA  947
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTTTGAAAACTAAAATAACCAATGCATTGTGTATATGAGACTTAA  950

seq1  AAAAACAAAACAAAACAAAACTCCATTCATCTCCTGATGGACATTTAAGA  997
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAACAAAACAAAAC-AAACTCCATTCATCTCCTGATGGACATTTTAGA  999

seq1  -TGTATCCACCTTCT-GGCTACTTAAGTAATGAGTA-TGCAGTTGGGTA-  1043
       |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||   |||||| 
seq2  TTGTATCCACCTTCTGGGCTACTTAAGTAATGAGTATTGCCAGTGGGTAT  1049

seq1  TGCAAATGGCA-TGTTCTGATCTGAAGGCTG-AGACAAGAGGATGCAAAT  1091
      ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||  ||
seq2  TGCAAATGGCATTGTTCTGATCTGAAGGCTGAAAACAAGA-GATGC-TAT  1097

seq1  GTTCG-ATGCCTACCTGGCTG-CATAG-CTTC-TCCCAGG-TCACC  1132
      ||||| |||| || ||||||| ||||| |||| ||||||| |||||
seq2  GTTCGAATGCTTA-CTGGCTGTCATAGCCTTCTTCCCAGGTTCACC  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |