BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223O10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 123,492,716 - 123,651,369
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEn1, AI848258, Insig2, Ccdc93, LOC100041926, Htr5b, LOC666656, Ddx18
Downstream geneLOC666971
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223O10.bB6Ng01-223O10.g
ACCGA038515GA038516
length1,1691,166
definitionB6Ng01-223O10.b B6Ng01-223O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,492,716 - 123,493,891)(123,650,217 - 123,651,369)
sequence
gaattcatcacttggtcatttctactagcaccaggatcaacagggttggt
catattgagtgccgcctttgctcctttagggatccaggaggggtgtagct
ggactctgtgcttgttctgtatttcttttaaattgtaaagaacttttatg
gcaaagtggccagactaatttaatttttactaacagtgcataaagctccc
atccagcctcgcttttgctttgttaatgtgtgtattaatgacatagaagc
tatgaaagcaatgtggctgcgtttcagtaaaaattatttaaaaactcagg
tggtacgctgggtttgagctatgtgtgtggtttagcagtatgatttattg
ctgtgtaaaggctggggttgggactggggagagaacttagtagttaagag
tgtgcacttaacagagggcctcagatgatcttgtctttagctcttgagtg
ctgggattgcagatatgtacccagtttacacagtgctgagaatggaaccc
agaactgtgtatgttccaggcaagtgctgtgagccactttcctagccccc
acttgcttataatggtttttttaaaaattatttttctgtatagcctcata
tgcatttatttttagggacctgactttgtagaatgcagcgctcatgccct
tctgggttggctgtataacaccctaattgggttgaaagcttagatgtggt
cattatgccttctgagcttctcaccaagtccccaagtccttgctacccaa
ctgccccactgactcccatgctaatttgtaggctccatttctcaagactg
atatttgaaagctgtcttctaattccaaacctattttccatttgtgggta
taaaagaaagtaatatacatctttaagtgctgagcagacatttggaaagg
agggctctgtcttggagaccattcataattagagtataaagaactgcatg
taattacttttttcttgtctcgaagacaatggtgagcacatggcagtaga
tgcagtgtttcttaataatagtgtagcaccgttccctgagctggaaaagc
atttttgtacctctgcattaagaacttataaacacaaagctgcagaaagt
ttctgaggaatccccttgcctttccttcccaccggtgagcttaattaagg
tcattagggccttagctcc

gaattcttgaggaaaaaaaaattgccaagcatttaagttggtctcagtaa
gattcagtgtcaagggctttcaggtttgcctcttttctccaatagttttt
tgtttgttttgttttgtttgtttgtttgttttttattttgacagtcatgc
aactttcctataagtatttacatatctaaaaaaaatagacaaagttgcaa
gaatccaatgggataattcctctaaagtgcttggaacagtgtctgtcacc
tagctaacactcaacacaatttgtatcattagtcttcacctccagctcag
atgaaaagaacagccatatcctggtccaaccttgacctacattgtacatg
gagcaagcatcggcagctgtttctcaataggttcattatcatctgcttta
tccacccagcactgctctgtcagtgactggtggtttgtagaaggaggagt
tgacaggggaaagaagtgaaagcaattcaaatgaatttatacatatgggg
aaatgtcaaaaagtaaatttaattaattaaaaacttgctgatgtggaaag
attttaagttaaaaccagcccaggctacagggttagacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacaaaataataacaat
aacaactttagatagctttcttgttttctagattccataaagatttctgt
catagttaatgtatgtgaaaatatatatactttgagtattcatgtgtatg
tacttttccatgaatataaaaccatattctggttttaactgtcagtatgc
cacaacctaaaatcacctgggaagagaacccactattgatgaactatcta
gagctgatcagcctgtgagcttgttgatggggaattgtcattgattattg
gatgatgtgggaagaccccaccgtgattgtgatggtactgtttcatggtc
tgggctttgggaatgtttaagagggaagaaaagctagctaagtgctagca
aacagcattcaagccaacaaggtgctttaacccctctgctcttgactgtg
tatttgatgaatttcaagtccttgaaattcccagtttgggaacttctcca
aatgaatagaataagccaaataaataccttacttctcctgggccgtgctt
tcttccagcaaataag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_123492716_123493891
seq2: B6Ng01-223O10.b_48_1216

seq1  GAATTCATCACTTGGTCATTTCTACTAGCACCAGGATCAACAGGGTTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACTTGGTCATTTCTACTAGCACCAGGATCAACAGGGTTGGT  50

seq1  CATATTGAGTGCCGCCTTTGCTCCTTTAGGGATCCAGGAGGGGTGTAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGAGTGCCGCCTTTGCTCCTTTAGGGATCCAGGAGGGGTGTAGCT  100

seq1  GGACTCTGTGCTTGTTCTGTATTTCTTTTAAATTGTAAAGAACTTTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTGTGCTTGTTCTGTATTTCTTTTAAATTGTAAAGAACTTTTATG  150

seq1  GCAAAGTGGCCAGACTAATTTAATTTTTACTAACAGTGCATAAAGCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTGGCCAGACTAATTTAATTTTTACTAACAGTGCATAAAGCTCCC  200

seq1  ATCCAGCCTCGCTTTTGCTTTGTTAATGTGTGTATTAATGACATAGAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCCTCGCTTTTGCTTTGTTAATGTGTGTATTAATGACATAGAAGC  250

seq1  TATGAAAGCAATGTGGCTGCGTTTCAGTAAAAATTATTTAAAAACTCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAGCAATGTGGCTGCGTTTCAGTAAAAATTATTTAAAAACTCAGG  300

seq1  TGGTACGCTGGGTTTGAGCTATGTGTGTGGTTTAGCAGTATGATTTATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACGCTGGGTTTGAGCTATGTGTGTGGTTTAGCAGTATGATTTATTG  350

seq1  CTGTGTAAAGGCTGGGGTTGGGACTGGGGAGAGAACTTAGTAGTTAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAAAGGCTGGGGTTGGGACTGGGGAGAGAACTTAGTAGTTAAGAG  400

seq1  TGTGCACTTAACAGAGGGCCTCAGATGATCTTGTCTTTAGCTCTTGAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACTTAACAGAGGGCCTCAGATGATCTTGTCTTTAGCTCTTGAGTG  450

seq1  CTGGGATTGCAGATATGTACCCAGTTTACACAGTGCTGAGAATGGAACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTGCAGATATGTACCCAGTTTACACAGTGCTGAGAATGGAACCC  500

seq1  AGAACTGTGTATGTTCCAGGCAAGTGCTGTGAGCCACTTTCCTAGCCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGTGTATGTTCCAGGCAAGTGCTGTGAGCCACTTTCCTAGCCCCC  550

seq1  ACTTGCTTATAATGGTTTTTTTAAAAATTATTTTTCTGTATAGCCTCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTTATAATGGTTTTTTTAAAAATTATTTTTCTGTATAGCCTCATA  600

seq1  TGCATTTATTTTTAGGGACCTGACTTTGTAGAATGCAGCGCTCATGCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTATTTTTAGGGACCTGACTTTGTAGAATGCAGCGCTCATGCCCT  650

seq1  TCTGGGTTGGCTGTATAACACCCTAATTGGGTTGAAAGCTTAGATGTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTTGGCTGTATAACACCCTAATTGGGTTGAAAGCTTAGATGTGGT  700

seq1  CATTATGCCTTCTGAGCTTCTCACCAAGTCCCCAAGTCCTTGCTACCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGCCTTCTGAGCTTCTCACCAAGTCCCCAAGTCCTTGCTACCCAA  750

seq1  CTGCCCCACTGACTCCCATGCTAATTTGTAGGCTCCATTTCTCAAGACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCACTGACTCCCATGCTAATTTGTAGGCTCCATTTCTCAAGACTG  800

seq1  ATATTTGAAAGCTGTCTTCTAATTCCAAACCTATTTTCCATTTGTGGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGAAAGCTGTCTTCTAATTCCAAACCTATTTTCCATTTGTGGGTA  850

seq1  TAAAAGAAAGTAATATACATCTTTAAGTGCTGAGCAGACATTTGGAAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAAAGTAATATACATCTTTAAGTGCTGAGCAGACATTTGGAAAGG  900

seq1  AGGGCTCTGTCTTGGAGACCATTCATAATTAGAGTATAAAGAACTGCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCTGTCTTGGAGACCATTCATAATTAGAGTATAAAGAACTGCATG  950

seq1  TAATTACTTTTTTCTTGTTCTCGAAGGACAATGGTGAGCACATGGCAGTA  1000
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTACTTTTTTCTTG-TCTCGAA-GACAATGGTGAGCACATGGCAGTA  998

seq1  GATGGCAGTGTTTCTTAATAAATAGTGTAGGCACCGTTCCCCTGAGCTGG  1050
      ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |
seq2  GAT-GCAGTGTTTCTTAAT-AATAGTGTA-GCACCGTT-CCCTGAGCT-G  1043

seq1  GAAAAGCATTTTTGTTACTCTGGCATTAAG-ACTAATAAACACAAAGCTG  1099
      |||||||||||||||  |||| |||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  GAAAAGCATTTTTGTACCTCT-GCATTAAGAACTTATAAACACAAAGCTG  1092

seq1  CAGAAAG-TTCTGAGGAATCCCCCTG-CTTTTCTTCCCACCCGTGAGCTT  1147
      ||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||
seq2  CAGAAAGTTTCTGAGGAATCCCCTTGCCTTTCCTTCCCACCGGTGAGCTT  1142

seq1  AATTAAAGTCAATGAAGGGGCTTAGCTCC  1176
      |||||| |||| |  |||| |||||||||
seq2  AATTAAGGTCATT--AGGGCCTTAGCTCC  1169


seq1: chr1_123650217_123651369
seq2: B6Ng01-223O10.g_69_1234 (reverse)

seq1  CTTA-TTGCTGTGAAGAAAGCA--GCACAGGAGAAG-AAAGTATTTATTT  46
      |||| |||||| ||||||||||  || ||||||||| || ||||||||||
seq2  CTTATTTGCTG-GAAGAAAGCACGGCCCAGGAGAAGTAAGGTATTTATTT  49

seq1  GGCTTATTCTATCATTTTGGAGAAGT--CCAAACAGG--AACTCAAGGAC  92
      ||||||||||||   |||||||||||  |||||| ||  |  ||||||| 
seq2  GGCTTATTCTATTCATTTGGAGAAGTTCCCAAACTGGGAATTTCAAGGA-  98

seq1  CTTGAAA-TCATCAAATACACAGTCAAGAGCAGAGGGGTT-AAGCACCTT  140
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTTGAAATTCATCAAATACACAGTCAAGAGCAGAGGGGTTAAAGCACCTT  148

seq1  GTT-GCTTGATTGCTGTTTGCTAGCACTTAGCTAGC-TTTCTTCCCTCTT  188
      ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTGGCTTGAATGCTGTTTGCTAGCACTTAGCTAGCTTTTCTTCCCTCTT  198

seq1  AAACATT-CCAAAGCCCAGACCATGAAACAGTACCATCCACAATCACGGT  237
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAACATTCCCAAAGCCCAGACCATGAAACAGTACCAT-CACAATCACGGT  247

seq1  -GGGTCTTCCCACATCATCCAATAATCAATGACAATTCCCCATCAACAAG  286
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTTCCCACATCATCCAATAATCAATGACAATTCCCCATCAACAAG  297

seq1  CTCACAGGCTGATCAGCTCTAGATAGTTCATCAATAGT-GGTTCTCTTCC  335
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTCACAGGCTGATCAGCTCTAGATAGTTCATCAATAGTGGGTTCTCTTCC  347

seq1  CAGGTGATTTTAGGTTGTGGCATACTGACAGTTAAAACCAGAATATGGTT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGATTTTAGGTTGTGGCATACTGACAGTTAAAACCAGAATATGGTT  397

seq1  TTATATTCATGGAAAAGTACATACACATGAATACTC-AAGTATATATATT  434
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTATATTCATGGAAAAGTACATACACATGAATACTCAAAGTATATATATT  447

seq1  TTCACATACATTAACTATGACAGAAATCTTTATGGAATCTAGAAAACAAG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATACATTAACTATGACAGAAATCTTTATGGAATCTAGAAAACAAG  497

seq1  AAAGCTATCTAAAGTTGTTATTGTTATTATTTTGTGTGTGTGTGTGTGTG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTATCTAAAGTTGTTATTGTTATTATTTTGTGTGTGTGTGTGTGTG  547

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTAACCCTGTAGCCTGG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTAACCCTGTAGCCTGG  597

seq1  GCTGGTTTTAACTTAAAATCTTTCCACATCAGCAAGTTTTTAATTAATTA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTTTAACTTAAAATCTTTCCACATCAGCAAGTTTTTAATTAATTA  647

seq1  AATTTACTTTTTGACATTTCCCCATATGTATAAATTCATTTGAATTGCTT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACTTTTTGACATTTCCCCATATGTATAAATTCATTTGAATTGCTT  697

seq1  TCACTTCTTTCCCCTGTCAACTCCTCCTTCTACAAACCACCAGTCACTGA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCTTTCCCCTGTCAACTCCTCCTTCTACAAACCACCAGTCACTGA  747

seq1  CAGAGCAGTGCTGGGTGGATAAAGCAGATGATAATGAACCTATTGAGAAA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGTGCTGGGTGGATAAAGCAGATGATAATGAACCTATTGAGAAA  797

seq1  CAGCTGCCGATGCTTGCTCCATGTACAATGTAGGTCAAGGTTGGACCAGG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCCGATGCTTGCTCCATGTACAATGTAGGTCAAGGTTGGACCAGG  847

seq1  ATATGGCTGTTCTTTTCATCTGAGCTGGAGGTGAAGACTAATGATACAAA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCTGTTCTTTTCATCTGAGCTGGAGGTGAAGACTAATGATACAAA  897

seq1  TTGTGTTGAGTGTTAGCTAGGTGACAGACACTGTTCCAAGCACTTTAGAG  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTGAGTGTTAGCTAGGTGACAGACACTGTTCCAAGCACTTTAGAG  947

seq1  GAATTATCCCATTGGATTCTTGCAACTTTGTCTATTTTTTTTAGATATGT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATCCCATTGGATTCTTGCAACTTTGTCTATTTTTTTTAGATATGT  997

seq1  AAATACTTATAGGAAAGTTGCATGACTGTCAAAATAAAAAACAAACAAAC  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTATAGGAAAGTTGCATGACTGTCAAAATAAAAAACAAACAAAC  1047

seq1  AAACAAAACAAAACAAACAAAAAACTATTGGAGAAAAGAGGCAAACCTGA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACAAAACAAACAAAAAACTATTGGAGAAAAGAGGCAAACCTGA  1097

seq1  AAGCCCTTGACACTGAATCTTACTGAGACCAACTTAAATGCTTGGCAATT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTTGACACTGAATCTTACTGAGACCAACTTAAATGCTTGGCAATT  1147

seq1  TTTTTTTCCTCAAGAATTC  1153
      |||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCTCAAGAATTC  1166


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |